建所初期，如同创建福州大学一样，卢嘉锡和他的同事们仍然面临着许多意想不到的困难。不仅资金缺乏，物资紧张，科研工作难以为继，就是日常生活也极为艰苦。
卢嘉锡和分配来所的年轻大中专毕业生，以及全所的工作人员一起，顽强地与困难作斗争。他们自己动手开山铺路，挖掘地基，自盖竹棚。手被磨出了鲜血，没有人叫累，叫苦。他们在盖房建屋的同时，还植树栽花，美化环境，美化自己的生活。
由于粮食定量不足，副食品奇缺，年轻人在紧张的工作、学习和体力劳动后，因营养不良，患了水肿病。可是没有一个人离开这片正在创造生机、创造辉煌的土地。他们热爱刚刚诞生的物构所，就像热爱自己的生命一样。
卢嘉锡一家8口人，同样过着艰苦的日子。由于党和上级领导的关怀照顾，他们总算没有挨饿。不过，6个孩子都未成年，吴逊玉又没有工作，生活仍然是捉襟见肘。为了使肩负重任的卢嘉锡不至于在困难时期拖垮了身体，吴逊玉这位有才有识的坚强女子，竟亲自饲养了几只母鸡，攒下鸡蛋给卢嘉锡增加一点儿营养。
生活虽然十分艰苦，但是所有的人都对未来充满了信心。艰苦奋斗、奋发图强，是大家共同的信念。卢嘉锡作为建所中的唯一一位高级专家和所长，无疑起到了中流砥柱的作用。他舍弃厦门大学多年创立的事业基础，为国家科学事业甘赴艰辛，从零做起的执著的创业精神；他那夜以继日为建所四处奔走、忙碌操劳的身影；他那诙谐幽默、充满乐观向上精神的谈吐；他那平易近人，待人热诚的作风，无形中产生了一种坚韧的凝聚力和巨大的感染力。对当时的许多年轻人来说，为建所呕心沥血的卢嘉锡不仅是一位优秀的领导，一位学识渊博的专家，而且是一个可亲可敬的亲人。
经过一段时间的顽强奋斗，一座四层和一座两层的实验楼，终于在荒山野岭上建造完成，并投入使用，科研人员和职工也陆续安顿下来。
在办所方向以及相应的机构体制确立之后，为了保证总体目标的实现，卢嘉锡根据周恩来总理当时对科技发展提出的“实事求是，循序渐进，齐头并进，迎头赶上”的指示精神，着重从建设一个现代科研机构的四个基本条件方面，做了大量工作。这四个方面包括：计划和规划的制定；队伍的组织形成；学术气氛的培养和提高；设备资料的配置与现代技术系统的建立。
在卢嘉锡的具体指导和亲自主持下，物构所制定了1963—1964年的两年具体计划，也做了1965—1976年的三年大体规划和1968—1972年的五年设想。这些计划、规划和设想都具体体现了卢嘉锡那种既要实事求是，循序渐进，又要迎头赶上的指导思想。
同时，卢嘉锡还注重培养所内的学术气氛。他要求各个研究小组里通过讨论的形式，经常交流文献资料，相互介绍国内外学术动态，研究工作中遇到的情况和问题。他强调，这种形式是培养浓厚学术气氛的“命根子”，一定要坚持不懈，形成传统。事实正是这样，很快，物构所内就形成了良好的学术氛围。
仪器设备和文献资料是科研工作的“粮草”，卢嘉锡当然不会放松。但是，由于起步较晚和各种条件所限，图书资料少得可怜，根本无法应付物构所建立现代化物质结构研究基地的需要；仪器设备缺口更大。面对这种情况，卢嘉锡提出，一方面要继续自力更生，进一步推动仿制工作；另一方面，要想方设法筹集外汇，进口少量急需的精密度较高的仪器和配件。
千头万绪的建所事务，卢嘉锡事必躬亲，而不敢有丝毫的疏漏。尽管他明知，这些繁杂琐碎的事务，会消耗掉他本可以用于科学研究的宝贵时间和精力，可是，为了把结构化学这门学科在我国建立起来，为了国家的科学事业的发展，为了了却多少代人的夙愿，卢嘉锡倾尽心血，细心呵护这株刚刚破土而出的幼苗，满腔热忱地为它创造着尽可能完善的成长环境。
