刘裕凭借北伐收复洛阳和长安的威望，东晋朝廷给予宋公封号及九锡，为称帝扫清最后的障碍，经过精心的部署东晋“禅让”，正式称帝，国号宋。东晋正式灭亡，宋国和北方的魏国并立，南北正对立式开始。
刘宋的开国君主刘裕作为寒门出身的皇帝，重新夺回了门阀手中夺的大权，君主专制集权重新确立。皇族为了巩固势力又提拔了寒门的恩幸集团，但复杂的局势又让恩幸集团变得不可靠，所以南朝变成了皇族与门阀大族和恩幸集团间政治权力斗争，再加上北朝的威胁，这造成了南朝政权更替频繁。
刘裕借助北府兵建立新的政权，北府兵在刘宋初由东晋徐兖二州控制的方镇武力变成由皇帝直接指挥的中央禁军。南朝各代虽政权更迭频繁，皇位继承也往往伴随激烈的军事冲突，禁军的构成及地域来源不断变化，但禁军一直是中央借以控制地方的主要武装。禁军将领几乎全是各代创业者的扈从亲信或皇帝信任的寒人武夫，他们通过军功上升，以致出将入相，南朝时期的门阀士族因此丧失了他们在东晋时期专兵的特权。
以刘裕为代表的寒门庶族的文化素质普遍较低。高门大族虽然让出了中枢大权，但是门阀士族制度与九品中正制度相结合的封建国家选官制度的基础没有发生根本动摇，政权中的绝大多数职位仍然掌握在士族手中，他们的社会地位和文化素养还是次等士族所无法企及的，他们的统治经验还是必须要加以借鉴的。
刘裕即帝位后，规定只能由皇子作刺史；又因扬州为都城建康所在，是立国基础，也必须由宗室亲近充当刺史。其他重要州镇也多由皇室控制，高门士族人士只能作州府属下。南朝各代沿用这一惯例，并不断削弱荆州等军事重镇的实权，又由中央直接委派典签之类的州府小吏，挟皇威以监视州镇。因此，东晋时期门阀士族控制州镇，尤其是控制荆州以对抗建康的形势为之改观，门阀士族对皇位继承不再由有发言权，随着专制的到来，伴随皇位更替而来的是宗室残杀，没有门阀的制约，集权专制的结果是南朝政局更加混乱。
典签是为了避免西晋的诸位混战的局面，所以典签权力很大，甚至诸王的生活、行动都要受典签的控制。但也不足以解决朝廷与地方间的矛盾。虽然典签是皇帝的亲信，但他们也可以参与诸王地方集团对朝廷的反抗。
刘裕登基两年就病死了，即位的长子刘义符被辅政的权臣傅亮等罢免，另立刘裕第三子荆州刺史宜都王刘义隆为帝，即宋文帝，改年号为元嘉。刘义隆有较强的政治能力，所以能够平衡宗室、权臣、士族之间的关系，政局相对稳定。加上文帝发展生产、缓和社会矛盾的一系列措施，使百姓能致力农耕，元嘉时期成为东晋南朝社会经济最为繁荣的时期。南朝大的政治格局就基本确定。
伴随着刘宋宗室内斗南朝更替就开始了。萧道成禅宋建齐。萧道成建齐所依靠的力量主要为青徐集团。萧衍齐末在雍州起兵，与荆州萧颖胄集团结成联盟，取得灭齐之战的胜利。南梁萧衍借鉴宋齐内斗的教训厚待宗室，但是造成了南梁政治高度腐败，引起了激烈的社会矛盾。自梁武帝开始，从寒门庶族中选拔人才，通过考试录用人才成为常设制度，也就是说以考试录取人才常态化了，这为以后隋唐时期科举制度奠定了基础。
萧衍北伐失利又热衷收复北方失地重用北方的降将，这就造成了南梁灭亡的侯景之乱。侯景因与东魏执政高澄不和，战败后逃入南朝，借机发展自己的势力。侯景逼死萧衍建国号汉，但第二年被忠于南梁的势力消灭，讨伐侯景崛起的陈霸先率部攻杀驻守建康的王僧辩，立萧方智为帝，即梁敬帝。太平二年，陈霸先废萧方智，建立南朝最后的陈国。
江南各地还存在大大小小的豪族割据势力。东晋南朝，江南闽、浙山地及湘、赣流域，甚至岭南地区，社会经济都有比较大的发展，随着江南腹地的开发，涌现出许多拥有私家武装的地方豪族，陈霸先起家建陈正因岭南及江州地区部分豪族拥戴的结果。
这些新兴豪族在东晋以来门阀士族把持朝政，排斥寒人的政治形势下，难以进入高层政治中，却在当地扩展政治和经济势力，在梁代已形成自己的势力。平灭侯景之乱就是依靠各地豪族。梁元帝在江陵称帝后，不得不承认既存事实，委任各地起兵豪族首领为刺史、郡守。陈霸先控制建康后，也只得沿用这一办法，赋予地方豪族以控制当地政权的政治权利。
北周已趁梁末内乱，据有今四川、湖北全省，北齐也借机将其版图扩张到长江北岸，陈朝全盛时期的统治区域也只和三国吴相当，且尽失江北，对北方政权的防御力量还不如孙吴，只因北周、北齐对峙于北方，相互牵制，陈朝才得以长时期保据江南。
侯景之乱使繁盛的建康城残破不堪，东晋以来江南政权财源之地也经战火洗劫，一片荒凉。东晋以来高居政治上层的门阀士族或举家遇祸，或避难逃亡，受到毁灭性打击。南朝因而急剧衰落，政治势力也发生巨大变化。经过侯景的折腾，陈国是南朝最弱小的一国，已经无力和北朝抗衡。
南朝的政治，与东晋时期的北方各国并没有本质的区别。皇权还是不够稳固，皇权本身不断试图能够彻底集权。门阀在南朝的衰落在于其内部的分化，代表权分散，不能博弈出一个或者几个强有力的领袖人物，而皇权却可以以非法的手段（残杀兄弟同族）集中权利。但是这么一折腾后果很严重，南朝所有通过世袭的、合法程序当上皇帝的人，通常都是很快就身败名裂了，他们不但会被强大的竞争对手杀掉，更被强大的竞争对手打扮成小丑。南朝能控制局势的皇帝，都是通过暴力方式登上皇位。南朝基本上就是秦汉以来专制皇权恶性发展的高峰。南朝以前改朝汉代还要遮遮掩掩的“禅让一下”，从南朝开始中国历史上的夺权就是明刀明枪的大开杀戒了。
