包拯治理端州三年，令他感到最棘手和最揪心的，也是他认为最重要、耗费精力和时间最多的事情，就是春瘴。濒临西江河的端州水患频繁，洪涝过后，又往往导致传染病的流行，严重削弱了端州的劳动生产能力。要改变端州的贫弱，繁荣端州的经济，就必须找到根治瘟疫的方法。
晴云当午僧挥扇，晓雨生寒人着棉。此是岭南春气候，一日常有四时天。
这首《端州一日有四时》诗，是绍兴进士龚茂良为英州安置时，春游端州的即兴之作。俗话说：“春天孩儿面，说要变就变。”岭南属亚热带气候，雨水特别多。西江河支流多，“贺江雨湿石，西江涨三尺”，上游下雨下游涝。端州春、夏两季洪涝最多，西江洪水泛滥，淹浸到七星岩一带。洪水过后，七星岩周围的大片土地积水排不出去，变成不能耕种的荒塘沼泽。北岭山山高林密，树林间郁湿之气蒸腾，荒塘沼泽的死水腐草也散发出污浊的气体，两种浊气迷漫不散，当地人称之为“山林瘴气”。人一旦接触了瘴气便会得一种怪病，昏晕无力，上吐下泻。而且疾病带有传染性，在人与人之间互相感染，可能就是现今的疟疾，或者和疟疾差不多的疾病，在当时是十分可怕的瘴疫。那时候还传说有“瘴母”，十分可怕。陆游《避暑漫钞》记载：“岭南或见异物从空中坠，始如弹丸，渐如车轮，遂四散，人中之即病，谓之瘴母。”包拯生长在平原地区，从没到过岭南，自然难得见到这种疫病。
瘴疫无常态，说来就来，能损人肌体，使人丧失劳力。那时候，岭南医药落后，巫觋邪术横行。宋至道年间，陈尧叟曾严禁岭南杀人祀鬼。天圣元年（1023），朝廷“禁广南路巫觋挟邪术害人”；景祐三年（1036）二月，又以“广南兵苦瘴甚，为置医药”。但是患病的根源一直找不到，遏制不了瘴疫，“杀人祭鬼”、“巫觋挟邪”的事就禁而不止。医药治不好瘴疫，百姓也就只好去相信巫觋了。
在端州，杀人祭鬼虽然不常有，求神问卜却是无日无之。三圣宫、观音堂，香火不绝，人头涌动；相邻的悦城龙母祖庙，庙门堵塞，烟火弥漫；鼎湖山到处都是求神佛保佑的善男信女。在荒村陌道上，为染瘴疫死亡者挂白举幡的送葬队伍时常可见；甚至有的瘴疫患者，为了使亲人不被传染，让亲人将自己抬到山上活埋；有的得了瘴疫的老人悄悄爬出家门，默默走向荒野，含悲忍泪投身西江了却残生。看到此情此景，包拯食难下咽，睡难安眠，心如火燎，到处寻求根治瘟瘴的办法。
端州东郊渡头村有位隐居的老进士姓梁名燮，祖籍河南洛阳，宋真宗咸平元年（998）考中进士，先任南雄通判，后为端州同知。他因为看不惯官场的黑暗腐败，愤而挂冠归隐，落籍渡头，以教私塾维持生计，已过了花甲之年。梁燮见包拯有为民之心，便以赤诚相见。他懂得医理，也熟识当地生草药的性能，向包拯提出了中药与生草药配伍治疗瘴疫的方法。包拯立即遣派差役、动员百姓上山采药，按照配方用大镬煎煮，供端州居民服用，连续半月有余，总算将疫情压了下来。
包拯一颗悬着的心还没放下，疫情又出现明显的反复，原来没有患病的人患病了，原来已经好转的人又复加重，端州成了一个人不敢至的地方。老百姓更是惊慌失措，惶惶不可终日。包拯心里明白，要制止瘴疫的传播，就必须找到瘴疫传播的源头。他一有余暇，便四处认真观察，仔细寻找那“始如弹丸，渐如车轮，遂四散，人中之即病”的“瘴母”。
时间一天一天过去，那害人的“瘴母”却无踪无迹。一日，包拯独自来到西江畔，看到几个端州居民在西江挑水。西江河中间，滔滔的江水奔涌流下，而江湾边的水却十分平静，漂浮着居民丢弃的污秽物品。居民倒掉用过的污水，又缓缓地回流到西江里去。包拯忽然想到，州署用水都是派人驾小艇到羚羊峡，在水流湍急的江中心处取水的。他寻思，这西江边流动十分缓慢的江水，会不会就是瘴疫的源头？他还想到，自己在家里喝水，都是烧开过的，而端州居民却有一个煮饭蒸水的习惯，即饭将熟时，用砵盛水放到饭锅里蒸，水虽然烫热，但还没滚沸，起不到杀菌的作用，有的人甚至随意喝生水。
山上流下的水不能喝，西江的水又受到污染，要改变端州居民长期形成的饮水习惯更是不容易，但只有让居民喝上干净的水才能解决瘴疫传播的问题。最终，包拯想到了挖井取水的办法，但很多人感到疑惑，都说大条西江河水用之不尽，还挖井来干什么？这不是劳民伤财么？包拯主意坚定，找来衙役，亲自动手，就在州署前边开挖了第一口水井。
州官大人亲自凿井，端州百姓感到新奇。包拯在城内城外居民密集的地方，又选了六个开凿水井的位置，让端州居民参加开凿。这六口水井的位置，连同州衙前的第一口井，和北岭山下的七堆石山一样，如同天上北斗七星撒落端州。百姓都说是天降祥瑞，瘟疫一定能够根除，心里都十分高兴，挖起井来劲头更足。岭南地下水足，凿井并不太难，大家齐心合力，仅月余便都先后完工了。居民饮用井水既方便又卫生，瘴疫不再蔓延，再加上中草药配方见效，染病的民众都逐渐康复了。
包拯在端州三年所做的许多事情，史籍方志都很少记载，或者是记录得很简单，唯独挖井这件事，在历代的见闻札记中，屡见记述而且颇为详尽。元末明初郡人董源的《义井记》，清代屈大均的《广东新语》、袁枚的《子不语》、李调元的《南越笔记》、宋起风的《稗说》、张渠的《粤东闻见录》、范端昂的《粤中见闻》、檀萃的《楚庭稗珠录》、许奉恩的《里乘》，还有当代中山大学赵仲邑教授的《精庐小札》等，都有记载。
董源的《义井记》是见诸史籍最早的记录：“宋仁宗朝，包孝肃公以知扬州天长县，徙知端州。病民之汲于江，作七井以便其用。其一在府治内，后人以其水清冽比公之介，名之曰包公井。距府治西岳庙旁则其第二井也。其三在县学前街南，俗谓之义井。其四在分司巷口。其五在广济仓右。自广济而转城北门之左，其第六井也。自城北而复主帅堂之前，其第七井也（按，此处元代是肇庆路管军万户兼同知广南东道宣慰使分府所在地，明初系肇庆千户所在地，是本地最高军事机关，故称为主帅堂）。唯县学前、分司巷口两井，当通衢之冲，汲之者众。然皆以罂缶出水，少不谨，则相撞击破毁，岁久填塞。水涸之月，绠不能以及泉。井之用，于是乎有间也。高要县判簿，乐平鲍君宣文，仰前人之遗矩，急斯民之日用，方庙学、义仓诸役甫完，欲兴修治。即买石僦工浚之，复躬自指画，出其瓦砾汗淖，补其敝漏缺。井之口，周以石阑。其外四隅，皆治使端正，甓砌平垣，尤愈于新……”
屈大均《广东新语·肇庆七井》记载：“包孝肃为端州守，尝穿七井，城以内五，城以外二，以象七星。其在西门外者，曰龙鼎岗井，民居环抱，清源滑甘，为七井之最。此郡城来脉，山川之秀所发也。大凡幽谿邃涧之水，饮之消人肌体，非佳泉。佳泉多在通都大路之侧，土肉和平，而巽风疏洁，乃为万灶所需，食之无疾。孝肃此举，端之人至今受福。大矣哉！君子为政，能养斯民于千载，用之不穷。不过一井之为功，亦何所惮而不为乎？《易》曰，君子以劳民劝相，言凿井之不可缓也。”
屈大均所说的城外二井，就是董源所列的第二与第六井。第二井是龙顶岗井，当地人称为“大井头”，现今尚存。第六井在北门左图街西尽头处，俗称“沙井”，二十世纪五十年代初已填塞。1987年12月出版的《肇庆市文物志》记载：“大井头古井位于市区西部龙顶岗西麓的三联巷。井呈圆筒形，以弧形花岗岩石砌井壁。井口直径0.75米，井栏为石灰岩，高0.35米，栏口有绳痕。”现留存下来的龙顶岗井的井栏已是清朝式样，因此有人怀疑此井是否包拯所开。董源所列县学前街南的第三井和在分司巷口的第四井，由于取水的人多，取水的陶罐经常撞破，日久被陶罐碎片填塞，虽几经疏治，最后还是填塞了。第五井在今米仓巷、高要市委宿舍大院内，是包拯所建广储仓的所在地。广储仓元代改名广济仓，明代改为丰济仓，清代改为督标后营守备署，清末被医生张玉屏购买，称为玉屏园，故第五井又称玉屏园井。如今这个水井的井栏已用水泥重筑，水井保存完好。
张渠《粤东闻见录》卷上“井水条”云：“肇庆昔有七井，包孝肃守郡时凿。内五外二，以象七星，在西城外者曰龙顶岗井，最为甘冽，今亦湮。城内五井不可考，当时碑石无存……”张渠，康熙五十年（1711）由副榜贡生出任太常寺博士；雍正五年（1727）补刑部郎中；雍正八年（1730）六月题补广东惠州知府，不久擢为肇罗道员；雍正十年（1732）迁广东按察使，后调任江苏布政使，又曾任湖南、江苏、湖北巡抚。他的《粤东闻见录》是其在粤期间所闻所见的笔记，并非虚妄之谈。以张渠所记，他来端州时已无缘看到包拯所开的七口水井了，龙顶岗井“今亦湮”，“城内五井不可考，当时碑石无存”了。张渠是在屈大均死后三十六年才到广东的，也就是说，在清雍正十年（1732）之前，包拯七井就“亦湮”，“碑石无存”，不复存在了。那么现今所存的包拯七井中的第二井，即“最为甘冽”的龙顶岗井和在米仓巷的“玉屏园井”，还有州署前、最有名的“包公锁妖井”（20世纪末才填埋），究竟是不是原来包公所开的呢？
张渠《粤东闻见录》卷上“井水条”中还有一段话：“……附城妇女多汲江爨。各署日需羚峡泉，雇夫舟运，穷日之力而往返。论者谓幽溪邃涧之水，饮之消人肌体，不如浚治龙岗旧井，多益而省费。”由于“幽溪邃涧之水”不能喝，居民只能再汲用回西江边不卫生的水，官府又要驾舟到羚羊峡去运水。因此人们又“浚治龙岗旧井”，把包拯所凿的旧井龙顶岗井挖掘利用。玉屏园井也应属于旧井重开。湮没重开，井栏便按清朝的式样来制造，这也是随着时代的改变而改变的事情。一些方志专家、学者也考证认为，重开的水井还是包拯原来所开之井，只是由于重开的年代不同，井台的风格样式也就不一样了。
屈大均所记府治内（即今丽谯楼后）的水井，是在1984年建肇庆市第一人民医院时填埋的。千余年文物毁于一旦，令人扼腕叹息。百姓称这口井为“包公锁妖井”。传说包公在端州为官时，见有许多妖魔鬼怪为害百姓，便用妙计将九十九个妖魔诱骗到井里镇住，让其永世不得翻身。唯一成功逃脱的鹤精，慑于包公之威，改恶从善，修炼成仙，领着一群白鹤在府衙后边的披云楼上栖息，时常鸣唱。“披云鹤唳”便成了端州八景之一。民间传说中的妖魔，不就是当年流行的瘴疫么？包拯开挖七口水井，让端州居民喝上甘滑的井水，摆脱了瘴疫，百姓就创造出“包公收妖”这样的传奇故事来了。
还有更离奇的传说：包公在锁妖井前说了“包收陆放马成湖”这么一句话，意思是说，包公把妖魔收到井里锁起来了，以后若有一个姓陆的人知端州，就会将妖魔放出来。到了姓马的人来当知州，端州城就会塌陷下去成为湖泊。这句话还真深入人心，影响深远。据传到了清朝的嘉庆三年（1798），有一位名叫马书欣的来任肇庆知府，肇庆的百姓就以“包收陆放马成湖”这句话为理由，要求他不要上任。马书欣来任不足一年就走了，可能也与传说中包公说的那句话有关。民国时期，有陆桂芳、马炳乾两位先后来任高要知县，也因这句话闹得沸沸扬扬。
我们可以说这是传说或是迷信，但是也可以从中看到，包拯在端州人心中的分量有多大，以及端州人对包拯有多么的崇敬。诚如屈大均言：“孝肃此举，端人至今受福。大矣哉！君子为政，能养斯民于千载，用之不穷。不过一井之为功，亦何所惮而不为乎？”斯民能不齐呼青天乎？
关于包公井，还有其他的传说。“沙井”，就是董源列出的第六井（在北门左图街西尽头处），当时俗称“芽菜塘”。传说包拯曾经在那儿教端州居民用沙井的水发豆芽菜，“芽菜塘”因此而得名。亦有传包拯将黄芽白（北方叫大白菜）的种子带到端州来，在今麦仔园一带教农户种植。后来黄芽白传遍两广，成为岭南冬春的主要蔬菜。还有传包拯在“富民坊”教居民制作山楂饼，医治小儿疳积。这些都是传说而已，并无书籍记载。包拯做一任知州，挖七口水井，就留下了许多传说。
除了端州有七口包公井之外，四会县也有一口包公井。据光绪《四会县志》载：“包公井在县署东南包公祠前。旧志谓，今已湮塞，不知何时重浚。今县厨日取汲焉。”四会包公井并非包公所凿，而是后人为纪念包公办案公正、为民申冤，以及感谢包公的救命之恩所挖，取“饮水思源”之意。当地也流传着不少包公秉公办案的民间传说。
相传四会县城刘财主的妻弟林振鹏被控行凶杀人，判了死罪，留待秋后处决。包拯重审此案，使林振鹏沉冤得以昭雪。后来林振鹏中了举人，衣锦还乡，在家中建了包公祠，又开凿了一口水井，起名为“包公井”，让子孙后代永远不忘包公的大恩大德。明朝嘉靖元年（1522），四会县改建了当年的包公祠。清朝乾隆二十八年（1763）和光绪二十八年（1902），知县黄之选和知县刘恒都先后对包公祠进行了重修。这座包公祠每岁春秋都由县官捐廉致祭，其祝文写道：“唯公守端，刚明方介，一砚清风，廉顽百世。邑原旧辖，泽无不届，感仰并深，馨香勿替。兹值仲春（秋），礼当展拜，伏冀来歆，福绥永赖。尚飨。”这个包公井曾经湮塞，之后重开，后又不知道在什么时候湮塞了。
