一开始就要注意我们的论点——应根据根过程的本性来理解认知与非认知的区别——并不仅仅是对我们这个领域的断言或假设。尽管这种区别不是普遍的，但它是那些更成熟的科学（诸如在物理学、化学以及生物学）中的实践。 让我们看一些由行动中的机制来加以分类的例子。
在枟新工具枠（Novum Organum）中，弗兰西斯·培根（Francis Bacon）对决定事物的原因提出了一套方法。根据其中一种方法，要找到X的原因，人们就应该罗列出所有关于哪些是X的事物的肯定例证，然后找到对于它们全部而言什么是共同的。培根的一个例子是将这种方法用于“热的形式”。在其所罗列的热的事物的表单中，包括阳光、燃烧的流星、雷电、从火山中喷发的火焰、所有剧烈摩擦的物体、干草堆、撒在水里的生石灰、马的粪便、动物的内脏、造成灼烧感的喷洒在皮肤上的高浓度醋，以及造成灼烧感的剧烈的和极度的寒冷。培根猜测这些事物的共同点在于高度的分子振动，而且事物的热的强度就是分子振动的强度。很明显，培根打算借由这样的结合点抓住热的本性，但实际上作为一个偶然的经验实证的事实，那些显得热的事物，或者说产生热的感觉的事物，并不构成一种自然类。阳光、流星、摩擦生热、体热等并不具有一种共同的原因或基础的机制。没有一种囊括全部这些东西的单一的科学理论；现象是通过截然有别的理论来解释的。摩擦生热是通过物理学来描述的，来自于分解的热量则属于生物学的研究领域，而化学则描述发热反应。
第二个例子是１９世纪末期演化论的发展。在那时，通过共同起源的理论，达尔文的生物地理学（biogeographical）、形态学（morphological）、分类学（taxonomic）和胚胎学的（embryological）论证说服许多生物学家接受了演化论。尽管如此，大多数生物学家只是勉强接受了达尔文所谓的演化主要是由自然选择造成的这个假说。在这种理智氛围中，生物学家重新回过头来审视拉马克主义（Lamarckian）的获得性状遗传的理论。为了对其理论提供支持，新拉马克主义者指向了这样一些情况，在这些情况中，母体会感染某种疾病，然后将这种疾病传给子宫中的后代。从现象上看，这就好像是获得性状的遗传，但事实上，遗传和感染涉及完全不同的因果过程。遗传涉及亲代性细胞中的遗传物质传给子代；感染则是与性细胞隔离的状态中异种生物（也许是经由循环系统）的传播。大致上，遗传是一个生物体种系繁衍的过程，而传染则是在一个生物体体细胞中发生的过程。只有在搞清了遗传与传染之间真正的因果区别以后，人们才能够得出结论说并没有像当初所设想的那样的获得性状遗传的例子。纵观整个事情的发展，拉马克主义者想在遗传与传染的结合点上切入自然，但由于对遗传和传染的基础过程的本性缺乏了解，这些明显不同的过程似乎是相同的，两者都被作为获得性状的遗传的例子。
演化生物学家区分了同源相似（homologous）结构与功能类比（analogous）结构。不同物种生物体的同源相似结构由于它们分享了共同祖先而在结构上具有相似性。同族性（homology）最著名的例子当然要数脊椎动物的前肢了。蝙蝠、鼹鼠、狗以及人的前肢具有相同数量的骨头并且这些骨头在排列的相对位置上也相同，尽管每一个物种骨头的连接方式都因为满足它们各自的需求而有所变化。同源相似结构是趋异（divergent）演化径路的产物。与之相比较，不同物种的功能类比结构则是由于要适应共同环境的要求而具有的相似的结构。功能类比结构是趋同（convergent）演化路径的产物。鲨鱼和鲸的尾鳍是功能类比结构，它们都享有流线型的形状。鲨鱼是年代相对久远的软骨鱼纲。鲸是年代相对较近才出现的哺乳动物，它们在其祖先已经适应了陆地生活后又返回到海洋。这里，表面上的形式相似是按照导致其产生的根本机制来分类的。
需要注意的是，借助这些例子我们是在描述科学的一种一般而非普遍的特征。在此存在例外。在物理学中，有振荡器这个概念。一台老爷钟钟摆就是振荡器。由两个共价结合的氢原子组成的一个氢分子是振荡器。这并不被视为由基础机制实现的个体化的例子。然而，我们还是主张存在某种原则上的基础可以让认知科学家来作出如下断言：发生于一个脑神经内核的过程在一种意义上明显是认知过程，而跨颅和颅外的过程在此意义上却并不是认知的。为此，需要的全部东西就是只要存在某种在科学上有效的、非反求待证问题的基础，在此基础上可以区分颅内认知与假定的跨颅和颅外认知。我们无需否认由基础过程作出的分类是在科学上唯一正当的分类这种更强的假设。我们也无需否认其他种类的科学分类在科学上所具有的正当性。在我们诉诸过程的本质时，我们认为我们具有原则上的基础来以这样一种人们熟知的方式划定认知的边界。
