值得探讨的倒是资治治学观的另一方面的影响——它的负面影响。在理解上述没有科学的意义并不等于没有历史的意义的观点时，我们反过来也可以说，历史的意义并不能取代科学的意义。近代以来，由于救亡图存的需要，学术，特别是在学术中占据着主导地位的经学以及史学，全然变成了政治的工具。它成了政治的附庸和奴仆。从魏源到康有为，他们为了“改革”、“变法”的需要，可以借助于经解的名义，任意地阉割、歪曲、臆断史实以就我范，将历史作为政治祭坛上的供品，倡导并实践了一种浮躁的急功近利的学风。乾嘉考据学近百年间培育起来的学术的严肃性、科学性以及实事求是的优良学风，至此已在历史舞台上消逝无存。正是在历史（政治）意义和科学（学术）意义的分野上，资治的治学观以及身体力行这种治学观的学者，他们在“历史意义”
（政治意义）上的进步性，并不能掩盖他们在“科学意义”（学术意义）上的窳败。因此，对于近代以来勃然而兴的资治治学观，因其在政治上的进步性而看不到其学术上的非科学性和落后性；或因其在学术上的非科学性和落后性而看不到这种学风在政治上的进步性，这样的评价，都是不全面的，有失偏颇的。对近代以来的资治治学观作政治史和学术史上的两分的分析与评价是必要的也是可行的。
近代以来，资治学风的勃兴，是在“破旧”的前提下，是在以批判乾嘉考据学风为“唯一”的理论突破口的基础上才能够“立新”的。因此，对于乾嘉考据学的再评价，也就不能不成为正本清源所必须要做的第一步工作。
近代以来对于乾嘉考据学风的批判，其荦荦大者，盖集中在指责乾嘉考据学的“无用”上；指责乾嘉考据学者的“脱离实际”上；甚而至于极者，则有如姚莹那样将中国近代的积贫积弱的责任也推到了乾嘉考据学者的身上的论断。姚莹在《中复堂集》中说：
自四库馆开之后，当朝老大，皆以考博为事，无复有潜心理学者，是以风俗人心日坏，不知礼义廉耻为何事。至于外夷交侵，辄皆望风而靡。无耻之徒，争以悦媚夷人为事，而不顾国家之大辱，岂非毁讪宋儒之过？
这种思潮，于理不通，于史无徵，虽可恕但却不可信。如前所说，乾嘉考据学者的治学初衷，同样是为了“明道”，同样是为封建统治服务，即同样是以“资治”为指归的。不过他们走的是一条由音韵训诂来探求经书“义理”的治学之路。这样一条治学之路，并没有理由受到人们的指责，成为人们攻击的目标。诚然，乾嘉考据学有它内在的局限性，即乾嘉学者的治学多集中于比较琐碎、比较具体、比较艰深晦涩的学术领域。但从“政治上”看，一个时代有一个时代的意识形态；一个社会有一个社会用作为精神支柱的代表性的文本和典籍。如果说乾嘉考据学者为了探明作为封建社会意识形态结晶的《六经》的“义理”，探明经书的确切含义而治学，他们的治学因此而受到批判，这种批判是不可理喻的。我们可以问：如果当代的学者对“经典”中的字、辞、典制、事件等等的确切含义和本来面目加以考证，其考证的目的又是为了探明“经典”的内涵，以便更加准确地理解经典，可以不可以将这种“学”也称之为“无用”之学呢？可以不可以对这种学风加以批判呢？我想，对此作出否定的回答大概是毫无疑义的。那末，既然当代的学者可以为了探求“当代的经典”内涵去“考”经典中的字、辞、典制，为什么乾嘉的学者就不可以为了探求“当时的经书”的“义理”而进行考据呢？我们可以说，在封建体制之下，为准确通晓封建意识形态的典籍——《六经》的内涵而治学，而考据，这种治学和考据堂堂正正，是“天经地义”的。
与此相关联，由于《六经》所涉及的多为古代的字、辞、典制、事件，学者针对此而进行考据，于是这种考据被目为重古贱今，钻故纸堆、象牙塔，因此而被目为“无用”之学，这种指责，历近代以至于现代一直没有停息过。甚至直至20世纪80年代，余英时先生在他的《历史与思想·清代思想史的一个新解释》中仍然这样说：“事实上，清代考证学到后来跟人生、跟社会、跟一切都脱离了关系。”然而，这种对清代考据学的指责，乾嘉学者同样不能受，也不必受。首先，同样是治“古学”，对于乾嘉考据学者和近代学者的评价存在着两种截然相反的标准，这是有失公正的。龚自珍自喻“何敢自矜医国手，药方只贩古时丹”；魏源以考古文经学之不可信来证今文经学之有师法。康有为鼓吹“托古”改制，又用今文经学来干政议政；这种“药方只贩古时丹”的治学，这种绕着圈子用经说来比附现实、影射现实的做法，也同样没有离开过“古学”。那末，同样是治“古学”，同样是为“现实”（一为乾嘉时的“现实”；一为近代的“现实”）服务，为什么龚、魏、康的治学就是“有用”之学而乾嘉考据学者的治学就是“无用”之学呢？其次，乾嘉考据学者的治学，是否真的像余英时先生所说“清代考证学到后来跟人生、跟社会、跟一切都脱离了关系”？这一点是大可商榷的。就乾嘉考据学者所治之“学”来看，字、辞、音韵训诂、典章制度的确与“现实”，与政治没有“直接”的联系，从这个意义上说，乾嘉考据学的确离“现实政治”远了一些、间接了一些。但是不是因此就可以说乾嘉考据学者的治学与人生、与社会、与现实的一切都脱离了关系？检验一个学者“学”以“致用”了还是“学”了没有“致用”，检验一个人的“学”究竟与现实有多少关系，不能仅仅看他在“书本上”谈论了还是没有谈论，以及谈论了多少“现实”问题，而应当结合着学者个人的社会实践来进行，尤其要看他是否能将他嘴上“说”的，书上“写”的“学”贯彻到他的“现实的”人生中去，是否能在“为人”的问题上至少是不违背，甚至能够楷模他所处的那个时代的伦理道德规范。因为能不能那样去做，这本身就是一个“学”以“致用”了还是没有“致用”的问题。譬如一个人，整日在“书本上”说“现实”应当如何如何，而他自己的所作所为却完全不是那么一回事，根本与他所处的那个时代的价值标准、伦理道德规范相距甚远，能说他的这个“学”就是“学以致用”的吗？能说他的这个“学”就是与“现实”有联系的吗？用这个标准再来反观乾嘉考据学者，可以看到，乾嘉考据学者虽然没有在“书本上”谈论多少“现实问题”，但他们的立身行事，他们的所作所为，却完全能够符合甚至能够楷模他们所处的那个时代的价值标准和伦理道德规范。
汪辉祖说“治事廉平，尤善色听，援据比附，律穷者，通以经术，证以古事。”他在管辖宁远任上，因淮盐较粤盐价高数倍，百姓多私购粤盐食用，违反了清廷的盐法。汪辉祖挺身为民请命，求允食粤盐。奏稿未及报，他先张告示允许百姓每户可购粤盐十斤。汪以百姓痛痒为先，故“时伟其议”，对汪氏时论有“尚节气，持论挺特不屈”之誉。沈彤淹通《三礼》，治学“居恒每讲求经世之务，著《保甲论》。”欧阳修认为《周礼》中官多田少，官禄难保证，故而主张高禄养廉。沈彤乃以民本为据，“详究周制撰《周官禄田考》，以辨正欧说”。江永弟子程瑶田乾隆三十五年（1770年）中举人后选授太仓州学正，“以身率教，廉洁自持”，时人至将他与清初以躬行有善政的陆陇其并称。卢文弨为正学风殚思极虑，敢直言。早在乾隆三十一年（1766年）提督湖南学政时，即因条陈学政事宜得罪上司，“部议降三级用”。后在江、浙书院任讲席，他“以经术导士，江浙士子多信从之，学术为之一变”。王念孙弹劾和珅为民除害，是清儒中，是铮铮君子。他们敢爱、敢恨、敢直言，不为乡愿；他们威武不屈，疾恶如仇，洁身自好，体贴民艰，有着深切的忧患意识和执着的爱国热情，并不是那种对国事不闻不问的书呆子，上述王念孙的弹劾和珅，程瑶田的勤政爱民，武亿的惩办豪强皆可以为证。“居庙堂之高则忧其民；处江湖之远则忧其君”，这个中国传统士大夫的品格，在乾嘉考据学者的身上并没有中断。——乾嘉考据学者的立身处世，一点也不比被近代学者社会奉为楷模的晚明士子逊色。这样，龚自珍等又有什么理由说“道问学”与“尊德性”在清儒那里分成了两橛，互相凿枘？余英时先生又有什么理由说“清代考证学到后来跟人生、跟社会、跟一切都脱离了关系”？而像姚莹那样的学者，由将中国近代社会积贫积弱的历史责任也推到乾嘉考据学者的身上的论断，则更属偏颇而难据了。近代以降中国的积贫积弱，这绝不是哪一派学者所应当承担的历史责任，也不是哪一派学者所能够承担得了的。这其中有着深刻的历史背景在，也可以说是“历史的悲剧”。
如若从学术本体着眼，一个学者“求真”本身即是“致用”。“求真”是实事求是的核心，而“实事求是”则是治学的灵魂。学人最重要的学品是求真，这也是学人最重要的人品和他的“躬行践履”之所在。按照今天的话来说，学者是不是将求真作为其立身之本，这是衡量他是不是“敬业”，有没有职业道德的一个最重要的标准。这里面本身就有一个“慎独”的问题，就有一个良心的自我拷问即“良知”的自我限制的问题。故在“求真即致用”的标准之下，我们可以说，汉学亦即宋学，“道问学”亦即“尊德性”。
时下，关于什么是“近代化”也就是“现代化”的问题之讨论成了学术界，尤其是中国学术界所关注的一个热点。在探讨“现代化”问题时，人们比较多地将视角对准了物质生产领域，而对于精神生活对现代化的影响则关注不够。我认为，“现代化”问题的核心，是人争取自身的“自由”，这个“自由”，一方面包涵着人们争取物质生活的自由，另一方面，则内蕴着人们争取精神生活的自由。从“学术”上看，后一种自由更加重要，更为吃紧。精神的自由，它可以概括为人们争取思想权——对于“治学”来说，亦即争取学术独立性——的自由。坚持学术的独立性，其本质也就是尊重作为“人”的学者的“人身自由”，而这一点向为中国所缺，这也正是中国社会“近代化”的一个不可或缺的重要环节。按照马克斯·韦伯的观点，人类“现代化”的历史进程，也就是一个使整个世界不断合理化、理性化的过程。他认为，在“现代化”的历史进程中，能不能坚持学术的独立性乃至于“本位性”，这是衡量一个社会是否已经达到了“现代社会”的一条重要标准。马克斯·韦伯的观点是值得我们深思的。
换一个视角，即便从“较低层次”，从“功利性”的“致用”角度看，坚持学术的独立性也有裨益而无危害。学术的“独立性”是指学术研究必须按照学术本身所固有的规律而不是其他的“指令”行事。国家要走现代化之路，需要有各种各样“科学知识”的服务。一部中国当代史证明，什么时候尊重“科学”，有了真正可以称之为“科学”的知识的，国家就昌盛，事业的发展就成功，就顺利；反之，国家就萎顿，事业的发展就坎坷，就受到挫折，遭遇失败。那末，“知识”本身到底“科学”还是不科学，这并不是哪一个“政治家”说了算的，也不是“政治”所能够规定，能够干预得了的。“科学知识”的获得必须由各专业的学者充当其任。而学者只有按照各学科所固有的治学范式、规律实事求是地得出的结论，这样的结论才“科学”；只有结论“科学”了，它也才能够真正“有用”，即真正能够为“政治”服务。
（即使像政治学、社会学、法学这样一些与“现实政治”牵连最“紧密”的学科，若想获得“科学”的结论，也必须按照该各学科的固有范式和规律去“治学”，而不是按照政府的“指令”行事。）所以，学者治学只认其“真不真”，而不必问“用不用”。能不能够“用”，这是治学的“自然结果”而不是治学的出发点，也不是治学的初衷。从上述两方面的意义来看，探讨经学在中国近代学术史上的“蜕变”轨迹，对于今日如何走“正”治学之路，也就有了些许借鉴的价值和意义。
