基辅当局军事法庭本来判处她死刑，但鉴于她实施的恐怖活动并没有成功，又将死刑改判终生苦役。因此，年纪轻轻的卡普兰很早就开始品尝铁窗生涯的沉重和痛苦。
俄罗斯解禁的历史资料披露说，她当时几乎完全失明，她后来虽然被送往教会医院就医才恢复健康，但是，她的视力依旧没有恢复完全。也正因为如此，俄罗斯和西方的历史专家才提出一个半瞎的女人，是否真的就是刺杀列宁的枪手很值得商榷。
然而这场劳役对卡普兰来说，却毫无疑问地改变了她的政治生活，她在监狱结识了俄罗斯著名的右翼社会革命党活动家玛利亚·斯别里多诺瓦娅，卡普兰最初的思想开始从无政府主义转向社会革命党人的观点。1917年俄国二月革命后，她被大赦，获释出监，当时她27岁。
就在那一年，爆发了震惊世界的俄国十月革命，她被迫转移到乌克兰的哈里科夫市，在那里接受了眼科手术治疗。关于这次手术，俄罗斯克格勃档案馆也有零星的文字记载。
后来发生事件的那一天，即1918年8月30日，在俄罗斯被历史学家称为“俄罗斯历史上致命的一天”。那天，莫斯科的米海尔松工厂举行工人集会，苏维埃政权的领袖列宁在会上发表讲演。会后，就在这家工厂的大门口列宁遇刺，杀手将三颗子弹射进了列宁的身体。
刺杀列宁
根据俄罗斯国家档案馆和当年苏维埃安全情报机构的有关档案记载，卡普兰并不是像《列宁在1918》电影里表现的那样，是在向列宁开枪后，向厂区外狂奔的时候被工人和水兵抓获的，而是在厂区之外的谢尔普霍夫大街被拘捕的：
“……卡普兰犯下了一个错误，也许她是想就此献身。当时她站在那里，一动不动地靠在一棵树上，异常冷静地看着喊叫的人们从米海尔松的大门里跑出来，狂奔出来的都是水兵和年轻的工人，他们高声喊到：‘抓住她，别让她跑了！’这个时候，卡普兰先是在原地整理了一下自己的鞋子，后来又像一个高度近视眼的人那样眯缝起眼睛朝黑暗的地方望去。冲到她面前的人们看了看她，然后大声喊道：‘就是她！就是她开的枪！’”
卡普兰就这样被逮捕了。
在莫斯科米海尔松工厂原址的列宁纪念馆里，也完好地保存着原来苏维埃契卡（苏维埃安全谍报机构）人员对卡普兰和其他一些社会革命党人的审讯材料和照片。
审讯的执行人是曾经亲手执行枪杀俄罗斯末代沙皇全家的尤罗夫斯基，还有另外一个检察员金季塞普。
纪念馆里的有关照片上显示，卡普兰是在一辆公共汽车旁边朝列宁开枪的，当时卡普兰的位置显然距离列宁比汽车还要近，因此，审讯人员认为，即使杀手是一个高度近视的人，这么近的距离开枪也不可能不命中目标！
侦查结果是：卡普兰开了四枪，其中两枪击中列宁。
档案中还有对卡普兰的同党诺维科夫的审讯记录，文件上说，诺维科夫当天换上了一件水兵的海魂衫，负责在列宁讲演的车间门口阻挡人群，掩护卡普兰向列宁开枪。
也许，这就是那个在电影中高喊“大家不要拥挤，让列宁同志先走”的男人。
他的交代材料原文是这样的：“卡普兰和一个叫谢苗诺夫的人告别后就走向正在集会的工厂，我先和谢苗诺夫待在一起，然后他让我待在马路的另一侧，等待刺杀的枪声，然后向他汇报结果。谢苗诺夫自己就在莫斯科一个叫多米林诺地区的居民住房里等待消息。
“大约20分钟后，我听到了几声枪响，是三声还是五声我记不清了，接着就从工厂的门口拥出很多人，我在人群中看到了卡普兰。她从随身携带的皮包中取出香烟，点燃抽了起来。正在这个时候，我看见一个红军战士认出了她就是刺杀列宁的杀手，跑上前来抓住了她。接下来又冲上来一些红军战士，他们费了很大的劲才挡住冲上来的工人，不然卡普兰就会被人弄死了。”
卡普兰在捕后三天被枪决，行刑的现场就在克里姆林宫内，当时开来一辆轻型卡车，执行的枪声被卡车马达的轰鸣声掩盖了。卡普兰死后，她的尸体没有掩埋，而是被塞进一个铁桶里浇上汽油焚烧了。
奇怪的审讯
卡普兰在最开始的审讯中就承认，向列宁开枪的凶手就是她。并且她宣称，她之所以刺杀列宁就是因为她坚决反对十月革命，刺杀计划是1918年2月她在辛菲罗波里疗养的时候，立宪议会的领导人与她谈话之后制订好的。
研究者还在另外一份文件中见到这样的说法：“卡普兰在接受审讯的时候承认，立宪议会认为列宁出卖了革命，他的行为偏离社会主义思想几十年。”
但是，卡普兰强调，开枪的决定完全是她自己作出的，没有任何党派具体指使。
让我们再看看下面的文字，这是当年负责羁押和审讯卡普兰的红军秘密机构——契卡负责人的记录，那上面这样写道：“这是克里姆林宫大院内的一所临时的特殊重犯监牢。我们当天中午将卡普兰牢房门上的大铁锁哗啦啦地打开，沉重的巨大的铁门的门轴发出搅拌机一样的闷响，克里姆林宫卫队长高声喊到：‘犯人卡普兰，到门口来！’卡普兰脸色苍白，头发有些蓬乱，她的脚上已经戴上了脚镣，她艰难地向门口挪着脚步。这个时候，我们的汽车引擎的声音从牢房外边的空场上传来，这次，她可是没有想到，这辆汽车不是来给她换监狱，或者是接受提审什么的。今天，上面已经决定，要处决她！”
1918年9月3日，卡普兰未经任何正式审判，在莫斯科克里姆林宫大院内的一个角落里被执行了枪决。当年契卡负责人的记录里有这样的文字：“这次，我们没有将她带到任何地方去，而是就在原地，在距离亚历山大罗夫花园不远的地方（过去这里是那些贵夫人们打着圆形的带花边的遮阳伞散步的地方）将她枪毙了。”
遗憾的是，卡普兰没有来得及将自己的秘密，也许是一个时代的秘密讲述出来，就被枪毙了，这对历史而言是一个不小的遗憾，因为，事件的真相并没有完全大白于天下，死刑的执行太快了，以至于草率。
卡普兰将自己的秘密带进了坟墓，而历史也将这个女人载入史册。因为她的名字后来不仅被写入苏联时期所有的教科书，还拍出一部电影《列宁在1918》。
然而，据俄后来的解密文件称，当时的情形并非这样。
当晚11时左右，列宁来到大街上，暮色已经很深，周围一片嘈杂声，因此，枪响的时候根本没人听见，只是当列宁倒下时，人群才一下子被恐惧所凝固。片刻之后，人们开始四处逃散，只有一个人十分沉着冷静——苏维埃步兵师政治委员助理巴图林。
巴图林环顾四周，发现不远处的一棵树下独自站着一个妇女，只见她一只手拿着个破皮包，另一只手攥着把雨伞。巴图林走过去，搜了搜她的身，这个女人没有反抗。
他在这个女人身上没有找到任何可疑的东西，但他最后还是问了句：“您为什么向列宁同志开枪？”这个女人没有否认，准确地说，她是没有任何表示。这个女人就是芬妮·卡普兰。
事发后，司机希尔把列宁抱上车，向克里姆林宫疾驰而去。医生诊断后发现，子弹击中列宁的颈部，没有生命危险。但稍后，治疗医生奥布赫写道：“子弹若是偏离1毫米，弗拉基米尔·伊里奇肯定就没命了。”
打得真准！然而，档案资料显示，开枪的卡普兰几乎是个瞎子。正是这一点让许多历史学家对案件的真相产生了怀疑。
疑云重重的历史真相
列宁身上的子弹在1922年做手术时取出来一颗。这颗子弹在1936年连同刺杀他的那支勃朗宁手枪一起，被送到列宁博物馆收藏，另一颗子弹由于离心脏太近，列宁生前未能取出。
1924年列宁逝世后在对遗体作防腐处理时，才将这颗子弹取出。可不知什么原因，直到20世纪70年代末才被送到列宁博物馆。这两颗子弹在列宁博物馆躺了多年后，才有人想起把它作了一番比较：原来这两颗子弹竟完全不同，两颗子弹并非出自同一支手枪，由此得出结论：刺杀列宁的凶手曾用了两把手枪。
这一发现惊动了俄国历史学界，于是，这段似乎已成铁案的历史在沉睡了多年之后，又重新受到人们的关注。
列宁博物馆研究员拉丽萨·马拉申科是首批研究卡普兰档案材料的历史学家之一。她说：“我研究卡普兰档案是为了搞清，向列宁开枪的究竟是不是卡普兰，她究竟会不会射击。”
另外，在审讯中卡普兰说过，根据我的观点，我可以算是右翼社会革命党。卡普兰因此被当做右翼社会党分子枪毙，可档案中却没有任何材料证明她参加了社会革命党。
关于刺杀列宁用的勃朗宁手枪问题，这支枪的出现也很奇特，它是在9月2日，即列宁遇刺两天后由一位名叫库兹涅佐夫的工人送交的。这位工人说，他在工厂的院子里捡到了这支枪，后来在报纸上读到了正在寻找暗杀列宁证据的公告，于是就把它送来了。
但列宁的司机基尔的证词称，他看到了扔在地上的手枪，为了不让别人拿到它，他先把枪踢到一部汽车底下，然后才俯下身去照看列宁。
就是对这支唯一能作证的手枪，当时也没有任何人对其作过技术鉴定，既没提取指纹，也没对这支枪作弹道分析。
列宁博物馆的专家们表示，这两颗子弹是否出自现存这支勃朗宁手枪的枪口，他们打算作技术鉴定。
但即使能得到肯定结果，又如何证明是卡普兰开的枪呢？因为在审讯中对卡普兰本人没作过任何法医鉴定。
卡普兰的视力非常弱，在逮捕她时也没有在她身上找到眼镜，显然，只有医疗检查才能判定，她到底能看多远？这是判断她能否开枪的一个依据。而像指纹这样重要的证据，竟也无人去提取。若仅用“疏忽”、“遗忘”来解释，就未免太牵强了。
对卡普兰的调查和审判只进行了短短的三天。莫斯科革命法庭庭长季亚科诺夫，当时最著名的侦察员佩捷尔斯、尤罗夫斯基、金基谢普等人参与了此案的全部工作。
三天后，即1918年9月3日，据当时克里姆林宫卫队长马利科夫回忆，卡普兰被带到克里姆林宫后院的墙根下枪决了，尸体当即被泼上汽油焚毁，没有留下一点儿痕迹。
卡普兰到底是不是凶手？如果不是的话，那她在列宁遇刺时跑到出事现场干什么去了？
对此，列宁博物馆的研究员拉丽萨·马拉申科解释说：根据档案材料很难断定卡普兰的性格特点。但她是一个性情乖戾的女人，这一点是毋庸置疑的。
她在8月30日晚上到工厂去，绝不是偶然的。因为当时社会革命党的暗杀组竭力要弄清列宁究竟会在哪里露面。可能是打探列宁会不会在大会上演讲，还有一种可能就是在案发后由她主动承担所有的罪责，这是符合卡普兰的性格的。
到底是谁向列宁开的枪，至今没人能够说清。
