事实上，早在“文化大革命”发动之初，工交系统“革命”与生产的矛盾就已经存在了。1966年6月，刘少奇、邓小平向毛泽东报送《中共中央、国务院关于工业交通企业和基本建设单位如何开展文化大革命运动的通知》稿，获得批准。随后又制定出关于上面《通知》的《补充通知》，要求各级党委在进行文化大革命的同时，采取各种措施，抓好工交生产。这两个文件的主旨，是对工交企业的“文化大革命”进行必要的限制。尽管如此，“革命”对生产的冲击已见端倪。7月中下旬，上海市工业生产中开始出现事故增多、产品质量下降、干部放松生产业务工作等问题。
随后发生的全国性的“大串连”活动更是给铁路部门带来了严峻的考验。在红卫兵“大串连”高峰时，周恩来每日都要仔细审看工交部门汇总上来的生报表，哪个铁路局的货运量减少了，哪个煤矿的产量降低了，哪种产品的原料供应不上了，他都亲自过问、查询，找有关领导研究解决问题的措施。他一再向国务院有关同志讲：“无论多么困难，都要妥善处理好学生串连与生产建设的关系。首先，必须安排好维持生产建设所必需的货运力量，然后，安排好客运计划，在客运计划中留有一定余地以应付学生串连之需。总之，无论如何不能让生产受到影响。”当时担任铁道部部长的吕正操（因被群众批判已不能正常工作）为此感叹道：周总理这是在替我当铁道部长啊！
就在铁路交通秩序勉强维持之际，最大的工业城市上海发生了一起震动全国的产业工人卧轨拦车事件--“安亭事件”，造成沪宁全线客货运输中断30多个小时的重大事故。在处理事件的过程中，中央文革小组副组长张春桥公然置中共中央以及华东局、中共上海市委的正确意见于不顾，擅自发表肯定“安亭事件”的言论，并签字承认以王洪人组织“造反”、“串连”，工矿企业也和学校一样，可以“停产闹革命”的先河。
对“安亭事件”的做法，周恩来是不赞成的。这种做法，明显违背了他在事件发生前有关“抓革命、促生产”的一系列言论和实际努力。事件发生后，周恩来多次批评类似的行动，竭力维护铁路运输的正常秩序。
11月16日，周恩来亲与江苏省委负责人通话，要求省委出面做好拦车群众的工作，放行被拦车辆。指出：“这关系到国家的信誉，关系到交通运输，关系到劳动人民。”
28日，周恩来亲笔修改以国务院名义发给滞留在四川广汉（宝成线站名）的“成都工人造反团”电文：“请你们认真考虑：成千的工人同志来北京请愿，既不便于接待和会谈，也会影响你们工厂的生产。如果另一方面工人同志也照样来京，那将更影响生产。”
在“安亭事件”发生一个月之后，周恩来向参加工交座谈会的成员及一些省、市负责人提出：必要的“条条”中央还要发几个，并且一定要保证有效，如保障交通运输、城镇水电供应。因为这是广大人民群众的利益，关系到国计民生。你把火车停了，这不能叫“革命行动”。出现这样的事，首先我们作自我批评，然后指出这种做法是错误的。否则，就没有原则了。
12月13日，周恩来又就中共中央、国务院关于保证铁路运输正常秩序的通告（经周修改）致信陈伯达、江青：“碰头会上根据一个月来各地拦车情况，起草了这一通告，现送上请中央文革小组加以讨论，并提出小组的意见，以便确定报请主席、林彪同志审批。附上一个月的工人拦车情况，请参阅。”
周恩来以“安亭事件”作为统计全国铁路交通混乱的起点，正表明他对此的态度。同时，他采取先摆事实，再发通告的办法，也是为了使中央文革小组在事实面前无计可施。
1967年元旦，周恩来亲自过问上海铁路局的工作。当时担任上海市委第一书记的陈丕显回忆：（1966年）12月31日下午，北京传来消息，中央决定要我出来工作，首先整顿铁路秩序，总理将直接给我打电话。我立即抱病赶到上海北站解决交通问题。1月1日凌晨3时，我在北站铁路公安分局听到周总理的声音：“丕显同志，你好吗？中央决定要你出来工作，上海一定不能乱，南北铁路交通一定不能断！……”我问候了总理，并告我现已在铁路局，正在做工作，力争明天通车。在周总理的关怀下，上海铁路终于在第二天通车了。
周恩来不分昼夜的劳顿，加上他对群众组织的苦口婆心的批评和劝导，确使一些地区铁路运输部门的生产业务状况有所改善。但是，由于指导“文化大革命”的错误理论没有也不可能从根本上改变，其“左”的实践也必然会恶性发展，乃至愈演愈烈，欲罢不能。这种情况，当然是周恩来的主观愿望所无法改变的。他能够做到的，就是在某些方面、在某些重要环节上，继续起控制局势和减少损失的作用。可以说，没有周恩来的这些努力，整个工交生产情况还要坏得多。
三、限制夺权，保护干部
从1966年冬天起，“文化大革命”开始“合法”进入工交、财贸、农业、科研等生产业务领域，“停产闹革命”风行全国。就在这时，“安亭事件”的发生地上海又爆发了一件震撼华东、影响全国的大事：1967年1月初，《文汇报》、《解放日报》中的造反派相继“夺权”，宣布“接管”报社。随即，“工总司”等上海市造反派组织联合召开“彻底打倒”中共上海市委大会，将原上海市的所有党政大权统统“夺”下，取而代之。
对“一月夺权”的首要目标中共上海市委，周恩来一直是信任、肯定的。“红卫兵运动”中，他曾几次明确表示上海市委“是革命的”。“安亭事件”后，他仍设法维护上海市党政领导的权威。但是，由于上海“一月夺权”符合“一个阶级推翻一个阶级”的“无产阶级专政下继续革命”的理论与实践，因而得到毛泽东的肯定和支持。之后，全国各地纷纷效仿，山西、山东、贵州、黑龙江等省市的造反派也先后宣布“夺权”，原来省、市主要领导人被作为“走资本主义道路的当权派”打倒，原有的党政机构多陷于瘫痪。
对这样的形势，周恩来是有自己的看法的。
首先，周恩来不赞成把各地区、各部门的所有党政领导都视为“走资本主义道路的当权派”而打倒。他的这个观点，也是在“红卫兵运动”中多次阐明了的。为使这一观点站住脚，周恩来在许多场合都着意强调建国十七年来党领导下各个地区、各条战线所取得的成绩，认为这是主流，反对一概怀疑、一概否定。
其次，周恩来始终主张各地区、各部门所“夺”的是“领导文化大革命运动”之权，而不是党、政、财、文等业务之权。或者说，他对所谓“全面夺权”是有保留的。在这个问题上，周恩来的一些讲话与江青等中央文革小组成员的讲话存在明显差别，甚至相悖。
再次，周恩来明确反对夺中央要害部门的领导权，强调国防、外交、公安、财政的业务大权属中央，群众组织不能夺。这是因为周恩来意识到“全面夺权”的浪潮必然要冲到北京，影响国务院。后来事态的发展证明这种担心是有道理的。
随着“全面夺权”迅速蔓延、深入，其灾难性后果很快显露出来：大批党政领导干部被群众定性为本地区、本部门的“资产阶级代表人物”而停职、“罢官”；各路“造反派”为争权、抢权结成宿怨，以致彼此动武，酿成流血事件；由于各级党政机构陷于瘫痪、半瘫痪状态，造成业务指挥系统失灵，国民经济首先是工业交通部门损失加剧，面临停滞威胁。
这时的党中央，实际上已经很难控制急转直下的形势。为此，周恩来想方设法，采取措施，保证从上到下各级经济指挥部门的存在与运作。2月下旬，首先成立了由他本人主持的国务院业务办公会（对外用“国务院业务小组”、“国务院业务组”名义），成员有李富春、陈毅、李先念、谭震林、聂荣臻、谢富治、余秋里、谷牧等，在极端不利的条件下，努力维系中央一级经济领导机构的运转。之后，周恩来提出，无论如何要在3月份解决省级生产指挥部门，以便领导和推动“抓革命、促生产”。3月中旬，他又起草了中共中央、国务院、中央军委电报稿，在全国推广北京市怀柔县成立“抓革命、促生产第一线指挥部”的经验，要求迅速建立起县级生产指挥机构。鉴于在“夺权”高潮中各级党委和行政业务部门瘫痪、大批领导干部受到冲击而无法工作的情况，周恩来从这时起，亲自主持制定中央及地方各系统、各部门的军管方案，提出在军管会领导下，成立起两个班子，一个领导运动，一个负责生产业务。为了提高和维护仓促上阵的军管会的权威，周恩来强调：无论如何，要树立军管威信，坚持军管有效；不管哪一派，都要遵守军管规定，不能允许派别组织的权力比军管会的还大。
军管的范围，后来越来越扩展，以致国务院所属的大多数经济职能部门都相继成立了军管会或派驻了军代表。这些军队干部的派遣工作，是得到周恩来认可和批准的。让他们参加业务部门的领导工作，是特定历史条件下采取的一种临时措施。因为在“全面夺权”当中，国务院重要经济部门的领导人都已被打倒或停止工作，出现无人负责的严重情况。一次，在谈到国务院系统领导干部的现状时，周恩来难以掩饰心中的深深的忧虑，他说：“上海‘一月风暴’以后，差不多执行反动路线严重到走资派程度的这些人，都已‘靠边站’了。现在42个单位，部长级干部站出来工作的只有90人，占总数280人中的32％。其中第一把手（部长、主任）只有3人，其他统统‘靠边站’了。”
1967年1月22日，由于江青、戚本禹的蓄意诬陷和煽惑，煤炭工业部部长张霖之在被造反派非法拘留、审讯长达40多天后，重伤致死。这一用血写的事实，给周恩来以极大警醒和震撼，他异常激动地质问造反派：“这么一位出生入死的老同志，就这么不明不白地死了，我怎么交代啊！如果连一个部长的生命安全都没有保障，国家还有什么希望？那不真是无法无天了？”在场的谷牧等人清楚地看到：周总理是“眼含泪水，手持张霖之遍体伤痕的照片”讲这番话的；“看着他那悲戚的面容，听着他那激愤的声音，我们无不为之动容”。
年近七旬且每日都在苦撑危局的周恩来，十分清楚自己的责任。在勉力维持经济运转的同时，他必须利用自己有限的权力，全力保护作为党和国家的宝贵财富的广大老干部。他相信，只要自己在位一天，这些被打倒或“靠边站”的老同志的安全保障就多一天。
1月下旬，周恩来开始在许多场合批评造反派“打倒一切”的行径，指出：不能认为带“长”字的一概不要。那么多部长、副部长都统统不要了吗？不能，局长也不能。你们这样下去会走到反面。又说：上海一月夺权消息公布后，我们估计10天左右会出现连锁反应。夺权不能看成到处都是“走资本主义道路的当权派”和“执行资产阶级反动路线的顽固分子”。要统统都是，哪还有“一小撮”？还有什么“区别对待”？毛泽东思想的出发点就是从实际出发，在毛主席领导下，在党中央领导下，“长”字号都是铁板一块的“黑帮”？不会这样嘛！
同年2月，出于对林彪、江青一伙倒行逆施的义愤，副总理谭震林、陈毅、李富春、李先念、聂荣臻以及余秋里、谷牧等在怀仁堂碰头会（即由周恩来主持的商决中央党政事务的会议）上，强烈批评“文化大革命”以来“怀疑一切”、“打倒一切”的极端作法，却被林彪、江青等诬为“二月逆流”而遭到批判。谭震林、陈毅不久便被剥夺了参加中央会议的权利。
