1917年1月，杨杰调任北京大总统府军事咨议，兼陆军部顾问。
此时，帝国主义各国为了扩大对中国的侵略，进一步划分势力范围，纷纷物色和培植自己的代理人。北洋军阀内部各集团的头目在不同的帝国主义支持下，代表着各自依靠的帝国主义的利益，不断扩张地盘，争权夺利，从而分裂成若干派系，加上护国战争中，在袁世凯的中央政权摇摇欲坠的情况下，亦产生了许多大大小小的地方军阀。袁世凯死后，又没有因此而改变中国半殖民地半封建社会的性质，所以杨杰雄心勃勃地到北京后，一展抱负的希望很快就破天了。这时虽然共和“恢复”，黎元洪继任大总统，实权却是操在国务院总理兼陆军总长手里，日本帝国主义为了进一步控制中国，促使段祺瑞对德宣战。段祺瑞则企图借参战各义，得到日本的贷款，扩充实力，消灭异己，极力主张参战。英美支持的黎元洪因害怕段祺瑞势力过于扩张于己不利，仅对参战，并解除了段祺瑞的国务院总理职务。6、7月间，段祺瑞暗中支持张勋搞了一场复辟闹剧，赶走了黎元洪。杨杰面对帝国主义支持中国各派军阀纷争，使国家陷于支离破碎的局面，为祖国建设强大的国防抵御外侮的抱负，当然化为泡影，于是他怀着忧愤的心情重新回到云南。
段祺瑞执政毁法，滇军改为靖国第一、二两军，仍控制川南各县。段祺瑞最恨滇军，从中排拨川军刘存厚统率四个师和杂牌招安军王芳舟等逐步向滇军驻地进攻。6月，杨杰任靖国军第四军参谋长，兼泸州卫伐司令。8月间，唐继尧以联军总司令名誉命黄毓成率靖国军第四军驻泸州，杨杰任靖国军中央军总指挥。杨雨楼便在此时调到四军军部任上尉副官，分配给杨杰服务。他是杨杰第一个忠心得力的副官。
杨杰到泸州不久，川军周道刚率两个师约三万兵力，由富顺、内江、隆昌、永川向泸州进攻。第四军各团新兵较多，战计失利，节节败退。杨杰欲令坚守泸州对面小市后五顶山一带高地，即令杨雨楼迅速通过沱江到小市，令驻在小市的二十四团陈显武营加入封门坎要地。队伍还未增援上去，封门坎守军即边战边退，在小市街口发生了巷战，同时五峰顶阵地被川军占领，情况十分紧急，杨雨楼跑回军部报告情况，杨杰立即传令：在泸州城大河街口的部队坚守，掩护小市的退兵迅速通过浮桥回泸。这天，杨杰带着杨雨楼亲自到浮桥渡口督战，约午后四时许，退到小市各街口的部队与川军激烈巷战，边掩护边通过浮桥撤退。五时许，浮桥被五峰顶川军炮火炸断，落水官兵约二、三百人。杨杰和杨雨楼回到军部，报告赵又新黄毓成军长，决定当夜全部撤退至纳溪、大洲驿、永宁。随即杨杰出城过长江浮桥口高地，派兵监视川军破坏。这一夜城内队伍全部撤退切断在小市的一部分部队，除部分用小船和木头、门板渡江逃回外，其余一部分连夜同川军巷战到次日清晨，有的被打死、打伤或被俘。退至永宁、军队得知顾品珍各旅、团也败退叙府；第二军金汉县旅已退至南溪、江安一带。此时，唐继尧火上加油，他以联军总司令名义，由昆明电令在川各军须迅速收复失地，回滇无力支持。这样，在川的滇军大败之后，又无退路，各长官都很气愤，但内外夹攻迫在眉前，于是心一横，在永宁召开了秘密军事会议，决定各军、旅、团长各降一级，以示薄惩，以此，鼓舞官兵杀敌的决心。师长顾品珍指挥各团收复失地其县、威远、资中、阳景、简州。第二军各团统归杨杰策划指挥。
当时，川军进至纳溪县约一个多月后，又退回泸州，加固沿江两岸工事固守，杨杰即率军队赶快进驻纳溪，部队随着进驻兰田坝。金汉县混成团仍由江安、南溪准备进攻富顺，截断川军退路，朱德混成团布署在兰田坝和月亮岩。
面对敌强我弱，滇军处处失利，川军咄咄逼人的形势，要想凭勇扭转战局是很不容易的，凭猛强攻川军工事也不可能。所以，杨杰多次察看了地形，细心地考虑，1918年2月1日晚，杨杰叫来了杨雨楼，命令他同警卫排到纳溪、永宁河、封小船三十多只，划到兰田坝岸边，扎草人百余个，收集旧军服三十余件，军帽三十余顶。杨雨楼接受命令后，及时按规定把这些东西不准好后向杨杰汇报。杨杰吩咐：“这些东西不准让老百姓看见，也不准官兵乱说。”到了半夜，杨杰突然把杨雨楼及警卫排叫来，命令他们立即将十余只小船放上草人，穿上军装，戴上军帽、天亮前约两小时，把小船顺水漂下。沿长江边的川军，以为滇军抢渡，机枪步枪、密集射击。第二夜又照样放下十余只小船。川军仍然枪声密集射击。第三夜，川军枪声就少了，可能川军已知道小船的底细。第四夜，杨杰将约一个连的部队渡过江对岸埋伏，拂晓前由渡江的另一营兵力开到龙头关下埋伏，朱德团长的一营兵力也已由长江下游约二十余里偷渡潜伏至泸州对面五峰顶川军阵地附近。东方刚发白，朱德团长在月亮岩发射信号，第一声炮响，三面开始总反攻，五峰顶的川军由梦中惊醒，手足无措。激战两小时，全部阵地被滇军占领。滇军将夺得的大炮转移方向射击泸州城，川军惊恐万状。枪过长江的一连兵力是背水而战，因此，很猛勇地杀进沿江壕内，敌人拖抢就跑。龙头关的敌人凭着坚固的城墙，顽强死守，被滇军在五峰顶的炮火猛击。背水而战的步兵分出一部分向龙头关侧击。川军见腹背挨打，忠山上的炮兵开始逃跑，龙头关的守军也向沱江上游撤退。天明时，孤立在泸州城的川军也只得纷纷逃走。至下午四时许，第四军全部攻克泸州城。这一仗，以假乱真，以真乱假，真真假假，出奇不意，攻其不备，在敌强我弱的形势下，用智取的方法，战胜了川军，终于攻克了泸州城。这次战役的胜利，好似三国时候诸葛亮借东风的重现。当时策划是周到的，应用也是灵活巧妙的，加上官兵都能在杨杰的统一指挥下，夺回了泸州。
与此同时，第一军顾品珍和金汉鼎反攻川南各县也取得胜利，战斗结束后，各军、师、旅、团长降一级事撤销，仍各还原职，各归建制。旅长朱德提出“还治于民”，亟电给川军首领刘存厚及各师长，征求公选第五师师长熊克武为川军督军，进驻成都。川滇两军将领均表同意。从此睦邻相处，战斗告一段落，第四军剩余各团补充第二军，之后，杨杰离开泸州到昆明，任靖国联军高级顾问。
这位年轻的军事家，由于所处的时代，决定了他陷入军阀混战的苦斗中。当然，他当时对此是没有认识的，然而他的军事指挥天才，已不断地在人们中间传颂开来。
