太平军进入南京后，太平天国作为一个农民政权，不可避免地同时具有封建的属性，而且这种封建性随着形势的发展，而愈益浓厚。这时进入天王府的洪秀全，每天沉溺于声色犬马之中，与皇后及一百多位妃子厮混，从不出宫，能见到他的仅几位王爷，这正如他一入天王府写的告示：大小众臣工，到此至行踪，有诏方可进，否则云雪中。这告示就是失败的预兆。
本来，天王洪秀全是太平天国的最高领袖，洪秀全深居简出，指挥大权就落在了杨秀清肩上，结义六兄弟，进入南京前牺牲了冯云山、萧朝贵。进入南京后，石达开和韦昌辉又率兵征战，太平天国的大权已落到杨秀清手中。进入南京后，他制订了等级森严的礼制，修建了东王府，被称为九千岁。他的权力到底有多大？供他使用的官员多达两万余人，他的助手的权力都超过北王韦昌辉、翼王石达开。每想到这些他心里好不得意，这是一人之下，万人之上。而实际上又是他坐镇南京指挥各路军马，不由得又想起金田村起义前，洪秀全、冯云祥外出时，教徒信心不稳，是他假托天父附身，教训了教徒，稳定了局势，才有了今天这个局面。而进入南京时，他又曾假托天父附身，教训过洪秀全。这使杨秀清很是得意，然而却激起洪秀全的不满，结义兄弟由此产生了矛盾。
太平军西征胜利，杨秀清在东王府举行庆祝，张灯结彩，十分隆重，突然，杨秀清面色发紫，说天父附在身上，要和二兄讲话。洪秀全得信后，赶紧过府，跪在杨秀清面前听训。“天父”说：“你和东王都是我的儿子，你称万岁，为什么东王只能称九千岁？其实，东王的智慧和功劳都比你天王高，你必须封东王为万岁。这是天意，不得违抗！”
这更使洪秀全气愤，杨秀清想要和我争位，若不除掉他，后患无穷。什么手足情，同患难共富贵，在二人间早已无影无踪了。
不久，洪秀全写诏书，秘密派人分别送给武昌的石达开、江西的韦昌辉和丹阳的秦日纲。
北王韦昌辉虽是结义弟兄，但为人十分奸诈，他对杨秀清早已不满，但表面装得十分亲热。论功劳，讲功献，他都不比杨秀清差。他也想专权。因此，得到天王旨意，日夜兼程赶回天京，正好秦日纲也到。二人商量于八月三日（公元1856年9月1日）午夜动手。
韦昌辉和秦日纲派亲信秘密封锁了通往东王府的街道。半夜派3000名战士将东王府团团围住。初四凌晨，韦昌辉以迅雷不及掩耳之势，冲进东王府，将睡梦中的杨秀清杀死。祸及家属、侍从、文武官员、杂役上千人。次日又用计诱杀杨秀清亲属、部下5000余人。乱杀无辜不仅激起了太平军的不满，也使洪秀全大为吃惊。
石达开赶回北京，闻讯大惊，他目睹天京的惨象，好不可悲，指责韦昌辉杀了杨秀清也就算了，怎能乱杀无辜呢！对此，韦昌辉怀恨在心，同时也觉得将来与他争权的，也就是石达开，遂产生杀害石达开之心。石达开也有所察觉，趁夜悄悄溜走，而韦昌辉竟将石达开全家杀死，并派人追杀石达开。
石达开逃到安庆，集合自己部下4万人，声讨韦昌辉。韦昌辉在天京彻底暴露了自己的真面目，率军围攻天王府，使其成为孤家寡人，最后被捉，天王将其斩首，并将韦昌辉人头送给石达开，同时将秦日纲也处以死刑。
天国异姓六兄弟，战死两人，内讧自相残杀两人，只剩下洪秀全、石达开二人。
处死韦昌辉，一场风波平息了，石达开返回北京，洪秀全加封石达开的官职，让他，处理朝政。然而洪秀全对这唯一的异性兄弟也不放心，竟封文不能治国、武不能安邦、爱财如命的二个哥哥为王，洪仁发为安王，洪仁达为福王，并暗中命这两个成事不足败事有余的小人监视石达开。这就引起了石达开的戒心，怀疑洪秀全有杀害自己之心。为此，竟率兵26万出走。石达开沿途张贴布告，表白自己一片忠心却遭受迫害，不得不飘然远行的苦衷。
石达开出走后，洪秀全因京内无人主持军政，后悔不迭，百般派人迎回石达开，其情词惨迫，仍未能招回石达开。
