别斯兰人质事件发生后，俄罗斯驻格鲁吉亚大使列夫·米罗诺夫日对媒体表示，别斯兰惨剧可能与格鲁吉亚同南奥塞梯之间的争端有关。他说：“恐怖主义势力是跨民族的、跨国界的。可以说，别斯兰悲剧事件与南奥塞梯问题存在某些联系。”不久前，格鲁吉亚电视台播放了车臣恐怖分子总头目马斯哈多夫的讲话。他说，车臣人民正在同格鲁吉亚人民并肩战斗，共同反对俄罗斯的帝国主义野心。米罗诺夫指出，莫斯科认为，潘基西峡谷至今可能仍然有车臣武装分子在活动。
2003年11月，格鲁吉亚发生“玫瑰革命”，亲俄总统谢瓦尔德纳泽被迫辞职，2004年1月，亲美的萨卡什维利（37岁）在总统选举中取胜，格鲁吉亚与俄罗斯的矛盾日渐尖锐。格鲁吉亚希望在车臣问题上牵制俄罗斯，对潘西基峡谷中的车臣恐怖武装姑息养奸也就不难理解了。而俄罗斯想要彻底端掉恐怖分子的老巢也就更加困难了。
四、对光头党的忧虑
频繁残忍的恐怖活动给俄罗斯人带来了强烈的心理伤害，民族仇恨加深，排外势力日增，恐怖活动加剧，这对政府的反恐大行动极为不利。
莫斯科大学社会学教授克里兰斯基指出，别斯兰人质惨剧后，俄罗斯人普遍仇恨车臣人、包括高加索人，一些组织和个人借此打着“同国际恐怖主义作斗争”的旗号，煽动人们的敌视情绪，由此，极端民族主义猖獗，排外情绪严重。例如，臭名昭著的“光头党”，居然在光天化日之下草菅人命，残害无辜，制造了一系列轰动俄罗斯的暴力事件。
据莫斯科大学统计，在别斯兰人质事件发生后一个月内，在俄罗斯的外国人遭袭事件就突然增加两倍，这还不包括很多在俄罗斯打工的外国人由于害怕报复而不敢向当地护法机构报案。此外，由于仇外情绪的迅猛滋生，俄罗斯各大城市的刑事犯罪和其他违法案件也增加。
受害最深的是年轻人。莫斯科大学社会与大众文化研究所所长鲁缅克夫认为，在前苏联时代提倡的“各民族之间的友谊和团结”，在90年代的俄罗斯大动荡中迅速消失得无影无踪。许多被明令禁止的种族和极端民族主义社团纷纷死灰复燃，而受极端民族主义毒害最深的是俄罗斯80年代末才成长起来的年轻人。鲁缅克夫痛心疾首的指出：“俄罗斯如今出现这样的不肖子孙，是前苏联解体后俄罗斯社会发生严重道德蜕变造成的后果。”
鲁缅克夫称，从莫斯科当局以前拘捕的光头党人员名单来分析，在肇事活动中最具进攻性和破坏性的大都是16岁至19岁之间的年轻人，主要是高中生和大学低年级的学生。这批年轻人是在1986年前后（其中大多数人在1985—1986年间）出生的，正赶上苏联末期的动荡不安和戈尔巴乔夫的改革。待到上学的年龄，又碰上了苏联的解体。他们是在国运危难、经济急转直下、西方多元文化汹涌而入的环境中接受教育、认识世界和迈出最初的生活步伐的。学校中有关道德、爱国、守法和正常人伦等传统教育受到冲击，经常被政治上的短视（许多人看不清俄罗斯的前途，过分强调俄罗斯的民族主义）和经济上的唯利是图所误导，这使许多年轻人戴上有色眼镜去看世界。
在他们的眼中，世界就该是极端民主和自由的，生活就该是胜者为王、强者有权享受一切。他们自尊心很强，但又个人利益至上，他们极端好胜，但心理状态又极为脆弱，他们希望国强，但又对强国怀有妒忌和敌视心理，他们追求时尚和富裕，但对别人的时尚和富裕又恨之入骨。五光十色的文化、脱胎变形的爱国主义、别有用心的俄罗斯民族主义、急速发展的财阀和黑道的敛财手段都对这些不谙世事的青少年产生了抹不去的影响，他们被鼓动以暴力驱赶那些生活中的所谓“民族敌人”。一大批16~19岁的年轻人就这样发展成为独特的年轻一代，俄罗斯当地媒体给他们取了个名字叫“破坏的一代”。
鲁缅克夫特别强调，在道德蜕变中，年轻人的道德蜕变是最可怕的，也是最危险的。在当今的俄罗斯，若不在中学教育和更广阔范围内的社会教育中，把青年人引上真正的爱国、爱民族、爱社会、爱家之途，将会有越来越多的年轻人加入到光头党或其他的极端组织中，他们对这个社会的暴力反抗也将是不会止息的。
俄罗斯连续发生一系列恐怖袭击事件和外国人遇害事件，所导致的另一个结果就是境外旅行者由于害怕而拒绝来俄罗斯旅游。根据俄联邦旅游局专家的估算，在2004年9月境外旅游者将比预计的要减少30%。这首先对莫斯科及圣彼得堡的财政是一个打击。拒绝去俄罗斯旅游的不仅是亚洲人，还有德国人、法国人、以色列人及希腊人。
俄联邦旅游局专家指出，俄罗斯旅游局在最近15年来经受了三次客流量锐减的危机，分别是1992年、1994年和1998年。但这三次危机都是由于政治及财政的原因造成的，没有一个是跟种族袭击有关的。尽管当时相类似的事件不少，但他们都不是直接针对外国旅行者的。“个别事件对旅游者没有影响。当偶然发生一个事件后，旅游市场衰落一两周就会复苏。而最近在俄罗斯发生的事件将有可能会产生巨大的影响。恐怖袭击和针对外国人的袭击事件发生得那样频繁，这是从来没有过的。对于入境游来说，这无疑是个重创。”
五、加大反恐力度
第二次车臣战争虽已结束，但整个车臣并未平静。直到2004年前，几乎每天夜晚，恐怖分子都要偷偷溜进城，埋设各种爆炸物。而俄罗斯治安部队每天都得出动扫雷坦克，对格罗兹尼的主要街道进行安全检查。尽管如此，格罗兹尼仍然不断发生恐怖爆炸事件，人人惊恐不安，生与死只有一步之隔，谁都阻挡不了死神的敲门声，就连戒备森严的总统府也不例外。
绑架事件也层出不穷，司空见惯，仅2004年就有300余人遭到绑架，也就是说，在车臣，几乎每一天都有一个人被绑架。
2004年9月12日，俄罗斯空军一架米格—24攻击直升机被车臣叛军用火箭弹击落，机上2名驾驶员死亡。俄罗斯国防部13日证实了此事。叛军此举旨在向俄政府表明，他们随时会向俄罗斯发起反击。
10月13日晚到10月14日一天之间，4名外国人遭到当地右翼极端民族分子的围攻，3名外国人不幸遇难，其中2人被当场殴打致死。
2004年12月11日，恐怖分子在车臣杀死了8名俄罗斯士兵，并造成8人受伤。同时，俄联邦部队的阵地遭到22次攻击，5名士兵死亡，7人受伤。在车臣第二大城市古德姆斯，恐怖分子的袭击造成1名士兵死亡，1人受伤。在车臣首都格罗兹尼，地雷爆炸造成1名警察身亡，1名警察受伤。恐怖分子的战术就是“打了就跑”，并大量使用地雷。
为了打击恐怖分子的不断捣乱，俄罗斯被迫一再推迟撤军计划。2004年11月12日，在罗斯托夫召开的俄北高加索军事委员会会议上，俄罗斯国防部长伊万诺夫指出，由于车臣的大股非法武装已经被消灭，国防部部队在车臣的主要任务业已完成。今后，内务部和联邦安全局将更好的发挥其职能。他宣布，俄国防部所属空降兵和海军陆战队将在当年年底前从车臣撤军1000人。这些隶属于空降兵76师和刻赤区舰队的海军陆战队撤离之后，俄国防部在车臣的驻军将只剩下42摩托化步兵师和部分特种兵。但是，俄罗斯近期内不会从车臣撤出全部军队。
同时，号称“高加索狼”和“俄罗斯拉登”的巴萨耶夫在车臣非法武装的“高加索——中心”网站发出叫嚣，宣布要对俄罗斯发动新一轮恐怖袭击。他说，他在2003年1月向莫斯科发出的和平建议没有受到重视，相反，俄军不仅在车臣继续进行各种清剿活动，还在卡塔尔暗杀了扬达尔比耶夫，对此，“我们必须进行相应的报复行动”。他宣布，自己领导的“丽雅图斯——萨利新伊斯兰圣战者”组织将对俄罗斯进行除了核武器和生化武器之外任何手段的攻击。巴萨耶夫表示，在这些攻击中，会确保“平民医院、幼儿园、儿童公园、敬老院，以及所有非东正教会设施的安全”。但在这个名单之外的所有俄罗斯公共设施都可能成为其攻击的目标，像俄边防局和内务部这样参与了车臣清剿行动的部门，将是他“最优先”的攻击目标，而且对这些目标的攻击将不择手段。
巴萨耶夫声称，应该对这些恐怖行动承担责任的不是别人，正是俄罗斯总统普京，是他亲自下达了处决扬达尔比耶夫的命令。但是，如果普京能够宣布停止在车臣的清剿行动，他们可以原谅莫斯科，并停止新的恐怖袭击，否则，他们将为自己的自由战斗到最后一个人。
2004年10月初，巴萨耶夫在面对记者采访中承认，他在车臣首府格罗兹尼整整住了一个星期，2004年6月，他还与马斯哈多夫进行了会晤，而马斯哈多夫2003年整个冬天都在古杰尔梅斯居住，躲藏在车臣前总统卡德罗夫的一个亲威家中。
巴萨耶夫表示，他们的部队组织完善，无需最高领导人亲临现场指挥。他本人也并不经常去车臣，如果要去，也很安全，因为他会经常换乘汽车，包括警车，或挂外地车牌号。他表示：“我在高加索山区有12个秘密住处，每个住处都储备有一切必需品，可供20人居住2个星期。当然，到处都有秘密接头住宅，但通常停留时间不会超过一个星期。”
巴萨耶夫宣称，他经常得到所有“真正穆斯林”的帮助，甚至是与俄当局合作的人的帮助。2003年，他在卡巴尔达—巴尔卡尔遭到追捕，两腿受伤，失血过多，他甚至在当地警察上校家中躲藏了一周。不过，这位上校拒绝向他提供当局方面的行动情报，声称不会反对自己人。而对巴萨耶夫本人来说，他家的大门则是永远敞开的。
巴萨耶夫威胁说，他将继续发动恐怖袭击，有可能使用生物和化学武器，但他未透露对哪些居民点发动大规模恐怖袭击。巴萨耶夫对9月初别斯兰中学人质事件中大量儿童被劫持并死亡表示遗憾，但同时他又认为这完全是遭到了死难车臣儿童的报应。
10月31日，巴萨耶夫通过网站再次发出威胁，他说，他已做好同俄罗斯政府斗争10年的准备，而平民仍是其组织的袭击对象。“如果普京不想要和平，那我们会一直等到他下台那一天，或者，如果可能的话，我们会直接把他送到地狱……转眼间，战争已经进行了5年，下一个5年或10年之战也将很快过去。”
2004年11月1日，俄罗斯联邦安全局局长帕特鲁舍夫在国家杜马会议上称，近期将有80多名在国外受训的恐怖分子潜回俄罗斯，准备发动新一轮恐怖袭击。
帕特鲁舍夫指出，目前，俄军方已抓获若干名恐怖分子，但尚未被捕的部分恐怖分子仍对俄罗斯的国家安全构成极大威胁。“为防止恐怖事件的发生，我们需要采取一系列措施，开展细致的工作。但国家在这方面无有效运作体系。一些恐怖分子甚至拥有多达7本的护照。现在，我们还无法获知这些人的真实姓名及其潜入俄罗斯的行动路线。”
车臣周边地区，恐怖活动亦十分频繁，从未停止。
针对一系列恐怖袭击，俄联邦部队向沙托伊、乌鲁斯—马尔坦，诺扎尤塔和古德姆斯地区的车臣恐怖分子据点进行了炮击，并在安全扫荡行动中围捕了150多名车臣恐怖分子。
为了应付山地扫荡，俄国防部副部长兼陆军总司令科尔米利采夫大将宣布，2004年俄武装力量新的陆军部队战斗条令规定，在全军中实施山地作战义务培训，这是借鉴阿富汗战争和两次车臣战争中的战斗经验制定的。车臣战争的经验表明，所有兵种合成部队、海军陆战队、空降兵部队，无论其驻守位置远近，都必须演练在高山地区、山地森林地带及人烟稀少的山村的作战技能，士兵要掌握在这些地区昼夜作战的技巧和方法。陆军战斗训练大纲的变化首先是因为车臣武装分子的主力都隐藏在山区，陆军作战的重心已经转移到南部山区，其次是要扩大各军区和舰队的训练任务，使部队尽快适应反恐战争的要求，以利于今后从中抽调部队同在车臣作战的部队进行轮换。
与此同时，俄罗斯北高加索军区为驻车臣的特种部队“装备”了150头毛驴，它们将作为部队的正式编制参加反恐作战，一头毛驴在高山地区可驮80公斤的辎重长途跋涉，部队还为每10头毛驴配一个兽医，为每3—4头毛驴配一名饲养员。
2004年12月23日，俄联邦安全局工作人员在俄达吉斯坦共和国的叶先图基镇一次特别行动中，逮捕了一名车臣武装分子战地指挥官伊布拉基姆—伊斯拉比罗夫。安全局工作人员在他身上搜出20公斤炸药、无线电遥控装置、手榴弹和手枪。
伊斯拉比罗夫曾是车臣非法武装组织头目托基—乌马罗夫的副手。2000年5月，他被任命为该武装组织西南方面指挥部指挥官，负责指挥在车臣境外的恐怖袭击活动。伊斯拉比罗夫被怀疑组织了俄印古什共和国联邦安全局大楼爆炸袭击事件和俄火车爆炸袭击事件。
被捕后，伊斯拉比罗夫供认，车臣匪首沙米尔·巴萨耶夫命令将恐怖袭击事件转移到车臣境外，他承认，他曾按照托基·乌马罗夫的命令，将爆炸装置从印古什共和国运到高加索地区的矿泉城，并将其交给自杀式袭击者，从而制造了俄火车爆炸袭击事件。
2004年12月28日晚22时53分，一伙不名武装分子在格罗兹尼引爆了事先放置好的地雷，并向位于别尔沃马伊和杰明大街路口的警备司令部射击，车臣共和国内务部队第四警备司令部司令安德列·布尔科夫斯基在地雷爆炸中受伤。
同一天，车臣库杰尔缅斯克地区也发生一起无线电遥控炸弹爆炸事件，一名俄军副连长茹基科夫受伤，并被送往医院。
为了遏制恐怖活动，2005年9月12日，俄罗斯北奥塞梯共和国内务部长谢尔盖·阿列宁中将提议，在北奥塞梯境内所有地区实行动员，组建民间武装自卫队，允许居民合法持有非战斗武器。但也有人对此提出批评，认为武器不应散落民间。
重要的是，俄联邦政府采取了一系列强有力的措施，遏制恐怖活动。
主要内容包括：
其一，加大财政力度
