在神功元年（697年）十月，武则天将狄仁杰召回朝中，官拜鸾台侍郎、同凤阁鸾台平章事、加银青光禄大夫、兼纳言，这就恢复了狄仁杰的宰相职务。此时的狄仁杰已经成为辅佐武则天的重要大臣，狄仁杰深感个人责任的重大，因而尽心竭力地关心国家的前途。他提出很多有益于社会和国家的建议，在以后几年国家的社会政治生活中发挥了巨大的作用。尤其是他对待少数民族的政策，在今天看来仍具有进步意义。
狄仁杰认为对待少数民族应该以德使之安定，他曾上书说：“天生四夷，自古以来都在先王疆界之外，所以东边抵达沧海，西边阻隔流沙，北边横着大沙漠，南边阻隔着五岭。这是上天用以限制夷狄而隔开中原和外地。从典籍记载看，国家声威教化已至三代时不能到的地方国。古时候，周宣王北伐至太原，文王将美好的教化推行于江汉流域。如今，三代边远之处，都已经成为我国的内地了，如果还对边远地区动用武力，在离国极远之处求取功利，就会使我国府库耗尽财粮，而又不能对那些人民征收赋税，土地也不能耕种纺织，如果只求取远夷臣服的称誉，而不致力于巩固根本、安抚百姓，这样根本不会定国安邦。前代的秦始皇和汉武帝已经是我们的前车之鉴，秦始皇为了扩充天下，不惜滥用武力，征集民力，使得天下百姓忍无可忍，以致于被人推翻。汉武帝也是极力追求扩大疆土、征伐天下，使人民不堪重负，很多人饿死，很多人为了生存只好做了强盗，因此当时人民贫困，盗贼四起。幸好，汉武帝在晚年时悔悟，停止了征战，减免赋税，才使国家安定下来。如今陛下每年都征兵出战，耗费大量的财物。为了巩固西边的四镇与东面的安东，军事开支日益增大。百姓空虚贫乏、不堪负重。如今潼关以东地区大闹饥荒，蜀汉地区的百姓颠沛流离，江淮以南征税不停，使百姓不得不离开土地，为了生存做了盗贼。这样一来，国家富强的根本已经动摇，这使我国的忧患加重。为了争夺蛮夷的荒凉之地，我们没有能力去安抚百姓。昔日汉元帝听从贾损之的建议而废掉了朱崖郡。汉宣帝任用魏相的计谋而放弃了车师屯田。他们不仅仅是不慕虚名，更重要的是他们不愿意耗费太多的人力物力，加重百姓的负担去舍本逐末，这正是亡国之策啊。近世贞观年间，平定了突厥国，任命李思摩为可汗让他来统治突厥诸部，这正是为了避免因戍守边疆而征民远去。夷狄反叛时去讨伐他们，降服后再安抚，这真是推倒灭亡，巩固存在的道理啊。如今，臣以为应该委任阿史那斛瑟多为高丽国的可汗，委托他治理四镇，镇守安东。这样我们可以节省戍守安东的军费，集中兵力于边塞上，只要他们侵犯我边疆，就不必追究他们的责任，何必到其巢穴，与其计较长短呢？如果夷狄有冒犯之举就让他们还击，如果没有侵犯之意，就让他们勤加防范，这种以逸待劳的作战方式不是更加有利于边疆的安定吗？这样一来，夷狄是客我方为主，他们疲惫而来，我军正是养精蓄锐，哪有不胜之道理，吐蕃、突厥等辈也是如此，他们如果深入我军，则必会被颠覆；如果冒犯，也不会得到什么好处。这样，数年之后他们必将臣服于我国，我们不费一兵一卒就能得到安定。”这个建议对于定国安邦很有好处，许多有识之士都很赞同，但是武则天并没有采纳他的建议。
圣历元年（698年），此时武则天年事已高，所以需要定立继承人，这时武承嗣、武三思，多次劝说武则天立自己为太子，武则天犹豫不决。但是，狄仁杰以国家的江山社稷为重，深知如果将国家交予武氏后人定会给百姓带来灾难，并且会引起暴动，他以政治家的深谋远虑，劝说武则天应该顺应民心，立庐陵王李显为太子。但是武则天也没有同意。当时，大臣李昭德等也曾劝武则天还政于李显，但是也没有什么结果。狄仁杰明白武则天想让周朝能够长存，怕还政于李，使自己的心血化为泡影，而自己的侄子的确是不成器，让天下人担忧，她并不想违背民意。狄仁杰了解了其中的原因后，从母子亲情的角度劝说武则天：“立子，则千秋万岁后配食太庙，承继无穷；立侄，则未闻侄为天子而附姑于庙者也。”武则天说：“此朕家事，卿勿预知。”狄仁杰听后，郑重地说：“王者以四海为家。四海之内，孰非臣妾？何者不为陛下家事！君为元首，臣为股肱，义同一体。况臣位备宰相，岂得不预知乎？”武则天听完有所感悟，于是便采纳了狄仁杰的意见，亲自将庐陵王李显迎接回宫，立为皇嗣。狄仁杰知道尽管李显并不是贤主的最佳人选，但是因为武氏夺政已经在朝野上下引起了不满，如果不在立太子这件大事上做出顺应民意的决定，定会天下大乱的。此举也让狄仁杰成为了再造唐政的第一大功臣。
圣历元年（698年）秋，突厥南下侵犯河北，河北受到威胁。武则天任命狄仁杰为元帅平定此乱。突厥默啜可汗烧杀抢掠无所不做，掳掠赵、定等州青年男女万余人，然后退至漠北，狄仁杰无力追击，于是武则天改任他为河北道安抚大使。狄仁杰查清情况后，上书武则天，他说：“许多百姓因曾被突厥俘虏、被其驱使做事，在突厥撤退之后，他们害怕被杀，很多人都逃跑躲藏，朝廷中很多人主张惩罚他们，虽然他们行为不同，但是都是投降了敌人，应该受到惩罚。崤山以东的调取征伐，过于严重，有很多百姓因此家破人亡，加上地方官吏敛财，加大了对百姓的剥削力度。想想这种情形，他们还会考虑遵循礼仪吗？在困难之中没有办法，为了生存只好投降外夷，这种行径不为君子所赞同。但是，小民哪有那么高的境界呢？还有一些人是被突厥所逼，只好暂时投降他们，等待官府军队的到来，可是官兵来了之后，却将一些降服之人杀掉以取得所谓的战功。并且他们还要对那些被俘的百姓进行烧杀抢掠、肆意凌辱。当时，敌人在时对他们还丝毫无犯，而我们的官兵到了却如此残害，真是让人心寒呀！人像水一样，如果堵塞他，定会爆发洪水，不如疏导它，让它成为河流为我所用。如今那些逃走的人，一定会躲在山上。为了生存，他们也许会落草为寇，这样会使局面更加混乱，崤山以东的匪盗就是这样形成的，臣以为边疆不安定是暂时的，不是大患。然而，内地不安才是大事，必须要加以制止。因此，臣请陛下宽恕戴罪之人，让他们内心安定，这样他们就会安定下来不会作乱，请陛下三思，特赦这些罪民，一律不予追究，让他们回到家乡好好生活，安定民心才是治国大略啊。”武则天同意按此行事以定民心。狄仁杰将这些百姓赦免，并且开仓放粮赈济灾民以安抚民心，还命令地方官员修建驿路以济旋师。这样也可使军队能够休养生息。同时他严禁部下侵扰百姓，违令犯法者当斩。经过狄仁杰的治理，战乱后的河北很快恢复了安定。
对国内外形势有如此精湛的分析，表明狄仁杰是一位定国安邦之才，面对历代以来的边疆问题，他找到了有效的防范措施，他所主张的“主客之说”，的确是高明的办法，这是一个既能够使内不会因负担沉重而怨声载道，对外又能够有效防范的措施。真是一举两得的办法。这说明狄仁杰考虑问题很深远，而且处处为国为民，丝毫没有自私之心，他之所以能修身齐家治国平天下，正是因为他有如此宽容的心胸，“人不犯我，我不犯人”的战略看似被动，但是绝对是一个治国安邦必要的政策。让国家以德来安抚四夷，以气势来制敌，同时又能够安民，真是一个万全之策。
在应对战争残局时，狄仁杰能够分析出事情的缘由始末，表现了他杰出的智慧。他能够体恤民情，以此来安抚百姓，不但为朝廷处理了日益混乱的战局，也保全了无辜的百姓，让他们能够安身立命。狄仁杰真可谓是功劳盖世啊。
