笼络汉族知识分子康熙统治初期，尽管各地的反清斗争已经被基本镇压下去，但是，民族矛盾仍然相对尖锐。三藩之乱就带有明显的民族色彩。未遂的杨起隆起义更是将斗争矛头直接指向了满洲贵族。这一切都构成了对清王朝的潜在威胁。康熙认为，士为四民之首，要争取民心，扭转汉族人民的反清情绪，关键在于转变汉族知识分子反清立场。于是，康熙采取了种种措施争取和重用汉族知识分子。
康熙南巡时，多次亲自拜谒明太祖的陵墓，并亲笔写了“治隆唐宋”的匾额，悬挂在陵殿前。他还提出要查访明室后代，授予官职，让其看守陵墓。后来没有查到，便改派清朝官员按时致祭。他还亲临孔庙祭祀，一对孔子的后裔大施恩宠，从感情上对汉族士大夫进行笼络。除了进行传统的科举考试外，康熙还于康熙十七年（1678）特设“博学鸿词科”，想尽办法吸引明代遗老及各种人才参政。康熙要求各级官员都要将自己认识的学行兼优之士举荐给朝廷，以便他亲自考察录用。经各地官吏推举，有一百四十三人参加了康熙十八年（1679）的体仁阁考试。
清政府给了应试者十分优厚的待遇，除了发给往返路费、衣食费、柴炭银外，康熙还亲自赐了丰盛的宴席加以款待。表面上考试进行得郑重其事，康熙还亲自阅卷，但实际上对应试者十分迁就，百般照顾。严绳孙只作了二首诗，潘耒、施闰章的诗不合韵律，都被录用。彭孙通故意将词写得言词不通，竟被录为一等。可见，为了广泛招致人才，康熙不拘一格，确实花费了一番苦心。这次考试录用的五十人都被授予了翰林院的官职，奉旨编修明史。高官俸禄和种种特权使这些人逐渐放弃或动摇了反清立场，落第的文人学士也无颜再以明代遗老自居了。博学鸿词科的设立确实起了一箭双雕的作用。
但是应试的只是当时汉族学者中的二、三流人物，而顾炎武、黄宗羲、李颐著名学者始终拒绝应试。康熙对他们也采用了宽容的态度。关中大儒李颐以身体有病为理由拒不应试，竟被强行从家乡抬到西安，李颐便绝食抗议，连续六天汤水不进。清朝官员无可奈何，只好又派人将他送回。后来，康熙到西安，指名要
见李颐，李颐还是托病推辞。康熙不仅没有怪罪他，还亲题了“志操高洁”的匾额赐给他的儿子以示褒扬。太原的傅山被役夫用床抬到京城外 30 里的地方，他誓死不入城，京中的王公、大臣们慕名纷纷前来看望，傅山若无其及地躺在床上，既不迎送，也不施礼。结果地方官员只得以傅山老病为由奏请免试，得到了康熙的准许。康熙所以能够容忍这些人抵制考试的种种大不敬行为，一方面是因为他们名满天下，影响极大，不愿意轻易触动他们，另一方面他们拒绝出仕，只是退居家中讲学著书，这没有直接触犯清王朝的统治。
康熙十三年（1674）以后，借为平定三藩筹措兵饷，清政府开始实行捐纳制度。这是康熙为落第的汉族文人打开的又一条入仕之路。当时，上至知府、知县，下至监生、生员，都可以用捐纳得到。知县额多易得，又是最受欢迎的官缺，士人们踊跃争购。三年内，全国仅知县就捐纳了五百多人。每年清政府的捐纳收入多达 200 多万两白银。
于康熙十六年成立的南书房，位于乾清宫斜对面。入直南书房的官员不仅陪伴皇帝研究学业，还有代拟谕旨、时备顾问的任务。南书房的官员大多选自汉臣，由于朝夕侍奉皇帝，这些人才随时可能被发现并得到重用。高士奇原是一介寒士，落第后曾靠卖文为生。但由于他诗文书画无不精通，颇得皇帝赏识，成了康熙出巡狩猎不离左右的侍从。高士奇不仅才思敏捷，而且善于处事。康熙南巡杭州，应重（灵）隐寺僧人请求为之题名，不料提笔便将“林”字头写得过大，正在为难，高士奇悄悄在手掌上写了“林”二字，然后假装研墨，提示康熙。康熙就改写成“云林”。从此，也把灵隐寺称云林寺。一次，康熙狩猎因马受惊险些坠地，心中怏怏不乐，高士奇便故意带着满身泥水去拜见康熙。康熙闻知高士奇因骑马落入污水才搞得这般狼狈，大笑道：“刚才我的马多次狂跳，也没能把我甩下来。”
相比之下，康熙觉得比不善骑术的汉族文人要高明得多，不快的心情便烟消云散了。由于不仅有君臣之分，还有师友之情，南书房的官员们平步青云，迅速升迁。
高士奇一直升到礼部侍郎。张英做到文华殿大学士，自此门第显赫，四世为讲官，子孙五人入直南书房。
康熙对汉族知识分子所实行的怀柔政策是有前提的，这就是巩固清王朝的统治。一旦汉族士大夫的言行被认定危及了统治阶级的利益，他们就会遭到残酷的镇压。这集中表现在康熙王朝的十几次文字狱上。如果说发生在康熙亲政前的庄
廷钅龙一案与他没有直接关系，那么发生在康熙五十年至五十二年（1711-1713）的戴名世一案，便确实是康熙所为了。戴名世是安徽桐城人，自幼聪颖好学，喜读史书。晚年他身居故里，整理了《南山集》一书。书中记叙了南明诸王的史事，还采用了同乡方孝标的《滇黔纪闻》中的一些史料。戴名世还主张以吴三桂死后的第一年作为清的鼎胜之年。戴名世 57 岁才考中进士，担任了翰林院编修。谁想到 59 岁这年，便大祸临头，他的《南山集》被左都御史赵中乔告发为诽谤朝廷之书。结果戴名世被判凌迟处死，戴氏、方氏家族 16 岁，以上的男子全部被判处斩，女子及 15 岁以下的男子被设为家奴。族人的所有的职衔全都被撤消。
到结案时，经“宽大处理”，戴名世才免遭凌迟，改判为处斩。这时已经离世的方孝标，还被戳尸。只有族人方苞幸免于难。他原来被判为处斩，因他的文章学问闻名天下，康熙下令“免治”，但仍然一度被编进汉军旗中受到管制。平时与戴名世有交往的官员，有 30 多人被降职。受到案件牵连的，多达 300 多人。
康熙朝的文字狱之风又沿袭到雍正乾隆两朝，并且愈来愈苛刻残酷。文字狱使汉族知识分子噤若寒蝉，人人自危，不用说针砭时弊，就连著书修史，也生怕被编织上莫须有的罪名，招来杀身之祸。他们除了走科举之路，便只能一头扎进故纸堆中去消磨时光了。“名满天下不曾出户一步，言满天下不曾出口一字”，常熟学者钱湘灵的这首对联，便是他们难以言状的压抑愤怒心情的写照。除了动辄大兴文字狱，康熙对广大汉族知识分子始终是严密防范的。他晚年曾经直言不讳地说：“朕临御多年，每以汉人为难治。”他还告诫他的子孙说：“国家承平日久，务须安不忘危。”康熙所说的居安思危的重要内容就是要时刻提防汉族知识分子叛乱。为此，康熙命令心腹不断将江南各地有关汉人的民情和官吏情况密报朝廷。
曹雪芹的祖先所任的江宁织造就负有这样的特殊使命。康熙曾经在曹烦的奏折上批道：把所听到的地方大小事情，像你父亲一样秘密奏报。是非我自有分明。尚可喜是三藩中唯一始终忠于朝廷的人。据说，他去世前要求儿孙为自己穿上清太宗所赐的朝衣，以示对清廷的忠诚至死不渝。康熙闻知，也深为感动。但事隔不久，朝廷派去祭奠尚可喜的官员，就秉承康熙的旨意，以瞻仰遗容为名开棺验尸，见尚可喜果然身着御赐四团龙马褂，才信以为真。康熙对早已降清忠心耿耿的几朝老臣都是如此，对广大汉族知识分子时刻保持着戒备和警惕，就不足为奇了。
出于巩固统治的需要康熙确实笼络了一大批人才为清王朝所用，而他对汉人
的猜疑却是没有改变的。
黄河是历史上经常泛滥、改道的一条河，据有关统计共达一千五百多次，给沿河地区人民带来很大灾害，严重影响国计民生。因此，古代帝王，大多数重视治河，康熙帝是其中比较杰出的一位。
黄河容易泛滥，与其流经地区的自然条件和河流特点有关。它从巴颜喀拉山北麓发源，全长五千四百六十公里，中游流经内蒙、山西、陕西和河南西部，不仅有晋、陕之问数十条支流的水量，而且夹杂大量黄土高原的泥沙。平均每立方米含沙量达三十七公斤，暴雨时最多还超过六百公斤。“一碗水、半碗泥”之说，形象地反映了黄河含沙量之多，黄河从河南孟津流入下游，河道变得宽阔，水流缓慢，中游带来的约十六亿吨泥沙，有四分之一左右淤积在河床中，导致每年河床平均升高约十厘米。这样年复一年，泥沙不断淤积，以致下游河道成了高出两岸平地的“地上河”，并且还高出地面达十余米，全靠人工筑堤束水。如果年久失修，遇到雨季、汛期，就很容易冲决改道。
元朝开始定都北京，纵灌南北的大运河穿过黄河，向北延伸到北京附近的通州（今通县）。黄河和运河交汇，更增加了泛滥的次数。此后，治黄已不仅仅是疏导通流、防止泛滥，还要让黄河保持相当的水位，以便蓄黄济运。对此，康熙曾说：“前代治河皆以为宜疏决而放之海，则永无河患；但今运道自淮以北，必由黄河一百八十里才会到达于运河，与古形势不同，则古说亦何可尽行也？尤其是明朝万历初年河臣潘季驯治河功成，尽断旁出诸道，把金元以来黄河东出徐州由泗夺淮经云梯关入海之河线固定下来，此后二百八十年间一直以此为唯一入海河道。这当然能使人们免受改道之苦，但也出现了新的问题。主要问题是，洪泽湖以东的清口，不仅是黄、淮交汇之地，也是大运河出入的咽喉，成了最易出事的地区。如果黄、淮势均力敌，尚能安然无恙，而实际上经常是黄强、淮弱，因为“黄水荟萃众流，来自万里，力大而势强；淮源近出豫州，北御黄、南资运，力分而势弱”。淮不敌黄，经常发生黄水倒灌。“倒灌之弊，小则扪塞河口；大则淤垫河身”。甚至黄、淮二水一起涌入运河，冲决堤坝，泛滥成灾。
清初战乱不息，河道年久失修，致使河患十分频繁。史载：“自顺治十六年（1659）归仁堤（在江苏宿迁东南三十五里白洋河口）冲溃之后，睢、湖诸水悉由决口侵淮，不复入黄刷沙，以致黄河反从小河口、白洋河二处倒灌，停沙积淤
渐成陆地。至康熙六、七年间，各处大水，黄、淮并涨……淮河之水由高、宝诸湖直灌运河，冲决清水潭，下淹高、江等七州县（高邮、江都、山阳、盐城、宝应、泰州、兴化）之田者多，而赴清口会入黄海者少。海口淤，而云梯关也淤；云梯关淤，而清江浦、清口并淤矣。”
康熙初年，对地方的管理还没有秩序化，有些“奸民”和地方官，为了私利，擅自决口，加重了水患。据工科给事中李宗孔于康熙七年十月上疏揭露，安徽泗州（今泗县）、盱眙的“奸民”，“自古沟镇”。至夏家桥等处，新开沟路，共有八条”，使淮水由盱眙之周桥闸、翟家坝决口，以致高邮等处地方被淹没。当政府派遣人前往堵塞决口时，“奸民”竟“聚众驱逐夫役，不容修筑”。州县官不仅未加禁约，反而借口“呈详督抚，以候会勘”，出示令修筑“暂停”。此外，“亦问有不肖小吏利用兴工，往往为此，旋修旋决遂成河患”。
康熙帝刚刚亲政，就遇到一场大水，河道、运道遭到再一次的破坏。当时每年要通过运河挽运七省漕粮四百万石至北京，供应官兵俸饷，当时运道受阻，事关重大。因此，康熙帝亲政之初，便“以三藩、河务及漕运为三大事，书宫中柱上”，定为国家的重大任务。如康熙自己所说：“从古治河之法，朕自十四岁，即反复详考”。每当发生水灾，他便派人巡视河工，绘图以进，及时掌握情况，采取对策。
但康熙亲政之初国家财政困难，尚不能进行全面治理，仅为保证运道而搞一点应急的小型项目而已，开支稍大的工程便不能进行。康熙七年冬，河道总督杨茂勋为解决清口黄水倒灌问题，提请添筑拦黄矶嘴长坝。十三月，工部尚书马迩赛等遵奉圣旨议复，认为“所需钱粮太多，请将黄河北岸挑挖引河，分引黄河之水”。用减弱黄河水势之法解决清口黄水倒灌问题，使淮水冲出清口。恢复运河通道。减弱黄河水势固然能暂时解决清口的倒灌和淤沙问题，但从长远和全局看，黄河水流放缓会增加自身的淤沙，最终仍然不利于清口。然而，当时只能如此。
康熙帝批准了这一方案。因此，虽然国家每年投入大约几十万两白银，收效仍然没什么起色，“河患之深，日甚一日”。
几年之后，国家财政状况渐有好转，康熙在治河方面体现了一定的主动精神，颇有未雨绸缪之意。十一年六月，他根据前往巡视决口的侍卫吴丹、学士郭廷祚所呈绘图和汇报，认为“黄河自宿迁以至清河皆为紧要，虽有遥堤一层，恐未足
捍蔽水势”，因而令工部会同河道总督、漕运总督共同商酌，“应否于遥堤之外，再筑遥堤”。“所需钱粮，逐一详确议奏”。次年十月，又批准工部议复河道总督王光裕奏疏，令于清口筑坝，“以遏浊流”；并于“水势平缓”的七里墩建闸，疏浚新河，“使湖水自七里墩闸进口，即由新河文华寺入运，”以使“黄流可遏，运道无虞”。这年年底，爆发了吴三桂等人的叛乱。康熙必须集中一切人力、物力发起平叛战争，治河一事又无暇顾及。
康熙十五年（1676），各处又发大水，黄、淮再次上涨，其灾情远远超过康熙六、七年那次。据靳辅在《河道敝坏已极疏》中指出：“清口以下之河身既高，不能奔趋归海，而睢、湖诸水又合淮水并力东流。以故除古沟、翟家坝等原冲九处之处，又将高良涧板工冲决口大小二十六处，高家堰石工冲决口大小七处。诸水尽由各决口直注运河，加冲清水潭、三浅等处各决口，下淹七州县之田；而涓滴不出清口。黄水又乘高四溃，冲断于家岗等处，又复灌入烂泥浅，将武家墩板工冲开五十丈，人故明所开之废河，历杨家庙会合淮水，直奔清水潭。其武家墩上流被刷成大河，宽一二百丈不只，又分一股入洪泽湖，由高家堰石工决口，会准并归清水潭。而于各旧决口之处，则又浸淫四漫，较之以前势愈分泄，以致下流更淤，而河身高垫更不可言矣”。黄河从清江浦到海口，约长三百里，“向日河身深二、三、四丈不等，今则深者不过八九尺，浅者仅二三尺矣。黄河淤运河亦淤，今淮安城堞卑于河底矣”。
河道敝坏已极，若再不全面修治，不仅江南被淹、运道受到淤阻，甚至河南、山东也将被淹没。因此，尽管平叛战争还在进行，国家财政仍然比较困难，康熙帝还是下决心对黄河、淮河，进行全面的治理。
康熙以“淮、扬等处堤岸溃决，淹没田地，关系到人民的生活，甚为重大”，于十五年十月派遣工部尚书冀如锡、户部侍郎伊桑阿前往巡视。临行之前，康熙帝特别叮嘱：“河工经费浩繁，如果无成效，沿河百姓皆受其困。今特命尔等前往，须实心相视，将河上利害情形体勘详明。各处堤岸应如何修筑，务为一劳永逸之计，勿得苟且塞责。如勘视不审，后复有事，尔等亦难辞咎”。这道谕旨，提出“务为一劳永逸之计”，反映了康熙帝全面整治河道的坚定决心。
不久，康熙立即开始各项准备工作。十五年十二月，他命江南淮、扬所属沿河地方栽植柳树，以备河工需用。次年二月，经吏部决定，慎选河员，并行久任
之制，规定：“嗣后凡河工道员缺出，内而部属，外而知府、同知，果有曾任河职、尽心河务者，令总督保题；其未任河职，才品廉优，该督所深悉者，亦许题请。至现任河员，果能尽心河务，俸深升授他职者，许以升衔题留原任；升转时，仍照所升之职升用”。同月，康熙帝将河道总督王光裕解职。因为经奉差勘验河工工部尚书冀如锡等检查时发现，王光裕原报正在抢修的项目，实际却没有兴工；题报已经“堵塞完固”的项目，质量极差，“新堤高宽不及旧堤之半”，认为他“全无治河之才”。经过慎重考虑与选择，升任，安徽巡抚靳铺为河道总督，并遣吏部侍郎折尔肯、副都御史金镌，前往会同新任总河协助察审河务。
靳辅，字紫垣，汉军镶黄旗人。顺治九年（1652），以官学生考授国史馆编修，初入政界，此后，步步高升，十五年（1658），改内阁中书，不久改迁兵部员外郎。康熙初年，自郎中四迁至内阁学士。十年（1671），授安徽巡抚，治绩突出。十五年，康熙赏识其实心任事，“加兵部尚书衔”。这时皇帝已经发现他的经世才华，即将委以重任。不久以后，将其升擢河道总督，并寄予深切厚望。康熙委任靳辅之后，曾对日讲官说：“近简命河臣董理（河务），辨其水势，疏其故道，严察下吏，重其考成，果能实心行之，庶或一劳永逸”。
靳辅感激皇上知遇之恩，勤勤恳恳，兢兢业业以图报答，十六年三月受命，四月初六即赶赴宿迁河工署就任。莅任之后，他除随时向幕宾陈潢请教之外，并“遍历河干，广谘博询”，进行为期两个多月的实地考察。不论绅士、兵民以及工匠夫役人等，凡有一言可取一事可行者，“莫不虚心采择”。他深入研究了我国历代治河的利弊、得失，主张继承明代河臣潘季驯“筑堤束水，以水攻沙”的理论，并结合实际情况灵活运用。他体会康熙帝、“务为一劳永逸之计”的谕旨，在《河道敝坏已极疏》中，批驳了只知“保运”而不求治黄的错误做法，提出了统筹全局、“将河道运道一体，宜首尾而合治之”的指导方针，并将治河应行事宜分拟《经理河工八疏》，一起呈交皇帝。
《八疏》每疏一事，提出五项工程和三项用以保证的措施。五项工程是：挑清江浦以下，历云梯关，至海口一带河身之土，以筑两岸之堤；挑洪泽湖下流，高家堰以西，至清口引水河二道；加高帮阔七里墩、武家墩、高家堰、高良涧、至周桥闸，残缺单薄堤工，构筑坦坡；筑古沟、翟家坝一带堤工，并堵塞黄淮呼处决口；闭通济闸坝，深挑运河，堵塞清水潭等处决口，以通漕艘。其三项保证
措施是：治河钱粮浩繁；须预为筹划，以补济军需；请裁减河工冗员，以调贤员，赴工襄事；请设巡河官兵，共六营五千八百六十名，配置浚船二百九十六只，以经常维修、保护堤坝。各项工程初步估算需银二百一十四万八千余两，后逐步增至二百五十余万两。需用人夫数量亦很大，只第一项工程每日即需十二万余人，加上其他各处工程每日大约需要二十万人。
康熙收到靳辅奏疏，于十六年七月十九日命议政王、大臣、九卿、科道等诸臣，会同详确议奏。议政王等不同意大修，因“目今需饷维殷，且挑浚役夫，每日需十二万有余”，也极易生事端，所以建议：“先将紧要之处酌量修筑，俟事平之日再照该督所题，大为修治”。康熙帝不同意议政王等人暂缓实行的想法，遂令靳辅继续论证，说：“河道关系重大，是否缓修，并会议各本内事情，著总河靳辅再行确议具奏”。靳辅于十六年九月奉旨，经“反复筹维，再三勘阅”，在同年十二月遵旨再上《敬陈经理河工八疏》。此疏对前一方案稍做调整，如挑浚黄河人夫，因为“侉车（独轮车）代挑，”并将工期由二百日延至四百日，所以可从原拟每日十二万减至三万人。再如，洪泽湖下流、高家堰以西至清口之引水河，过去拟二道，因为年内已经挑浚一道，故再挑一道即可。原二、三、四疏所列各项工程仍坚持原案，靳辅声称：“急宜修筑，断难议缓”。其他个别工程还有所补充。如，清江浦以下历云梯关至海口挑浚黄河工程，于原定遥堤之内，加筑缕堤和格堤。以缕堤束水，以遥堤、格堤防冲决。并用同样方法修筑清江浦以上至徐州黄河两岸之堤工。
总之，靳辅的治河方案坚决贯彻“一劳永逸”、全面修治的方针，因此得到康熙的大力支持。十七年正月，经议政王大臣等议复，康熙帝批准实行，二月，又决定支给正项钱粮二百五十余万两，限定三年竣工。从此，清初大规模治河全面展开，并逐步取得成效。
导黄入海工程。于河身两旁各开一道引河用挖出的土，筑两岸之堤。南岸自白洋河至云梯关约长三百三十里，北岸自清河县至云梯关约长二百里，以每里一百八十丈科之，共长九万五千四百丈。又自云梯关以至海口还有百里，除近海二十里潮土太湿无法动工外，其余两岸共堤一百六十里，全长二万八千八百丈，虽然堤坝略小，然亦与关内同样挑筑。这项工程从康熙十七年开始动工，使淤塞十年的海口开始通流，为其他各项治河工程的进行创造了有利条件。但是在三年限
期之内没有最后完成。靳辅在二十年三月上疏自责，请求处分。康熙将其革职，但仍“令戴罪督修”。第二年五月，大见成效，据靳辅上疏说：“海口大辟，下流疏通，腹心之害已除”。
清口工程。明初南来漕船到达清江浦天妃闸，从这里流向黄河。万历年间，河臣潘季驯移运口于新庄闸（亦名天妃）以纳清而避黄，称清口。然而其口距黄淮交汇之处不过二百丈，黄水仍然复内灌。靳辅于十七年十月上疏建议：“必须将清口封闭，从文华寺挑新河至七里闸，以七里闸为运口（即南运口，也称清口），由武家墩、烂泥浅转入黄海。如此则运口与黄淮交会之处隔远，运河不被黄水所灌，自无垫高之患矣”。此疏经批准后，靳辅自新庄闸之西南挑河一道，到太平坝；又从文华寺永济河头起，挑河一道，引而南经七里闸，复转而西南，亦接之太平坝，全部达到烂泥浅之引河内。则两渠并行，互为月河，从舒急流而备不虞，外则河渠离黄水交汇之处不下四、五里，又有裴家场、帅家庄二水，乘高迅注以为之外捍，而烂泥浅一河分其十之二以济运，仍然挟其十之八以射黄。这一工程于年底完成之后，效果很好。据靳辅说：“运艘之出清口，好像从咽喉而直吐，即伏秋暴涨，黄水不特不能内灌运河，并难抵运口”，“迩年以来，重运过淮，扬帆直上，如历坦途；运河永无淤垫之虞，淮民岁省挑浚之苦”。
高家堰工程。高家堰是洪泽湖与高邮、宝应诸湖之间的堤堰。它的最大功能是挽湖束水、捍淮敌黄，使淮水经洪泽湖顺利流出清口；同时也是运河的天然屏障。康熙十五年大水，高家堰决堤多处，冲决漕堤，下河七州县很多被淹。靳辅将诸决口尽塞，自清口至周桥九十里旧堤悉增筑高厚，并将周桥至翟坝三十里旧无堤并已成河九道之处亦创建新堤。仍留减水坝六处，以备旱时蓄水济运；涝时泄水保堤。靳辅并于堤外帮筑坦坡，坡长为堤高的八倍，在其：种草植树，经常维修，取得很好的成果。这项工程从十七年动工，到第二年七月初二日始接靳辅奏报，全部竣工。山阳、宝应、高邮、江都四州县河西涸出诸湖沃地，可设法招垦，“增赋足民。”
清水潭工程。清水潭靠近高邮湖，地势低洼，受害严重，最难修治。大决口南北三百余丈，水深至七、八丈，东西与湖水相连，一片汪洋，漕运受阻。历经杨茂勋、罗多、王光裕三位河道总督经营堵塞十余年，用去帑金五十余万，随筑随圮，终难底绩。靳辅经调查研究，综合加以治理，决定先堵塞高家堰各处决口，
令淮水尽出清口，刹其上流水势；并挑山阳、清河、高邮、飞宝应、江都五州县运河，塞决口三十二，使下流水路疏通，然后专力以图清水潭。他吸取前人在决口下埽填土，“随下随溜”的教训，采用“避深就浅，于决口上下退离五、六十丈为偃月形，抱决口两端而筑之”的方法，“筑成西堤一道长九百二十一丈五尺，东堤一道长六百零五丈，更挑绕西越河一道长八百四十丈”。靳铺亲自率领河官六十余员，“身宿工次”，从十七年九月兴工，至第二年三月，凡一百八十五日而工竣。仅费银九万余两厂省帑金四十八万余两乙，而后向皇帝上疏奏报：“七州县田亩尽行涸出，运艘、民船永可安澜矣”。康熙看到奏表后非常高兴，特予嘉奖，“河名曰永安，新河堤曰永安堤”。一一归仁堤工程。归仁堤原以障睢，并永姻、邸家、白鹿诸湖之水，不使流入淮河，且令由小河口、白洋河二处入黄河，助黄刷沙。清初，许多河臣认为归仁堤与运道无关，致多年失修，经常决溢。靳辅则认为归仁堤失修是造成河患的原因之一，于十八年春令动工修复，首先把旧堤加高培厚，其次挑引河一条，并用其土筑大坝一道，此外又筑滚水坝一座，不使黄水倒灌。修复后的归仁堤，成为捍淮敌黄的一道屏障；皂河工程，康熙初年，漕船入黄河，西北行抵宿迁，由董口北达。后董口淤塞，于是取道骆马湖‘西北行四十里才能沟河，又二十余里至窑湾口而接沏河。“湖浅水面阔，纤缆无所施，舟泥泞不得前，挑掘舁送，宿邑骚然”。靳辅发现宿迁西北四十里皂河集沟渠断续，有旧淤河形一道，因此上疏要求，并于十八年（1679）十月议准，用节省河工钱粮，挑新浚旧，另开皂河四十里于骆湖之旁，上接珈河，下达黄河，行驶安全，便于挽运。又自皂河迤东，经龙冈、岔路口至张家庄二十里，挑新河二千余丈，并且移运口于张家庄，以防黄水倒灌。此项工程自十九年初开始动工，中经大水冲淤，经过两年始告成功。
另外，靳辅为保护重要堤堰，还增筑一系列滚水坝与减水坝，并且于二十年六月议准，在徐州长樊大坝之外，“创筑月堤，长一千八百六十九丈”。
靳辅贯彻康熙帝一劳永逸、全面治理的方针，取得了明显成果，但也遇到很大困难。主要是十九年、二十年又遇到两次大水，河道很多次决口。先是杨家庄决口，至二十年年底刚刚闭合龙门，第二年正月，又溃决，经奋力抢修一个多月，才得以重新筑塞。不料宿迁徐家湾险工又漫决百丈有余。他立即督夫抢修，于三月中旬堵塞。这时，他一面勘查各工，督令缮修；一面疏请钦差阅视河工地，其
疏刚刚奏入，又有肖家渡民堤坐陷，决口九十余丈。这些都是前进中的困难，本来不足为怪，但却有人借机全盘否定治河成就。
对于靳辅的工作，早已有人不满意了。康熙十八年十月请开皂河时，左都御史魏象枢对皇帝说：“河臣动用钱粮二百余万为一劳永逸之计。前奏堤坝已修筑七分，今又欲复开河道，所谓一劳永逸者安在？”康熙帝虽然再三要求：“务为一劳永逸方计”，但又充分预料到实际困难，因此答道：“即目前河工告竣，亦因天旱易修，岂得遽恃为永固耳？”二十一年五月初八，康熙根据靳辅要求，遣户部尚书伊桑阿、左副都御史宋文运等四人去江南勘阅河工。还没出发，候补布政使崔维雅奏呈所辑，《河防刍议》与《两河治略》二书，并条议二十四款，对几年来的治河成就全部予以否定，主张拆毁所有工程。康熙令勘阅河工大臣带领崔维雅，“会同总河靳辅确议具秦”。行前，康熙将伊桑阿等召至御座前，谕曰：“严治河不在空言而在实行。不可轻言河工之易也……尔等前去务与靳辅共同商酌，加意看验，不要各执己见。凡有会议事宜，必逐一陈奏”。然而勘阅河工户部尚书伊桑阿等，竟以挑剔的目光看验黄河两岸堤工；并归仁堤、高家堰、运河、皂河等处工程，之后回到徐州，以崔维雅条陈二十四款质问靳辅。靳辅一点也没有灰心，“逐条登答”、批驳，有理有据，让伊桑阿等感到“若照崔维雅所议，另行修筑亦难保其必能成功”，因而没有办法定议。十月，伊桑阿等还奏：“现在肖家渡决口九十余丈，宿迁、沐阳等处田地淹没，黄河不归故道。本年粮艘虽已北上，将来运道尚属可虞。至所修工程，有很多不坚固的地方，与一劳永逸之言相去甚远，应将该督并监修各官交与该部，从重治罪，其不坚固、不合要求等处，责令赔修”。同时，“将崔维雅、靳辅所议之处，逐款对写，缮疏具题”。同时，靳辅也上疏申辩说：整个河道已成十之八九，止有杨家庄以下一百四五十里河身没有打通，肖家渡新口未堵塞。”“伏念肖家渡虽有决口，而海口大辟，下流疏通，河道腹心之患已除。堵塞此口，其事实易，断不宜有所更张，以至成功而酿后患。”
靳辅的回答与申辩，对康熙帝产生了很大的影响。他于十月十七日对九卿詹事科道等说：“先是崔维雅条奏二十四款，朕初览时似有可取，及览靳辅回奏，则崔维雅所奏事宜，甚属难行”。但是，康熙对于靳辅是否能完成治河任务仍无把握，因此，曾于十一月十三日令九卿科道等官会议，是否可行海运。户部尚书伊桑阿等复奏：“黄河运道非独有济漕粮，即商贾百货皆赖此通行，实国家急务，在所
必治”而且，建造海船、疏浚近海淤塞之河道，“其费益大”、“似属难行”。康熙同意、有不少人建议皇帝换掉靳辅，康熙考虑：“如果另用一人，则旧官离任，新官推诿，必致坏事”，因此，意欲继续任用靳辅，责其完成治河任务。二十一年十一月十七日，九卿等遵旨会议尚书伊桑阿察勘河工一疏，建议将靳辅等人全部革职，戴罪赔修，限六个月修竣。最后康熙决定：“靳辅仍着革职（因原已革职），戴罪督修；修筑各官，俱著革职。如果靳限将肖家渡决口堵塞。但河工关系重大，所需钱粮浩繁；如果责令赔修，恐致贻误，仍准动用钱粮；勿得借端科派小民”。崔维雅的条奏二十四款，遭到彻底否决。到这里，由崔维雅奏疏制造的治河危机，已趋向缓和。
二十二年七月，因为大工一个接一个地做完，工部议复靳辅以二十八本奏销钱粮，康熙非常高兴地对工部官员说：“前见靳辅为人似乎轻躁，恐怕他难以成功。今天听说河流得归故道，深为可喜。以后必将严毖，才不至于疏防，方为尽善，其各本俱依议”。这年十二月，命复靳辅河道总督。第二年七月，奉差福建广东展界内阁学士席柱复命，康熙向他询问靳辅及河道情况。席柱回奏说：“曾见靳辅颜色憔悴，河道很好，漕运无阻”。康熙听后感慨地说：“今河工已成，水归故道，有裨漕运、商民，使轻易他人，必至贻悔矣”。
康熙帝高兴归高兴，可是心里还是有些放心不下。因此，康熙二十三年冬天来临之前，也是乘平三藩、统一台湾后解决俄罗斯对黑龙江侵略的间隙，他要亲自看看这令他费尽心思、令人寝食难安的黄河和花费了数百万两钱财的治河工程到底是个什么样子。
皇帝要来视察，真是历尽千辛万苦的总河官靳辅做梦也想不到的，他多么希望这个惟一信任、支持他、并能对他的努力主持公道的明君能亲眼看一看他治河的成就。从宿迁到桃源，康熙帝每次登黄河大堤都深感治河的艰难，他从靳辅日渐憔悴的面容和从容自信的奏对中了解到这个年近花甲的老汉对旗人的忠诚。他以充满理解的语调，对这位安心任事的官员说：自己虽然在宫中详细研究过治河的著作和一些工程图，虽然“知险工修筑之难，未曾身历河上，其河势之汹涌湍急，堤岸之远近高下，不能了然。”通过视察，发现一些堤段还存在相当大的危险，应加意防护：“大略运道之患在黄河，御河全凭堤岸。如果南北两堤修筑坚固，可免决啮，则河水不致四溃。水，不四溃，则溶涤淤沙，沙去河深，堤岸益
可无虞。今诸处堤防虽然经过整理，还宜培薄增卑，随时修筑，以防患于未然。
不可忽也。”此后又对修筑减水坝提出新的看法，认为这只是一时权宜之计，最好能“筹划精详，措置得当，使黄河之水顺轨东下。水行沙刷，永不决堤，则减水诸坝皆可不用。运道既免梗塞之患，民生亦无垫溺之忧，庶几一劳永逸，可以告河工之成也。”靳辅对皇上的意见表示赞同，但也表示目前因为治理尚在起步，只能先抓主要工程。在宿迁到清河，一路之上，康熙帝见到河工夫役运土筑堤，椿埽下桩，夯筑甚力，都住足观看，亲自上前慰问，还嘱咐靳辅说：“堤上夫役，风雨昼夜，露宿草栖，辛苦异常。所领工食无几，恐有不法官吏从中侵蚀，必使人沾实惠，不可不加意轸恤也。
从清河南行，康熙帝改乘舟船，一见水淹民舍、田园，都不免一番察看和对官员如何救灾爱民有所指示。倘若说康熙帝先前关注治河，主要还是关心运道的南北通畅，这次南行使这个身居深宫的年轻皇帝更加深了对治河意义的认识。受尽水患的黎民百姓，流徙转死，为摆脱死亡而挣扎。那一幕惨状即使在他临幸江宁（南京）教场、明孝陵前，还是苏州惠泉山，都不敢忘掉，一再叮嘱地方官员要切念民依，诘已率属，砥砺名节，移风易俗，务使家给人足，早享太平盛世。
当北返回程再到高邮、宝应等泛区，康熙帝对吏部尚书伊桑阿说：“朕车驾南巡，省民疾苦……见民庐舍田畴被水淹没，朕心深为轸念。访问其故，具悉梗概。高、宝等处湖水下流，原有海口，因为年久沙淤，遂致壅塞。今将入海故道潜治疏通，可免去水患。自是往还，每念及此，不忍于怀。这一方生灵，必图拯济安全，咸使得所，始称朕意。”然后让他与工部尚书萨穆哈前往遭水灾的各州县，详细调查受灾情况，并表示要济民除患，在所不惜。
天气渐渐转寒，康熙帝打算在进入腊月之前赶回北京，但又惟恐有关照不到之处。当返抵清河县，十一月初十日，天刚蒙蒙亮，他只带数十扈从，骑马沿高家堰大坝，往返百余里，凡河工险要，一一详细询问，再三叮咛靳辅，要非常重视高家堰数处薄弱坏节，不能出事。四天后，在山东都城县沙沟，他在御幄之中，濡墨挥毫，将前一日写下的《阅河堤诗》当众书于纸上，并赐给靳辅，算是君臣临别时再示信任和托付。并对靳辅鼓励道：“尔多年以来，修治河工，卓有成效，黾勉尽力，朕已悉知。此后当益加勉励，早告成功，使百姓各安居乐业，庶不负朕委任之意。”靳辅跪接御书，展读皇上的诗句，不禁心潮起伏，老泪纵横。
防河纡旰良，六御出深宫。缓辔求民隐，临流叹俗穷。何年东稼穑，此卧是疏通。已著勤劳意，安澜早奏功。
靳辅扣兴谢恩，心中激动不已，几年来的辛苦和委屈顿时化为两行热泪挥洒于胸。得遇如此圣明之主即呕心沥血、劳顿捐躯又有何妨。他当即回奏到：“臣惟有鞠躬尽瘁，以效犬马之报而已”。就在这之后又四天，康熙帝顺路至曲阜祭拜孔庙，于十一月二十九日返回北京。康熙帝已亲身巡视了治黄工程，深知“一劳永逸”的愿望还未能达到，以往的争论已如烟消云散，重要的是真抓实干。每实施一项工程，他都要认真听取各方面的意见，尤为重视靳辅提出的主张。康熙二十四年，经靳辅呈请，在徐州毛城铺，河南考城、仪封黄河两岸都进行了大规模的筑堤筑坝工程。加牢高家堰，也投入大量的人力和财力。然而或许是康熙帝觉得应尽快将遭水灾的难民救出苦海，要不就是他认为靳辅治河只关注防堵，这些都不能从根本上解决问题。以他的想法，只要能将黄河来水及高邮、宝应等地积水顺畅排出，问题便可迎刃而解。而根本的方法就是开挖海口。如此才能一劳永逸。因此，自二十三年年底，伊桑阿一行回京后，提出与康熙帝想法相一致的下挖海口的意见后，康熙帝便急于实施这一计划，并立刻下令由安徽按察使于成龙主抓这一事务，由靳辅协助支持，不得有误。旨意下达，立即引起一场牵动全局的朝廷争论。
靳辅和于成龙先后上疏，可意见却完全相反。靳辅根据多年经验和实测发现，海口不能轻挖。因为泛区低洼多处低于海平面，如果海口一开，不仅难排积水，反而会引起海水倒灌，酿成巨灾，惟一可行的办法是筑堤柬水，以击退海潮。而于成龙却坚持开浚海口，坚决执行皇上的主张。争来争去，难于一定。虽然朝臣大多数支持靳辅的主张，可康熙帝的心中却不以为然。到康熙二十四年底，康熙帝公然表示，还是按于成龙的意见，先开挖再说，并立即派工作人员进行实地勘验，准备施工。谁知不久勘验官员回奏说，当地百姓都说还是不开挖海口为稳妥。
这下原来就反对开挖下河的九卿官员都表示不能轻易动工。康熙二十五年二月，于成龙升任直隶巡抚。表面上，好像康熙帝已放弃原来的主张。但是三个月后，勘验官员工部尚书萨穆哈和礼部左侍郎穆称额却突然以勘验回奏失实的罪名被革除官职。原因是由江苏巡抚升任礼部尚书的汤斌一反先前反对开浚海口的态度，认为开工甚为有益，并向康熙帝说，自己曾把开工有益的意见向二人反映过。
至此，康熙帝早已经怀疑有人从中作梗，有意阻挠他的主张的想法似乎得到证实，他难抑心中怒气，再次询问九卿拿出意见。此时，当然已没有人再敢坚持原来主张，全都认为应该开浚海口。六月六日，康熙帝发下上谕，发内币二十万，派孙在丰前往督修开浚海口工程。孙在丰虽领命待行，康熙帝的心情却无法平静。他虽怀疑有人在暗中捣鬼，其实也没什么真凭实据。那么群臣何以对自己的意见颇多疑虑，难道确实是海口难开？靳辅治河确有功劳，可为什么如此固执己见，抗旨不遵？何况自己一直对他相当信任、重用。多年来，康熙帝在纷繁复杂、动荡不定的社会条件下，谨慎勤勉，事无巨细都亲自救理。他之所以南巡视察河工，就是想亲自了解一下情况，以便在瓤臣的争执中正确地拿出一下决定性的意见。
他一直是相当自信的。重大事务他还是希望多听听下面的意见的，并以宽容和信任换取臣下的忠诚和努力。治河艰难，不可刚愎自用，然而，近一个时期他好像感到朝臣中确实有人利用他的宽容暗行己意，假公济私。自从铲除鳌拜集团之后，康熙帝对臣下结党营私非常警觉，不过由于连续的战事，倒还没有人胆敢在这种情况下公然欺君罔上。在康熙帝的心中，大权独揽，乾纲独断，应该说天经地义。
要防微杜渐，对朝臣中弄权行为不可放任。他现在觉得下河开挖能否实施似乎已是一个政治问题。不过这一不顺心的事给他带来的烦恼恐怕还不止如此，他要一边治理黄河，一边治理朝政，没有一件事是不重要的。
康熙帝本来怕热，连日他更感到热不可耐，尽管瀛台凉风习习，勤政殿中仍令他烦躁。
孙在丰初八日向他请旨开下河事情，他告诉孙在丰有事可询问汤斌和于成龙。谁知第二天，工部竟送上题本说：“靳辅修理河工已经九年，并没有取改成功，虚糜钱粮，相应交与该部严加议处。”这分明是暗觇皇帝心理讨好邀宠。康熙帝不动声色，只是说：“河工重大，因为一时不能成功，即行处分，另命人修理，恐反致贻误。且俟一二年后，看其如何。”大学士明珠立即表示赞同和首肯。
十余天后，九卿会议，再次提出应将靳辅革职留任，仍然命令修河。康熙帝立即问伊桑阿有何主张。伊桑阿说靳辅先前的奏报前后矛盾，因此才提出这样的处理意见，不过开减水坝淹民田，不开则河堤又不能保证。康熙帝马上又问，那你有没有两全其美的办法。伊桑阿只得说：“二者俱使尽善，似乎稍难，康熙帝听到毫无意义的废话，感到无聊，于是转而问尚书余国柱有什么意见。余国柱答道：
“皇上不惜数百万金，欲救民生昏垫之患，如果河工有成，则靳辅矛盾之罪小，若河工不成，靳辅又不止矛盾之罪。所以臣等议，在工成之日再议。”这显然是不同意将靳辅革职。然后他又说：“黄河本来难治，现在漕船北来非常顺利，明显已见成效，如果不按靳辅的办法，便别无他法”，康熙帝见廷臣见解并不一致，不妨干脆说出自己的看法：“为人臣者议论国家之事，当执中公论。今见与靳辅善者，则言靳辅之是；与靳辅不善者，则言靳辅之非。靳辅原好大言，河务不可豫定。靳辅一人去留无关昆要，但河务所关者甚要。若另补一人，必塞减水坝，减水坝塞，则河堤不保矣。可有两全之良法否？尔等今日会议，明日口奏。”
第二天，九卿议定回奏竟又承认靳辅治河以来，运道无阻。减水坝所泄河水，民田多处有些受淹。现在花钱修黄河遥堤，力口固高家堰，再派人督挖下河，当然对民生大有好处。但倘若现在关闭减水坝，导致黄河大坝决口，危害将更大。
等河底渐渐刷深之后，减水坝方可不用，除此以外没有其他别的办法。从这一回奏看，虽然没提靳辅，但事实已证明靳辅的做法是正确的，却又没说皇上不对。
可是要开挖下河，势必要关闭减水坝，使下游开挖能顺利进行，可如果这样又难保黄河大坝不重又冲决。就是说减水坝其实还应保留，并且决不能关闭。而这说法事实上使康熙帝的主张在不关闭减水坝的情况下将法施行。朝臣现在也非常摸准康熙帝的心思了，他到底是真的一定要开挖下河，否定靳辅呢？还是仍然用靳辅而最后会放弃开挖下河呢？既然皇上的意思无法知晓，那就还把这个难题交给他本人决定吧！康熙帝也没什么可说的。这条该死的黄河到底还要花费他多少精力呢？不过既然朝臣们心里都不想撤换或将靳辅革职，反正自己也作做决定。于是在六月底他回到紫禁城之前宣布：靳辅虽然有错，但治河却有其一定的功劳，免其革职，仍令修治。康熙二十五年七月初四，孙在丰督修下河向皇上保证利用三个月时间亲身实地考察海口，一定在一年内督修完毕。康熙帝只简单答到：
“然。”在以后几个月中，朝臣很少提起河工之事，康熙帝也没有再召开有关会议。直到年底，孙在丰勘察一番后，最终提出要求关闭所有减水坝，以便开浚下河，才使治河问题重又摆到桌面上来。靳辅因担心这样做将冒大堤决口的危险，上疏坚决反对。康熙二十六年正月十七日，正好靳辅在朝，康熙帝与内阁、九卿诸臣当面要求靳辅将上游闸坝全部关闭，靳辅没有办法，只得同意。此后，下河工程已进入实际准备阶段，但接连暴露的问题使争论仍在进行，朝臣之中分歧也
很大，下河工程实际仍处于艰难进行的境地。
就在康熙帝为此恼怒不已之时，这年年底他的祖母太皇太后博尔济吉特氏因病去世，又使康熙帝的心里受到严重刺激，原定于十二月下河兴工的计划再告延期。
康熙二十七年的春节，紫禁城内各宫殿一片缟素，在凛冽的寒风中，使人不禁有一种肃然生畏之感，节日气氛早已不见踪影。一百多名文武朝官齐集午门外，没有人敢交头接耳，连咳嗽都憋在喉咙之内，接连数日举哀使一些官员连苦笑都难以做出。可是今日毕竟是元旦春节，到底皇上打算继续哀悼还是稍稍表示庆祝呢？各官正心中嘀咕，就有诏旨传来，王以下各官停哭一天。
太皇太后是十一月二十一日病倒的，她已七十五岁高龄。数十年政治风云和难以预料的社会动荡她都亲身感受并为此花费了毕生心血，陪伴和哺育教导了三代君王。尤其是对孙儿康熙帝更投入了全部的心血。近三十年来，遇到难决的大事康熙帝都要到慈宁宫和祖母共商，祖孙间喜悦共享，忧难同担。康熙帝深深感激祖母的养育教诲之恩，时时表现着依恋孝敬之诚。他曾几次陪同祖母去塞外温泉疗养；曾奉祖母去五台山巡游；每次巡幸地方怕祖母惦念，都随时发信京师，向祖母奏报请安；他东巡盛京时，还不忘将自己亲手捕捞的鲜鱼，用盐渍或羊脂加工过，派人快马送抵宫中给祖母品尝……祖母一病，康熙帝非常忧虑，昼夜守候在慈宁宫，寸步未离“检方调药，亲侍饮肴严，衣不解带，寝食俱废”，当祖母病势日益沉重后，他悲痛难忍，声泪俱下，他在对上天祈祷的祭文中写到：忆自弱龄，早失怙恃，趋承祖母膝下，三十余年，鞠养教诲，以至有成。设无祖母太皇太后，臣断不能致有今日。成立罔极之恩，毕生难报。虽然康熙帝采取了一切他能想到的办法，或为犯人减刑，或致祭天坛，可是太皇太后到底还是没有熬过年关，在腊月二十五日崩逝于慈宁宫。无论康熙帝如何痛哭哀悼，老祖母也已为九泉下人，留下的只有她临终前以国事为重的劝告。
正月二十三日上午，已有两个月未听政的康熙帝又来到乾清门听政。只见他形容清瘦，面色苍白，身穿青色布衣，头上发辫也已剪断，需由左右侍卫掺扶才升上龙椅。这不禁使百官非常吃惊，纷纷劝皇上节哀顺便，以保养圣体为重。康熙帝点了点头，随后官员奏事。御史郭锈奏道：“靳辅虽治河多年，但迄无成效。
皇上爱民，开浚下河，欲拯淮、扬七州县百姓，而靳辅听信幕客陈潢，百般阻挠，
宜加惩处。”当户部尚书王日藻代表九卿陈奏意见时，认为靳辅于退水之地屯田有害于百姓应该停止，而河工筑堤，还是应按靳辅意见办理。康熙帝对这一回奏非常不满，命郭锈跪在近前，然后对群臣说：自己亲历河工，十分了解实际情况，靳辅筑重堤重累小民，屯田只与延臣有利，又兼重用小人陈潢，这不能原谅。然后问郭锈参本有没有参劾掣肘河务的廷臣，郭锈回答没有，然后让九卿就参本中事再行会议。康熙帝的一番话让诸臣再吃一惊：皇上所谓掣肘河务的廷臣所指何人？
康熙表示为祖母服丧二十七个月，经群臣再三劝谏方改为二十七日除服，然而他于宫中仍穿粗布衣服，而且白天黑夜衣带不解，在小室内继续持丧。群臣劝其改变做法，稍加调养，康熙帝心情更加烦躁。二月初三日，侍读学士德格勒和侍讲学士徐元梦因“私抹记注档案”，被康熙帝下令革职，交刑部严加治罪。初七日，在听政时，康熙帝说：河工屯田对“九卿诸臣俱布利益，惟朕知其累民，再三详酌，以至于今，尔等未发一语也……若事发议罪，则尔等俱在一处。”而且说：“至于受贿贪赃之辈，朕未尝不知，只是宽大而已。如果详究，其有一人得免者？前曾将鳌拜、班布尔善俱行正法，若有败乱国政者，朕岂加宽宥耶？”
康熙帝显然在河工一事之外另有所指。这无疑是向群臣发出最严厉警号。
谜底很快被揭开。二月初六日，御史郭锈又上弹章，这次他没有直接参劾靳辅，而是按视康熙帝的意图，矛头直指一向支持靳辅的武英殿大学士明珠和余国柱等人，参本列了八条罪状，说明珠、余国柱二人垄断内阁票拟之权，任意轻重；损公营私，把持朝政，市恩立威，要结群心，挟取货贿；结连满汉党羽，把持会推用人之权；卖官鬻爵，导致官贪民困；学道教职以贿委派，败坏士风文教；以派差、考选要索科道言官，言路多受其牵制；排陷异己，阴行倾害。其中与河工有关的一条说：“靳辅与明珠、余国柱交相固结，每年糜费河银，大半分肥，所题用河官，多出指授，是以极力庇护……天鉴甚明，当洞悉靳辅累累抗拒明诏，非无恃而然也。”
郭锈弹章一上，朝臣震惊异常。大多数人感到无比痛快，尽管有借河工发难的难以服众之处，但毕竟说出明珠倚势弄权，贪纵枉法，放出了长期压抑心底的郁闷之气。不过许多官员也为郭锈捏了一把汗：明珠早已权倾朝野，倘若皇上仍然对他恩宠不衰，若仍示以宽容，后果难以预料。
明珠，纳喇氏，满洲正黄旗人。在顺治朝以侍卫任銮议卫小官，因为善于逢迎被四辅臣用为内务府总管。康熙帝亲政那一年升到刑部尚书之职，不久又升为兵部尚书。当尚可喜请归老辽东，他附和撤藩主张，受到康熙帝赏识，康熙十六年被授为武英殿大学士，多次加太子太师，成为权倾朝野的满洲新权贵。十余年中招权纳贿，结党营私。《清史稿》说他“既擅政，篮簋不饬，贷贿山积”，朝臣中大学士勒德洪、余国柱、李之芳，尚书佛伦、葛思泰、科尔坤、熊一潇；侍郎傅腊塔、席珠等都拜在他的门下。对明珠等隐特会推之权，票拟擅含己意等行为康熙帝已有所察觉，甚至还多少实行过一些警告性的打击，结果明珠却并不在意，反而变本加厉；他似乎觉得康熙帝毕竟年轻，政治经验不多，也好像总是那样宽容，他的政治决心总要依靠像自己这样有“智慧”的人才能实现。利令智昏的人总是过高估计自己而小看他人，他并不知道康熙帝已经通过于成龙、高士奇等暗中了解了许多他的劣行。尽管康熙帝在开浚下河问题上固执已见，或许明珠支持靳辅并没有什么错误，然而，倘若康熙帝把这看成是对皇帝权威的挑战，问题的实质已不再是技术问题而成为政治问题。这时，治黄问题自然而然成为康熙帝严治朋党问题的一个切入点。谁能说郭锈的大胆参劾不是康熙帝暗示的意愿呢？
又过了一天，康熙帝御乾清门听政，一通长篇上谕，把中央政府中十多年来积弊历数一遍，然后宣布将靳德洪、明珠革去大学士，交领侍卫内大臣酌用；李之芳休致回籍，余国柱革职；吏部尚书科尔坤、户都尚书佛伦、工部尚书熊一潇解任。上谕中说：“朕亲政已时间久，对部院大小官员行事尽皆深知……今在廷诸臣，自大学士以下，有职掌官员以上，全不勤敬供职，但知早出衙门，偷安自便。三五成群，互相交结，同年门生相为援引倾陷。谋划私事，徇庇党舆，图取财赂，作弊营私。种种情况，久已确知。九卿、詹事、科、道皆朕委任之员，凡议会议，理宜各出己见，公同商酌。乃一二欲行倡率之人特议于前，众遂随后附和，雷同草率，一意诡随。更有甚者，虽在会议之班，茫无知识，随众画题，希图完结。廷议如此，国事何凭？更有当集议时，缄默自容，及至偾事，巧行推卸。
此等推诿苟容之辈，朕甚恶之！亦屡加严饬。至于用人方面，关系重大。群臣贤否，不得而知，故遇紧要员缺，特令会推，原期为国得人，大有裨益，亦欲令被举者警心易虑，惟恐溺职，累及举者，因而自加勉励。”然而仍有劣员被推荐利用。本来这些弊病早已洞见，“而不即指发，翼其自知罪戾，痛加省改，庶可终
始保全。岂意积习深锢，漫无悛悔……嗣后大小臣工，各宜洗涤肺肠，痛改陋习，洁己奉公，勉尽职掌，以副朕宽大矜全，咸与维新之至意。”此后对一批贪劣不称职官员分别进行罢免纠治的处理。这是康熙帝在全国逐渐稳定后，处分的严重的一个朋党集团，对肃清朝政产生了深远的影响。在这个“朋党案”中，河工问题自然也在其中，康熙帝仍认为靳辅抗阻开浚下河及屯田，情弊显然。可是他对靳辅的处理还算慎重。一个月后，他又让靳辅和于成龙就河工诸问题第二次辩论。
靳辅仍坚原有意见：下河不应开；屯田未曾害民；减水坝关闭会危及大堤。此时朝臣都已经了解康熙帝的意图，自然反对靳辅而逢迎上意。三月二十四日，靳辅终于被革职，然而考虑到河工的前景尚难预料，并未重治以罪。同时把议河工反复无常的几个官员漕运总督慕天颜、两江总督董讷、督理下河工部侍郎孙在丰等人一一革职降级。重新改用王新命为河道总督。
岂料，靳辅虽撤，河工问题却愈加复杂。皇上和群臣没有可能在已被成见所左右的思维定势中区分靳辅原已修筑工程的对错，自然倾向于否定；但靳辅所修工程倘若被否定，不仅没有可以替代的可行方案，甚至还会酿成巨大的祸患，这是一个非常明显的难题。然而靳辅既然已革职，于成龙等人自然觉得康熙帝的意向只能是从头重新开始，便竭力鼓动废掉原有工程，包括靳辅两年来于黄河的遥堤、缕堤之间开挖的，自骆马湖始，经宿迁、桃源，直到清河的长达一百八十里的中河。此运河纯为漕运可免走黄河冒风险而开。此时康熙帝觉得还是不能只凭臆断来决定，立即派官员前往视察，发现中河并没有累民，相反而非常便民，尤便漕船，“中河内商贾船行不绝”。在事实面前，康熙帝还算清醒，距撤换靳辅不到一个月，他对议论纷纭的全体朝臣宣布说：“今多年以来，河道未尝冲决，漕艘亦未至有误，如果消靳辅治河全无裨益，恐怕靳辅不服，朕亦不惬于心矣。”
于成龙虽是好官，可在治河问题上，是出于靳辅挟仇报复。如果王新命果然以为“靳辅所治不善，大坏河道，将原修之处尽行更改，是伊等各怀私忿，遂致贻误河工，可乎？”立时说得这些“不知河务”却“挺身而言”的衮衮诸无言以对。
到了这时，虽然群臣已无所适从，可康熙帝的心中显然已经非常明白：靳辅到底无法否定，还是要对河务进行实地调查然后再说。
这年四月七日，康熙帝按照祖母生前遗愿，不把祖母遗体运往盛京与祖父合葬。决定亲自护送祖母梓宫安奉于遵化孝陵附近新落成的暂安奉殿。繁复的奉安
礼仪没完没了，康熙帝悲痛的泪水始终流个不停，直到二十六日康熙帝才返回北京。从那以后，他的眼睛便留下了“目昏”的毛病。
五月二日，康熙帝虽对河务之事“延蔓殊觉厌烦”，还是决定派刑部尚书图纳、兵部尚书张玉书、左都御史马齐、兵部侍郎成其范、工部侍郎徐廷玺前往视查河务，临行，他很干脆地向各位官员交待说：“尔等至彼处，从公详看，是曰是，非曰非，据实具奏。”
其实康熙帝的为政风格本来是非常果断的，无论是铲除鳌拜还是撤除三藩都表现得很清楚，惟独在治河问题上，他确实有一种力不从心的感觉。论经验他没有，论实践，作为一个百废待兴、政务丛脞的帝王也实属难能。他虽然信任靳辅，可朝内的党争和明珠等人的擅权，又使他觉得靳辅的自信和敢为似乎有些不正常。表面上，康熙帝不止一次说过靳辅“好大言”、“浮夸”，其实质是对靳辅不接受他的意见感到强烈不满。当郭锈将明珠党与靳辅联在一起后，康熙帝宁可相信那是真的，靳辅于是成为党争的牺牲品。但倘若说康熙帝纯属固执己见，一意孤行倒未必全对，他身贵为帝王，何事不可令行禁止。他之所以一次次让九卿讨论，一次次派员勘验，正说明他内心是十分矛盾的：黄河并不听他的命令。他不得不谨慎行事。
他感觉有点儿累了。虽然他早已不再依赖祖母的支持，可祖母的去世，使他突然感到惟我独尊其实也是一种孤独。他的心里话以后再也无处诉说。随着暂安奉殿门的关闭，他要真正以一人而临御天下，在诸臣面前表现出自己完全的成熟。
他要好好调整一下。于是，视察河务诸臣走后，他提前进驻瀛台，他不能老是这样精神劳顿，形容憔悴。六月初三，他驻进京西畅春园，每日只在澹宁居简单处理几件紧急事务。到七月中旬回瀛台，他断续有近一个月的时间没有听政。但传来的消息让他高兴的没有多少：因湖北总督裁撤，其标兵亦裁，结果裁兵因索要兵饷不得，引起了兵变，巡抚柯永升刚上任，就被刺身死，布政使叶映榴被逼自刎，叛兵在夏逢龙的率领下，占据武昌城。康熙帝紧急调兵遣将，延一个多月才将乱兵镇压下去。与此同时，塞外又传来噶尔丹大举入侵喀尔喀的消息。七月十六日，他只得亲巡塞外，安抚蒙古，行进在途，他收到视察河务诸臣的奏报，对靳辅治河的成就给予充分肯定。康熙帝回京后次日的九月二十三日，便立即召九卿、詹事、科、道官商讨治河意见，一致同意视察的结果，并同意按靳辅的主张
治理。只对中河狭窄，恐水大冲坏影响漕运，提出修减水坝泄洪的主张。虽然如此，靳辅也还坚持不改。朝臣虽然拿出意见，于是请皇上再次南巡，亲视河工以定。
康熙帝也想在解决噶尔丹叛乱之前，将治河问题基本解决，以解除后顾之忧。
于是决定康熙二十八年初再次南巡河工。
康熙采纳九卿等官建议，于二十八年（1689）正月初八日进行第二次南巡，命靳辅、于成龙随行，“躬历河道，兼欲观览民情，周知吏治”，到达浙江绍兴会稽山之麓亲祭禹陵而返，三月十九日回京，历时七十天。这次南巡重点是视察中河。他于二十三日初步看过之后，对中河工程也有些怀疑，说：“朕观此河狭隘……若遇霪潦之年，水势愈涨，万一黄堤溃决，失于防御，中河、黄河必将混而为一。
此中河开浚后，小民商贾无不称便者，盖由免行黄河一百八十里之险耳。然此论徒知目前小利，又安识日后长久有利无利也！”“但既浚之河，难以复塞。倘若永恃此河输运，断然不可……其黄河运道原自不废，仍并存之”。后来行经丹徒，见河道“亦复狭隘”，又闻官民俱言中河挑浚有益，于是又改变了原来的看法，令扈从大臣会同总河、总漕，再次讨论对中河的评价，“确议以闻”。
三月初八日，康熙回程至宿迁，听群臣奏报所议中河事情。大家全部肯定中河的存在价值：“避黄河一百八十里之险；且束散漫之水，使不致淹没民田。只因黄河逼近，不便挑宽，应将中河无庸另议”。但对将如何维护中河，他没有完全遵重靳辅建议，基本上采纳了现任总河王新命的主张。无非二人区别在于：靳辅担心中河水弱，不利济运、敌黄；故重蓄水而轻于泄，为了防止河堤决口，高堤坝；王新命担心中河水涨决堤，故重排泄而轻于蓄。从长远观点来看，后者容易出现黄水倒灌和河道淤塞。康熙提几个问题之后，告诫总河王新命要重视靳辅的经验，说：“中河工尚未成，善后事宜尔须多加留心，随处修治。遥堤减水坝所关尤要，天时旱潦不齐，尔当相其缓急先时整理。至于黄河险工，靳辅修挑水坝，令水势回缓，甚善”。
这次南巡的另一目的是“亲视下河”。康熙曾命侍郎徐廷玺、巡抚于成龙先往阅视。但他们于二月十四日回奏欺骗康熙说：“往下河水路甚浅，以政舟楫无法通过，陆路亦其难行，且宿顿无所；各口工程，俱遵皇上指画，今工已及半，凡所修治无可疑者”。为此，扈从诸臣认为：“皇上似可无行”。康熙明知下河工
程一向委派亲信管理，不让前去即系无所成就，只好作罢。三月初二，根据工部题请，将下河事务完全交与河道总督王新命管理，使“上下河道，可以兼顾”，原监理下河工程开音布令撤回京另有重用。将下河工程交出，固然与新任总河不反对这项工程有直接关系，但也说明这项工程进展不够顺利，短期内难以看到成就。
南巡第三个重点内容是阅视七里河、太平闸、高家堰一带堤岸、闸坝。过去天妃闸水流湍急，往来漕船、民船间常有损坏，因此，康熙命河臣改天妃闸为草坝，别设七里、太平二闸，以分水势。这次亲临二闸，见“漕流平缓，舟船上下，利涉无虞”，非常高兴。行至高家堰，他面向群臣宣布说：“观此一带堤岸，非常坚固，岂可谓之单薄？此堤亦不可无减水坝。如果妄将减水坝轻塞，湖水势大，安能保堤无决？故朕前谓减水坝亦有当用者，此也。”但旧谢，康熙劝慰不许，命顺天府丞徐廷玺同往协同办理。
康熙对靳辅寄予厚望。可是靳辅年已衰迈，竟在奉命溯黄河向山西督运救灾漕粮时，因操劳过度病倒在河南荥泽县。皇帝闻讯，特命其子治豫驰驿省视，又命内大臣明珠往视，传谕留淮调理。但终因病情过重，于三十一年十一月不幸去世。康熙降旨悼念靳辅，下部议恤，赐祭葬，谥文襄。靳辅卧病时，自知不久于人世，接连上疏“陈两河善后之策及河工守成事宜洋洋洒洒几万言。又请豁开河筑堤废田之粮，并清淤出成熟地亩之赋”。康熙对靳辅的建议极为重视，一一经过仔细研究。其中仅高家堰堤外另筑小堤和引黄水内灌使淤平洼地两项未用，其他诸如重视黄河险工、加筑中河遥堤、塞张庄运口、修骆马湖石闸及占用民地豁免钱粮，涸出腴地查出升科等等，均予采纳，并逐项落实。
康熙力图让继任的河道总督于成龙重视与贯彻靳辅的所取得的治河经验，于三十三年正月将其召至北京。此人过去曾经一向与靳辅对立，继任总河之后，欲关闭靳辅所设的减水坝，并妄行奏请增设河官，“豁免民夫”。康熙于十八日听政时对大学士等说：“凡为臣者，须行实事，不当只徒虚名。于成龙奏称豁免民夫，河道工程浩繁，能不用民夫而可以集事乎？且河道增设一官，则民间多一事……总之，河工经理惟在得人，不在增设官员也”。召于成龙当众问道：“尔向曰议河工事，曾经面奏减水坝宜塞不宜开，汝今观减水坝果可塞乎？”成龙回奏：“臣彼时妄言减水坝宜塞，于今观之，实不可塞”。康熙又问：“尔前言靳辅糜费钱粮，
并未尽心修筑河工。尔今观之何如？”成龙答道：“臣今亦照靳辅所修而行”。康熙生气地指责说：“既如此，则尔所奏之非，靳辅所行之是，何以不明白陈奏？
尔排陷他人则易，身任总河则难，此非明验耶？”康熙又转而向大学士等说：“于成龙曾奏：‘河道两岸不见靳辅栽有柳枝’。朕巡历南方，指河干之柳问之，无言以对；又奏：‘靳辅放水以淹民田，百姓苦累’。朕问：‘从何处放水？所淹者何处之田？’奏曰：‘臣未曾亲见’……于成龙任直隶巡抚时，居官好，亦曾效力，但却为人胆大，凡事必欲取胜。其所奏之事只徇人情面，欲令人感彼私恩。夫擢用人才乃朝廷之大权，非为臣者市恩沽名所可擅行人事也”。
康熙对曾经附合于成龙排陷靳辅的左都御史董讷、内阁学士李应荐、户部尚书王骘等人，分别给予革职和“原品休致”等处罚。因他们被皇帝指名批评后，仍不思已过。康熙斥愤怒责说：“大臣引咎自陈，应具实明白具奏，倘若支饰含糊，即非臣谊。董讷署理河道总督事时，极言靳辅虚糜钱粮，治河不善，明系附合于成龙，陷害靳辅。今修筑河工成效已著，是非功罪，定论昭然”。因支持靳辅被贬诸臣，除陈潢已故之外，其他都按靳辅遗疏所题，重新任用。
康熙因为忙于北方事务，没有时间亲临河工，只能依靠河督。三十四年（1695），于成龙因父丧回旗守制，康熙命漕运总督董安国继’任总河。但此人“于河工不亲巡历”，一切事情俱委下人，不仅毫无建树，甚至别出心裁，在临近黄河海口的马家港筑拦黄大坝，致使下流不畅，河工日坏。面对这样一些无所事事的无能河臣，康熙更加思念靳辅。
三十七年（1698）七月，工部议复漕运总督桑额等会勘之后所提继续疏浚下河的奏请，认为这是皇帝钦定工程，理应准行。可是经过十余年开浚下河的实践，康熙已逐渐认识到自己过去坚持疏浚下河是错误的，而靳辅以地势低洼而反对开浚则完全于正堤之外更筑重堤，更是实属无益。康熙还表示同意王新命的将天长、盱眙、六合等处雨水通过疏浚旧河引入长江、不使入淮的建议。补充说：“必于淮水会合之处修置板闸，苟淮水盛涨，则启闸以分其流；淮、黄均敌，则闭闸不令旁溢”。
康熙通过二次南巡，增强了对靳辅的了解，返回北京后，于三月二十一日御门听政时宣布：“朕南巡阅河，闻江、淮诸处百姓及行船夫役，无不称颂原任总河靳辅，感念不忘。且见靳辅疏理河道以及修筑上河一带堤岸，于河工似有成效，
实心任事，克著勤劳。前革职属过，可照原品致仕官例，复其从前衔级”。此事反映了康熙的求实精神和对靳辅倚任之意。此年，靳辅奉旨纂述《治河书》（即《治河方略》）成，疏表进呈。此后凡遇河工方面问题，俱命往问靳辅。这时靳辅也非常谦虚、谨慎，从不轻易提出自己的主张，发言经常提到“圣谕诚然”，力图支持康熙皇帝的见解并加以说明，所以使康熙深为满意。
从康熙二十九年起，准噶尔部首领噶尔丹对外蒙和内蒙的侵扰活动进一步加剧，康熙帝必须集中主要精力，巩固北部边防。同时，二十九、三十两年降而较在，黄河险工不断增加。如果黄河决口、运道受阻，不仅关系军民生计，甚至会影响北方战局。这时有人揭发王新命勒取库银，应离职受审。康熙于三十年二月将其革职离任，另委靳辅复任河道总督。他对大学士等说：“如果河务不得其人，一时漕运有误，关系非常重大，靳辅熟练河务，及其未甚老而用之，亦得舒数年之虑。其令仍为河道总督”。靳辅以老病辞却。他对大学士等说：“下河入海之处，朕虽未及亲览，常闻人云：盐城一带地势低洼，海水反高，建闸无益”，“前虽特令于成龙、开音布修治，没有职海一点成绩”。至十一月，他又对大学士等说：
“开浚下河，关系重大，朕为间阎疾苦深切轸念，曾命开音布、孙在丰、于成龙、王新命等专司开浚。伊等俱奏工程告竣，百姓大蒙利益，载在册籍，存部可考，人亦俱在，可以质询也。由今观之，止是虚糜国帑，水势没有消减，田亩并未涸出，所谓有益民生者果何在耶？”所以，他不再贸然批准，而敕令“详询前此督浚者，复稽考诸册籍，然后确议以闻”。开浚下河虽属治河技术问题，但已和政治搅在一起，并曾引起轩然大波，为朝野人士所瞩目。康熙最后能以事实对待，基本上不文过饰非，这一点在古代帝王中是很少见的。
康熙帝于三十六年（1697）五月胜利结束征讨噶尔丹的战争，凯旋北京。这时，他将治河提到重要议事日程。我们从七月间他策试贡士所出试题可略见一斑。
试题为：第一，蒙古人民，何以“抚循绥集？”第二，澄清吏治，“其何道之从？”
第三，黄运两河，怎样“悉免泛溢”、“永无溃决？”此后，他用大约一年时间集中抓抚循蒙古和察吏安民两件事。第二年十一月，撤换河道总督董安国，重新委任于成龙。从此以后，康熙以主要精力从事治河。
康熙认为，靳辅以后的总河，一个比一个差，说：“靳辅治河时，洞道甚好；自任王新命后，只墨守靳辅成绩，并无别行效力处；于成龙初任总河，已将靳辅
所修之处改治一二次；及至董安国，则事尽废坏不堪矣”。董安国最差，非换不可。为什么用于成龙呢？康熙对他治河并不满意，但还没有发现理想的治河人才，他毕竟任过总河，熟悉情况，“今河上工程，皆其未完之事”；他手下还笼络一批“效力之人”，遇事推得动；加之皇帝亲自树立、提拔和升任，“屡委以事，尚克勉效”者，虽然毛病不少，但还可用。
当时河工中最棘手的问题是上河、下河关系一事。康熙研究了靳辅的治河经验，并总结自己多年的治河实践经验，形成了新的认识，那就是“上流既理，则下流自治”。他在召见于成龙“详议河务”之后，于十二月初一再次面授机宜：
“今国泰民安，海内宁谧，惟河工关系运道民生。朕十多年来，夙夜萦怀，留心研究，所以河道情形熟习已久。总之，上流既理，则下流自治矣”。上流的关键是解决黄水倒灌运河问题。他又说：“夫洪泽湖实黄河之障。洪水强盛，力可敌黄，则黄水不得灌入运河。今淮水势弱，不能制黄，全注运河，黄水又复灌入……惟淮水三分入运，七分归黄，运道始安”。
康熙新形成的治河思想，和于成龙及大学土等谈过之后，又在三十八年（1699）二月至五月第三次南巡过程中做了具体部署。
第一项措施是“深浚河底”。三月初一，康熙巡视高家堰、归仁堤等工，用水平测量，了解黄河水位高于洪泽湖，以致河水逆流入湖，湖水无从出，泛溢于兴化、盐城等七州县，造成灾害。他总结黄河具有两大缺点：“底高、湾多，以致各处受险”。据此，对扈从诸臣说：“治河上策当以深浚河身为要。治河诸臣并无言及此者。诚能深浚河底，则洪泽湖水直达黄河，七州县无泛溢之患，民间田产自然涸出。不治其源，徒治下流，终无益也”。
怎样才能彻底深浚河底？康熙详加谘访得知：“河直则溜自急，溜急则沙自刷而河自深”。因而建议：“宜于清口西，数曲湾处试行浚直。如直浚有益，渐将上流曲处，岁加直浚，如此黄河之险自除，而河底渐深，洪泽湖之水渐出，七州县的水患可渐息矣”。“如果黄河刷深一尺，则各河之水浅一尺；深一丈，则各河之水浅一丈。由此刷去，则水由地中而行，各坝也可不用。不但运河无漫溢之虞，而下河淹没之患似可永除矣”。康熙回銮途中，再次告诫于成龙：“黄河弯曲之处，全部应该挑挖引河，乘势取直，高邮等处运河越堤弯曲；亦著取直”。将浚直河道、使水畅流、防止淤塞的思想，也令河臣用于高、宝运河。
第二项措施是改修清口。康熙发现，除黄、淮水位高低不等之外，二河交汇之口过于径直，亦是引起黄水倒灌的原因之一。黄河倒灌，兼之湖口淤垫，所以清水不能畅流。因而主张：“宜将黄河南岸近淮之堤，更迤东长二三里，令筑坚固，淮水近河之堤亦迤东湾曲拓筑，使之斜行会流，则黄河之水不至倒灌入淮矣”。
康熙于回銮时途经清口，登上清口附近黄河南岸，亲自钉一木桩，命从此处向东，修挑水坝二三十丈。此坝后被称为御坝，其作用是：“挑令黄溜北趋陶庄，俾黄、淮顺行而交会”，使清水畅流，防黄水倒灌。他回京之后，仍难忘掉这件事，曾对大学士等说：“朕意只有将河道向北稍稍引导，使彼不得侵入清水”。
第三项措施是拆毁拦黄坝。康熙一向重视云梯关以下至海口的水势情况，早在三十三年正月，就曾对大学士等说过：“朕思海口为黄海入海之路，海口水势湍急且能刷沙，河水乃得顺流，此为紧要所当疏浚者也”。然而，前河臣董安国竟于三十五年在云梯关附近错误修筑拦黄之坝，另挑马家港引河，导黄由小河口入海，使下流不畅，造成上流河道淤塞。因此，在考虑浚直河道、急流冲沙时，也命令于成龙：“应先拆掉拦黄坝”。
第四项措施是引水归江。康熙乘御舟沿运河南下，一路见两岸堤坝单薄低矮之处，随时令河臣增筑高厚。三月十一日，康熙过扬州，泊新丰，他再次嘱咐河臣增筑运河堤岸，并提出了引水归江的建议。康熙说：“应将高邮以上当湖堤岸、高邮以下河的东堤，俱修筑坚固。有月堤处，照旧存留；有应修堤岸，仍照旧堤坚筑。至于邵伯地方，因无当湖堤岸，河湖合而为一，不必修筑堤岸，任其流行；高邮东岸的滚水坝、涵洞俱不必用，将湖水、河水俱由芒稻河、人字河引出归江。
入江之口若有浅处，责令挑深。如此修治，湖水和海水就都归入大江。各河之水既不归下河，下河自可不必挑浚矣”。
康熙不仅吸收靳辅的治河思想与经验，而且在靳辅的经验上有所补充和发展。靳辅重视筑堤束水攻沙，康熙在此基础上采用了浚直河道急溜刷沙法。靳辅“但顾上河，不顾下河”，为了护堤保运，大量利用减水坝，以致下河七州县人民经常被淹；康熙是既顾上河，又顾下河，尽量少用减水坝或将其改成滚水坝，想尽一切方法减轻和防止下河灾情。至于改修清口，“导河稍北”，这也是康熙创举；后来康熙概括自己的治河思想是：“闭六坝以束淮敌黄，通海口以引黄归海”。
然而，康熙的这些好措施，于成龙竟阳奉阴违敷衍塞责并不认真落实。七月初三，
康熙得知人字河、芒稻河尚未动工，立即谕令于成龙：“似此迟误，不仅运河东堤难保，且涉及重要的民生问题，及今不上紧挑宽五、六十丈断乎不可”。直到九月十三日，据报：“清口仍然淤垫，洪泽湖水仍未出口，堤岸尚未告竣”。至三十九年春，依然毫无头绪。灾情更加严重。康熙对大学士等说：“靳辅任总河时，河务常治，虽下河之人不无微怨，然不可谓于运道无益……于成龙不遵指示，故迄今尚未告成”。同年三月，于成龙病故。康熙将江南江西总督张鹏翮调任河道总督。从此，河工进入一个崭新阶段。
张鹏翮，字运青，四川遂宁人，是康熙亲自发现并一手提拔起来的才能之士。
他治河经验不多，因能认真贯彻康熙的指示，勤奋工作，所以取得了显著成果。
三十九年（1700）三月十四日，陛辞，请训旨。康熙针对他“欲按书上之言试行修筑”之弊，告诫说：“现今因河势不同、不宜采取古人治河之法。其最紧要者，黄河何以使之深，清水何以使之出，尔宜详加筹划”。三月十七日，又叮嘱说：
“引湖水使由人字河、芒稻河入江，朕所见最真，尔必须力行不可忽也；黄河曲处挑挖使直，则水流通畅泥沙不淤，尔宜留心”。还“指示以必毁拦黄坝”。鹏翮提出三项要求：“一、撤协理河务徐廷玺，以专总河之任；撤河工随带人员，以免糜帑；工部与河臣事关一体，请敕部臣，毋以不应查驳事从中阻挠”。康熙对下部议事大为支持。而且，康熙深知“河工之无成者，一应弊端起于工部。’该部掌握河工钱粮，每借机勒索贿赂，贪图肥己，所以河工总是没有成效。因此决定：河工经费直接拨给总河，并不经过工部，使其无法阻碍。
张鹏翮谨遵皇帝谕旨，上任后首先巡察黄河入海口。他刚过云梯关，即见“拦黄坝巍然如山，中间的涓涓细流犹如一线”。心想：“下流不畅，无怪乎上流之溃决也”，皇帝命拆除拦黄坝确实有理。于是经奏准，即于四月二十一日动工，将拦黄坝尽行拆去，“挑挖深通，悉与黄河八十三丈之水面相符；亟堵马家港（引河），于月内合成，使水势不致旁泄，尽由正河而行。至五月初九日，完工开放，水势畅流，冲刷淤沙，旬日之间，深至三丈，宽及百丈有余，“滔滔入海”、“沛然莫御”。张鹏翮奏报皇帝，请“将拦黄坝之名，改称大通口”。康熙即于六月初三日准奏，赐名“大通口”，并高兴地把这一消息告诉大学士等：“今毁去拦黄坝而清水遂出，浚通海口而河势亦稍减。观此，则河工大可望也”。这项工程将利及后世子孙，乾隆三十三年（1768），《南巡盛典》的作者称赞说：“自从海口深
通，迄今安澜永庆”。
随后，张鹏翮按皇帝指授方略，对其他几项工程次第兴工。康熙对他的工作深感满意，认为“张鹏翮遇事精勤，从此久任河工，必能有益”。谕令相关司部，如户部、工部、内阁等，对张鹏翮经办的各项治河工程，保证供应，凡治河所用物品，及时拨给，满足所请，不得有误。在康熙的主持和支持下，至四十年（1701）十二月，各工先后告成。张鹏翮上疏告捷：“治河事宜，蒙皇上指授。疏通海口，水有归路，黄河刷深；坚筑高家堰，广辟清口，乃得引淮畅流；筑归仁堤，导泗州（安徽泗县）上源之水入于河；疏人字、芒稻等河，引运河之水注之江；筑挑水坝、疏陶庄引河（即改修清口、导黄而北），通黄水而畅清流，再也不必担心倒灌之虞，挑虾须等河，引下河积水人于海。其余各处工程，指授周悉。但河工甫就，保固为要，恭请圣驾于来春二月桃沉未发之前亲临河工指授”。另外，他还改造中河，并多次挑挖引河，浚直黄河河道，排除险工，使水畅流。康熙认为这些工程虽然完成，但是否坚固还有待考验，“俟来年经过水汛之后，方可验其成功”。而且，他还指出：“高家堰究属可忧”，因烂泥浅一带出水不畅，并洪泽湖水位上涨。据说比二十三年高有数尺。这不仅对高家堰大堤造成严重威胁，而且极易使上流泗州、盱眙遭灾。
张鹏翮体会皇帝未雨绸缪之意，于四十一年（1702）正月提出八项保固防险工程，以迎接春、秋二汛之考验。但对洪泽湖上流未曾虑及，结果盱眙等三县于春汛时被淹。伏秋水涨，徐州至海口黄河西岸堤坝及山阳至邵伯运河西岸堤坝乃至高家堰大堤，接连发生多次险情。幸而抢救及时，没有成灾。九月，张鹏翮奏报秋水情形。康熙览奏得知，按他指示在清口附近所筑挑水坝（后被称为御坝）在这次防汛中发挥了意想不到的巨大作用，“逼黄河大溜直趋陶庄引河，循北岸而行”，“淮水从清口畅流敌黄，绝无黄水倒灌之患；高家堰堤工完固，加谨防守，经伏秋大涨，俱获无虞；运河水由泾河、涧河、人字、芒稻等河分泄。各处工程亦皆保固。他高兴地说：“观此，河工大有望矣”。四十二年正月十六日至三月十五日，康熙以淮黄告成，进行第四次南巡。这次南巡主要是对张鹏翮三年来所建河工项目进行验收。检验结果证明：一般都很满意，只有在某些微不足道的小地方做些调整和补充。如至桃源烟墩、龙窝等地，见顶冲危险，命增筑挑水坝，个别卑矮堤工也命增高；行至中河仲庄闸口，见其与清口相对，令改由杨家庄出口。
回銮时，详阅高家堰、翟家坝等处堤工，见王公堤单薄，命加帮高厚；高家堰大坝石工有残缺的个别地方，命即兴修；又命选职衔稍大、身家殷实者担任高家堰防险。行至清口，命将西坝加长数丈。赐张鹏翮御制《河臣箴》和《览淮黄成》
诗。他在诗中写道：“使清引浊须勤慎，分势开疏在不荒。虽奏安澜宽旰食，诫前善后奠金汤。“告诫他不要麻痹大意，要继续努力做好善后工作以取治河的更好成绩。并赐张鹏翮父张娘鲐“神清养志松龄”匾额。回銮次日，对大学士等说：
“向来黄河水高六尺，淮河水低六尺，不能敌黄，因此常患淤垫。今将六坝堵闭，洪泽湖水高，力能敌黄，则运河不致有倒灌之患，此河工所以能告成也”。三月十八日，康熙五十寿辰，他以“四海奠安，生民富庶，而河工适又告成”，特颁诏天下，宏恩浩荡普天同庆。
康熙虽然宣布河工告成，仍然非常担心，不知是否能经得住伏秋汛水的考验。
十月初八，他通知工部，说已接奏报：中河之水由杨家庄开河出口，清水畅流敌黄，舟楫通行：高家堰六坝及各处工程俱保固平稳；海口大通，河底日深，去路甚速；淮水畅出（清口），绝无倒灌之虞；下河等处洼下之区俱得田禾丰收，百姓安居乐业”。多年的理想得以实现，康熙心中欣喜无限。十月初十日，他总结治河成功的经验，主要有两条：一条是皇帝看重，将治河当成“国家大事”，“披图、咨众”，“亲巡阅察”，进行调查研究，“悉其源流”、“真知洞析”，这样才能避轻就重，并肯投入大量人力、物力；另一经验是任人惟贤，选人称职。“于成龙不遵朕旨，致无成功”，“张鹏翮遵奉朕言……一一告竣。”“曩时黄水泛涨，或与岸平，或漫溢四出；今黄河深通，河岸距水面丈余，纵遇大涨亦无虞矣”。因而命吏、工二部议叙河官，加总河张鹏翮太子太保。
除上述两条之外，其实还有第三条经验，那就是专门试验，康熙委任解职总河王新命、直隶巡抚于成龙、李光地等，治理北京附近的永定河。永定河原名桑乾河，亦称浑河、卢沟河、无定河。康熙三十七年七月，赐名永定河。该河源出山西马邑县，东走直隶，经怀来入宛平（今北京）界，再东南经固安、永清，至天津之浦口等地，最后与南运河同入沽河。这条河虽然流域面积小，但急湍、横溢、泥沙、淤垫等与黄河相似。康熙将一些治河设想先在永定河试行，取得成功再向黄、淮推广。如浚直河身，直流冲沙，即是在永定河行之有效的方法。因此，四十一年九月，张鹏翮要求将黄河两处急湾浚直，康熙立即批准，说：“朕观永
定河修筑之法甚善，河身直、河底深，因此泥沙全部被冲刷。今治黄河亦用此法，方为有益”。以埽固堤之法也是先在永定河试行，成功之后，令用之黄河。张鹏翮说：“永定河势小，可以用埽；黄河势大，难以用埽”。康熙命“姑试用之”用后，“河堤果然坚固”。
康熙于四十四年（1705）二月初九至闰四月二十八日进行第五次南巡。目的是亲阅中河南口改建工程，筹度善后之规，其他“有应加修防者，亦随宜指示，以图经久”；另外，上次南巡正赶上山东重灾，经过两年大力赈济，不知“民间生聚果否殷阜”，亦需临视。三月初八日，康熙阅视杨家庄新开中河闸口及附近堤岸、民居。回至行宫，赋诗二首，其第二首写道：“春雨初开弄柳丝，渔舟唱晚寸阴移。庙堂时注淮黄事，今日安澜天下知”。得意心情，跃然纸上溢于言表。
康熙以实事求是的态度对待河工，认为河工虽然已功告重成，“善后方略更为紧要”。尤其要考虑如何更好地防止清口一带黄水倒灌问题。由于不倒灌是河工告成的主要标志，所以河臣往往回避此事，即使倒灌，也不敢完全承认。康熙认为黄水暴涨暴落；总难免偶然发生倒灌之事，不能以此即谓治河失败，而应未雨绸缪防患于未然，积极主动采取对策。他对张鹏翮说：“朕今亲临阅视，修建天妃闸甚当。倘若黄水涨至五六尺，清水不涨，势弱不敌黄，黄水必然倒灌，亦必致之理，岂可因此即渭治河失策乎？若遇倒灌，即将天妃闸暂下板，蓄清水全力敌黄。不过数日，黄水即退。遇粮船过时，即起板开放，如果黄水不灌，不必下板”。此外，他还提出几处应修挑水坝、帮修卑薄堤坝等，目的也是为了“蓄清敌黄”。他见高家堰石堤仍未最后告成，便批评张鹏翮说：“尔等惟见清口之水流出即以为功成，不思防御，倘若高家堰六坝之水泛溢，则清水力弱，而黄水必复致倒灌矣。高家堰所关紧要，宜谨识之，毋忽”。实事求是，防患于未然，是康熙五次南巡形成的主题思想，对巩固治河成果非常重要。
张鹏翮与江南江西总督阿山、遭运总督桑额，为防治洪泽湖水侵入泗州、盱眙，请于泗州之西溜淮套“别开河道，直达张福口，以分淮势”，免洪泽湖之异涨，保高家堰之险堤。康熙因年事已高，不欲亲临，但诸臣一再奏请，不得不于四十六年（1707）正月二十二日至五月二十二日，进行第六次南巡。
二月二十日，康熙在清口登岸，骑马到曹家庙视察溜淮套工地，“所见地势颇高，虽开凿成河亦不能直达清口，与伊等进呈之图样迥乎不同。且所立标竿多
有在坟上者。若依所立标竿开河，不独坏民田庐，甚至毁民坟冢”。因而康熙大加斥责张鹏翮等，立刻命令停止施工，说：“与其开溜淮套无益之河，不若将洪泽湖出水之外再行挑浚，令其宽深，使清水愈加畅流”。
康熙凭借长期治河之经验，认为治河之道“不可执一”。他说：“朕自甲子年（康熙二十三年）至今六次南巡，详观河形，一年异于一年”。这次南巡的特点并非担心黄水倒灌，而是“清水敌黄有余”。因此主张：“使淮水稍泄其流，乘水未长时预为绸缪，将来水虽大涨，必不致于危险”。他还建议：“应将大墩分水处西岸草坝宜再加宽大，使清水多出黄河一分，少入运河一分，则运河东堤不致于受到险情。又于蒋家坝开河建闸，引水由人字河、芒稻河下江，由下河及庙湾等处入海，不只洪泽湖之水可以宣泄，而盱眙、泗州积水田地，亦渐次涸出。水小，则下板蓄水敌黄；水大，则启板泄水，且有利于商民舟楫往来。其祥符闸，口门甚窄，趁此黄水不甚高之时，委员将归仁、安仁、利仁三闸改宽泄水，则徐州一带民田可没有淹没的危险”。布置就绪，返回北京。
康熙五十岁生日时，他宣布天下：四海奠安，民生富庶，河工告成，民心皆一，大赦天下普天同庆。在所颁布的三十八条恩款中，几乎天下人人受惠。康熙帝觉得自己在位四十余年来，励精图治，总算是海内升平，生民乐业，国泰民安。
他似乎看到了“治隆唐宋”，迈越前古的伟大盛世即将成就于自己的有生之年。
倒不是康熙帝自骄自傲，在康熙以前的千百年中，历朝历代统治者差不多没有不头痛这条南北滚动、桀骜不驯的黄河的。田舍淹没，人为鱼鳖，国力因此而衰败，政权因此而倒台者不计其数。对康熙帝来说，即位之后虽江山在握，可连年战火不息，位尊九五，却百姓流离失所。黄河失修数十年，不仅难以安定生民，更关系政权稳定安危。臣下盛称致君于尧舜，可他岂能不盼望天下海晏河清。他为治河发下无数上谕，数次亲临河工，甚至日夜焦思，寝食难安，一旦大功告成，他的兴奋喜悦自在情理之内。不过，康熙帝从来不会被自己的成就所沉醉。平定三藩之乱时他还年轻，在群臣再三恳请下，他还是拒绝了为自己上尊号的举动。
他是深深知道满招损、谦受益的道理，凡事讲求实际，不务虚名。现在他年已半百，更不崇虚名，因此他又一次拒绝了上尊号的奏请。在南巡途中，士庶百姓数万，数十万扶老携幼，争先恐后，夹道跪迎，欢呼雀跃，足见百姓对其爱戴之诚。
通过自己的努力，士心得，民心更得，大清朝的江山千秋基业总算奠安，他又焉
能不自豪呢！这个骑马民族的后代子孙已治服了黄河，征服了民心。他通告天下臣民：“朕不以名誉称扬为尚，惟以海内富庶为心。”
康熙比靳辅又前进一步。在治水理论上，他反对人顺水性之说，而坚持让水顺人意。在实践上，他断然决定关闭高家堰的唐埂六坝，以蓄清敌黄，解决黄水倒灌、积沙淤塞清口问题。在思想上，他时刻以人民利益为先，尽量不开减水坝，以免淹没人民田宅。三十八年，康熙第三次南巡的各项部署，是其治河方案的全面体现；后三次南巡……对这二方案进行了检查和补充。实践中，因时因地制宜，大胆创新，百折不挠，终于获得巨大成功。
康熙酷爱我国古代传统文化，留意典籍，编定群书。在位期间，除派人编修《实录》、《圣训》、《会典》、《一统志》及赋役、漕运、盐法等书之外，还组织文人、学者编纂经、史、文学等方面的书籍不下数十种。他对每部书都给予认真、具体的指导，从编辑体例、指导思想、资料来源等各方面，都作周密的考虑，甚至亲自动手审订、整理调查结果、精心批注读书心得。当时宫内设有几座修书处，例如：蒙养斋专修天文、历数、音律等方面的书籍；佩文、渊鉴两斋，专修经、史、文学方面的各种书籍。还有专门从事翻译满文、蒙文等少数民族文字的清文经馆。武英殿亦设修书处及修书翰林。凡编辑、翻译及出版机构，均统领于武英殿总管。其机构设施相当完备。康熙此项活动对发扬研究我国古代文化贡献颇大。
兹分类要如下：
一为字书。康熙恐本族后生子弟“竟忘满语”，或辞不达意，言语欠当，于康熙十二年（1673）四月，命翰林院学士傅达礼，主持编修满文字书——《清文鉴》，并再三要求照汉文《字汇》注明满语词的含义、用法，集成书，使有益于后学。但仔细认真，不必急于求成，要注重质量，一定达到永远可传。编修过程，儒臣分类排纂，每日以缮稿进呈。康熙亲自秉笔，逐一审订，并援经史以互证。
如有问题，或博咨于故老，或参考于旧编。其内容广泛，大而天文地理，小而名物象数，12 字母，5 声切音，全载书中。经过 35 年的努力，至康熙四十七年（1708）六月，全书告成，共 21 卷。十一月初五日，赐王以下、内外文武大臣各 1 部。
这时由于形势的发展变化，更加显示出《清文鉴》的重大意义。由于满洲年长者逐渐先后谢世，因而满语被荒疏，字句、语音不时有差错出现。当时，朝廷公文等政事文书用满语，事关重大，必须详加厘定。编辑字书，作为准绳，以便有所
遵循。自从清朝定都北京之后，满汉逐渐广泛接触，尤其是八旗兵派往各地驻防，使满语语音已混有当地乡音韵味，这样便失去了纯满语的音调。《清文鉴》的出版，虽然并没有将各地的满语方言全部厘定与统一，但至少保持了官方通行的书面满语的规范与纯正。不仅便利于当时的流通与应用，而且造福于后世。两年后，康熙又命教习唐古特书的官员阿尔必特祜、乾清门侍卫拉锡，会同蒙古诗读学士、中书等，修《满洲蒙古合璧清文鉴》。
继《清文鉴》之后，康熙又倡导纂修汉文字书——《康熙字典》。伴随国家大统一局面的形成和封建文化的进一步发展，极需要有一部更加完善的新字书。
具体说：第一，由于国土空前辽阔，所以多方风土不同，南北音声各异，在字书中都应有所反映，以便于各地区之间的联系和交流；第二，研究经传和古代文化的人也随之多起来，对经传音义的解释也更加深入、细致，不能仅据一人之见，守一家之说，而应吸收最新研究成果，对不同意见兼收并蓄，以待来者；第三，纵观过去比较好的字书，诸如汉代的《说文解字》、梁的《玉篇》、唐的《广韵》、宋的《集韵》、金的《五音集韵》、元的《韵会》、明的《洪武正韵》，以及其他数十百家，虽然都起过一定作用，但也都存在一些不足之处，或所收文字繁省失中，或所引之书滥疏无准，或字有数义而不详，或音有数切而不备，总之，“无善兼美具，可奉为典常而不易者。”由于上述种种原因，有必要博采众家之长取其精华，重编一部能与新时期相同步的新字书。四十九年（1710）三月初九，康熙向南书房侍直大学士陈廷敬等提出编修汉文字书的初步设想。他针对明代所编《字汇》、《正字通》两书之不足，说：今欲详略得中，归于至当，增《字汇》之阙遗，删《正字通》之繁冗，勒为成书，以垂示永久。随后成立编书机构，任命张玉书、陈廷敬为总阅官，凌绍雯等 27 人为纂修官，陈世倌为纂修兼校刊官。他们对工作十分仔细认真，遍取旧籍，次第排纂。切音解义一本《说文》、《玉篇》，兼用《广韵》、《集韵》、《韵会》、《正韵》；其余字书一音一义之可采者，也不遗漏。
这些书中有不能完备证明的，则自经史百子，以及汉、晋、唐、宋、元、明以来诗人文士所述，莫不旁罗博证，使有依据。历时 6 载，至康熙五十五年（1716）修成，康熙钦定书名为《字典》，意在使臣民“奉为典常”、“以昭同文之治”，使之为巩固统一、促进文化的交流与发展服务。因该《字典》系康熙帝亲自主持编纂，所以后人通称《康熙字典》。
《康熙字典》吸收历代字书有益成分，融会总合，并加以补充发展，达到封建时代字书发展的最高顶峰。其突出特点是收字最多，达 47043 字。此外，在辨形、注音、释义、引例等方面，都比以前的字书完备、细密、合用。编排体例，采用《字汇》、《正字通》两书行之有效的部首检字法，并将部首及部中的字均按笔画为序，查阅比较便捷。正如康熙在该书《序言》中讲道：“古今形体之辨，方言声气之殊，部分班列，开卷了然。”因为《字典》系多人合编，仓促成书，不但体例难于划一，并且在注音、释义等方面，亦有失误之处。
二为类书。《新唐书·艺文志》始创“类书”一目。它兼收四部诸书，分类抄录而成，与现代的百科全书相似。康熙最初还没有做一部全新体例的大型类书的想法，只是想在唐宋所修类书中选一部比较好的，为之编一部续集。康熙浏览载籍，认为俞安期所撰《唐类函》还算比较详细，但唐以后典故并未采录。因此，于康熙三十三年五月令翰林院官员依《唐类函》体例，编辑完整的自唐迄明的书，以资观览。由此可知，张英等人于康熙四十九年（1710）编成《渊鉴类函》，为《唐类函》的续集。
《渊鉴类函》开编之后，因为荡平噶尔丹战争的胜利结束，国家财政状况好转，以及人才的发现，又决定再编一部新的大型类书，初名《汇编》，随后康熙赐名《古今图书集成》。它的实际主撰人为陈梦雷。陈在侍皇三子诚郡王允祉读书期间，把古代书籍，按类加以归纳整理，分类简编，以备顾问。这时正值康熙有意汇编大型类书之际。允祉奏报梦雷学术基础扎实丰厚及其对古籍的初步整理情况，就钦奉父命，将编书任务承揽下来，又在城西北的水村购置庭园一所，作为修书之地。
梦雷夜以继日，勤奋工作，于康熙四十年十月始，领银雇人缮写，使用王爷颁发协一堂所藏鸿编，合之雷家经、史、子、集，约计 15000 余卷，至四十五年四月，全书乃成。同时提出校订和修改办法，请允祉一并转奏皇帝，委人修订，出版发行。
康熙对所进《汇编》极为珍重，特赐名为《古今图书集成》，并马上令人进行编校，藏之册府；还决定用最新的印刷技术——铜活字印制该书，派人制造大量铜铸活字板，贮于西华门外北长安街路东武英殿活字板处。因为该书为宏篇巨著，修订缮校及刻铸字板等，均颇费工时，所以使出版时间拖延下来。加之康熙
晚年诸子党争，亦使该书出版受到一定的影响。
康熙五十一年（1702）九月，太子再度被废，与其关系密切的允祉和梦雷，均受牵连。政治上的不利因素，又使大型类书的出版被进一步拖延。
六十一年（1722）十一月，康熙病逝，雍正即位，命尚书蒋廷锡等督承在馆诸臣修订该书。蒋只作了很少一部分校订，即删去撰人姓名，请雍正帝亲自作序，于雍正六年（1728）印刷出版 64 部。《集成》一书虽然流传下来，可是有关该书纂修经过以及所有康熙谕旨，从《实录》中一概被删除，以至后人无法了解详情。
《古今图书集成》较其他类书有以下显著特点：第一，分类细。全书共分 6编、32 典、6109 部。部下复分汇考、总论、图表、列传、艺文、选句、纪事、杂录、外编等项，为读者翻检提供极大的便利。第二，卷帙多。全书共计 1 万卷，分订 5000 册，装为 522 函，每函 8 到 10 册，另目录 20 册，总字数达 1 亿，是次于明初《永乐大典》之巨著。
《永乐大典》虽然卷帙更为庞大，达 2 万余卷，3 亿余字，然系按韵编次，以多为尚，同《集成》的分类剪裁方法不一样。而且，《永乐大典》仅有抄本 2部，正本早毁，副本亦散失，所存无几，不如《集成》完好无缺。第三，内容博。
陈梦雷在《进汇编启》中说：凡在六合之内，巨细毕举。其在《十三经》、《二十一史》者，只字不遗，其在稗史子集者，十亦只删一二。雍正帝也肯定《集成》，能贯穿古今，汇合经史，天文地理，皆有图记，下至山川草木，百工制造，海西秘法，无不备具，为典籍之大观。当然，局限于当时的认识水平，《集成》的分类未必就合理。如将“烟火”归于乾象典，将“农”分属艺术、食货、考工三典等。所编史料的来源、年代等，有时注释也不够详细。
三为文学书。康熙自幼酷爱读古人文选，曾将秦汉以及唐宋诸名作，以有关风化、有益世用者为主，汇为一书，并逐篇亲加评论，名日《古文渊鉴》，于康熙二十四年刻印颁赐，以广传于天下。不仅常置案头，以备温习，并要求诸臣认真学习。康熙认为，《古文渊鉴》同《通鉴》一样，均是有关治道的书，理应随时翻阅。
有一次北巡塞外途中，康熙发现随侍内阁、翰林院、参事府官员，都将这两部书带在身边，非常满意，称赞说：凡为仕者，无论文武，皆须读书，探讨古今得失，加以研究。你们携带诸书，以备问答，真是很好啊。
康熙欣赏诗赋，喜读唐太宗、欧阳修之作。他认为唐太宗诸篇，未有不以天下黎民为念者；欧阳修《憎苍蝇赋》，题虽小，喻谗人乱国，寓深长，每喜读之。
于是，命江宁织造曹寅在扬州天宁寺设局刊刻《全唐诗》，命庶吉士俞梅至扬州作筹备工作，随后派侍讲彭定求、编修沈三曾等从事校订编辑。彭定求等据明人胡震亨所编《唐音统签》及清初季振宜据钱谦益旧稿补订编撰的《唐诗》为主，加上内府所藏全唐诗集，又旁采残碑断碣、稗史、杂书所载，作为补遗，共得诗48900 余首，作者 2200 余人。全书共 900 卷，收诗较为全面，并做了一些校补和订正，对于研究唐代历史和文学有很高的参考价值。
曹寅组织人力，精工写刻。自康熙四十四年（1705）七月到次年十月，全书完成。他选择笔体相近之人，先练字，习成一家，之后缮写诗文，非常成功。全书镌刻字迹秀丽匀称，一笔不苟，精美绝伦，风格独具，成为康熙时期所刻图书的代表作，被誉为“康版”。
因为时间紧迫，编辑人员有限，书中也存在错收、漏收、重复以及作者小传谬误等情况。编纂《全唐诗》同时及以后，还编有《历代题画诗》、《历代诗宗》、《四朝诗》、《全金诗》、《御选唐诗》等书籍。
四为经书。康熙凡在经筵日讲时听过的经书，皆令刊刻颁行，并为之作序，如：《日讲书经解义》、《日讲易经解义》、《日讲诗经解义》、《日讲春秋解义》、《日讲四书解义》、《经筵讲章》、《日讲通鉴解义》等。并且，满文译本几乎同时翻译出版，颁赐臣下。满文译本的及时出版，不但有利于满人学习这些古典汉文书籍，也方便了西方传教士学习中国传统文化。因为满语是拼音文字，传教士学习满语比学汉语容易得多，短时间内，就可以依靠满文译本使用汉语书籍。可见，翻译出版经书，有利于促进满汉及中外之间的文化交流。
康熙三十八年（1699），王挨等奉命撰成《春秋传说汇纂》，康熙作序，阐明编撰宗旨，主要针对宋胡安国的《春秋解义》，随事驳正，以摈弃门户之见，使之更加符合经义。五十二年（1713），又命李光地修《周易折中》，要求参考群言，折衷而取，务求至当，不偏主一家。此后所修《书经传说汇纂》、《诗经传说汇纂》
等书，皆采取斟酌持平的态度，虽属未必可从的旧说，也附录其文，以明古义。
康熙对学术的开明态度，为清代经学的繁盛发展，开了良好先例。除此之外，康熙最热心史书的编纂，成就更为突出。
在康熙的主持并直接参与下，康熙朝在史书、字书、类书、文学书、经书的编著、整理、出版方面成果丰硕。康熙对著作、出版书籍的态度既积极又严谨，多而不滥，对于有伤风化的“小说淫辞”及荒诞不经的街头“小报”一概严禁，违者治罪。
治史，以为本朝之鉴
康熙从治理天下的角度出发，重视经书，特别重视历史。因此，《四书》尚未学完，就主动提议将《通鉴》与之参讲。后经儒臣议复，认为司马光《资治通鉴》过于详备，而朱熹所辑《通鉴纲目》，是从《资治通鉴》中提纲分目、摘编而成，更得要领，就决定从《通鉴纲目》中择切要事实进讲。康熙听讲之后，颇有收获，兴犹未尽，于是自康熙二十四年（1685）三月起，详细通读《资治通鉴》、《资治通鉴纲目》、《纲目大全》3 书，并以朱笔亲加点定，不但改正错误之处，而且增补缺失者。到第二年年底，批注达 107 则。后交起居注馆记注，以备将来增入史书。康熙的这些研究心得，先在满文《通鉴纲目》中得到充分的反映。大约从康熙二十六年（1687）年底或次年年初开始，康熙决定于内廷设局，翻译《通鉴纲目》，并亲自校阅、注疏翻译文稿，三年如一日，孜孜不倦，勤奋认真。他在康熙三十三年三月二日所撰《序文》中这样写道：朕躬亲裁定，为之疏解，务期晓畅无遗，归于至当而后止。自元旦以至除夕，未尝有一日间断，“即巡幸所至，亦必以卷帙自随。”历经 3 年多，全集告竣。要求臣工体会他勤勉法古之意。
至四十六年（1707），诸臣辑成《御批通鉴纲目》59 卷、《通鉴纲目前编》
18 卷、《外记》1 卷《通鉴纲目续编》27 卷。其中有未得要领处，康熙再亲加论定。五十一年（1712），又钦定《历代纪事年表》100 卷，上起唐尧，下至元末，仿《史记·年表》、《通鉴·目录》体例，编年系月，记载大事，经纬交贯，始末完整，完全可以作为读史纲目之用。
纂修《明史》工作在康熙朝也取得了重要成绩。《明史》纂修时间很长，从顺治二年（1645）开始，至乾隆四年（1739）定稿，为期 95 年，历经顺治、康熙、雍正、乾隆 4 朝。这中间时断时续。其主要工作基本是在康熙时期完成。
康熙二十一年（1682）六月，以全部 4 名现任满汉大学士勒德洪、明珠、李蔚、王熙及部分内阁、翰林院学士，担任监修总裁官及总裁官，标志《明史》纂修工作纳入了国家重要议事日程。
康熙将修《明史》视为清朝不可推卸的责任，给予高度重视，所定标准很高，要求也很严格。他专为《明史》写一篇文章，令大学士，晓谕九卿大臣，其中提出：“明史》不可不成，公论不可不采，是非不可不明，人心不可不服。”基于这种想法，他常常询问《明史》编写进度，亲自逐册审阅原稿，若是发现问题，进行商榷。经过几次增删，至康熙六十一年（1722 午），形成 310 卷的全稿。后经雍正朝的修订，至乾隆初，便完成了后来通行的 332 卷（另有目录 4 卷）本《明史》。
后人认为，《明史》虽然仍有某些不足之处，但确实是五代以来所修各史中最优秀的一部。主要根据有两条：一是修于康熙时，距前朝不远，见闻尚可衔接，故此事迹原委多半真实。二是又经数十年参考订正，或增或删，或离或合，所以事益详而文益简，并且是非久而后定，执笔者超脱，无所徇隐于其问，“益可征信”。在体例上也有创新，如列传中专列“阉党”、“流贼”和“土司”3 目，为研究宦官、明末农民战争及民族问题提供了较为详尽的材料。
在长期修史过程中，形成康熙的治史思想。他的治史思想在修《明史》中得到进一步体现。
第一，主张据实直书，反对空言文饰。康熙一再谕令地方官博采遗书，及时送京；告诫纂修官等，注意利用《明实录》等原始史料。他发现有人撰写时只注重词藻修饰，忽视史料运用，就对大学士等说：史事所关甚重。如果不参看《实录》，如何得知虚实？其他书或以文章见长，独修史宜直书实事，不可空言文饰。
即使这样，《实录》也有讹谬，故又提倡用时务宜考核精详。为防止史官挟私妄为，断章取义，他决定：明代《实录》及记载事迹诸书，均须搜罗保存，以便将来《明史》告成之后，新史同诸书共存并阅，“以俟天下后世之公论”；“使后世有所考据”。满族先世建州女真曾臣属明朝，《明史》予以回避，可《明实录》却有所反映，后世考证建州事，多以之为据。据此可知，并存《实录》实际是康熙直书实事思想的且体体现。
第二，主张秉公论断，反对讥贬前朝。明末党争激烈，门户之见甚深，康熙针对这种历史情况，告诫诸臣：史书传信于后世，事关重大，必据实秉公论断，力求正确，防止偏颇。向来后朝作史习惯于讥贬前朝。元人讥宋，明复讥元。现今史官有的固执己见，有的仅据传闻，有的滥用稗史，任意妄作，这样的书怎能
尽善尽美？康熙明确表态：不应像前人那样讥贬前朝，要从公论断。并且率先垂范，以实事求是的态度评价明朝历史。他对大学士等说：明史上，洪武、永乐所做之事，超过前王。我朝现行事例，因袭其经验者甚多。并且明代无女后预政、以臣凌君等事，但其晚期，坏于宦官。还讲道：“有明二百余年，其流风善政，诚不可枚举。”这里，暂且不谈他对明朝是非的认识是否恰当，仅从他对明史的态度来看，是端正的。既作全面观察，不以点代面，又具体分析，指出某时、某事值得肯定或者应否定，尤其是公开承认清朝多有因袭明朝之处，其胸怀之坦荡，令人折服。为了同一目的，康熙反对使用“故明”、“废藩”等轻蔑的称谓，指出：
以后文件之中，不用“故明”、“废藩”字样。除了历史的偏见而外，修史中撰稿人的认识也容易有片面性或不尽完善之处，康熙提倡彼此虚心，互相探讨，反复修改。
第三，正确总结历史经验，以利于后世。康熙治史，立足现实，处处以亡明为鉴，非常注意总结明朝灭亡的真正原因。史官以清流自居，沿袭东林观点，认为明朝亡于太监。康熙亦认为明末坏于太监擅权。但他仔细分析，认为朋党纷争对明朝的危害更不可忽视。他对修史诸臣说：崇祯之诛锄阉党，极为善政，但说明朝亡于太监，则我殊不以为然。明末朋党纷争，在廷诸臣置封疆社禝于度外，惟以门户胜负为念，不用智者即可知其必亡。以国之颠覆，尽诿罪于太监，不合实际。作史之道，务在秉公持平，不应拘泥私见，为一偏之论。康熙看到了党争对明朝的危害，受历史经验的启发，对现实的党争格外警惕。后来他训迪大学士等说：明时臣工不能秉公，颠倒是非，挟仇弹劾，此风不可不戒。除此之外，他对明末君臣隔绝、崇祯诿过臣下、臣下欺瞒皇上等事，也都念念不忘，他曾说道：
历观前史，凡事皆坏于隐匿。明代盗贼情形，全部隐匿不报，致使盗贼已到门前令然不知。
康熙在主持纂修当代史也取得了一些成果。二十一年（1672）十月，由于臣下奏请，遂决定纂修《平定三逆方略》。以大学士勒德洪等为总裁官、内阁学士阿兰泰等为副总裁官、纂修官。至二十五年（1686）十一月，纂修完毕，进呈给皇帝过目。康熙发现其中差错很多，竟然还援引宋太祖杯酒释兵权之事相比附，这才指出：“吴三桂等非宋功臣可比，乃唐藩镇之流”。此类谬误，尚有多处，一一以签标识，令纂修官酌改。从修《平定三逆方略》起，创一新的史体——《方
略》或《纪略》。此后每当统一国家、巩固边疆取得新的胜利时，康熙都要下诏设倌，结合当时奏报和有关谕旨、诗文、碑文等，纪其始末，纂辑成书。所以有《平定海寇纪略》、《平定罗刹方略》、《平定朔漠方略》等书问世。二十九年（1690）四月，康熙决定纂修太祖、太宗、世祖《三朝国史》，正式设立司朝国史馆，任命大学士王熙等为监修总裁官、总裁官，主其事。修当代史，时间间隔近，资料全，事皆亲睹，言为可征，尽管十分方便，但因牵涉面过广，利害相关、瓜葛也多，不能很快竣事。直到 10 余年后，开国功臣传的体例尚待皇帝亲自裁定。
康熙皇帝重视自然科学，来自于求治。他看到自然科学和农业、军事、治河、防治天灾及人体健康等密切相关，便致力于相关学科的利用和发展，并培养起浓厚的兴趣。我国古代以农业为本，历来都注重历书。由于经常组织专人修订，故尚能保持准确性。惟有明代《大统历》承用元代的《授时历》，270 余年，没有做过更改。至中叶以后，测时误差达两、三小时之多，推算节气常差十日。大学士徐光启等建议学习西学，改进历法。崇祯帝采纳，命传教士汤若望人历局掌推算，修成《崇祯历书》130 余卷。但新历未及推行，明便灭亡。
清定都北京，摄政王多尔衮于顺冶二年决定颁行汤若望制订的新历，定名《时宪历》，并将历局与钦天监合并，由汤若望主持钦天监。康熙初年，旧派人物新安卫官生杨光先反对汤若望及其新历法（时宪历），得到辅臣支持，汤若望下台，杨光先任钦天监监正，吴明炬（xuan）任监副，废除时宪历，恢复旧历法。
康熙亲政后，面对新旧历法之争，可惜尚不具备判断是非的能力，遂发奋学习，以求真理。七年（1668）十一月，他派人携带杨光先、吴明炬编造的康熙八年历书，向比利时传教士南怀仁征求意见。南怀仁劾奏这份历书，八年闰十二月，应为九年正月，又有一年两春分、两秋分等种种差误。康熙谕令两派勿怀夙仇、互相学习，要平心考察。命大学士图海、李爵等率两派人到观象台予以测验。翌年正月，测验立春、雨水、月亮、火星、木星，测验结果证明，南怀仁所指，逐款皆符；吴明炬所称，逐款不合。康熙又进一步调查两派斗争原委后，证实南怀仁的历法是科学的，杨光先盲目排斥西法，不修改历日差错，不堪委任，令革其职，任命南怀仁为钦天监监副，复用时宪历。康熙还支持南怀仁编制精确的历法，并同意他的建议，将闰月由八年十二月改在九年二月，节气、占候相应变动。后又提升其为钦天监监正，还委他改造观象台仪器。至康熙十三年二月，钦造仪象
成，进呈《新制灵台仪象志》13 卷。康熙看过大加赞赏，加南怀仁太常寺卿衔，仍治理历法。此后南怀仁又完成了汤若望未竟之书《康熙永年历法》32 卷。
康熙任用外国人，但要注重培养中国人。他一再谕令地方，认真选送精通天文的人到钦天监任职。并进一步提高其社会地位，使之与各部院衙门官员一体升转。康熙十五年（1676），要求钦天监官员必须学习新法，说：“从前新法、旧法，是非争论。今已深知新法为是，你衙门学习天文历法的满洲官员，务令加意精勤。
此后习熟新法之人方准升用，未经学习者不准升用。”康熙通过处理新旧历法之争，深知作为一国之君，必须通晓科学技术知识，以便决断。后来他回忆当时的情景，向大臣们说：你们只知我算术之精，却不知我学算的原因。幼时，钦天监汉官与西洋人不和，互相参劾。杨光先、汤若望于午门外九卿前当面赌测日影，怎奈九卿中无一人内行。那时我就想，自己不懂，哪能断人是非，因而自愤而学。
他最早向南怀仁、安多学习天文仪器的用法及算学知识，后来又向法国教士张诚和白晋学习欧几里德和阿基米德几何学。张诚、白晋会满语，能事先将教材翻译成满文，并可以满语进讲。康熙屏息静听，反复思考，有时亲手绘图以证其理，第二天进行复习，以免遗忘。如遇疑问，一定会详加质询，直至明了为止。四、五个月之后，他已基本掌握几何学原理，以至看到某个几何图形，立即就能知晓证明方法及所引用的定律。康熙还注重锻炼运算和操纵仪器的能力。教士以球体的比例进讲，他必潜心精算，此同一物质的球体，怎样由其重量之差而求得其直径之差；或由其直径之差而求得其重量之差。有时还反复试验同样的圆筒形、圆锥形、楔形的比例或容积。康熙的学习热情，深深地感动了两位传教士。白晋曾说：当时他约束自己专心致致地听我们讲课的情形，非常令人钦佩。
散布在乡里的专家、学者，也是康熙求访的对象。四十二年，四次南巡至德州，因听说安徽宣城贡生梅文鼎对历算学深有研究，所以便向大学士李光地索取梅先生著作，李进呈梅著《历学疑问》3 卷。梅文鼎一生著书 80 余种，均具有较高的科学价值。其中《古今历法通考》，博采中西历法之长，是我国第一部历学史专著。他指出：历以敬授人时，不论中西，我取其合天者从之。他在数学方面的成就更加突出，不仅能吸收西方数学成就，还能“正其误”、“补其缺”，提出不少独特的见解。这次送到皇帝面前的《历学疑问》，是他采纳李光地建议而撰写的通浴易懂的概论性读物，其生平成就、观点，在书内均有反映。康熙略加
品读，即产生好感，认为“用力深”、“甚细心”、“议论亦公平”。之后又带回宫中认真阅读，亲笔批注。四十四年（1705），康熙第五次南巡，将梅文鼎召至御舟，“从容垂问，凡三日”，确认他实为当世仅见的杰出学者，但因年老，不便令其任职效力，特赐御书扇幅及珍馐。临行前，又赐“绩学参微”4 字匾额。
掌握自然科学知识，并有所研究，使康熙能用比较科学的态度对待科技事业，从而引导科技事业的发展。他一向主张不论中国的还是西方的历法，都要用科学实验证明其准确性。因此他亲自用仪器在皇宫中测验，发现用西洋新法编制的历书，在日食推算上，也出现了误差，夏至的时间也并不精确，便于五十年（1711）十月对大学士等说：“西洋历大端不误，但分刻度数之间，久而不能无差。”这年夏至，钦天监奏闻午正三刻，经细测日影是午初 3 刻 9 分。此时稍有差错，恐数十年后所差愈多。“此事实有证验，非比书生作文，可以虚词塞责。”康熙测验时发现的问题，是因为传教士们所采用的天体理论，并非哥白尼的日心说，而是丹麦天文学家第谷·布拉赫的天体运行论。后者是介于日心说与地心说之间的折衷性宇宙理论。康熙的发现显然有很重要的意义。他经过研究，于五十三年（1714）四月明确指示：古历规模好，修历书可以用古历的规模、新历的数目，博采两者之长。在兵器制造、地图测绘、治河等事业上，康熙因为通晓自然科学规律，领导得力，而取得了重要成就。“三逆”叛乱后，依靠装备精良的火器，盘踞在山水纵横交错、交通不便的湖广、江西、川陕等地，易守难攻。康熙仿效明时任用传教士造炮的先例，于康熙十三年（1674）八月十九日降旨，令南怀仁尽心竭力以制造便于携带的轻巧火炮。次年五月炮成，康熙亲临卢沟桥炮场检验，见炮身小，火力强，命中率高，可放在骡马背上行军，完全合乎需要，称赞说：西洋炮甚利，且轻便易运。此后便开始大量生产，1 年时间铸造了约 350 门。该炮在平叛战争中发挥了极其重要的作用，受到将士们的欢迎，称之为“得胜炮”。康熙二十年（1681），定名为“神威将军炮”，令继续制造 320 门（实际造出 240 门），装备八旗。南怀仁进呈《神威图说》一书，详述该炮的造法与用法。除此之外，他还让南怀仁制造其他型号火炮及修理旧炮。康熙为表彰他的功劳，加封工部右侍郎。
与此同时，康熙也非常重视我国自己的火器专家戴梓。戴梓，浙江钱塘（杭州）人。他总结了中西旧式火枪的利弊而创制连珠火枪。其构造原理与近代机关
枪大抵一样。康熙亲自召见他，授翰林院侍讲，令人值南书房，不久改值养心殿。
由于其与南怀仁等西洋人观点不合，曾被夺职，发配东北。然而康熙仍不忘发挥他的专长。亲征噶尔丹时，令其造子母炮。康熙率诸臣亲自检阅，赐名“威远将军”，令在炮身刻上制造者职名。后来因为他通天文算法，又令参预纂修《律吕正义》。
二十二年（1683）八月初三，康熙下令各省官员，绘本省地图交由兵部，以备披览。至塞外地名，或为汉语所有，或为汉语所无，俱察明编入《一统志》内。
但原来的地图因系用旧法绘制，都是平面图，不能精确地展示地球表面的曲率，故里程、方位的计算，误差再所难免。康熙学习天文、历算及几何知识，掌握了采用经纬度的精确测绘技术，便购置仪器，利用巡行、出兵之便，进行实地测量，为绘制新地图积累素材，摸索经验。例如，第三次亲征噶尔丹时，在宁夏测量时，发现北极高度较京师低 1 度 20 分，东西相去 2150 里。在宁夏看京师，在正东而稍北。
经过前期的准备，于四十六年（1707），委派耶稣会士雷孝思、白晋、杜德美及中国学者何国栋、明安图等人，在全国范围内进行实地测量，以绘制一幅较为详细的中国地图。他们跋山涉水，足迹遍布各省，运用当时最先进的经纬图法、三角测量法、梯形投影技术等，历时 11 载，至康熙五十七年（1718），终于绘制成著名的《康熙皇舆全览图》。这部地图集以铜版刊印，比例为 1 比 140 万，前面有总图，后有各省分图。除新疆外，关内 15 省及关外满蒙等地，都经过准确的测定，详细绘制，关门塞口、海汛江防、村堡戍台、驿亭津镇，其间扼冲据险，环卫交通，荒远不遗，都包括在里面。它是当时世界地理学的最高成就，“不但是亚洲当时所有的地图中最好的一幅，而且比当时所有的欧洲地图都更好、更精确。”康熙为这部地图花费了 30 余年心力，告成之后，甚感满意，令九卿细看详核之后，降旨颁发各省。
掌握了科学的测量和制图方法，也就能用科学的手段检查臣下的工作，从而推动科学技术的运用。康熙三十九年（1700）春，原任河道总督王新命，以修理永定河为由绘图呈览。康熙看后批评说：此图曲折阔狭与河形不一样。如 180丈为 1 里，则以尺、或以寸、更或以分厘为丈尺，量其远近，按尺寸绘之，才与河形相同，一览了然。此图系意度为之，不明了，令另行绘制。康熙之所以知之
甚多，与亲自掌握一定的科学技术、做过科学实验密不可分。在仪器方面，固然西方仪器制造精巧，但毕竟数量有限，除传教士奉献数件之外，康熙令广东等沿海督抚购买一些，但仍满足不了需要。所以，又安排能工巧匠，综合中西仪器之长，制造新的仪器。为绘制《康熙皇舆全览图》进行的全国范围大测量，所用多是国产仪器。康熙五十三年（1714），钦天监监正明图等人奏疏曾提到：用御制新仪，测量各省及口外北极高度、经纬度数，精详远远超过了旧图。
康熙在医学上也有自己的见解。他最反对所学既浅而专图利、立心不善的庸医，在他看来认为行医必须有济世存心、不务名利、不分贵贱、治人之病如已病的医德；并有追求奥妙，研究深微的钻研精神和手到病除的高超医术。他对江湖术士的长生不老、返老还童的灵丹妙药等骗人把戏不屑一顾；而对医学科学，不论是中医、中药还是西医、西药，他都相信并留心研究。三十二年（1693），康熙患疟疾，多方医治没有见效。传教士张诚、白晋用奎宁治愈。此后，康熙用西医治病，并推广奎宁，在宫内设立实验室，供传教士制西药用。所制西药除御用外，通常还赐给臣下。有时，皇帝亲自给官员问病开方，既用中药，也用西药。
他还令人特制一些药壶、药瓶，里面装入西药，以便赐给病人。天花流行，有很高的死亡率。康熙得到种牛痘的药方，在宫内使用，效果良好，即令在边外“四十九旗”及喀尔喀蒙古推广。初种时老年人以之为怪，不愿接受，康熙坚持劝说推广，终于取得成功，挽救了一大批人的生命。解剖学书籍在明末传入中国。康熙令法国传教士巴多明将法国人皮理的《人体解剖学》译成满文，后又用汉文译出两部。只是未刊布发行，其原因，一则是在封建礼教束缚下的中国，仔细解剖与说明人体，不容易通得过。康熙要了解这门学问，态度比较开明，他让巴多明把身体上所有微小部分都详译出来，不可有缺。所以如此，是预期此书一出，必造福于社会，或可挽救不少人的生命。另外，他还不肯大肆传播。书译出后，只藏于宫内，未在社会发行。
受时代的制约，康熙对自然科学的重视和提倡还只限于当时他感到最需要、而今天看来太嫌窄小的范围内。但他在实践中看到了自然科学的重要，也朦朦胧胧地意识到自然科学的明天。因此他选拔一些他认为有培养前途的人，尤其是年青人，集中到宫中进行培养。为了传续梅文鼎的家学，命其孙毂成到内廷学习。
李光地推荐苏州府学教授陈厚耀，说其精通天文历算，康熙亲试之后，命人值内
廷，授编修。其他人值内廷的还有何国柱、国宗，官学生明安图，原任钦天监监副成德等。康熙常将他们召至御座旁，教以几何、数学，或互相议论，探讨解决问题。皇子、皇孙自然而然是他的培养对象，他亲自给他们讲授几何学。其中以皇三子诚郡王允祉成绩最为优秀，后来成了康熙的得力助手。
五十二年（1713）五月，康熙决定组织这批自己亲自培养的专家、学者，在蒙养斋纂修律吕、算法诸书，以允祉与皇十五子允祸、皇十六子允禄，任承旨纂修，何国宗、梅彀成任汇编，陈厚耀、魏廷珍、方苞、王兰生任分校。他们每天将所纂书稿进呈皇帝，康熙阅后亲加改正。至康熙五十三年（1714），论述算法的《数理精蕴》、论述历法的《历象考成》及论述乐理的《律吕正义》等书陆续完稿。康熙合 3 书为 1 部，赐名《律历渊源》，共 100 卷。这是一部带有总结性的能反映当时中国自然科学最高水平的巨著。它不仅系统而又条理地收集、编排了明末清初传入我国的西洋数学、几何学、天文学及声律学知识，也汇集了中国传统的历算及声乐精华，颁行之后，得到了广泛的传播，颇有影响。康熙亲自主持的编修科技书籍工作，不仅汇集推广了中外科技成果，也培养了人才。参加修书者，有不少人都成了当时科技事业的中坚力量。
康熙对科技和科学实验活动也比较有兴趣。除数学、天文学、地理学之外，他对医学、生物学、解剖学、农艺学、工程技术等均有涉猎或研究。并精通多种民族语言。康熙能做到这样，在古代帝王中实为罕见。
康熙年间，西方文化包括宗教、地理、天文、数学、哲学等，这些通过西方传教士传进中国。这些文化的内容是庞杂的，有科学的理论、技术，也还有荒诞、唯心和殖民主义学说。西方传教士在中国的活动也是极其复杂的。他们来中国的任务是传教，但同时以近代自然科学技术为敲门砖。他们从事了中西文化交流活动，使中国人耳目一新，在中国做过有益的工作，然而也暗中窃取情报以帮助大清帝国的敌人。
怎样对待来自西方的这些文化和传教士？明末清初，在古老中国，人们对待这一问题的回答不尽相同。有人全盘肯定、盲目崇拜，也有人一概否定、顽固排外。清初，崇外派代表人物钦天监历科官员李祖白等，一味推崇西学，贬低中国文化传统，勾结西方传教士，歪曲历史，兜售中国人类与文化西来说。排外派代表人物为新安卫官生、后曾任钦天监监正的杨光先。这一派视西学无所是处，主
张严行闭关锁国，宁可使中国落后，也不愿学西人之长。
康熙即位时，全国上下的天主教徒已达 20 万人，比明末增加 5 万多，正是西学传入、崇外派与排外派激烈争夺的峰口浪尖之际。这位年轻的皇帝经过审慎的研究和抉择，对外来文化采取了既不盲目排斥、也不盲目推崇的态度，而是取其精华，去其糟粕。利用传教士的技艺，诚恳支持传教士从事有益于中国文化发展的学术交流；限制他们的传教活动，要求必须遵守“利玛窦的规矩”。
康熙对以杨光先为首的排外派与西方传教士汤若望、南怀仁等的矛盾。他们之间的矛盾进行了正确处理，主要是围绕着天文历法展开的。汤若望等人以地圆说为理论指导，采用了中国赤道坐标，放弃了欧洲使用的落后的黄道坐标，使用望远镜观测研究天象，并运用近代数学、几何学、力学等科学知识实际运算，所以其理论、方法先进，推算比较精确。杨光先等使用赤道坐标的方法是正确的，但坚持中国传统的天圆地方说，理论上是落后的，又缺乏近代数学、几何学等知识，推算差误相对较多；不肯取西方天文历法之长补己之短，固步自封，盲目排外。除天文历法外，又有宇宙观上天与上帝之争。杨光先以宇宙起因二元说，反对传教士的“上帝造物说”。还有关于中国人类与文化起源问题的争论。康熙三年（1664）初，汤若望的助手、传教士安文思与利类思和中国教徒、钦天监历科官员李祖白合著《天学传概》一书，以李祖白的名义刊行。书中捏造谎言，声称中国人类和文化全部来自西方。中国人的自尊心受到严重伤害，杨光先写《不得已》，对其进行了义正词严的反驳，指出中国的人类和文化形成与西方并没有什么关系，而有自己的悠久历史和文化典籍，大清天下承三皇五帝正统，清朝皇帝接周公、孔子道统。杨光先以维护中国文化传统和中国尊严为己任，表现了强烈的爱国主义精神。但同时他又全盘否定西方文化，宣布宁可使中夏无好历法，不可使中夏有西洋人。明显看出，这个矛盾和斗争非常复杂，学术问题与政治问题交织。
顺治时期，清政府任用汤若望主持钦天监，钦天监官员大多是天主教徒。清政府对他们之间的斗争及杨光先的上书置之不顾。四大臣辅政时期，《天学传概》
一书出笼，杨光先向汤若望等进行了猛烈的抨击，得到辅政大臣支持。康熙三年（1664）十月，礼部将《天学传概》一书作者及其他有关人员，包括汤若、望南怀仁、李祖白等逮捕入狱，最后，将李祖白等 5 人处斩，汤若望被革职。杨光先
取代汤若望为钦天监监正。与此同时，顽固守旧的辅臣也支持杨光先废时宪历（新历法），复用大统历（旧历法），混淆政治与学术问题，因政治问题抛弃了先进的科学技术，以行政命令处理科学技术问题，事实证明，这样帮严重影响了科学技术的运用与发展。
康熙亲政之初，因为缺乏经验面对这一复杂的矛盾斗争。首先是虚心学习，通过辩论和实际测验明辨是非，力求为新旧历法之争作出了公正的结论。之后，他毅然决定复用时宪历，并不顾旧势力的竭力阻挠，任用南怀仁主持钦天监的工作。根据南怀仁等的请求，康熙为已死的汤若望、李祖白等平反昭雪，不过仍禁止“聚会散发《天学传概》及铜像等物”。南怀仁等呈告杨光先依靠鳌拜、捏词陷害等重大罪状，要求将杨光先拟斩，妻子流徙宁古塔。康熙因杨光先阻挠新历，不能修改历日差错，偏袒吴明炬等罪，将其革职，但并不轻易视之为鳌拜党羽，免予处死，妻子也免流徙。
康熙对这一事件的处理，最难得之处在于从千头万绪之中把学术和政治问题区分开。尽管他深知双方的争议混杂着政治内容，又有辅臣鳌拜参与其中，但他对西方传教士，是用其科学技术专长，不因其是外国人及其在政治方面有不利于中国的言行，而一概否定和弃之不用；也不因急用其科技专长，而在政治上作无原则的让步。对杨光先，惩罚其在历法工作上的错误，并没有从政治上一概否定，赞赏和支持他维护中国文化传统和国家尊严的立场，不因其曾得到辅臣支持就称之为鳌拜集团；也不因为他批判传教士的中国人类、文化西来说有功而不去计较他天文历法工作上的错误。这样处理学术与政治问题的方式，应该说是科学的、成功的。
在康熙朝，招揽西方各种专门人才为清政府所用较多。任用南怀仁之后，又根据南怀仁推荐，相继聘任居住澳门的葡萄牙人闵明我、徐日升，比利时人安多等，到钦天监和皇宫任职，从此钦天监用西洋人，累进为监正、监副，接连不断。
南怀仁于康熙二十七年（1688）正月去世。随后，经南怀仁在世时倡导而决定来华的法国传教士白晋、张诚、刘应、洪约翰等来京。三十六年（1687），康熙命白晋为钦差，回欧洲进一步招揽科技人员。三十八年（1699），马约瑟、雷孝思、巴多明等随白晋来华。四十四年（1705），罗马教皇遣使到中国，康熙以答拜名义派沙国安出使罗马，要求教皇派人随沙国安来中国工作。五十四年（1715），
康熙授意传教士德里格、马国贤致书教皇，要他挑选精通天文、律吕、算法、画工、内科、外科几人来中国效力。五十九年（1720），9 名技艺人才随教皇来华使节到中国，受到了康熙的任用和优厚待遇。
任用西方传教士，目的在于吸收西学之长，发展中国的文化科技事业。令南怀仁主特天文历法工作并制造兵器；令白晋训练、组织中国测绘人员；命徐日升等编辑制作大型天文、历法、乐理丛书。《历象考成》、《数理精蕴》的编著，就有不少西方学者参加。来华工作的西方教士，或任钦天监官员，或在内阁担任翻译，或为皇上、皇子讲授天文、地理、音乐、数学、人体解剖、拉丁文等方面的知识。西方传教士在中国出版了不少介绍西方文化的书籍，从明万历十二年到康熙六十一年，百余年时间，传教士在中国撰写、翻译的介绍西方科学文化的书籍多达 400 余种。当然，其中绝大部分是关于宗教神学方面的。只有大约 15%的著作是属于天文、地理、数学、物理、医药等方面的著作。后者大部分是在朝廷供职的教士所著。传教士还把中国文史哲等方面的著作，如：《诗经》、《通鉴纲目》、《烈女传》等，带到他们自己的国家，因而又促进了中西文化的交流。
康熙也曾用传教士参加中国的某些外事活动。例如中俄边境谈判，签订尼布楚条约时，曾用徐日升和张诚担任中国代表团的翻译。还令闵明我等去俄国、法国、意大利，就清政府的某些外交政策进行磋商。康熙之所以这样安排，固然是由于当时中国缺乏精通外语和熟习外国情况的外事人员而采取的不得已的临时措施，但从总结历史教训的角度，还是应当看到，让这些外国人介入中国外交活动和长住宫中，没有保持应有的警惕。有些传教士为了寻求一条经俄国而贯通欧亚的陆路通道，方便罗马教廷向东方派传教士，辜负了康熙的信任，做出了危害中国之事。沙俄尼果赖使团到中国时，南怀仁利用在清政府供职之便，给俄国人提供了不少关于清政府和康熙本人正在策划中的对俄谈判策略的情报及康熙的一张机密地图，并出谋划策。中俄谈判签订尼布楚条约时，徐日升和张诚向戈洛文递送了关于中国内部情况的情报和一幅中国全图。通过这些他们希望沙皇能给他们以方便。
五十九年（1720）十一月十八日，康熙在乾清宫西暖阁召见西洋人苏霖等18 人时说：西洋人自利玛窦来到中国，200 余年，并无贪淫邪乱，无非修道，平安无事，未犯中国法度。这大概是出于礼貌而恭维，或因未发现西方传教士的暗
中活动所致。不管怎样，“平安无事，未犯中国法度”之说与事实不符。
康熙对参与中国外交工作的外国传教士上述罪恶活动未做到及时觉察，不能不令人遗憾。其实，康熙对殖民主义的侵略阴谋和侵扰活动了如指掌。其抗击沙俄侵略军、永戍边疆、拒绝荷兰介入而自主收复台湾、禁海措施等行动都表明，洋人的阴谋诡计逃不出康熙的眼睛和手心。特别是他对西方殖民者的野心明察秋毫，而发出预言：“海外如西洋等国，千百年后中国恐受其累”，以及“务须安不忘危”谕旨。后来铁的事实证明了他的这一智慧。在科技文化领域，康熙的原则也是明确的。西方传教士为传播西洋天主教来中国。但康熙要吸收的西方文化却没有宗教。西方传教士千方百计向皇帝进讲天主教教理，康熙置若罔闻。他认为天主教与中国教化原不相容，只因西方教士通晓科学，才起用他们。同时，承认传教士信仰宗教的自由。为方便他们礼拜，允许在京师设立教堂，但其他各省仍照常禁止。直到三十一年（1692），经过多年观察，觉得天主教对中国并无危害，这才允许中国人信天主教。下令不许拆毁天主教堂，与佛教等一视同仁。
康熙四十四年（1705），罗马教皇十一世派遣使节多罗到达中国，不许天主教中国教民尊孔祭祖，把中国习俗当作异端，干涉中国内政。这样就同中国传统文化、习俗发生冲突，并妨碍清朝的正常统治秩序。康熙为此谕多罗：此后，凡自西洋来者，再不回去的人许在内地居住。若今年来明年去的人，不可留住。这样的人，譬如立于大门之前，论人屋内之事，众人又如何能信服？况且多事。立这个规矩本身，就是对多罗的批评和限制，不得已之下，多罗于次年离京。之后，康熙下令规定，凡在华传教士，需领票（居留证），并表示永住中国，才许留住；不遵守利玛窦规矩者驱逐出境；有票长住中国的，和中国人一样，受到保护。自四十五年（1706）十二月起发票。四十六年（1707），明确实行禁教政策。四十七年（1708），进行逐一核查，凡不领票的解送澳门，驱逐出境。康熙对天主教，由容许到限制，由限制再到禁止，其原因除罗马教皇否定了利玛窦规矩并干涉中国内政外，还由于有的传教士卷入了皇位之争。但康熙禁天主教与驱逐“乱法”
的传教士时，仍然留用会技艺的西洋人，对那些在中国从事科技工作或安分居住的传教士们仍继续保持友好关系。
总之，康熙破除封建守旧势力的阻挠和封建传统观念的干扰，吸收西方先进的科学文化，促进了中西方文化交流和中国科学文化事业的发展。他既不盲目排
外，也不盲目崇外；在学习西方先进的科学文化同时，对西方荒诞不经的哲学和宗教理论弃而不取，既与西方人士进行文化友好往来，也还保持自己国家的政治独立，不受侵扰，对西方早期殖民主义进行了卓有成效的抵制与斗争。
