严嵩失宠，御史邹应龙闻风而动，上疏弹劾严嵩。嘉靖四十一年（1562年），在徐阶的怂恿下，皇帝夺去严嵩一切官职，勒令回乡，严世蕃谪戍雷州卫。严世蕃在谪戍雷州中途跑回江西老家，本性难移，继续作恶多端。嘉靖四十三年（1564年），他又被御史弹劾。世宗大怒，将严世蕃逮捕下狱。第二年案结，世蕃被斩，严嵩被削籍为民，家产尽抄。严嵩只得在祖坟旁搭一茅屋，寄食其中，晚景非常凄凉。嘉靖四十五年（1566年）四月，一代奸臣严嵩在孤独和贫病交加中去世。他死时穷得买不起棺木，也没有吊唁者。临死前，严嵩艰难地写下“平生报国惟忠赤，身死从人说是非”，掷笔而死。
当年的十二月，明世宗也龙驭宾天了。奸臣佐昏君，这一对君臣还真是“相得益彰”啊。二人同年而死，一个时代落幕了。
从严嵩临终的留言可以看到，他是带着无尽的委屈、不甘心和愤懑到了另一个世界的。《明史》称：“嵩窃政二十年，溺信恶子，流毒天下，人咸指目为奸臣。”严嵩肯定想不到，他所背负的“奸臣”骂名不但没有因他的去世而消失，反倒广为流传，他的名字成为奸臣的代名词。与此有关，这里不得不提到一个明代有名的史学家--王世贞。
王世贞与严嵩结怨，传说有一段公案。王世贞的父亲就是被世宗处死的王忬。一个偶然的机会，王忬得到了价值连城的国宝《清明上河图》，不久就被严氏父子得知，二人就向王忬索要。王忬迫于严氏父子的权势，就让一个画师临摹了一张送给严嵩，后来事情败露，严嵩对其怀恨在心。后借王忬戍边不力下狱之机，严嵩上奏本将其害死。因为这段积怨，王世贞在他所写的《嘉靖以来首辅传·严嵩传》以及其他史著中，对严嵩多有诋毁，严嵩的声名就此更是一落千丈。
海瑞
海瑞（1514年～1587年），明代著名回族政治家。海南琼山（今海口）人，字汝贤，自号刚峰。他自幼攻读诗书经传，博学多才，嘉靖二十八年（1550年）中举。初任福建南平教渝，后升浙江淳安和江西兴国知县，推行清丈、平赋税，并屡平冤假错案，打击贪官污吏，深得民心。嘉靖四十五年任户部云南司主事，上书批评世宗迷信巫术，生活奢华，不理朝政等弊端，遭迫害入狱。世宗死后获释。隆庆三年（1569年）调升右佥都御史，他一如既往，惩治贪官，打击豪强，疏竣河道，修筑水利工程，并推行一条鞭法，强令贪官污吏退田还民，遂有“海青天”之誉。后被排济，革职闲居16年。万历十三年（1585年），重被起用，先后任南京吏部右侍郎、南京右佥都御史，力主严惩贪官污吏，禁止循私受贿，两年后病死于南京。
清官上任
海端一生居官清廉，刚直不阿，深得民众的尊敬与爱戴。据说听到他去世的噩耗时，当地的百姓如失亲人，悲痛万分。当他的灵柩从南京水路运回故乡时，长江两岸站满了送行的人群。很多百姓甚至制作他的遗像，供在家里。关于他的传说故事，民间更广为流传。
海瑞和宋朝的包拯一样，是中国历史上清官的典范、正义的象征。海瑞到北京，即拜伏于宫殿下献上《平黎策》，要开辟道路设立县城，用来安定乡土，有见识的人赞扬海瑞的设想。代理南平县教谕，御史到学宫，部属官吏都伏地通报姓名，海瑞单独长揖而礼，说：“到御史所在的衙门当行部属礼仪，这个学堂，是老师教育学生的地方，不应屈身行礼。”迁淳安知县，穿布袍、吃粗粮糙米，让老仆人种菜自给。总督胡宗宪曾告诉别人说：“昨天听说海县令为老母祝寿，才买了二斤肉啊。”胡宗宪的儿子路过淳安县，向驿吏发怒，把驿吏倒挂起来。海瑞说：“过去胡总督按察巡部，命令所路过的地方不要供应太铺张。现在这个人行装丰盛，一定不是胡公的儿子。”打开袋有金子数千两，收入到县库中，派人乘马报告胡宗宪，胡宗宪没因此治罪。都御史鄢懋卿巡查路过淳安县，酒饭供应的的十分简陋，海瑞高声宣言县邑狭小不能容纳众多的车马。懋卿十分气愤，然而他早就听说过海瑞的名字，只得收敛威风而离开，但他嘱咐巡盐御史袁淳治海瑞和慈溪和县霍与瑕的罪。霍与联，尚书霍韬的儿子，也是坦率正直不谄媚鄢懋卿的人。当时，海瑞已提拔为嘉兴通判，因此事贬为兴国州判官。过了很长时间，陆光祖主张文官选举，提拔海瑞任户部尚书。
当时，明世宗朱厚囗在位时间长了，不去朝廷处理政务，深居在西苑，专心致志地设圪求福。总督、巡抚等边面大吏争着向皇帝贡献有祥瑞征兆的物品，礼官总是上表致贺。朝廷大臣自杨最、杨爵得罪以后，没有人敢说时政。嘉靖四十五年二月，海瑞单独上疏说；臣听说君主是天下臣民万物的主人，其责任最重大。要名符其实，也只有委托臣工，使臣工尽心陈言而已。臣请竭诚所见。直所欲言，为陛下陈说。从前汉文帝是贤良君主，贾谊还痛哭流涕而上疏言事。并非是苛刻责备，因汉文帝性格仁慈而近于柔弱，虽有推恩惠到百姓的美德，将不免于怠废，这是贾谊所大为顾虑的。陛下天资英明杰出，超过汉文帝很远。然而汉文帝能富有仁义宽恕的性格，节用爱人，使天下钱粮丰富，几乎达到刑具不用的境地。陛下则锐意精心治国时间不长，就被狂妄想法牵涉过去，反而把刚毅圣明的本质误用了。以致说遐举可成，一心一意学道修行，倾尽民脂民膏，用于滥兴上木工程，二十余年不临听政，法律纲纪已经废驰了。数年来卖官鬻爵推广开纲事例，毁坏了国家名器。二王不能相见，人们认为薄情于父子。因猜疑诽谤杀戮污辱臣下，人们认为薄情于君臣。享乐在西苑不返回大内，人们认为薄情于夫妇。官吏贪污骄横，百姓无法生活，水旱灾害经常发生，盗贼滋蔓炽烈。请陛下想想今日的天下，究竟成了什么样子？近来严嵩罢相，严世蕃受极刑，一时较快人心。然严嵩罢相之后还像严嵩未任相之前一样而已，世道并不十分清明，不及汉文帝时太远了。因为天下人不用直道侍奉陛下已经很久了。古代君主有过失，依靠臣工扶正补救。现在竟然修斋建醮，大都前来进香、仙桃天药，大家一块奉辞上表祝贺。建筑官室，则由将作官员竭力经营；购买香料珍宝，则由度支派人四出寻求。陛下的错误举动，而诸臣都跟着错误地顺从，没有一个人肯为陛下端正言论，阿谀奉承的太过分了。然而心中惭愧胆气空虚，退回去又有议论怨言，欺君之罪到了何等地步。天下，是陛下的家。人没有不顾自己家的，内外臣工都是使陛下的家奠基的如同磐石一样的人。一心一意学道修行，是陛下的心受了迷惑。过分的苛断，是陛下的情偏。然而说陛下连家也不顾，合乎人情吗？诸臣徇私废公，得一官职多因欺诈失败，多因不做任何事情败，实在有不能使陛下满意的人。其实不然，是君主之心和臣下之心偶尔不相遇合造成的，而选说陛下憎恶卑薄臣工，因此拒谏。因一二个不合意。就怀疑千百个都这样，使陛下陷于有过失的举动中，而安然处之而不知怪，诸臣的罪恶太大了。《礼记》：“在上君主有疑心则百姓易迷惑，若在下的人怀奸诈难知其心则在上君治理劳苦。”就是说的这种情况。而且陛下的失误很多了，其大端在于斋醮。斋醮的目的是为了追求长生不老。自古圣贤留给后人的训条，修身立命的说法叫“顺理而行，所接受的便是正命”了，没有听说过所谓长生不老的说法。唐尧、虞舜、大禹、商汤、周文王、周武王是圣人中的典范，没有能长久在世，在此后也没有见过真正自汉、唐、来至今仍存在的。授给陛下道术的陶仲文，因此称为师。陶仲文既已死去了，他没有长生，而陛下如何能够单独求到。至于仙桃、天药，怪异虚妄最成问题。从前宋真宗得天书于乾祐山，孙爽说：“天如何能说话呢？岂能有书。”桃子一定是采摘后才能得到，药一定是炮制以后才能成。现在无故获得这二个东西，是有脚而能走吗？说“天赐给的”，是上天用手拿着而交给您的吗？这是左右奸邪的人，制造荒唐离奇的事用来欺骗陛下，而陛下去误估了他，以为确实这样，太过分了。陛下又要说标明刑罚奖赏用来督责臣下，则分别职掌治理有人，天下没有不可治，而学道修行为无害己吗？大甲说：“有人以言语违背了你的心，一定要用意义求其意。有人以言语顺从了你的心，一定要非道来考察。”用人而一定要他一句话也不违背，这是陛下谋划的错误。既面观察严嵩，他主持政务时，有一点不顺从陛下的吗？过去为同心的人，现在成为戮首了。梁材遵守正道坚守职责，陛下认为是叛逆的人，历任都成就好声望，现在在户部做官的人还在称赞他。然而诸臣宁可学习严嵩的顺从，不敢仿效梁材的抗争，难道真没有窥测陛下的细微好恶、而暗暗作为趋吉避凶的人吗？就是陛下又从这些人当中得什么好处呢？陛下的确知道斋蘸没有好处，一旦翻然改悔，每天！临朝听政，和宰相、侍从、言官等人，讲论天下利害，雪洗数十年以来的积误，置身在唐尧、虞舜、大禹、商汤、周文王、周武王圣贤君主的行列，使诸臣也得以自己洗净数十年阿庚奉承君主的耻辱，置身于皋陶、夔龙、伊尹、傅说贤明辅臣的行列中，天下有什么忧虑不能治，万事有什么忧虑不能理。这只是在陛下一振作之间而已。放下这些不作，而急迫于轻身能飞脱离世间，枉费精神，用来追求击风捕影、茫然不可知的领域，臣见劳苦一辈子，而最终将一无所成。现在大臣为保持禄位而喜欢阿谀奉承，小臣害怕治罪而不敢说话，臣制止不住自己的愤恨。因此冒着死的危险，愿意竭尽诚挚之情，希望陛下听取。
重获新生
嘉靖皇帝读了海瑞上疏，十分愤怒，把上疏扔在地上，对左右说：“快把他逮起来，不要让他跑掉。”宦官黄锦在旁边说：“这个人向来有傻名。听说他上疏时，自己知道冒犯该死，买了一个棺材，和妻子诀别，在朝廷听候治罪，奴仆们也四处奔散没有留下来的，是不会逃跑的。”皇帝听了默默无言。过了一会又读海瑞上疏，一天里反复读了多次，为上疏感到叹息，只得把上疏留在宫中数月。曾说：“这个人可和比干相比，但朕不是商纣王。”正遇上皇帝有病，心情闷郁不高兴，召来阁臣徐阶议论禅让帝位给皇太子的事，便说：“海瑞所说的都对。朕现在病了很长时间，怎能临朝听政。”又说：“朕确实不自谨，导致现在身体多病。如果朕能够在便殿议政，岂能遭受这个人的责备辱骂呢？”遂逮捕海瑞关进诏狱，追究主使的人。不久移交给刑部，判处死刑。狱词送上后，仍然留在宫中不发布。户部有个司务叫何以尚的，揣摩皇帝没有杀死海瑞的心意，上疏陈请将海瑞释放。皇帝大怒，命锦衣卫杖责一百，关进诏狱，昼夜用刑审问。过了两个月，嘉靖皇帝死，明穆宗继位，海瑞和何以尚都被释放出狱。
嘉靖皇帝刚死，外面一般都不知道。提牢主事听说了这个情况，认为海瑞不仅会释放而且会被任用，就办了酒菜来款待海瑞。海瑞自己怀疑应当是被押赴西市斩首，恣情吃喝，不管别的。主事因此附在他耳边悄悄说：“皇帝已经死了，先生现在即将出狱受重用了。”海瑞说：“确实吗？”随即悲痛大哭，把刚才吃的东西全部吐了出来，晕倒在地，一夜哭声不断。被释放出狱，官复原职，不久改任兵部。提拔为尚宝丞，调任大理。
隆庆元年，徐阶被御史齐康所弹劾，海瑞上言说：“徐阶侍奉先帝，不能挽救于神仙土木工程的失误，惧怕皇威保持禄位，实在也是有这样的事。然而自从主持国政以来，忧劳国事，气量宽宠能容人，有很多值得称赞的地方。齐康如此心甘情愿地充当飞鹰走狗，捕捉吞噬善类，其罪恶又超过了高拱。”人们赞成他的话。
为民做主
经历南京，北京左、右通政。隆庆三年夏天，以右金都御史身份巡抚应天十府。属吏害怕他的威严，贪官污吏很多自动免去。有显赫的权贵把门漆成红色的，听说海瑞来了，改漆成黑色的。宦官在江南监织造，因海瑞来减少了舆从。海瑞一心一意兴利除害，请求整修吴淞江、白茆河，通流入海，百姓得到了兴修水利的好处。海瑞早就憎恨大户兼并土地，全力摧毁豪强势力，安抚穷困百姓。贫苦百姓的土地有被富豪兼并的，大多夺回来交还原主。徐阶罢相后在家中居住，海瑞追究徐家也不给予优待。推行政令气势猛烈，所属官吏恐惧奉行不敢有误，豪强甚至有的跑到其他地方去躲避的。而有些奸民多乘机揭发告状，世家大姓不时有被诬陷受冤枉的人。又裁减邮传冗费，土大夫路过海瑞的辖区大都得不到很好地张罗供应，因此怨言越来越多。都给事中舒化说海瑞迂腐滞缓不通晓施政的要领，应当用南京清闲的职务安置他，皇帝还是用嘉奖的语言下诏书鼓励海瑞。不久给事中戴凤翔弹劾海瑞庇护奸民，鱼肉士大夫，沽名乱政，遂被改任南京粮储。海瑞巡抚吴地才半年。平民百姓听说海瑞解职而去，呼号哭泣于道路，家家绘制海瑞像祭祀他。海瑞要到新任上去，正遇高拱掌握吏部，早就仇恨海瑞，把海瑞的职务合并到南京户部当中，海瑞因此遂因病引退，回到琼山老家。
