在农业和森林资源管理方面，美国在19世纪60年代出现的“木村饥荒”导致了1891年《森林保护法》的出台，该法初步制止了对森林资源的掠夺式采伐和破坏。20世纪兴起的生态研究对森林生态系统的保护有促进作用，1960年的《多元利用法》，开始提倡和发展森林资源的多元利用和持续生产。在1991年，加利福尼亚成为通过以生态系统概念为基础的政策解决生态贫困的第一个州。美国林务局在1992年宣布了一项多元利用的生态系统管理新政策，为了适应新的生态系统管理观，该局改变了过去施行的“基于资源”的管理政策。在美国西北部太平洋沿岸地区，有一片绵亘1 000多公里，由参天古木组成的价值巨大的原始森林，人们希望它能够永续地生产木材、林副产品和人们想要的其他东西。90年代初，由于在对待这片森林的利用与保育方面，各利益相关团体的利益和观点存在着根本的分歧，从而使美国西北部的这片森林陷入了严重的管理危机。1993年4月，克林顿就任美国总统三个月就在西北部俄勒冈州的波特兰市召开了一个总统森林会议，专门商讨解决美国西北部地区联邦国有森林管理危机的公平解决办法。来自不同社区和阶层的公众、经营者、科学家和一些团体组织受到邀请，各自表达了他们对森林的重要性以及如何打破各部门利益冲突僵局的想法。克林顿总统为了化解这个管理危机，实现地区森林生态系统的科学化管理，设立了一个以政府、科学家和管理人员组成的100多人的专家队伍，即森林生态系统管理评价工作组，要求他们对区域内的天然林以及其他各类森林制定管理规划，并对规划进行生态、经济、社会等方面的综合影响评价。该工作组为了寻求获得社会经济与生态双赢局面的方案，通过综合考虑区域的生态、经济、社会因素及其可能变化趋势，推翻了起初以建立原始林及河岸带自然保护区为主要目标、同时考虑到森林木材的生产经营的方案，提出了以生态系统全面管理为出发点的管理对策和政策的调整建议即方案9。该方案在设置自然保护区时，既考虑到保护原生林与猫头鹰和海雀的栖息地，又保护濒危鱼种产卵和孵化的关键性流域，同时还考虑到保证木材生产不受过大影响。其生态目标是：（1）斑点猫头鹰和云纹海雀的栖息地，保证其种群繁衍；（2）天然林中各树种种群的繁衍和森林的延续；（3）区河流中洄游性及其他鱼类产卵、孵化的需求；（4）保持天然林的原有各项功能。经济和社会目标则是保证区域经济持续不断增长、社区民众安居乐业。通过从生态学、经济学和社会学角度进行的专家评估，以及邀请公众和经营者参与评估过程，方案9最后设置了10个自适应管理区。1993年7月，克林顿总统宣布将森林生态系统管理评价工作组报告中的第9号建议方案作为西北太平洋沿岸森林管理新规划方案，确定了以综合生态系统管理为基础的美国天然林管理的新概念与原则。这一方案经过数月的公众意见征询、法庭辩论与修正补充，于1994年初正式在美国西北部森林地区付诸实施。该方案实际上是将可持续发展理论结合运用于各类区域生态系统管理方面的实践。它是在区域这个层级，为自然资源的开发与利用，以及区内生态环境尤其是珍稀物种资源以及生物和生境多样性的保育，制定科学、合法、操作性强的管理手段和方式。其目的就是要为资源的经济利用与生态环境的保育这一对明显相互矛盾的行为创造一个管理上可能的协调机会。因而，生态区评价也许是人类通向可持续发展道路的一条全新途径。此方案不仅成为美国西北太平洋沿岸森林管理的历史转折点，结束了早先的森林砍伐，转向以经营管理为主，而且寻找到了一条持续有效开发利用自然资源和保育生态的全新途径。在此之后，美国又进行了6个不同生态系统与地区的生态区评价，对当地的生态系统管理、自然资源开发与生态保护之间的平衡和可持续发展起到了良好的指导作用，得到了地方政府部门与民众的好评与肯定。
为了实施综合生态系统管理方法，美国注意从组织创新方面提供保障。1995年，美国环境质量委员会、农业部、陆军部、国防部、能源部、住房和城市发展部、内政部、司法部、劳动部、国务院、运输部、环境保护局和科学技术政策局等14个单位，签署了《鼓励生态系统方法的谅解备忘录》。接着成立了联邦部门间生态系统管理任务组，以促进美国联邦政府有关部门对生态系统方法的认识。
§§§第三节 有关国际组织综合生态系统管理立法概况
从国际环境资源法的发展历史看，在第一个阶段（1972年以前），国际环境法主要是针对海洋、淡水、大气和野生动物等自然资源；在第二个阶段（1972年至1992年），主要是规范可能对环境产生不利影响的物质，如化学品、废物、放射性物质等污染物质；在第三个阶段（始于1992年），主要是对环境和生态系统进行综合保护。为了保护生态系统，已经制定1971年《湿地公约》、1972年《世界文化和自然遗产保护公约》、1973年《濒危物种贸易公约》、1979年《保护野生动物移栖物种公约》、1992年《生物多样性公约》、1992年《气候变化框架公约》和1994年《防治荒漠化公约》等国际环境资源条约。据统计，20世纪70年代以后主要的国际环境资源条约中有1/3是关于物种、生境、特殊区、气候的保护条约，其中大都涉及生态系统。
随着生态学的发展和传播，特别是生态系统概念在一些国家法律中的运用，生态系统方法及综合生态系统管理思想开始在国际环境资源法领域得到应用。起初它仅仅是一些专家学者提出的思想观念，随后这些观念为了适应国际环境资源活动和环境资源管理的需要，经过实践的检验，在管理应用上逐渐发展出一系列对管理行为具有指导意义的原则和规则，并在有关国际条约和缔约国大会上被普遍认可后，作为履约工具向国际社会推广。目前已有不少国际法律规范性文件，特别是那些框架公约中的具体协定、议定书和决定已经在设计新的制度与措施来体现或实现生态系统管理的理念。
较早体现生态系统理念的是《养护南极海洋生物资源公约》（1980年），该公约已经明确提出要保护南极四周海洋的环境及其生态系统的完整性，推动南极海洋生态系统的综合研究。接着，《联合国海洋法公约》（1982年12月10日订于蒙特哥湾）对保护海洋环境、海洋生物资源、海洋生态系统，防治对海洋环境的污染和破坏做了大量具体规定，明确规定：“按照本部分采取的措施，应包括为保护和保全稀有或脆弱的生态系统，以及衰竭、受威胁或有灭绝危险的物种和其他形式的海洋生物的生存环境，而有必要的措施。”（第194条）
1982年10月28日联合国大会通过的《世界自然宪章》，对维护生态系统有很高的认识。该宪章规定：“人类是自然的一部分，生命有赖于自然系统的功能维持不坠”，“文明起源于自然，自然塑造了人类的文化，一切艺术和科学成就都受到自然的影响，人类与大自然和谐相处，才有最好的机会发挥创造力和得到休息与娱乐”，“每种生命形式都是独特的，无论对人类的价值如何，都应得到尊重，为了给予其他有机体这样的承认，人类必须受行为道德准则的约束，人类的行为或行为的后果，能够改变自然，耗尽自然资源；因此，人类必须充分认识到迫切需要维持大自然的稳定和素质，以及养护自然资源”，“从大自然得到持久益处有赖于维持基本的生态过程和生命维持系统，也有赖于生命形式的多种多样，而人类过度开发或破坏生境会危害上述现象”，“应尊重大自然，不得损害大自然的基本过程”，“所有各种类生态系统的典型地带、罕见或有灭绝危险物种的生境，应受特别保护”，“对人类所利用的生态系统和有机体以及陆地、海洋和大气资源，应设法使其达到并维持最适宜的持续生产率，但不得危及与其共存的其他生态系统或物种的完整性”，“在决策过程中应认识到，只有确保自然系统适当发挥功能”，“对使用时会消耗的不可再生资源，应考虑到这些资源是否丰富、是否有可能合理地加以加工用于消费，其开发与自然系统的发挥功能是否相容等因素而有节制地开发”，“所有规划工作都应将拟订养护大自然的战略、建立生态系统的清单、评估拟议的政策和活动对大自然的影响等列为基本要素”，“应密切监测自然过程、生态系统和物种的状况，以便尽早察觉退化或受威胁情况，保证及时干预，并便利对养护政策和方法的评价”，“本（宪章）载列的各项原则应列入每个国家的以及国际一级的法律中，并予实行”，“确保在其管辖或控制下的活动不损害别国境内或国家管辖范围以外地区的自然系统”。
《关于环境保护的南极条约议定书》（1991年6月23日订于马德里，中国政府代表于1991年10月4日签署该议定书）是一个较早反映综合生态系统管理理念和原则的国际环境资源法律文件，该议定书序言强调：“深信有必要加强对南极环境及依附于它的和与其相关的生态系统的保护”，“深信制订一个保护南极环境及依附于它的和与其相关的生态系统的综合制度是符合全人类利益的”，“各缔约国承诺全面保护南极环境及依附于它的和与其相关的生态系统”。该议定书第三条（环境原则）规定：“对南极环境及依附于它的和与其相关的生态系统的保护以及南极的内在价值，包括其荒野形态的价值、美学价值和南极作为从事科学研究，特别是从事认识全球环境所必须的研究的一个地区的价值应成为规划和从事南极条约区一切活动时基本的考虑因素。” 为了达到保护南极生态系统的目的，该议定书还规定：“规划和从事在南极条约地区的活动应旨在限制对南极环境及依附于它的和与其相关的生态系统的不利影响”；“南极条约地区的活动应根据充分信息来规划和进行，其充分程度应足以就该活动对南极环境及依附于它的和与其相关的生态系统以及对南极用来从事科学研究的价值可能产生的影响作出预先评价和有根据的判定”；“如果违背上述各项原则，对南极环境或依附于它的和与其相关的生态系统产生或者可能产生影响，均应予以修改、中止或取消”。
1992年召开的联合国环境与发展会议，是认可和传播生态系统方法的一次重要会议。这次会议通过或启动了《生物多样性公约》、《气候变化框架公约》、《防治荒漠化公约》、《关于森林问题的原则声明》等几个体现生态系统理念的国际环境资源公约和政策文件。例如，《关于森林问题的原则声明》强调，“森林资源和森林土地应以可持续的方式管理，以满足这一代人和子孙后代在社会、经济、文化和精神方面的需要”，“应认识到各种森林在地方、国家、区域和全球各级上维持生态过程和平衡的重要作用，特别是包括在保护脆弱的生态系统、水域和淡水资源方面的作用，作为生物多样性和生物资源的丰富仓库以及用来生产生物技术产品的遗传物质和光合作用的来源”，“环境保护和社会与经济发展中所有与森林和林区有关的方面均应加以一体化和全面化”。为1992年联合国环境与发展会议做准备并在全球广泛散发的《保护地球——持续生存战略》，即经过修订的《世界保护战略（WCS）》（1991年出版），提出了可持续生存和发展的9项原则和旨在建立可持续发展社会而采取的132个具体行动，描述了各种经济领域和不同生态系统获得可持续性的一系列行动，对执行地方、区域和国家的可持续发展战略提供了指导。
虽然不少国际环境资源法律政策文件涉及生态系统问题，但在国际法上，综合生态系统管理主要是伴随着《生物多样性公约》的实施和发展而成熟的。《生物多样性公约》较好地体现了生态系统的思想，该公约强调：“注意到保护生物多样性的基本要求，是就地保护生态系统和自然生境。”并且在确定公约适用范围的重要术语中，突出了生态系统的重要地位和作用，例如，该公约规定：“生物多样性是指所有来源的形形色色生物体，这些来源除其他外包括陆地、海洋和其他水生生态系统及其所构成的生态综合体；这包括物种内部、物种之间和生态系统的多样性” ；“ 生态系统是指植物、动物和微生物群落和它们的无生命环境作为一个生态单位交互作用形成的一个动态复合体”。上述规定实际上奠定了综合生态系统管理的国际法基础。正是《生物多样性公约》的履约机制及由该公约引发的一系列活动，促进了生态系统综合管理方法的成熟和推广。据考察，在国际上，综合生态系统管理的12条原则和5点导则最早是在1995年马拉维召开的生物多样性公约大会的一个专家组会议上提出的。《生物多样性公约》缔约方大会第五次会议于2000年5月15日至26日在肯尼亚内罗毕的联合国环境规划署总部举行，有1 500多名与会者出席了会议，代表156个国家政府以及非政府组织、政府间组织和各种土著和地方社区组织。这次会议通过了有关综合生态系统管理方式的说明及12项原则的“生态系统方式”决定（V/6），将其作为该公约内的一个重要实施框架。后来这12条基本原则及其操作指导方针于2003年10月10日至14日在蒙特利尔召开的生物多样性公约大会科技咨询辅助机构的第九次会议上获得通过。2004年召开的《生物多样性公约》缔约方第七次会议正式通过了《生态系统方式决定》，再次肯定了“综合生态系统管理”。2006年3月20日至31日在巴西库里提巴市举行的《生物多样性公约》缔约方第八次大会上，再次确认了综合生态系统管理方法。
