在上面我们介绍了显性、隐性、单基因、多基因等遗传方式，它们大部分是和遗传变异有关的，也就是说会产生某种病变的。而细胞质遗传是一种比较普遍的母系遗传，不论正交还是反交，第一代的性状总是受母本（卵细胞）细胞质基因控制，并且杂交后代不出现一定的分离比。
想要了解什么是细胞质遗传，首先要弄清楚什么是细胞质。
细胞质是细胞膜包围的除核区外的一切半透明、胶状、颗粒状物质的总称。含水量约80%。细胞质的主要成分为核糖体、贮藏物、多种酶类和中间代谢物、质粒、各种营养物和大分子的单体等，少数细菌还有类囊体、羧酶体、气泡或伴孢晶体等。
细胞质遗传指的是染色体以外的遗传因子，即细胞质基因所控制的遗传现象，它一般发生在高等植物叶绿体的遗传和真菌类的线粒体遗传当中。
1.高等植物叶绿体的遗传
有几种高等植物有绿白斑植株，如紫茉莉、藏报春、加荆介等。1901年柯伦斯在紫茉莉中发现有一种花斑植株，着生绿色，白色和花斑三种枝条。在显微镜下观察，绿叶和花斑叶的绿色部分其细胞中均含正常的叶绿体，而白色或花斑叶的白色部分，细胞中缺乏正常的叶绿体，是一些败育的无色颗粒。
分别以这三种枝条上的花作母本，用三种枝条上的花粉分别授给上述每个作为母本的花上，杂交后代的表现，完全取决于母本，而与花粉来自哪一种枝条无关。
2.真菌类的线粒体遗传
（1）酵母菌小菌落的遗传：啤酒酵母属于子囊菌，它在有性生殖时，不同交配型相结合形成的二倍体合子。酵母有一种“小菌落”个体。这种类型经培养后只能产生小菌落。
如果把小菌落酵母同正常个体交配，则产生正常的二倍体合子。经减数分裂产生单倍体后代也表现正常，不再分离小菌落。这表明小菌落性状的遗传与细胞质有关，而且这种交后代，4个子囊孢子有2个是a+，另两个是a-，交配型基因a+和a-仍然按孟德尔比例时行分离，而小菌落性状没有x像核基因那样发生重组和分离，说明这个性状与核基因无关。
进一步研究发现，小菌落酶母细胞内，缺少细胞色素a和b，还缺少细胞色素氧化酶，这些酶类，存在于细粒体中，表明这种小菌落的变异与线粒体的基因组变异有关。
（2）链孢霉缓慢生长型的遗传：链孢霉有一种缓慢生长突变型，呼吸弱，生长慢，这是由于线粒体结构和功能不正常，细胞色素氧化酶缺少，氧化作用降低，生长缓慢。
进行有性生殖时，正反交结果不同：杂交后代不出现一定的分离，表现非孟德尔式遗传。如果突变型的单倍体核和野生型的受精丝中的单倍体核结合（杂交），得到的后代全是野生型，反之全是突变型。
由于细胞质遗传是受母体控制的一种遗传方式，所以，在遗传的过程中难免不了要受到母体的影响。母性影响是指子代的某一表现类型受到母亲基因型的影响，而和母亲的基因型所控制的表现型一样。因此正反交不同，但不是细胞质遗传，与细胞质遗传类似，这种遗传不是由细胞质基因组所决定的，而是由核基因的产物积累在卵细胞中的物质所决定的。主要表现两方面：暂短的母性影响以及持久的母性影响。
