1939年9月，第二次世界大战爆发了，希特勒的纳粹法西斯军队横扫欧洲。在整个欧洲烽烟四起的时侯，玻尔正在美国普林斯顿大学的一间小屋中向爱因斯坦讲述他的最新成果——一项可以决定这场大战胜负的成果：核裂变。玻尔结合当时梅特娜的实验指出：铀235在裂变时将放出中子，从而引起链式反应，根据爱因斯坦的质能方程这一过程将释放出无比巨大的能量。多么可怕！只要想到将其用于战争，马上就能造出原子弹来。
出于对家庭安危的担忧，玻尔放弃了与爱因斯坦共同研究的计划，赶回了丹麦。实际上，在玻尔回国的的当年，丹麦就被纳粹占领了。希特勒急于想利用玻尔尽快研制出原子弹，由此达到征服全球的目的，所以让他继续从事研究。由于玻尔一贯主张把他的研究成果公诸于众，所以他继续发表他的研究成果，向德国人讲述原子的威力。然而这个消息传到美国，却使美国总统罗斯福如坐针毡，再加上有消息传来说，挪威工厂已经可以年产1500公斤重水，这足以进行原子弹实验。罗斯福总统更是觉得火烧眉毛，局势非常紧急。
最后，他斩钉截铁地说：“决不能让德国人抢在我们前面制造出原子弹。”并且，他亲自接见了谍报人员，并询问有无可能把玻尔从德国人手中夺过来，让他参加哈曼顿计划？后来，决定由英国首相邱吉尔亲自布署、实施这一行动。
但是没多久，轴心国总部获得了这条消息，立即下令逮捕玻尔。于是盟国与轴心国展开了夺取玻尔的斗争。1943年，玻尔从丹麦警察那里知道了德国人要逮捕他的消息，在丹麦抗敌组织的帮助下，携同全家乘一条小船，经过几个小时的颠簸，横渡波罗的海，逃到了瑞典的斯德哥尔摩。然后再乘飞机飞往英国。于是，就出现了本文刚开头的那一幕。
当玻尔进入飞机的弹舱后，发动机立即起动，飞机滑上跑道，扶摇直上，尾部拖着长长的桔红色的火焰，消失在夜幕之中。飞机上升到需要吸氧的高度时，玻尔却遭了殃，他的面具未与氧气接通，他感到憋气胸闷，四肢无力，耳边“嗡嗡”作响。渐渐地，他什么也听不见了，他失去了知觉。经过几十分钟的飞行，这架蚊式飞机终于在英国爱丁堡附近的一个机场上安全降落了。当炸弹舱的盖子“嘭”的一声被打开后，人们才发现了昏迷的玻尔，军方赶紧派了一辆敞篷车将他送往医院。
不久后，消息传到了罗斯福总统的耳朵里。知道盟军已经把玻尔从德国人手中抢了回来，罗斯福才长长地出了一口气，心里的一块石头总算落地。
几天后，玻尔恢复了健康，便和他的儿子奥格飞往美国的洛瑟拉莫斯，加入了制造原子弹的行列。
玻尔在逃亡中，还有一个非常有意思的小故事。玻尔在出逃前，左思右想对两样东西放不下心，一个是他的诺贝尔奖章，一个是一瓶重水。他在实验室中踱来踱去，不知怎么办才好，突然间，他看到了摆在架子上的化学药品，他眼前一亮，想出了一个好主意。他把诺贝尔奖章溶解在“王水（一种混和酸）”里，德国人对一瓶酸不会有多大兴趣吧！那瓶重水怎么办呢？他灵机一动，对了，给它来个“偷梁换柱”，把它装在冰箱里的啤酒瓶里，明天带走。然而，第二天在慌乱之中，他却拿错了瓶子。到了瑞典他才发现自己带的只不过是一瓶普通的丹麦啤酒。
当二次大战结束，玻尔重新回到他的实验室时发现，那瓶珍贵的重水和那瓶溶解了诺贝尔奖章的“王水”安然无恙，丝毫无损。愚蠢的敌人，这么珍贵的东西竟然在他们的眼皮底下呆了这么多年，他们却毫无察觉，而玻尔这个与德国法西斯“斗智”的小故事却广为流传。
