朱元璋建立明朝后，极力加强中央集权统治，他废掉宰相，集诸种大权于皇帝一身。洪武二十八年他便敕谕群臣：“以后嗣君，其毋议置丞相，臣下有奏请设立者，论在极刑。”这种办法确实是大大稳定了他的皇帝宝座，但是随之而来的一个严重问题，各省奏章如同雪片一样地到了他的龙案上，等待他一人批示。据通政司记载：光内外奏折，八天就有一千多份，共三千多件事情要他处理，那么朱元璋就是长了三头六臂，日夜工作也无法批完。朱元璋怕弄错，除下令不要“细故入奏”外，还从翰林院选出了一些文官来协助批示。但是这些人官品都很低，没有实权。“儒臣入直备顾问而已”。（《明史》卷一百九《表第十》）。因此，这些人不过是皇帝的临时秘书而已。然而这毕竟不是长久之计，因为人员经常变动，难以熟悉工作。于是明成祖一即位，便从翰林院中选出了一批老成持重，忠于他的文官入值文渊阁。洪武三十五年（即建文四年）“八月壬子，侍读解缙，编修黄淮入直文渊阁，寻命侍读胡广、修撰杨荣、编修杨士奇、检讨金幼孜、胡俨同入值，并预机务。”（《明史·成祖一》）这些人很受皇帝信任，成了他的机要秘书，象解缙、黄淮等经常侍于御榻前以备顾问，“或至夜分，上就寝，犹赐坐榻前，语以机密事务。内阁预机务自此始”。（《明通监》卷十三纪十三《惠帝建文四年》）由于这些人在文渊阁办公，所以就称之为“内阁”，阁臣的称号也就是这么来的。杨士奇便是在这种背景下走进了内阁，开始了他四十一年的当政生活。此时，他已经三十九岁了。
成祖时，阁臣的权力并不重，入值内阁者都是些五品官，而且内阁没有下属机关，对诸司没有约束力，它不过是皇帝的参谋班子。直到仁宗时，杨士奇为兵部尚书，杨荣为工部尚书，宣宗时召杨溥入阁迁礼部尚书，阁臣的权势才渐渐地大起来。“至仁宗而后，诸大学士历晋尚书、保、傅，品位尊崇，地居近密，而论言批答，裁决机宜，悉由票拟，阁权之重偃然汉、唐宰辅，特不居丞相名耳。”（《明史》卷一百九《表第十》）士奇入阁不久，就由翰林院编修升为侍讲，永乐二年又晋为左中允，五年升为春坊左谕德，仍兼侍讲。
永乐三年（一四0五年）成祖册立长子高炽为太子。永乐六年，升北平为京，同时成祖准备明年去巡视北京。他这样做的原因主要是为了北边的防务。因为从他继位以后，也采取了削藩的政策，尽释诸王兵权。这样北边开始吃紧。蒙古骑兵在那里悠来悠去，明朝重心又在南京，边备已显空虚。为了加强战备，成祖才做出了巡守北京的决定。另外，成祖此时已有了迁都北京的打算。于是，他命令杨士奇起草一份诏书，以告天下。士奇接令后一挥而就，成祖看了颇为欣赏，又拿给各部尚书观看。兵部尚书刘儶看后，提了个意见：“是否请把‘有’字改为‘自’字更为妥切？”众大臣听了很不以为然，认为“有”和“自”在文内字义相近，无需更改，况且皇上已经看过也没有提什么。但是士奇却欣然接受了这个意见，启奏道：“此事有关国家大体，应当采纳刘儶的意见”。成祖很赞赏士奇这种谦虚慎重的态度。以后对士奇更加信任了，命令士奇主编《太祖实录》。
永乐七年，成祖巡守北京。临走前把一个重大而艰危的工作交给了士奇等人：他留下皇太子（即后来仁宗）在南京监国，而命令士奇、蹇义、黄淮等辅导太子。当然，这是一种异乎寻常的信任，可是不少事情往往又事关大局，不得不极其谨慎。士奇此时便有了展示他政治抱负的机会，他凭着自己的才干和忠诚，赢得了太子的信任，从而奠定了他和太子的那种非同一般的亲密关系。蹇义是个多疑少断的人，常常打着熟虑的旗号而拿不定主意，士奇却非常果断，敢于据理而行。他说：“事岂得不思，但多思则惑，惟当据理而行”。“皇太子知公诚笃，惟公言是从，或初若有疑，而终必见用，由是少有阙失，而上下安。”（《东里集》王直作《杨士奇传》）。
但是辅佐太子并非是一件安全的差事。随着地位的提高，士奇虽然越来越走进统治集团的中心，同时也越来越卷进政治斗争的漩涡。在中国历史上虽然有着嫡长子继承皇位的封建法统，但是争夺皇位的斗争却从来没有停止过。这种斗争或者导致全国之乱，百姓涂炭，或者是弑父杀兄，血染宫廷。雄傲多谋的朱棣，便是在“靖难”的烽火中赶跑了侄子，登上的皇位，而辅佐惠帝的方孝儒、黄子澄之辈都成了这场斗争的殉葬品。他深深地体会到藩王造反的厉害，于是上台后尽行削藩，一个个罢去他兄弟们的兵权。但是戏剧性的是又出了个仿效他老子，自比为秦王李世民的二儿子高煦。高煦在帮助父亲争夺皇位的斗争中颇为卖力。“初帝起兵时，汉王数力战有功，帝许以事成立为太子”（《明史·杨士奇传》）成祖也以他象自己而颇喜爱之。他曾经暗示过高煦“世子多疾”。但是他入继大统后，由于解缙等人的坚持，册立了世子朱高炽为太子，而把高煦封为汉王，封国云南，三子高燧为赵王。高炽虽被立为太子，但是这个接班人的位子很久没有稳定下来，成祖不喜欢他的文弱性格，对他很不放心。而高煦更是不会善罢甘休。“既而不得立，怨望。”（同上）他接到封号后立时勃然大怒，说：“我有什么罪，要把我赶到千里之外去！”。不走！就是不去！他恨死了解缙等一帮力主册立高炽的人，于是暗中积极活动，勾结了赵王高燧，寻找一切机会在父皇面前攻击太子，构陷他的罪状。谎话重复一千遍就会疑为事实。二儿子的谗言使英武的成祖也迷惑了，他变得对太子很不信任，不断地侦察、挑剔太子的差错。太子一有差池，辅臣便成了替死鬼，方孝儒的悲剧时刻在等待着他们。赞善梁潜、司练周晃都因为辅导太子有阙，先后被判罪在狱中，连解缙都因此遭到攻击，也被贬职处分，最后死于非命。这时，谁要是在成祖天平上高煦一端多加一个砝码，太子就会被打进冷宫，甚至导致一场新的宫廷变故。
永乐九年，成祖回到南京，把杨士奇找来，让他汇报太子情况。“士奇以孝敬对，且曰：‘殿下天资高，即有过必知，知必改。存心爱人，决不负陛下托。’”（《明史·杨士奇传》）成祖听后非常高兴。然而由于高煦的搅动。这个漩涡没有平静。永乐十二年三月，成祖北征瓦剌，八月回到北京，按规矩，太子要派大使去迎接圣驾。可是仍旧带着挑剔目光的成祖，却指责他们接晚了，而且嫌欢迎辞也写得不那么顺耳，不禁龙颜大怒，说这是辅导者的责任，要治老师的罪。高煦又认为机会已到，对太子展开了新的攻势。蹇义、黄淮、杨士奇、杨溥等人陆续被关了起来。不过成祖对平日甚谨的杨士奇还是挺有好感的，说：“姑且先饶了杨士奇吧！”士奇被放出来后，又立即被召去汇报太子情况。士奇依然坚定地替太子辩护，他没有替自己开脱，而是勇敢地承担了罪责。他说：“太子孝敬如初。凡所稽迟，皆臣等罪。”（《明史·杨士奇传》）士奇这样回答，可以说是既大胆又巧妙的。他短短数语，既掩护了太子，又给成祖留下了勇担罪责的好印象。由于当时有人指出杨士奇也不能宽大，于是永乐帝只是象征性地把士奇关了几天，就放出来官复原职。
高煦在谗言失败后，成祖又一次把他封到青洲，他还是不去，依然赖在南京。他在南京无法无天，胡作非为，趁着成祖北征，他便私选壮士，募兵三千，练起兵来。高煦准备有一天学他爸爸的榜样，弑兄夺位。他纵使下属劫掠，杀人越货。南京的兵马指挥徐野驴捕治其下属，高煦大怒，执铁瓜打死了野驴。高煦成了万人痛恨的混世魔王。可是由于“靖难之役”的情景在人们心中仍是记忆犹新，大家都是敢怒而不敢言。谁敢肯定他不是未来的天子呢？十四年，成祖回到南京，他已渐渐听到一些汉王妄图夺嫡谋反的不轨之事，便命令高煦立刻离开南京，前往青州，但高煦公然抗旨，在南京城里依然故我。这时成祖向蹇义了解汉王事情，蹇义摸不透皇帝心思，非常害怕，什么也没说。于是成祖又把士奇找来询问，士奇回答得非常巧妙得体，他说：“我和蹇义一起辅导东宫，因此外人不敢对我们议论汉王之事。然而，您两次命汉王就藩，他皆不肯行，现在知道陛下要迁都了，他又要求留守南京，这目的不是非常明了吗？唯望陛下早一些安置汉王，使他有一个定所，这样既全父子之恩，又贻永世之利。”可见士奇不像蹇义那样顾虑重重、明哲保身，他的回答是肯定而得体的。这里他没有汇报什么新的情况以留下诽谤之嫌，只是举出了成祖知晓而且很关键的几个实例，向他敲响了警钟。成祖当时没有明确表态，却私下里派人侦察，彻底掌握了高煦的隐恶，于是把他找来狠狠训斥了一番，然后剥掉其冠服，囚系于西华门示众，接着又削掉了封给他的两个护卫（一个护卫一般有三千人），把他安置到乐安州。处理完毕，成祖放心地说：“这回他离南京不远了，就是作乱，我们也可以朝发而夕擒之了。”可以说永乐帝的这一处理，正是在杨士奇的提醒和敦促下进行的。在这场斗争中，有的官员别有用心，支持汉王；有的官员首鼠两端，一言不发以保全身家。他们都没有看到：高煦完全不是成祖那样的雄武人物。究其所为，高煦不过是一个恃强凌弱非常狂妄的无赖之徒，这种人既难以成事，又无德才治理国家，对于这样一个分裂势力的代表人物，作为一心要巩固一统江山的枭雄成祖怎么会把大权交给他呢？杨士奇从维护封建法统的目的出发，冷静分析了大势，态度鲜明地支持太子、提醒成祖，打击了藩王的分裂势力，维护了当时安定统一的政治局面，防止了可能发生的第二个“靖难之役”。我们认为：在封建社会中，要想维护一个安定和平的政治局面，统治阶级内部的安定是一个重要因素。要做到这一点，在统治阶级内部要有一个合法、坚定的核心。这个核心的代表人物就是皇帝。在中国的封建王朝中，皇帝的合法地位，应该是通过嫡长子继承而被臣民承认的，这便是中国式的封建传统观念。嫡长子继承制的实行与否，往往影响着整个社会的政治局面。杨士奇在朱棣篡位问题上，虽然迫于形势，拥立新主，违背了封建传统，但是在成祖传位的关键问题上，始终坚持了嫡长子继承的原则，坚决站在太子一边，并通过种种方式的斗争，使太子获得了胜利。太子地位的巩固，不仅影响着当时的局面，而且也对明朝中后期产生了积极的影响。我们应该看到，倘若此次太子失败，高煦成功，那么，父亲篡位于前，儿子效仿于后，此种风气一开，那么子孙后代群起而仿之，后果将是不堪设想的。所以说，这场斗争的意义主要还在于是一场捍卫封建法统的斗争，太子的胜利沉重地打击了当时和后来的分裂势力野心家。在这场斗争中，成祖的决定是具有决定性意义的。他的明智决策，完全扭转了太子与汉王之间的力量对比，稳定了太子的地位，也决定了以后高煦覆灭的必然命运。太子非常感激士奇的功量，在他临终前回忆这一段往事时说：“朕监国二十年为谗慝所构，心之艰危，吾三人（指士奇、蹇义）共之。赖皇考仁明，以有今日。”（《明通监》卷十八）这也就解释了杨士奇后来何以受到非同一般的信任了。
可以说，在对待皇位继承问题上，士奇的方法不是一成不变的。他在不同的形势下，采取了不同策略，却都达到了避免内乱的结果。
永乐十五年士奇被提升为翰林学士，十九年改左春坊大学士，二十年由于辅导太子有缺，下锦衣卫，但旬日而释，这是士奇的第二次下狱。士奇一生下过两次狱，但均“旬日而释”，并官复原职。成祖在位期间，士奇的主要政治活动就是辅佐东宫和主编《太祖实录》。
成祖即位后，大部份时间都是在北京。由于蒙古的瓦剌、鞑靼两部不断侵扰，所以成祖从永乐七年（一四0九年）——永乐二十二年（一四二四年）五次亲征，最后一次死于北征途中。朱高炽于 1424年继承大统，是为仁宗，但他是个没有福份的短命皇帝，他监国有二十年之久，即位不到一年就去世了。他的儿子宣宗即位，年号宣德。这对于野心不死的高煦来说，历史该是何等相似呀！一场新的叔夺侄位的“靖难之役”就要由他导演了。急剧膨胀的个人野心，促使他不顾大势，孤注一掷。宣德元年，他终于迫不及待地竖起了反叛的大旗。然而他却错误地估计了形势，他不知道如今的中央政权，已非昔日建文朝廷，而是兵精将猛，谋士如林，局势也更加稳定，人民也更加反对这种不义的分裂战争。在杨荣的建议下宣宗御驾亲征，叛军一触即溃，叛乱迅速被镇压下去，高煦也落得个阶下囚的可耻下场。回师时，侍郎陈山进言邀功：“赵王高燧实在是和汉王一伙的，咱们现在乘势攻打彰德，连赵王也一块干掉吧！这样就可使朝廷永远没有忧患。”赵王过去确实是汉王的积极支持者，干了不少分裂的坏事。然而在成祖惩罚了他之后，他就再也没有过什么蠢动，因此这时出兵攻打赵王，势必会扩大打击面，促使赵王反叛，无端地劳师伤财，且会造成人心不稳。对于这样一个不合时宜的建议，谨身殿大学士、工部尚书杨荣居然竭力赞同，宣宗疑虑不决，蹇义、夏原吉二人“依违其间”。杨荣于是传旨，令华盖殿大学士、兵部尚书士奇起草讨伐赵王的命令。眼看一场新的战争又要开始。这时杨士奇没有附和，而是坚决地站出来反对，说：“凡事应当讲究事实，天地鬼神难道也可以欺蒙吗？现在我们有什么样的理由去讨伐赵王？”因为这场反叛，赵王并没有参与。可是杨荣朝士奇扣起了大帽子，他厉声说：“现在连逆党都供认他们其实是同谋，怎能说没有证据呢？”士奇说：“这样的话就能服人心吗？”宣宗初即位，对杨士奇不了解，也谈不上信任。于是他去找蹇义和夏原吉，反复陈述不可兴兵讨伐赵王的原由。蹇义、夏原吉二人说：“既然如你所说，哪怎么办呢？”士奇说：“朝廷一贯看重亲情，对宗亲都很仁厚。如有可疑，我们就加以防范，这样就必然没有忧虑，而于国体正。”二人说：“皇上现在非常相信杨荣的话，不知我们说话是否有作用。”于是士奇又面见杨荣，说：“太宗皇帝只有三个儿子，现在皇上只有两个叔父，对有罪的我们自然不能赦免，但那无罪的则应宽厚对待，这样的话就可宽慰皇祖在天之灵。”杨荣仍旧固执己见，只有杨溥与士奇意见一致。杨溥说：“我们一起入见圣上，明其大义。”杨荣先入，士奇与杨溥跟在后面，但守门者不让进。一会儿皇上召见蹇义和夏原吉，他们入见后，把杨士奇的意见告之。至此皇上突然醒悟，命令部队停止前进，全部人马返还京师，再不议攻打彰德事，最终取消了发兵讨赵计划。士奇后来又对宣宗说：“赵王是您最亲近的亲人，陛下应当保全他，不要听从别人的。”赵王得信后，感动得流着泪说：“我这回有生的希望了。”他一边立即上表谢恩，一边自动献出了封给他的护卫。在这场争论中，士奇用仁爱之情打动了宣宗，战胜了主战派。可见，士奇根据分裂势力情节轻重，施以不同的策略，而在客观上减少了战争对人民的残害，同样收到了削藩的结果。
成祖曾经说过：“兵易动难安，一或轻举，伤人必多。且人有不善，以理告谕，未必不从，如其不从，加后未晚”。（《明通监》卷十四）事实证明：士奇的做法是符合成祖“在天之意”的。
