1939年，第二次世界大战爆发，在美国正式参战之前的几年，由于亨利·福特在20世纪20年代早期所传播的那些偏见（如仇恨犹太人）恰好与纳粹的立场一致，他的行为和言论受到密切的关注。
1938年7月，在庆祝自己75岁大寿时，亨利·福特接受了阿道夫·希特勒授予的一枚德国鹰大十字星勋章。1939年4月，纳粹元首收到了福特汽车公司所赠送的价值35000德国马克的生日礼物。尽管送礼的决定完全是由福特—沃尔克作出的，在1939年，福特—沃尔克已经是一家独立的公司，但它的名字中毕竟还有“福特”这两个字。福特遭受了铺天盖地的批评，越来越多的人开始怀疑亨利·福特和希特勒是串通一气的，福特不得不发表声明，否认他支持纳粹的政策。不过第二次世界大战爆发后，亨利·福特同上次一样，认为美国无需参战。
1940年，欧洲已经被战火包围。总统罗斯福召集国会会议，提出了加强国防的建议，包括将陆军和海军的空中力量从500架飞机扩充到5万架以上的计划。但是华盛顿启动空前军备计划的决策很快就揭示出，政府官员和生产商之间存在巨大的沟通障碍。由于无法提出正确的问题，无法理解问题的答案，也无法达成协议，良好的意愿变成了空谈。急需帮助的罗斯福打电话给已经是通用汽车公司总裁的克努森，请他来华盛顿掌管战时生产。克努森挺身而出，他于1940年5月告假，几个月以后辞了职，再也没有回到通用。
克努森于6月份被任命为生产管理办公室总干事，成为正在扩张的“民主兵工厂”（总统对美国生产能力的称谓）的老板。由于他的全职采购职务实际上是没有薪水的，他成为最早的“一年一美元的人”之一。在战争中，克努森在商界和政府之间搭建了一座桥梁。他的任务是把美国出众的生产能力转化为军用物资；策划项目并把它们分派到不同的部件装配厂；把主要部件委派给合适的公司或确保可能的竞标商能收到投标建议；监控生产安排以便各项目能顺利转化为产成品；协助完成资源的调配。由于一切都是从停滞状态开始的，挑战之大可想而知。
此前，英国政府向美国订购了大量的劳斯莱斯默林引擎。在生产管理办公室还看不到合适的承包商时，克努森转向了福特汽车公司。这家公司不光是生产方法上的领头羊，还曾经在20世纪20年代生产出高质量的三引擎飞机，这在汽车制造商中是独一无二的。
美国军队和英国政府共同向福特汽车公司订购了9000台飞机引擎，并且要求公司根据劳斯莱斯的设计生产这些引擎。查尔斯·索伦森和埃兹尔参加了合同的商讨。然而，当消息在英国媒体上公布时，亨利·福特立即把合同取消了。沮丧之余，克努森拨通了帕卡德汽车公司的电话，帕卡德总裁阿尔文·麦考利在电话中同意接受默林引擎合同。
北美和英国的媒体都批评说福特的决定是一种背信弃义的行为。事实上，福特汽车公司已经接受了它的第一份第二次世界大战军工合同——只不过是来自德国政府的合同。尽管科隆的福特—沃尔克在1940年时已经只是名义上的福特汽车分公司，并不受迪尔伯恩的控制，但它毕竟是在同第三帝国进行交易，这对拒绝劳斯莱斯合同的福特汽车公司来说无疑是雪上加霜。加拿大福特公司的官员建议亨利·福特通过允许甚至鼓励加拿大和英国分公司为英王乔治六世的军队生产军事物资来缓和局势，福特最终妥协了。这样，轴心国一方和同盟国一方的福特分公司都参与了军工生产。然而，尽管福特的立场是一种最微妙的平衡，人们却把它解释为福特用和平诉求来掩盖亲纳粹倾向的策略。
尽管亨利·福特曾粗暴无礼地取消劳斯莱斯引擎合同，克努森还是向他提供了一个生产普拉特—惠特尼引擎的机会。当时，P-47战斗机和C-46运输机等飞机的引擎是普拉特—惠特尼公司设计的，但当时的其他中小规模制造商一样，普拉特—惠特尼公司不能大规模生产引擎。必须由更大的企业充当临时代理人，接下生产合同。在埃兹尔和索伦森的劝说下，福特最终同意与这个全美国化的项目合作。
随后，克努森开始为庞大的B-17空中堡垒（B-17 Flying Fortress）轰炸机和重型B-24解放者（B-24 Liberator）轰炸机招募承包商。克努森将两种飞机的生产工作都进行了分配，零部件会从全国各地运往中部城市的最终生产工厂。福特汽车公司也参与了B-24项目，任务是生产各种各样的零部件。不过福特和查尔斯·索伦森对生产零零碎碎的东西以供他人完成生产没有兴趣。他们想生产完整的B-24，保持公司的自治性，保证每一架产成机都能追溯到生产程序和负责人。
查尔斯·索伦森和埃兹尔·福特于1940年2月作为国防顾问委员会的客人访问了综合飞机公司，参观了那里的B-24生产过程。B-24是第二次世界大战中最复杂的飞机之一，它是四引擎螺旋桨飞机，翼展110米，速度很快，最高时速是300英里，它可以在无须重新加油的情况下飞行3000英里，而且可以携带四吨炸弹。
那时候，综合飞机工厂已经为美国政府生产了数十架B-24，但索伦森对综合飞机工厂的主要生产程序不屑一顾，索伦森下定决心要让福特汽车公司生产完整的B-24而不仅仅是提供零部件。根据索伦森的计划，新工厂长一英里，宽1/4英里，附带有一个设施齐全的飞机场。在他的想象中，这样的工厂不是简简单单的零部件工厂，而是罗斯福总统所说的“民主兵工厂”的核心。索伦森的计划得到了福特和埃兹尔的支持。
索伦森修建B-24工厂的计划让克努森异常兴奋，福特汽车公司做得越多，生产管理办公室的负担就越轻。1941年3月3日，政府与福特汽车公司签订了总价值达4.8亿美元的1200套“机身组件”（这一次，机身组件指的是除引擎以外的所有零部件）和800架整机的采购合同，并且授权公司修建一家新大型工厂。那时候，厂址已经选定，就在伊普西兰蒂大学城附近的沃施唐纳县。这里大约位于底特律以南25英里，被人称做柳木场。
全国各地的报纸都在讨论福特的新项目、4700万美元的总建设成本以及政府正在投向新工厂的1100万美元（最终，美国政府对柳木场的投资达到了两亿美元）。这条消息对鼓舞国民士气起到了重要作用，因为它是第一条一般美国人也能理解的有关军事动员的实实在在的消息：对战争的讨论已经唤醒了福特汽车公司，一旦柳木场建立起来并开始运转，它将每小时产出一架B-24.在美国人看来，这样的生产速度足以保证美国人击败任何地方的敌人。
不过，福特新工厂的选址最初遭受到各方面质疑，最大的质疑在于是否能有足够的劳动力。柳木场工厂需要60000名雇员，但它与最近的城市之间也有很长一段距离，而且在所有员工都必须天天准时报到的情况下，它却不提供交通、住宿和其他条件。不过在考虑这个问题之前，第一个问题是工厂必须建造起来。
9月份，总占地250万平方英尺的各主要建筑建造完毕。建造楼房并不是多大的难题，更大的问题是工厂的装备。工具和专业化机器的准备工作需要600万个工时才能完成。单单生产轰炸机所需要的模具就多达11000个。福特汽车公司把大约一半的准备工作外包给其他厂商。不可思议的是，在1941年的大多数时间里，公司的1800名工具设计师每天都会画出总长达三英里的蓝图，这相当于一家工厂的长度。在一个轮班制的忙碌日子里，他们所画出的图纸总共达到了五英里之长。接下来，工具制造工们必须根据设计图制造出每一套工具。
随着军工项目的进展，亨利·福特的烦恼也日渐增多，他很清楚，他的公司只剩下了美国政府这一个顾客——这是历史上的第一次。
对汽车制造商来说，生产汽车始终是更关心的问题。因此，管理战时生产的克努森最迫切的任务是必须阻止汽车工业生产太多的汽车。毕竟在战时，生产军用品才是当务之急。1941年8月份，生产管理办公室宣布将本年度剩余时间的汽车产量平均压缩26.5%，将1942年前六个月的汽车产量压缩50%。福特汽车公司在1940年度生产了全美汽车的20.2%，次年是18.1%，根据新的生产配额，它在1942年度的汽车产量将占全行业的18.6%。这个份额将使福特汽车公司排在克莱斯勒公司（23.1%）和通用汽车公司（44.3%）之后位居第三。在产量削减后，福特汽车公司在1942年只能生产399600辆汽车，大约是上一年的一半。
而在1942年，美国的军事动员程度要高得多。新车销售停止，福特汽车公司像其他所有汽车制造商一样成了美国军队的附属。大批政府官员和巡视员来到福特的工厂特别是柳木场，提出要求，检查文件，随心所欲地审查运营状况。亨利·福特认为这是旨在控制福特汽车公司的一个阴谋。他对克努森的批评尤为激烈。
亨利·福特变得暴躁而偏执，他只相信一个人，那就是哈里·贝内特。那时候，埃兹尔·福特身体状况堪忧。他的胃部不适长时间以来一直被认为是胃溃疡所致，但在1942年1月，他被诊断为胃癌患者。亨利·福特坚持认为埃兹尔的病是自找的。在他看来，如果儿子能采纳他的建议，按他的食谱和方式吃东西，像他那样锻炼身体，胃病就会根除。他时常散播他自己的医学观点，曾声称埃兹尔经常呕吐是因为他是一个意志薄弱的人。
在福特汽车公司的模范性UAW合同于1942年1月到期后，公司又回到了敌对工会的老立场。这种转变的原因之一是，汽车工人的工会已经无法对战时劳动力施加完全控制，这使得零零散散的罢工又开始困扰福特的工厂，特别是柳木场工厂。患有偏执狂的亨利·福特相信，UAW正在利用战争控制他的工厂，尽管还谈不上控制他的公司。于是，他又一次开始反对工会，反对埃兹尔的建议。在这个过程中，查尔斯·索伦森的地位也一落千丈，尽管他仍然掌管着荣格河和高地公园工厂的生产事务，他数次因疲劳而昏倒在工厂中，耳鸣也时有发生，其他一些迹象也表明他的神经已经高度紧张。索伦森的恶劣健康状况以及柳木场的可怜产量使哈里·贝内特找到了说服亨利·福特让索伦森离开轰炸机工厂的机会。没过多久，索伦森连踏进柳木场的权力都没有了。
1943年5月26日，埃兹尔·福特去世。整个家庭沉浸在悲痛之中，福特汽车公司中那些指望埃兹尔真正掌权后把公司带入新纪元的人也绝望了。快满80岁的亨利·福特亲自接任了福特汽车公司总裁一职，无论从身体还是精神上来说都已变得迟钝。尽管福特本人不再出现在公司的各类工厂，哈里·贝内特却一直在工厂中执行着来自老板（或号称来自老板）的命令。
军方官员密切关注着福特汽车公司军工项目的进展。他们希望公司的效率能变高而不是变低。由于雇员数量仍停滞在必要数量的1/3，柳木场的生产进度仍然比原计划晚六个月，“这家巨大的工厂可能关闭，成为一个由错误选址造成的美国战争灾难”。
战争部官员甚至在考虑接管公司，这是在他们的合法权利范围之内的。克努森视察了福特的工厂，找出了工厂运作中足够多的应该改进之处。1933年以来一直担任总经理的雷·劳施让工厂的生产保持着必要的稳定速度。为了给亨利·福特的执行能力加一道保险，海军秘书弗兰克·诺克斯给当时在五大湖海军训练中心任职的海军上尉亨利·福特二世写了一封信，卸去了他的军职。亨利二世回到了迪尔伯恩，但从管理意义上说，把亨利二世叫回家是没有用的。亨利·福特连在工厂中给他的孙子安一张桌子都不愿意，更别说把负有真正职责的工作交给孙子了。
秋季，福特汽车公司首席机械师拉里·谢尔德里克被不明不白地解雇，其他一些为公司效力多年的执行官也在压力下辞职了。1944年3月2日，亨利·福特解雇了索伦森。
在来自军方的越来越大的压力下，柳木场终于在1944年获得了突破。凭借老福特汽车公司式的干劲，它最终生产出了一流的B-24解放者轰炸机，完成了最初的计划。到1944年夏季，柳木场已经生产了5000架飞机，工作效率高于其他所有的B-24工厂。它甚至担负起了额外的任务，比如制造备用零部件和改造老B-24.
在政府和军队的敦促下，福特汽车公司最终将潜力完全发挥了出来。大批B-24远程轰炸机参战毫无疑问加速了欧洲大战的结束。在战争中，福特汽车公司共生产了8685架B-24轰炸机、57851台飞机引擎、277896辆吉普车、93217辆卡车、26954台坦克引擎以及2718辆坦克和反坦克装甲车等不计其数的重型机器。另外，林肯汽车公司也为B-24贡献了24929个机舱。
人们经常把盟军形势的好转归功于美国的军工生产。但当大局已定时，军工生产骤然停止了。1945年4月17日，AAF和战时生产委员会发布了停产通知。
在被美国政府拆掉机枪、炸弹和照相设备后，数百架B-24轰炸机被从欧洲运回了柳木场。第二次世界大战中最被认可的偶像之一B-24很快就过时了。
1945年8月，随着原子弹在广岛和长崎引爆，第二次世界大战结束。但福特汽车公司却已处在被人忘却的边缘。它像其他企业一样无法回到战前的时光，而且在某个人接替亨利·福特之前，福特汽车公司甚至已经无法继续前进。
