1948年5月14日夜，本·古里安在特拉维夫博物馆向全世界发布《以色列国独立宣言》，庄严宣告：以色列国成立！并成为临时政府首脑。
当日午夜，英国人离开巴勒斯坦。
第二天早晨，黎巴嫩、叙利亚、伊拉克、外约旦和埃及5个国家共4万多人，分别从南、北、东三面向以色列发起猛烈攻击。总共只有3万余人的“哈加纳”同时与5个国家的正规部队开战，形势非常危急。本·古里安没有瑟缩，也没有颤抖，毅然地领导起独立战争。经过勇敢的战斗，以色列军队初步改变了战争爆发时的绝对劣势局面，在各个方向遏制住了阿拉伯人的推进。6月11日，经联合国斡旋，阿以双方同意停火。
本·古里安最大限度地利用这为期4周的停火时机，为以后的战争作准备。通过进行半公开移民，扩充兵员；积极向捷克斯洛伐克、美国和英国采购武器，发展陆、海、空三军力量。
与此同时，本·古里安着手整编军队，肃清过去的非正规军色彩，实现国防军的统一。停火令生效期间，“伊尔贡”偷运回一船军火，欲据为已有。这种公然的背叛行为，激怒了本·古里安，他开始担心“伊尔贡”会武装反叛以图夺权或在耶路撒冷和犹地亚建立分裂的犹太国家。在内阁会议上本·古里安强调：“我们不会有两个国家，也不会有两支军队。”6月21日傍晚，运送军火的“阿尔塔莱纳”号船在特拉维夫海岸被炸毁。6月28日，本·古里安命令全国陆军举行对国家的效忠宣誓。接着，本·古里安将国防军编成4个军区，明确各军区所分担的作战区域。同年9月17日，联合国安理会任命的阿以冲突调解人、瑞典红十字会会长福克·贝纳多特伯爵在耶路撒冷被杀。他的死据认为与“斯特恩帮”有关。由于发生“阿尔塔莱纳”和调解人被杀这两起事件，本·古里安撤销了“伊尔贡”和“斯特恩帮”这两个军事组织，从而保证了以色列武装部队的统一，并把它完全置于政府的领导之下。
本·古里安对战争的准备和对军队的整编，使得以色列军事力量迅速增长。继7月9日发动反攻之后，10月15日再次向埃及和叙利亚军队发起功势。到1949年初，迫使埃及政府宣布停战。1949年7月20日，以色列与叙利亚之间签订了最后的停战协定，以色列独立战争结束。
战争结束后，以色列进行首届议会选举。选举中，没有一个党派获得绝对多数，巴勒斯坦工人党获得相对多数，在120席中占46席。魏兹曼总统授权巴勒斯坦工人党领袖本·古里安组阁。在以色列首届正式的政府中，本·古里安任总理兼国防部长。本·古里安在各个领域中采取了一系列重要措施，这些措施决定了以色列未来的面貌。这些措施的实施在很大程度上有赖于本·古里安的倡议、坚持和个人权威。
本·古里安完成组阁后，以色列应当建立一支什么样的军队提到议事日程。本·古里安的目标是将军队建成一支纪律严明的不干预政治的国家军队，他这一打算在内阁中得到普遍支持。本·古里安指定帕尔马契（突击队）为首批复员部队，下令解散了3个旅。他认为帕尔马契是由一批思想意识较“左”的基布茨社员控制的，他很担心这支部队变成以色列的“红军”，从而改变这个国家犹太复国主义的政治本色。所以解散帕尔马契成为他的首要任务。面对这种赤裸裸的压力，许多帕尔马契指挥官表示强烈不满，纷纷提出辞职。这正合本·古里安的心意，他借此机会把他认为合适的人选安插在军队重要位置上，他愿意用与政治毫无联系的猛将来支撑以色列国防军的大厦。本·古里安还为这支军队赋予了深层次的含义：成为培训来自各国的犹太青年并使之融为统一民族的有效场所，此举有助于缓解来自东方和西方的犹太人之间因意识形态的差异而导致的社会冲突。
与此同时，本·古里安促成议会通过回归法，从法律上认可每个犹太人有权返回祖国，并在到达以色列后立即获得国籍。于是一大批犹太移民源源不断而来，又一次出现移民高潮，伴随而来的是就业机会和住房问题。本·古里安把目光放在了约占以色列国土一半的内格夫沙漠上，并将此上升到安全的高度。他说：“安全的含义并不是军事阵地。安全的含义在于，在内格夫建立犹太人的城镇和农业定居点，使沙漠繁荣起来。”他要求动用一切力量为在内格夫居民点的居民提供援助。
本·古里安非常重视教育，认为这是关系到民族生死存亡的问题。他力主通过全民义务教育法，建立起全民教育体系。本·古里安初到内格夫沙漠中部城市斯得·博宽时，那里还是一块荒漠之地，干旱和风沙几乎使得这里人烟绝迹。眼前的荒凉景色并没有使这位理想主义者却步，他梦想着把文明带入这块不毛之地，使其成为一块哲学家的丰碑。本·古里安促成了本·古里安大学在该市和贝尔·沙瓦市出现。遵循本·古里安的崇高期望，该校师生以顽强的意志和艰苦的劳动，在科学、技术、种殖、动物饲养、征服风沙和寻找水源等方面取得了令人信服的成就，并用这些成就为内格夫带来了蓬勃生机，促进了以色列工农业生产的发展。
在完成了未来以色列国家的设计，并使这个国家按照他的设计方案正常运转后，1953年10月，本·古里安宣布辞职。他把总理的职务交给了外交部长摩西·夏里特，国防部长职务交给了平哈斯·拉翁，军队的最高指挥权交给了他的得意弟子摩西·达扬。然后去了内格夫一家无党派的基布兹萨代博克尔生活。
