再次，都督区的设置既可有效对外，也可有力地应内。东汉末年的军阀混战，正由于州牧刺史带兵置将，力量过大所致。实行都督制，使都督代表朝廷，统领中军，坐镇地方，可以在军事上直接形成对州的军事威慑。尽管各州郡也有自己的州郡兵，但与都督所统之兵相比，则要差许多。加之南朝以后，许多都督又兼领督府所在州之州刺史，甚至还兼郡太守；督府中的不少佐吏还兼领个别郡县之职，因而使都督的力量更为强大。加之府以统州，州以统郡，郡以管县的运作机制的形成，都督区在和平时期，可以监管州郡，战争时期，可以统领州将，一致对外。
（二）都督权势强于州将
都督区的最高长官是都督，通常带有将军号，如镇卫、骠骑、车骑，四中、征、镇、安、平之属，其名称多达百余种。军府以军号命名，主管作战与戍守。州刺史本应以州内各项行政事务为主。但由于魏晋南朝时期，是一个战争频仍的时代。据不完全统计，在这个长达三百六十余年的分裂时代里，共发生的战争竟多达六百余次。作为战争直接承受者的州区，很难与战争脱离干系。所以，魏晋南朝时期的州刺史，也绝大部分挂将军号，甚至是重头军号。与此相似的是，各都督区的都督又同时兼领军府所在州的州刺史，于是形成刺史与都督兵刑一体，军政共管的体制。在某些场合下州区与都督区又是一体的，方镇又可以是州的另一种称呼。
如果从上述两点对刺史与都督的描述就认为两者是一回事，那就大错特错了。因为尽管两者之间有许多地方难解难分，但其中的区别还是相当明显的。
首先，都督府的地位高于州衙，因此，持节都督的权力也就大于州刺史。这首先表现在各自的官品上。《通典》卷36《职官十九·晋官品》：“诸持节都督，第二品。《宋官品》条同晋。又《晋官品》条：州刺史领兵者，第四品，《宋官品》条同晋。又云：“刺史不领兵者，第五品。”两者官品相差二至三级。其地位差别显而易见。其次，都督作为由一州或数州组成的戎首，要常驻某个州区。而在魏晋南北朝时期，军事就是国家第一大政的年代里，每当战争发生，为战争服务的一切征调，刺史均须无条件提供。在无战争的时间里，州统于军府的统属关系在制度上也是早已确定好的。所以《三国志》卷9《曹爽传》裴注引《魏略》讲桓范的情况时，谈到冀州行政与冀州军府的统属关系说：“是时冀州统属镇北。”《晋书》卷61《华轶传》载：（华轶）“永嘉中，历振威将军，江州刺史……轶自以受洛京所遣，而为寿春（司马睿军府所在地）所督，时洛京尚存，不能祗承元帝教命……”又卷35《陈骞传》：“（陈骞）出为都督扬州诸军事……时（牵）弘为扬州刺史，不承顺骞命。”上述这些事实表明，都督区内的州刺史，制度上须顺承本区都督的命令。同时，刺史又要受朝廷节制，这也是都督与刺史关系比较复杂的一个背景。
而实际上，刺史经常不听或不愿意听都督的命令，尤其是曹魏时期。
如《三国志》卷26《满宠传》载：满宠，“以前将军代都督扬州诸军事……吴将孙布遣人诣扬州求降……刺史王凌腾布书，请兵马迎之。宠以为必诈，不与兵……宠会被书当入朝，敕留府长史：‘若凌欲往迎，勿与兵也。’凌于后索兵不得，乃单遣一督将步骑七百人往迎之。布夜掩击……初，宠与凌共事不平，凌支党毁宠疲老悖谬，故明帝召之。”这段记载反映，扬州刺史与扬州都督因两者地位有别（都督高于刺史），刺史对都督辄有不满，甚至出现诋毁中伤的行为。结果，朝廷将都督召征回朝。都督主军，发兵与否，权在都督。所以当刺史王凌向满宠请兵时，满宠不与。文献记载是由于满宠认为吴将孙布求降有诈，但从满宠与王凌“共事不平”来看，满宠不与王凌兵，其中包括不满王凌的因素在内。《三国志》卷24《崔林传》：“文帝践阼，拜（崔林）尚书，出为幽州刺史。北中郎将吴质统河北军事，涿郡太守王雄谓林别驾曰：‘吴中郎将，上所亲重’……仗节统事，州郡莫不奉笺致敬，而崔使君初不与相闻。若以边塞不修斩卿，使君宁能护卿矣？别驾具以白林，林曰：‘刺史视去此州如脱屣，宁当相累邪？……犹以不事上司，左迁河间太守。”卷16《杜畿传》：“（畿）子恕，复出为幽州刺史，加建威将军，使持节，护乌丸校尉。时征北将军程喜屯蓟，尚书袁侃等戒恕曰：’程申伯处先帝之世，倾田国让于青州。足下今俱仗节，使共屯一城，宜深有以待之。‘而恕不以为意。至官末期，有鲜卑大人儿，不由关塞，径将数十骑诣州，州斩所从来小子一人，无表言上。喜于是劾奏恕，下廷尉，当死。以父畿勤事水死，免为庶人……”如果说前述满宠与王凌的不和是因为地位不等还不显明的话，那么崔林与吴质、杜畿与程喜之间的不和，则完全是因为都督与刺史的地位有差而导致。吴质主军河北，位在上；崔林主民，位在下。崔应向吴致敬，而未致敬，致遭左迁。同样，程喜主军幽州，杜畿不向程喜表示恭谨，也被鞫廷尉几乎丧命。这表面上是因工作过失，背后里，实际是个人私怨在起作用，即刺史不愿顺从都督。
类似于此的还有《三国志》卷26《田豫传》所记田豫与青州刺史程喜之间关系不和睦的情况。太和末，公孙渊据辽东背叛曹魏。魏明帝欲征公孙渊而苦于无带兵人，中领军杨暨举田豫。魏明帝使田豫以本官（汝南太守）督青州诸军，假节，往讨公孙渊。田豫以太守督青州，青州刺史程喜内怀不服，军事之际，多相违错。程喜内知明帝宝爱明珠，于是，密奏田豫虽有战功而禁令松弛，所得器仗珠金很多，都放散给手下而不上交。因此，田豫虽有功劳而不蒙奖赏。《三国志》卷9《曹爽传》裴注引《魏略》讲，桓范在明帝时迁征虏将军、东中郎将，使持节都督青、徐诸军事，治下邳；与徐州刺史郑岐争屋而凭符节要斩郑岐，为郑岐所奏劾而免职；后又做兖州刺史，怏怏不得意；又听说要转为冀州牧。当时冀州牧统归镇北将军府领导，而镇北将军吕昭的才能和资历都在桓范之后，桓范对妻子说：我宁作诸卿，向三公长跪，不能为吕昭屈身，称疾不做冀州牧。上述这些均说明，自都督制实行后，刺史与都督因地位不平等，而不能和睦相处。
西晋时，州刺史与都督关系仍不和谐，时有冲突。《晋书》卷33《石崇传》载：“（石崇）出为征虏将军，假节、监徐州诸军事，镇下邳……至镇，与徐州刺史高诞争酒相侮……”同书卷37《高密文献王泰传孝王略附传》载：“迁安北将军、都督青州诸军事。略逼青州刺史程牧，牧避之，略自领州。”卷89《嵇绍传》：“拜徐州刺史。时石崇为都督，性虽骄暴，而绍将之以道，崇甚亲敬之。”两者虽无摩擦，但都督的骄暴之态，却十分明显。卷35《陈骞传》载，武帝受禅，陈骞在扬州作都督，牵弘为扬州刺史，“不承顺骞命”。陈骞借入朝机会，奏牵弘“勇而无谋，强于自用，非绥边之材，将为国耻”，结果，牵弘被征回朝。上述诸引文反映，在都督制实行初期，最高统治者的主导思想是欲都督、刺史分职而任，都督主军，刺史主民，两者的地位不分轩轾。又让都督、刺史同驻一地，便于协作备战。故西晋羊祜说：“昔魏武帝置都督，类皆与州相近，以兵势好合恶离。”但实际上事与愿违。都督以军权在握，官品又高，不将刺史放于眼中。而刺史以汉魏以来，州牧隆重，地主之尊，不为之屈。故两者之间常起冲突，轻者相互诋毁，重者引节行斩。都督、刺史不仅不能很好配合，反而相互拆台、逼走乃至拔刀相向，直到都督在管区内侵夺刺史主民权，越庖而代，将刺史撇在一旁。故西晋以后，都督所驻州之刺史之职例皆由都督兼之。这样一来，都督之权愈发膨胀。军府凭借征伐之权，不仅侵夺州职，又兼侵郡守之职；军府属吏则侵夺县宰之职，军府与所属之州便成上下级关系。刺史有事先通报于军府，州郡职缺，军府上表求补。“夫府以统州，州以监郡，郡以莅县”的府州郡县间的统属之序因此而成。
东晋时，都督与刺史之间的上下级关系，注定了两者也不会和谐相处。如东晋末的江州，临近京畿。卢循起义时，庾悦为都督，刺江州，立建威将军府。后卫将军刘毅因与庾悦有宿怨，借口江州凋残，不宜有军府以增江州负担，只宜专设刺史，休养生息，要求加督江州诸军事，朝廷答应了他的要求。江州只留千余人维持治安，原庾悦三千多人马悉归刘毅军府。刘毅以都督之权统摄江州，对刺史庾悦，“符摄严峻，数相挫辱。悦不得志，疽发背，到豫章少日卒”。
梁时，河东王萧誉，在侯景之乱时为湘州刺史。不受督府之令，甚至率兵逆战都督萧方智的讨伐军。
不过，通观魏晋南北朝时期，州刺史与都督之间关系的变化有一个过程。曹魏西晋初，两者各自独立性还较强，其中刺史尤为明显。但，都督侵越州行政职权的行为大量增多。如西晋羊祜都督荆州军事，在荆州“开设庠序，绥怀远近”。这几乎是汉时州刺史插手郡国事务的翻版。正由于此，府州之间不和谐的情况也就相对较多。平吴之后，以都督兼刺史，虽是对刺史制度的一次改革，收到军民刑政，权归一统的效果，但同时，却对刺史的地位产生重大冲击。自此以后，都督对所属之州刺史，顺则令而用之，逆则逼而走之。除了都督反叛朝廷，刺史可以拒绝从命外，其余则有令即从，否则，则兴兵讨伐。宋朝时，元凶弑立，要求百官献谠言，当时的侍中何偃就提出“都督刺史，宜别其任”。
刺史与刺史之间、都督与都督之间、都督刺史与府佐、郡县守令之间，从对朝廷的职责上讲，还有互相监视之责。如《周书》卷13《代？王达传》载：“建德初，进位柱国，出为荆淮等十四州十防诸军事、荆州刺史。……所管沣州刺史蔡泽，黩货被讼，赃状分明。……乃令所司，精加按劾，蜜表奏之。”这实际上是魏晋南北朝时期朝廷对地方监察的一个补充。
二魏晋南北朝州制度下的郡、县
有关魏晋南北朝时期郡县的组织结构、职能职责、区划变迁、数量的增减以及郡太守、县令长的待遇选任、品阶封赏等方面的相关制度，严耕望先生已详述备至。这里，只想探讨此一时期，当州作为地方一级行政层级之后，郡、县的地位和运作。
（一）魏晋南北朝州制度下的郡
1．州与郡的行政权关系。魏晋南北朝时期的郡，是次于州的地方二级政府。其与州的关系是上下级的统属关系，即所谓“自汉季以来，刺史总统诸郡，赋政于外，非若曩时司察之而已”。随着此时地方行政组织，由汉的郡、县二级制演变为州、郡、县三级制，其相互之间的关系也就发生相应的变化。
第一，郡的隶属关系发生了变化。在州还未成为一级政区的西汉时，郡的直接上司为朝廷。朝廷各项政令的执行，在地方上所依赖的是郡国守相。国家有事，取办于郡国二千石。朝廷“及拜刺史守相，辄亲见问，观其所繇，退而考察所行以质其言……常称曰’庶民所以安其田里而亡叹息愁恨之心者，政平讼理也。与我共此者，其唯良二千石乎‘”。后汉时“或以尚书令、仆射出为郡守，或自郡守入为三公”。因此，两汉时的郡太守，地位隆崇，前途光明。曹魏西晋时期，郡犹存往日之威势。朝廷下诏常直接对郡。盖因当时州牧的主要政务为对外作战，地方行政则主要依赖郡守。所以，当曹操西征时，河东郡给了其有力的后勤供应，引来曹操称叹曰“河东吾股肱郡，充实之所，足以制天下”。随着州上升为地方一级行政机构，郡在此时则变为州的下属机构。故而东汉末，鲁国孔融为北海相时，“不肯碌碌如平居郡守，事方伯，赴期会而已”。曹魏文帝时，对雍州金城太守苏则是否可奖爵邑，要取意于州刺史张既。西晋末，司马？为兖州刺史，“在州征求不已，郡县不堪命”。
