中国政府极度不满日本政府的处理。本来，中国对岸信介政府的对华政策已经有了一个明确的认识，于是，以此为导火线，采取断然措施，断绝了中日之间的一切往来：5月8日，中国矿产公司、中国五金进口公司电召正在日本谈判的代表团回国。5月9日，外交部长陈毅谴责岸信介政府破坏中日贸易、纵容暴徒侮辱中国国旗事件。同日，中国国际贸易促进委员会分别打电报给国会议员促进日中贸易联盟、日本国际贸易促进协会和日中输出入组合，就国旗事件向岸信介政府提出抗议。5月10日，中国政府决定停止签发对日进出口许可证；正在东京谈判钢铁易货贸易合同的中国钢铁代表团决定停止谈判回国，中日钢铁协议即告中止；中国停止购买在广州、武汉的日本商品展览会展品。5月11日，陈毅向外国驻北京记者宣布，中国决定从即日起断绝与日本的一切通商、文化关系。5月17日，中国妇联副主席许广平通知日本的“欢迎中国妇女代表团实行委员会”，该团访日延期。5月19日，正在日本进行公演和访问的中国歌舞代表团停演回国。5月30日，中国国际贸易促进委员会通知日中贸易促进会，日本商船无特别许可不得进入上海、大连、天津和秦皇岛港。6月3日，中国外轮代理公司通告日中贸易促进会，停止对日本商船的长期代理业务，今后日本船来华必须临时申请；中华全国体育总会通知日本体育协会1958年的体育交流全部取消。6月4日，中国红十字会宣布暂缓援助日本妇女回国探亲。6月11日，中国渔业协会拒绝延长即将期满的中日民间渔业协定。6月18日，中国国际贸易促进委员会通告日方中国停办名古屋、福冈商品展览会。日本国际贸易促进协会：《国际贸易》，总第141号，1958年6月25日。
田桓主编：《战后中日关系史年表》，中国社会科学出版社，1993年版，第109—113页。
至此，中日两国在各个领域的交流全部中断，1952年以来仅仅持续了6年的中日民间经济外交活动受到了挫折。岸信介内阁决定对中国问题暂时采取静观态度。
1958年5月以后，中日关系全面中断的影响越来越严重。从经济方面看，给日本民间经济团体带来不小的损失。据日中输出入组合的估计，在1958年5月25日以前，日本进口损失122亿日元，出口损失131亿日元，加上其他方面的损失，合计300亿日元。同上书，总第138号，1958年5月25日。同年8月日中输出入组合公布《日中贸易白皮书》指出，由于贸易中断，被废除的合同额，出口方面约4400万美元，进口方面约5300万美元，合计9700万美元，再加上正准备签约的10万吨大米的合同，总共是1.1亿美元，约合400亿日元。同时，正在广州和武汉举办的日本商品展览会也停止出售展品，价值约6.5亿日元。
日中输出入组合编：《日中贸易白皮书：写在贸易中断之际》，大同书院，1958年版，第9页。
两国关系中断对中国的影响也不小。在中日关系中断之前，日本60％的大豆从中国进口，中国长芦盐也曾大量出口日本，中日关系中断之后，中国的大豆和盐失去了日本这个重要的市场。两国民间的人员交流也受到了影响。1957年日本有1255人访问中国，中国有146人访问日本，1958年5月两国关系中断之后，人员往来大大减少，对两国民间经济交流有着重要影响的经济代表团的互访（日方11个、中方5个）也被取消。结果，1959年日本访问中国的只有222人，而中国无一人访问日本。
日本外务省亚洲局中国科监修：《日中关系基本资料集1949—1969》，霞山会，1970年版，第433页。
如前所述，在岸信介内阁时期，恰是中国国内在“左倾”路线下的多事之秋。
外交政策是国内政策的延续。1958年上半年，处在推动大跃进的亢奋之中的毛泽东，一方面决定在国内全面推动和部署大跃进运动，一方面在对外政策方面改变了和平共处的外交方针，免去了主持该方针多年的周恩来的外交部长职务，把周恩来过去的外交政策定性为右倾保守，在内部受到批判。随后，中国外交部受命向美国政府接连三度发出严重警告，最后一次，即6月30日，更发出了最后通牒式的声明，强硬宣称，美国方面除非在15天之内同意恢复谈判，否则由此而带来的一切后果只能由美国方面负责。为此，毛泽东指示军方立即准备再度炮击金门。杨奎松：《1958年大跃进运动成因再解释》，《南方周末》2008年4月4日。
上述中日关系的僵局就是在这样的国内背景下发生的。显然，一方面，岸信介的对华政策越来越“右”，另一方面，中国的国内外政策又越来越“左”，于是，双方关系越来越僵，矛盾越来越激化，也就在情理之中了。
中国政府全面中断中日关系的目的，无非是向日本政府表明中国政府在台湾问题上的严正立场，并试图在日台经济关系上设置一些障碍。但事实上，中国的这一非常措施并没有对日本政府和日本的整体经济形成太大打击，因为日本经济还没有依赖中国市场，对经济界的上层来说，他们利益的命脉是与美国和东南亚的联系。这样，受打击最大的其实是日本的民间经济团体所属的商社。这些商社，有的是专营中国货物、专门从事中日经济交流和友好事业的，他们的经济活动本来在日本就受到排挤，受到来自各个方面的限制，而经济活动的利益还没有能明显地表现出来。在这个关头，中日贸易的突然中断必然使他们面临着破产和倒闭的危险。对于兼营中日贸易的商社来说，中日贸易的中断也使他们收益大减，乃至使这些商社急剧骤减。很多商社不得不大批裁减工作人员，缩小规模。
不言而喻，作为这些商社组织者的民间经济团体，也受到不小的冲击。例如，日中输出入组合是依靠借款和与中国有经济往来的各个商社的赞助建立起来的，中日关系断绝之后，旗下的商社或企业有的失去了对华贸易的积极性，有的干脆退出了日中输出入组合，从而使这一团体难以为继。
中日关系的中断在日本各界人士的思想和认识上也产生了深刻影响。最初，日本经济界对中国的决定普遍反映没想到和不理解。日本国际贸易促进协会的机关刊物《国际贸易》认为，第四次中日贸易协定签订仅仅经过了两个多月，日中关系就突然进入停止一切商谈这一“战后最坏的事态”，实在“没有想到”。日本国际贸易促进协会：《国际贸易》，总第137号，1958年5月15日。
与中国签订民间钢铁协议的八幡制铁常务董事稻山嘉宽，得知刚刚签订的钢铁协议因为中日关系的中断而不予生效的消息后非常恼火，深表不能理解。同上书，总第142号，1958年？月5日。他当时反复强调，钢铁协议“与政府毫无关系！与第四次贸易协定也毫无关系！而是我们以民间身份签订的”，即没有理由将两国关系或第四次贸易协定的影响殃及民间的钢铁协议，但“到后来他才逐渐地理解了中国不得不这样做的道理”。
李恩民：《中日民间经济外交1945—1972》，人民出版社，1997年版，第237页。
先在日中输出入组合工作，后又自始至终从事LT贸易和备忘录贸易的须田生三也说，“长崎国旗事件是一个政治事件，与经济贸易，特别是与日本的经济团体之间毫无关系，但中国国际贸易促进委员会的南汉宸给与此事件毫无关系的贸易三团体打电报，宣布中止贸易合同，使人不能理解”。他还说，“我一生的工作都与中国有关，而且坚持到了最后，这是我最大的荣幸，但在我这一生中，最痛苦的时期就是在日中输出入组合工作的时候。因为中日关系断绝，人们都受到了很大的震动。……这是日本方面所没有想到的，受到了不小的打击”。当时还有人认为“中国的这一举措不太稳妥”。
李恩民：《中日民间经济外交1945—1972》，人民出版社，1997年版，第238页。
于是，有些从事日中贸易的人由对中国政策的不理解而开始怀疑中国的政治经济政策，甚至对与中国进行经济交流产生了疑虑。当时有人指出，“中国是以政治来驱动市场的，从今以后把中国看作是一个安定的市场，恐怕是很危险的”。④日本国际贸易促进协会：《国际贸易》，总第140号，1958年6月15日。在以前，那些对与中国的贸易抱有消极态度的人多持有这种看法，长崎国旗事件之后，这种看法在经济界越来越普遍，于是，如下看法占了上风：“正如日本舆论所宣传的那样，和中国做贸易果然危险，得冒很大风险”。
李恩民：《中日民间经济外交1945—1972》，人民出版社，1997年版，第239页。
此外，有的工商界人士认为，中国的措施并不仅仅停留在中止新的贸易谈判上，还扩大至宣布中止执行已经签订的契约上，这是经济交流活动中最忌讳的，它对每个工商业者来说打击是太深刻了。从中国一贯对民间工商业者的处理方法和态度以及“必须尊重商业规则”等的角度来看，“即使对中国的立场一时可以谅解，对中国的措施也是难以接受的”。④
但是，日本的友好人士对中国的做法还是充分同情和理解的。在长崎展览会之前的1958年2月和4月，在广州和武汉分别举办了日本商品展览会，广州和武汉日本商品展览团副团长森井庄内在“长崎国旗事件”后，发表了以下谈话：“广州、武汉的日本商品展览会的会场上都悬挂着太阳旗，并有中国人民解放军守卫。中国方面还建议：晚上可以把旗子降下来加以修整，脏了可以更换。日本方面往往漫不经心，经常是中国方面不声不响地给换上新的太阳旗。中国对待日本国旗的态度就是如此严肃。但这并不说明中国人喜欢太阳旗。很多人一看见太阳旗就想起过去令人憎恨的战争，有的人当场愣住，有的人心里很难受。当日本开始接连发生对中国不友好的事件时，展览团中国方面的办公室接到许多关于悬挂太阳旗的信件、电话乃至直接的抗议。中国方面的负责人进行了说服工作，认为最重要的还是发展两国的经济和友好。”森井庄内的这段话可以说比较公正、客观地说明了中国政府为什么对“长崎国旗事件”反应如此强烈。
日本中国友好协会：《日中友好运动史》，1978年版，第62页。
其实，“长崎国旗事件”只不过是一个导火线。在没有协定的这一年期间，中国方面蒙受了不少屈辱。先是预定在名古屋、福冈举办中国展览会的先遣人员因指印问题而被阻滞香港，随后在代表机构问题上日本政府又吹毛求疵进行阻挠。在这种情况下，又发生了侮辱国旗的事件，可以说中国是忍无可忍了。正如外交部长陈毅说说，“岸信介政府敌视中国的态度已经到了令人不能容忍的地步。”
关于1958年中日关系的全面中断，后来人们也曾假设说，“如果不中断的话，中日关系在60年代发展的速度将会是什么样？至少比备忘录贸易的发展要快得多。因为钢铁贸易是五年长期合同，常驻通商代表最多可以到50人，而备忘录贸易的代表最初只有3人，后来才增加到5人”。的确，如果没有两年半的关系中断，如果民间的经济交流能像1955—1957年那样顺利发展，中日邦交正常化的实现也许不是在70年代而是在60年代。
李恩民：《中日民间经济外交1945—1972》，人民出版社，1997年版，第239页。
当然，历史是不能假设的，现实毕竟是现实。在当时的国际背景下，在中日之间如此隔阂，价值观有着天壤之别的情况下，面对岸信介内阁的对华政策，面对已经发生的事件，中国的选择似乎也在情理之中。
3. 中日之间的“原则”之争
从1958年中日交往的是是非非中，中国感到，与日本打交道，只强调民间的友好往来和单纯的经济关系而不明确地树立政治性原则是不行的。为此，中国政府向岸信介内阁提出：1. 必须停止敌视中国的言论和行动，2. 停止制造“两个中国”的阴谋，3. 保证不再阻挠中日关系正常化。这就是战后中日关系史上有名的“政治三原则”。同时，中国政府还提出，今后在发展中日关系的过程中，两国的经济问题必须与政治问题同时考虑，两者不能分离，这就是后来的所谓政经不可分原则。
1958年7月7日，为纪念卢沟桥事变20周年，《人民日报》发表了《中国人民坚决反对日本潜在的帝国主义》的社论。社论指出：“如果中日两国在平等和友好的基础上，建立正常关系，和平共处，开展各方面的往来，这不仅符合于中日两国人民的愿望和利益，也符合于亚洲和世界和平的利益。但是，如果岸信介政府继续敌视中国人民，继续制造‘两个中国’，继续阻挠中日两国正常关系的恢复，那么，中日往来全面中断的责任，应该全部由岸信介政府担负”。
《人民日报》，1958年7月7日。
同年8月，日本社会党议员、原国际局长佐多忠隆访问中国，探寻恢复中日贸易的具体条件。周恩来和陈毅在会见他时，着重提出了处理长崎国旗事件的三项措施和改善中日关系的三项原则。
