李烈钧做了江西都督以后，有他的计划和布置，特别是注意搞好与青年军官和讲武堂学生的关系（1913年7月正值讲武堂学生毕业之际，这时局面已很紧张，不久便发生“二次革命”，讲武堂很多学生都参加了这次反袁行动）。当江西北伐军被解散的军官遣送回赣后，李烈钧特别召见了年轻的军官，要他们继续在赣军中服务。这时有些他远在云南讲武堂的学生（如杨希闵等）也来投奔，他都一一收容。后来，他便开办陆军讲武堂来容纳这批人。讲武堂是利用陆军小学旧址开办的，学生来源除了上述两批外，陆军速成学堂（原陆小及测绘学堂合并后所成立的）毕业生也可转入讲武堂，此外也招了一些人，如夏声（湖北人，后曾任广东兵工厂厂长）、赵连芳（河南人，后转学农业，为农业专家，北大农学系主任，民国江西农业院筹备时曾想聘其为院长）即在此时考进来的。开课时有同学200多人，分成几班上课。如陆小四、五期同学进讲武堂的约50人。同时，李烈钧把讲武堂交给既在军界有一定关系又在学生中有很高威信的夏之麒办理。夏堂长是浙江青田人，他与吴介璋均是南京江南陆师学堂学生，曾任江西陆军小学监督，为人很好，学生们发生什么风潮，闹什么纠纷，别人解决不了，他一出来便可以解决。
李烈钧江西武备学堂的同学林虎，在南京带来2400余人的部队也成为李的中坚力量。当时南浔路德安北段正在修筑，有工人1800余人，林虎恐其在后方受人利用，就将其全部收编为输送队，薪俸和正式军队相同。又在其中选取年轻精壮者400人为补充队，教以步兵动作。后来在反袁战斗中，林虎部队行动敏捷，战时补充容易，全靠有这两个队的组织。
据当时担任湖口守备司令部副官兼卫队连连长的张岂庸回忆，湖口踞外江内湖之间，形势雄胜，向来为军家所必争。李烈钧在起义时，设立守备军司令部于此。以何子奇为司令，邓文翚为副司令。何系江苏人，日本宪兵学校出身，邓为江西人、日本东斌学校出身，同盟会会员。其时，起义军的兵力在湖口方面只有调练团一团，系由水上巡防营改编，团长余邦宪，江西人，日本东斌学校出身。该团所用枪枝是俄国九响的步枪。另东西炮台2座，共有前膛炮10余门，系满清王朝与太平天国军队作战时遗留下来的。又炮舰20余艘，每艘配上土炮1门。其余大部兵力如欧阳武的第一师，刘世钧的第二师和刘棱的炮兵团等，则配置在瑞昌和沙河、黄老门、德安、永修等沿南浔铁路线上。
在湖口起义之前，李烈钧为了扩充军队，需用军事干部，并曾派其亲信徐秀钧（九江人，当时在北京任众议员）携款到保定，接济本省在保定军校学习的学生，命令他们回到江西，大家热气腾腾，秘密请假南下参加革命。张岂庸即是其中的一人。回赣后，被派任湖口守备军司令部副官兼卫队连连长，因此参加了这次战役。
以李烈钧为首的江西资产阶级革命党人对袁世凯的阴谋早有警惕。1912年后，李就任江西都督后，改组都督府，开办民国银行，发行地方纸币，大抓盐运盐税，开办讲武堂，训练军事干部，扩充军队，为后来反袁斗争作了财政、军事等方面的准备。同时，派员赴北京、天津、南京、上海、武汉等地活动，探获袁世凯的阴谋行径。1913年4月底和5月初，他先后两次通电反对大借款，揭露袁世凯专制独裁的危害。如在1913年6月9日被免去都督之职后的第四天，他就在省议会上发表演讲。
离赣前于议会演讲词
1913年6月13日
鄙人奉总统令免本官，今来会一以聊谢诸君，一以陈明各事。到赣年余，空谈拥护共和，实无裨于桑梓，深承贵会指示，何歉如之。且本省财政问题，外间多有误会，鄙人又未亲来陈明，故今日详为剖白。本省入不敷出为数甚巨，其一盐款系公家补助，已咨明淮盐局，有案可查，前饶君质问未答，亦非无故，俟黄局长来省，自可清算。若厘税，一补助堤工，一补助银行，一需军铜，在旁观者以为鄙人此次亏一千余万，将来潜遁无疑，并谣传余偕安徽款二千万，实无其事。若上海借款三百万，则不容讳，然系用个人名义，非以全省名义所借者。故贵会质问未尝答复，且此系有友人担保，所以连付抵押品而并免之。现此尚有一百六十余万未交来，至用去一百二十余万，概系公费。外传以我家无产业，将何筹还？然我即奉令免官之，此数日内，已有四五友代担八十余万，其余已办有军用品，以谣传故未曾运来。至医生诊金，不过在军务司欠三千余元，总务厅二千余元，寄家三千余元而已。二年度预算亏短事实，因求军事上之完备所以用费较多。鄙人去后，仍须为社会换利益，尚祈指教为幸。鄙人体弱薄，固无甚关系，所幸全省秩序，尚庆安宁，诸君亦可维持。在鄙人亦深知事体，然必做得光明磊落，以服从命令为第一义，断不可以舆情之故，而稍存观望。尤可幸者，今非专制可比；俟他日再乘机会出而有为，又何不可。
——上海《民立报》1913年6月20日
袁世凯也对李烈钧等的反抗进行政治分化和武力镇压。袁任命戈克安为九江镇守使（后被李派第一师师长欧阳武和混成旅旅长方声涛率部赶走），收买原江西都督马毓宝属下的军官余鹤松，勾结江西第二师师长刘世钧策动兵变（也被欧阳武部镇压）。并调北洋军第六师李纯部开赴九江上游的湖北武穴，准备以武力压服江西。李烈钧被免职后，袁世凯命陈廷训为九江要塞司令，陆军中将。
陈廷训受职后，甘心为袁世凯效力，充当袁镇压江西革命党人的爪牙。他任命亲信成信荣为湖口炮台总台官，企图控制这一军事要地，但遭到原总台长李明阳的反对，李拒不卸职。黎元洪（副总统，李烈钧被免职后被袁命为兼领江西都督）命令李纯部队于7月5日、6日陆续开赴九江。当李纯部进兵九江后，欧阳武（时任陆军中将，江西护军使）曾以“北兵入赣将使主客猜疑而起衅端”为由，电请袁世凯撤兵，并提出辞呈以示反对。然而袁政府却以“浔有事，赣不能独安，赣有事，鄂不能独靖”以及副总统兼辖两省，有权调兵等为借口，拒绝欧阳武的请求。
李纯兵进九江的消息传出后，孙中山即在上海召集国民党重要成员开会商议讨袁。李烈钧在会上慷慨陈词，历数袁世凯之罪恶，坚决拥护孙中山先生武力讨袁之主张，并自告奋勇表示愿意回江西首先发难。
7月8日夜间，李烈钧乘小轮到达江西战略要地湖口。随即召集在湖口的师长刘世钧、旅长何文斌、水巡总监何子奇、机关炮队长卓仁机，团长周璧阶、吴伯安及省参议员杨赓笙等召开紧急会议，决定宣布独立，起义讨袁。会议决定成立讨袁军总司令部，李烈钧为讨袁军总司令。会上拟订了作战计划，进行了部队编配。当时，江西的兵力只有陆军2个师，1个混成旅，1个独立营。分布情况是：第一师所辖两旅四个团，师长欧阳武驻省城，第一旅旅长林虎，第一团团长苏世安，第二团团长杨祖时，驻德安、瑞昌；第二旅旅长余维谦，第三团团长伍毓瑞，率二、三两营驻九江，第四团团长吴伯安，驻南昌，后调赴吴障岭。第二师师长刘世钧驻九江，所辖第三旅旅长赵复祥、第五团团长王国华，驻德安。第六团团长李定魁，有两营驻九江，一营驻德安，第四旅驻赣州，混成旅旅长方声涛、第九团团长周璧阶，独立营营长金其昌驻姑塘。第十团团长李明阳驻湖口。李烈钧的军事部署是：由方声涛任右翼军司令，从姑塘方面进攻袁军，由林虎任左翼军司令，从沙河、德安方面进攻，命江西讲武堂堂长夏之麒为参谋长，省参议员杨赓笙为秘书长，李烈钧兼正面军司令，坐镇湖口，指挥战斗。当时，湖口水军共有炮舰20余艘，每艘配有土炮1门。有东西2座炮台，东炮台在今红旗船厂、西炮台在对岸梅家洲嘴上，共有大炮10余门。
“二次革命”前，江西陆军有两师：第一师师长欧阳武（字南雷，江西吉安人），驻南昌；第二师师长刘世钧（江西抚州人），驻九江。李烈钧被免职，袁氏即令欧阳武任江西护军使，是以李无法在南昌发动，转到湖口来组织“讨袁军”，希望起义后刘世钧会在九江响应。湖口军队很少，李组织“讨袁军”，无论正规陆军、杂牌军都在罗致之列，而主要组成分子只有水上警察。江西在清末有旧式水师巡弋于鄱阳湖及内河，民国以后改为水上警察，这些水上警察驾驶旧式炮船往来巡防，每船装土炮1门，人员除1船长1正目外，另有12人，携有枪械。李烈钧组织的“讨袁军”是枪械、粮饷、兵员俱缺，而水上警察有枪械、有粮饷、有兵员，况且水上警察总监蔡锐灵是共进会要员，可以调用他的部属。李烈钧设法从每一炮船上调来8名，共调来1000多人，分为3营，称为“调练团”。调练团在6月底成立，团长余徽照。
7月10日，讨袁军在湖口高竖义旗，宣布湖口独立，并推杨赓笙撰写《讨袁檄文》，同时还发出了《江西讨袁军对外通电》《讨袁军对党团公启》，集中揭露了袁世凯窃国殃民的罪状。《讨袁檄文》如下：
民国军兴以来，凡吾国民，莫不欲达真正共和目的。袁世凯乘时窃柄，帝制自为，绝灭人道，而暗杀元勋，并髦约法，而擅借巨款。金钱有灵，即舆论公道可收买；禄位无限，任腹心爪牙之把持。近复盛暑兴师，蹂躏赣省，以兵威劫天下，视吾民若寇仇，实属有负国民之委托。我国民宜亟起自卫，与天下共击之。
《讨袁檄文》发布后，人们争相传诵，深为感动。据湖口起义的参加者许德珩在1981年10月6日《人民日报》上发表的《我的回忆》一文中载：“我在报纸上看到了《江西讨袁军总司令檄文》……写得慷慨激昂，大义凛然，使人深受感动。后来才知道这篇简短的檄文出自杨赓笙的手笔。”江西讨袁军在湖口首义，江苏、安徽、广东、福建、湖南、上海，四川等省市纷纷响应，全国民气一时大振。此外，讨袁军又发出对外通电，并与各属人民约法三章：“一、誓诛民贼袁世凯；二、巩固共和政体；三、保障中外人民生命财产。”
湖口宣布独立的次日清晨，战斗即在九江沙河展开，李纯部向讨袁军林虎部打响了第一枪，林虎部当即予以还击，起义军初战大胜，击败李纯军。同日，李烈钧将军占领了湖口东西两个炮台。
7月12日，湖口起义消息传到南昌，欧阳武和军务厅长俞应麟召集全省各机关领导、省议会全体议员、各党派团体负责人举行讨袁大会，宣布江西独立。会议推举欧阳武为江西都督，原江西民政长官贺国昌为省长，并布告人民，誓师讨袁。
湖口正式举义，那何子奇做了守备军司令，邓文翚为副司令，调练团团长则是蔡梓华。调练团防守湖口对岸地区，团部设在回峰坑，第一营守桃花山，第二营在第一营右侧，第三营守江边。起事后希望得到九江方面的响应，没有想到刘世钧动摇了，据说是拿了袁世凯的20万元，而江西要塞司令陈廷训也动摇了，在江西策应的就只剩下德安方面的林虎所带的桂军了，因此讨袁军就显得势孤力单。而当袁世凯所派北军第六师李纯部登陆九江往南攻击，除了林虎自德安北上，在沙河镇抵抗一阵外，赣军根本毫无抵抗。至于湖口方面北军张敬尧部从新港登陆，调练团则首当其冲。
7月16日，袁世凯命段芝贵为第一军军长，李纯为左司令，王占元为右司令。大约在7月20日左右，北军张敬尧的一团人从新港方面向调练团逼近，最初两三天只是远程射击，从炮船上带来的枪有九响枪和十三响枪，打一弹要抽一下弹簧，子弹是铅做的，有时打不出去。有的枪打了一两天，枪膛塞住了，扳机扳不开，烦急之至。
7月26日，湖口失陷了。
李纯带着第六师从湖北到江西，登陆九江南下，起先他以为江西军队都不战而溃，不加提防，没有想到自德安北上的林虎倒与他打了一场硬仗。林虎的桂军原是广西北伐军，训练比较好，军力也较强，并且有战斗经验。南北议和后许多军队解散了，南京留守黄克强特别把林虎一团（本为王芝祥所带桂军中之一团）改为混成团拨归江西都督节制。到了江西编成一旅，驻扎德安，这是国民党布置下的一着棋。那时南浔路还在建筑中，李烈钧在湖口起义，先约林虎北上策应，在沙河镇和李纯的第六师遭遇，打了一仗。当时报纸猛捧林虎，报导沙河镇战役标题是“飞将军从天而降”，但是桂军终于抵挡不住第六师，败退了。其他赣军更不能打，没有战斗经验和士兵是本地人都是失败的重大原因。桂军是客军，士兵溃散了很容易被认出来，所以打败仗也不敢离队逃散，赣军是本地人，把枪杆子一丢，衣服一换，逃离战场就和老百姓一样自由了，何必拼命？就这样，赣军溃散的溃散，投降的投降，使李纯如入无人之境，轻易地解决了江西反袁势力。8月4日袁世凯任命李纯做江西护军使，到9月29日李纯便署理江西都督了。
