祭祀是人类向神祇表达愿望或敬意的仪式。在祭祀与政治密切相连的古代社会，地域最高政治权威的重要表现之一就是拥有与神祇交流的祭祀权，日本列岛也不例外。《三国志·魏书》倭人传（以下略称《魏志》倭人传）记载，2世纪的倭国发生大乱，直至一位“事鬼道，能惑众”的女子——卑弥呼被拥立为王，战乱才终于平息。
在成书晚于《三国志》的《后汉书》倭传中，卑弥呼的“事鬼道”被改记为“事鬼神道”，也就是说，“鬼道”等同于“鬼神道”。《说文解字》对鬼、神的字义解释是：“鬼，人所归为鬼”；“神，天神，引出万物者”。在中国的殷周时代，“殷人尊神，率民以事神，先鬼而后礼”，“周人尊礼尚施，事鬼敬神而远之”。
在古代朝鲜半岛的马韩，人们“信鬼神，国邑各立一人主祭天神，名之天君；又诸国各有别邑，名之为苏涂，立大木，悬铃鼓，事鬼神”；每年的五月春耕完毕和十月秋收结束之时，人们“祭鬼神，群聚歌舞，饮酒昼夜无休”。
根据古代中国、朝鲜半岛的鬼神信仰，可以推测卑弥呼的“事鬼道”，似乎不是对天神的祭祀，而是对鬼神的祭祀。
至6世纪，在佛教传入日本列岛之前，神祇祭祀是倭王支配“天下”的重要政事，即于每年的春、夏、秋、冬四季，祭拜天·地·社·稷之180神。佛教传入之后，诸神祇被放在“国神”的位置，与外来的“蕃神”——佛教相对并存。
进入7世纪以后，神祇祭祀依然是倭王权巩固政治权威，紧密王权与群臣之间政治纽带的必不可少的手段。推古十五年（607）二月，推古女王诏令：
朕闻之，囊者我皇祖天皇等宰世也。跼天瘠地，敦礼神祇。周祠山川，幽通乾坤。是以阴阳开和，造化共调。今当朕世，祭祀神祇，岂有怠乎。故群臣共为竭心宜拜神祇。
从诏书的内容可知，祭祀神祇的目的不是为了神祇，而是为了稳定王权的统治。数日后，厩户王子和苏我马子率领群臣举行了祭拜神祇的仪式。
皇极四年（645）六月，发生“乙巳政变”，皇极女王让位，孝德大王即位。孝德新政权成立后不久，孝德大王、皇极前女王和中大兄王子在大槻树之下，召集群臣对天神地祇盟誓：
天覆地载，帝道唯一，而末代浇薄，君臣失序，皇天假手于我，诛殄暴逆，今共沥心血，而自今以后，君无贰政，臣无贰朝，若贰此盟，天灾地妖，鬼殊人伐，皎如日月也。
显然，孝德王权的意图也是通过神祇信仰这个媒介，达到巩固君臣秩序的目的。由于是向天神地祇盟誓，因此神的存在是不可欠缺的，但神本又是无形的，需要有形的自然物或人造物来表现，大槻树即是被视为神祇所在的自然物。
前已叙述，孝德新政权成立后，推出了一系列改新之诏。实际上，在制定一系列改革措施之时，孝德大王曾对左大臣阿倍仓梯麻吕（阿倍内麻吕）、右大臣苏我石川麻吕（苏我仓山田石川麻吕）说：应当“遵上古圣王之迹，而治天下”，并让二人询问群臣有没有统治民众的好方法。于是，苏我石川麻吕上奏建议：应先祭镇神祇，然后再议政事。此建议得到了采纳，孝德大王派人分别前往尾张国和美浓国，向神供奉币帛。随后，同年（645）八月，新政权就发布了“东国国司诏”，命令派遣到东国的“国司”，制作户籍和校田，进行人口以及田地的调查，并统一管理兵器。
白村江败战后，天智王权进行了内政改革，加快走向中央集权制的步伐。但是，有关天智朝的神祇祭祀，文献史料记载并不多。天智九年（670）三月，在近江的山御井之旁，设置诸神之座，举行献奉币帛仪式。显然，诸神的祭祀被集中在一处举行了。
天智十年（671）十一月，天智大王病重，意欲实现中国式的父死子袭的王位继承，为了确保其子大友王子能够顺利地登上王位，在宫内的佛像前，大友王子与左大臣苏我赤兄、右大臣中臣金连以及苏我果安、巨势人、纪大人手持香炉，举行了盟誓仪式。其时，大友王子首先起誓：“六人同心奉天皇（天智）诏，若有违者，必被天罚”等，然后苏我赤兄等5人泣血誓盟：“臣等五人，随於殿下（大友）奉天皇诏，若有违者，四天王打，天神地祇亦复诛罚，三十三天证知此事”等。虽然誓词中提及天神地祇，但是举行仪式的空间，却是“佛”的存在场所，而非“神”的所在，由此可以看出，在天智王权的意识形态中，神祇与佛之间并没有明确地分离。
以大友王子为首的近江朝廷最终在壬申之乱中寿终正寝，取而代之的是天武·持统朝。以武力夺得王位的天武天皇，深知神祇祭祀和佛教所起的政治作用是非常重要的。壬申之乱时，在从吉野奔向东国的途中，天武天皇就曾遥拜天照大神，祈求神衹的加护，借以鼓舞己军的士气。即位后的天武天皇，更是派自己的女儿大来皇女去天照大神宫（伊势神宫）奉仕，以强调神衹对其即位的庇护。在《古事记》、《日本书纪》的神代卷中，天照大神是具有日神（太阳神）和王族祖神双重性格的女神，是居住在高天原（天上世界）诸神中的最高神，派自己的孙子琼琼杵尊（迩迩芸命）从高天原降到筑紫日向高千穗，统治苇原中国（地上世界）。
天武、持统朝期间，施行了一系列旨在中央集权化的措施，与之相应，律令制国家一步一步地形成，其中的神祇祭祀体系也逐渐地被完善。天武十年（681）正月，天武天皇诏令畿内及诸国，修理神社的社殿。神社是祭祀神祇的设施的总称。最初的神社形态，是在山麓、河边等露天场所举行神祇祭祀，树木、岩石等自然物被视为神祇降临的神座。其后，祭祀神祇的地方逐渐开始设有建筑物，与之相应，神祇也变成常住于神社的神灵。原本不同的地区或氏族，其神社供奉的神祇各有不同，神祇祭祀权也是掌握在地方有力豪族手中的。但是天武天皇实施将全国的神社一律纳入中央集权体制之下的政策以后，就意味着各地不同的神祇体系被一统，天皇成为拥有全国最高祭祀权的人，通过信仰的纽带，中央政权对地方社会的支配进一步稳固。
持统四年（690）正月，天武天皇的皇后——鸬野皇后正式即天皇位，是为持统天皇。关于持统天皇的即位仪式，《日本书纪》有如下的记载：
物部麻吕朝臣树大盾，神祇伯中臣大岛朝臣读天神寿词。毕，忌部宿祢色夫知奉上神玺、剑、镜于皇后。皇后即天皇位。
其中，神祇伯是司掌祭祀的神祇官名；“天神寿词”的内容是“以神代之古事，为万寿之宝词”。毋庸说，诵读“天神寿词”的仪式是显示天皇即位正统性的一环节。即位后的持统天皇又派遣使者“班币于畿内天神地祇”，向畿内的诸神祇报告其即位之事。持统六年（692），在着手建造藤原宫之际，持统天皇“遣使者奉币于四所，伊势、大倭、住吉、纪伊大神，告以新宫”。由此可以看出，随着以天皇为顶点的中央集权制的形成，似乎已无须假借神祇之意决定国家政事，而当国家政事的决定之后，向神祇报告的重要意图之一是祈愿神祇护佑国家政事的决定，维持国家的安定。
此外，在天武·持统时期，还确立了祈年祭、大忌祭、风神祭、相尝祭、镇魂祭、新尝祭等律令制神祇体系中的祭祀。
