当金融危机袭来之时，那些具有自主创新能力的中小企业终于躲过了这场灭顶之灾，也给众多的中小企业做出了表率，让中小企业明白增强自身的创新能力是应对危机的最好出路。然而，对于一般中小企业来说，要提升中小企业自主创新能力，必须解决以下制约和阻碍中小企业创新的四大瓶颈问题。
第一，创新意识不强，创新动力不足
中小企业作为创新主体，企业的主要管理者，特别是企业的老板的创新意识和创新思想直接影响着整个企业的创新行为。中小企业创新能力低的原因是多方面的，其中“头头”问题是最主要的，这与中小企业管理者的文化素质较低，缺乏以创新精神为核心的企业家精神有直接关系。小农经济和传统观念的影响使相当数量的企业经营者缺乏探索和创新能力，“小富即安”较为普遍。认为创新神秘，创新高不可攀，创新是大企业的事情；对创新认识片面，认为只有技术创新才是创新，因而忽略了投入较少但效果很明显的管理创新、营销创新和意识创新；认为创新风险大，怕“折了老本”。在投资取向上，更愿意向风险较小的劳动密集型产业投资。我国规模以上工业企业研发投入占销售额的比重仅为0.78%，而国外企业一般都在4%左右，甚至更高。
第二，创新环境不佳，创新体系不健全
创新环境不佳主要表现在：社会化服务体系不健全，缺乏创新人才流动、缺乏技术交流、缺乏产权交易等高效平台；知识产权保护不力，侵权的不法行为严重挫伤企业创新积极性；市场秩序不规范，市场竞争不公平，存在较为普遍的地方保护、恶性竞争和要素价格失真等现象。拿知识产权保护问题来说，由于创新产品的外部效应较强，中小企业创新产品很容易被其他企业模仿、假冒，利益被侵占。在外部制度环境不完善，尤其是在知识产权和专利制度得不到有效保护的市场环境中，企业进行自主创新的动机就会减弱，而跟风、跟随与模仿的动机和“免费搭车者”则会增多。
创新体系不健全主要表现在“产学研”结合尚不紧密。长期以来，我国把高等院校和科研机关作为创新的主体，导致科研成果与企业需求“挂不上钩”、“对不上号”，阻碍了创新的发展。近年来，国家强调企业是创新的主体，但中小企业的实力有限，很难独立设置科研机构，据介绍，全国规模以上工业企业拥有技术开发机构的比例只有25%。对于中小企业来讲，与高等院校和科研机关建立紧密的合作关系，共同进行创新，不仅是解决中小企业创新实力不足的有效办法，而且有利于长久、持续地创新。但是，目前中小企业与高等院校和科研机关的“创新联姻”尚缺乏一个有效的平台，而且一些高等院校和科研机关“架子”很大，往往要的报酬很高，弄得中小企业“心有余而力不足”。
第三，创新人才不足，知识资源缺乏
创新的基础是知识，没有知识储备，没有足够的知识资源是制约中小企业创新的最大瓶颈。有关部门曾向企业家进行过调查，影响企业创新最主要的问题是什么？有59.4%的企业经营者认为是“创新人才缺乏”；认为“创新资金引进渠道不畅”的占40.7%；认为是“缺乏鼓励创新的社会环境”的占36.8%。可见，人才和资金是影响企业创新能力的两个关键因素，这也符合当前我国企业的实际情况。
长期以来，中小企业是在社会偏见中生存发展的，具有创新能力的人才不愿意到中小企业就职，中小企业也无力留住人才。最主要的是中小企业缺乏创新意识和专业技术背景，存在急功近利的经营思想，对技术创新顾虑重重，畏缩不前，致使屈指可数的技术人才不能发挥应有作用。没有“梧桐树”怎能招来“金凤凰”？有些中小企业缺乏长远眼光，缺乏有效的激励机制，使创新人才觉得没有“奔头”。在这种情况下，人才流失就成为不可避免的事情了。尤其是一些关键的技术人才和高层管理人员的“跳槽”和“另立门户”的现象更为常见。
第四，创新资金不足，融资借贷无门
创新需要有足够的资金投入，因为创新是要经受时间和失败的考验的，创新时间一长，创新资金就会“断档”，创新一旦失败，如果不能坚持，原来投入的资金就可能打“水漂”。总之，中小企业不敢贸然创新的一个重要原因，就是资金问题。“财大”才能“气粗”。谁都明白“胜利往往在再坚持一下的努力之中”的道理，然而缺少了资金，往往会功亏一篑，正所谓“一分钱难倒英雄汉”。中小企业自身的“内源融资”是很有限的，捉襟见肘是常有的事情。中小企业的“外源融资”现在是道路“坎坷”。据统计，目前中小企业的贷款规模仅占银行信贷总额的8%左右，这与中小企业创造的生产总值、工业增加值、出口创汇和为国家财政提供的收入等是极不对称的。
