达赖属于西藏佛教的格鲁派——俗称黄教。黄教是其后兴起的宗教。南宋淳祜四年（1244），西藏佛教各派中势力最大是萨迦派（俗称花教）教主萨迦班智达他前往凉州（今甘肃武威）拜见窝阔台的皇子阔瑞，制定了西藏地方归顺蒙古大汗的条件及岁贡的品种和数量。元朝建立后，西藏正式归属于中国版图。当时，西藏佛教派别还有噶举派（俗称白教）与萨迦派它们势均力敌；宁玛（俗称红教）、本布（俗称黑教）等派势力稍弱些。萨迦班智达逝世后，其侄八思巴于元六年（1269）被元世祖尊封为“大宝法”，即萨迦政权的创始人、第一任萨迦法王。
自此，西藏首次出现政教合一的政权。元顺帝到正十四年（1354），噶举派乘萨迦王室内讧，起兵推翻第六代萨迦法王，建立第司政权，亦称帕竹政权。明洪武五年（1372）刚继位不久的第司政权第二代法王释迦坚赞，派特使赴京朝贺，明太祖封他为“灌顶国师”，并授予玉印，其他教派赴京朝贡者，也分别授予法王、西天佛子、大国师等官位。第司政权第五代法正札巴坚赞于明永乐四年（1406）被封为“灌顶国师阐化王”。他执政期间颇有成就，对宗喀巴新创建的格鲁派采取扶持态度。
宗喀巴原曾信奉噶举派。明朝初年，他不堪忍受萨迦、噶举等派均有失佛教本旨，不守教规，于是创建新教派——格鲁派，提倡“苦行”，遵守戒律，不娶妻，禁饮酒，戒杀生等。宗喀巴自明洪武二十五年（1392）、其三十六岁时归隐，其一生有八大著名弟子，第二人克珠节即第一世班禅，八人最末根敦朱巴即第一世达赖。明成化十年（1474），根敦朱巴逝世，黄教学习噶举派的“转世”制度，认为次年后藏达讷地方（日喀则宗属地）出生的根敦嘉措是根敦朱巴的转世“灵童”（也称呼毕勒罕，或胡必尔汗，系蒙古语自在转生之意，也译为：化身）。此为黄教首个大活佛转世制度。
二世达赖根敦嘉借（1475 一 1542）执政期间，黄教已有极大发展，不仅在前藏、后藏奠定了坚实的基础，而且推广到西康（今西藏东部昌都地区）、阿里（西藏西部）、青海等地。与此同时，反对黄教的势力也与日俱增，其中以仁本
巴·顿柱多吉为首的后藏世俗农奴主为首，他与噶举派的噶玛噶举、直贡噶举相勾结，对黄教采取敌对态度，并兼任第司政权摄政，干涉政务。黄教发展掣肘良多。因此，三世达赖索南嘉措（1543～1588）中年以后，离开原藏，去青海、西康、内蒙古等地传播黄教。
明嘉靖三十八年（1559），内蒙古土默持部的俺答汗统领众人入青海，见黄教在群众中威信日增，颇有好感，于是邀请索南嘉措至青海一见。明万历六年（1578）五月，索南嘉措应邀至青海，于新建的仰华寺与俺答汗会晤。俺答汗赐索南嘉措“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”尊号。“圣识一切”，意为熟知一切，“瓦齐尔达喇”是梵文“金刚持”的意思。达赖，是蒙古语大海之意，“喇嘛”
是藏语上师之意。合起来表达的意思是：佛家显密两宗达到最高成就，如海一般的大师。自此以后便有了达赖喇嘛这一称号。索南嘉措是达赖喇嘛三世。后人尊根敦朱巴为一世达赖喇嘛，根敦嘉措为二世达赖喇嘛。在这次会晤中，达赖喇嘛三世回赠封俺答汗“咱克瓦尔第彻辰汗”尊号。“咱克瓦尔第”是梵文，译为“圣王”。“彻辰汗”是蒙语聪睿王。自此以后，索南嘉措应邀去内蒙古各地传授经说法，广收徒众，黄教的影响传到了内外蒙古。明万历十六年（1588），索南嘉措应大明皇帝邀请赴京，逝世途中。
三世达赖喇嘛逝世前后，西藏政策发生了巨大的变化。第司政权的摄政人本巴·顿柱多吉的部下辛霞巴·才旦多吉悄然发动政变推翻仁本巴，侵占后藏。万历四十六春（1618）辛霞巴·才旦多吉曾孙敦迥旺布率众攻打前藏，迅速推翻第司政权，建立噶玛政权；自称“藏堆结布”，汉文史书称其为“藏巴汗”。噶玛政权与第司政权虽同属于噶举派，但对黄教态度却截然不同。藏巴汗联合青海喀尔喀蒙古却图台吉欲用武力剿灭黄教。但黄教在厄鲁特蒙古和硕特部顾实汗（亦写作固始汗）的帮助下，崇祯十年（1 颁）正月，顾实汗率部从新疆进入青海，推翻蒙古却图台吉政权，占领青海。不久，他又占领西康大部，派人强征赋税。
祟祯十四年（1641）顾实汗受五世达赖和四世班禅的密招，率兵入藏。次年，推翻噶玛政府。五世达赖罗桑嘉措在顾实汗支持下建立了噶丹颇章政权（因其未执政前住在哲蚌寺的噶丹颇章宫）自任法王，下设第巴一人，总理政事。定都拉萨，兴建布达拉宫居住。自此，达赖取得西藏地方的政权。但顾实汗未曾离开西藏，成为实际上政务的掌控者。
尊重达赖喇嘛，是看中了佛教为提高皇权和维护国家统一原则的理论，也是清太宗制定的基本国策，为以后历代所持守的准则。
早在清崇德四年（1639）十月，太宗皇太极就派遣特使致书于西藏的汗和“掌佛教大喇嘛”，表达了慕名聘请高僧，“宣扬佛法，利益众生”之意。与此同时，顾实汗得知东方兴起了强大的清王朝，便联系达赖、班禅及藏巴汗，共同派遣使者朝贡。使者伊拉古克三胡土克图等，历经千辛万苦，历时数月方于崇德七年（1642）十月抵达盛京（今辽宁沈阳）。太宗皇太极待以优礼，亲率诸王贝勒大臣至怀远门迎接。伊拉古克三胡土克图等看见皇太极，即以达赖喇嘛等书信传上，信中言称太宗为“曼殊师利大皇帝”（曼殊，即汉语“妙吉祥”）。皇太极起迎受书，设座于榻右，命使者坐，赐茶，大宴于崇政殿。接待礼仪隆重一时，差不多与后世接待达赖喇嘛相似。翌年，使者返藏，太宗赐以金银珠宝，遣使一同前往，并致书达赖问候。由于达赖喇嘛等主动遣使与清廷交好，四川、甘肃及西藏的一些土司、番僧亦先后入贡，请求内附。
顺治执政期间，达赖喇嘛与清廷的关系又有了新的进展。顺治元年（1644），清兵入关，定都燕京，顺治皇帝采取顾实汗建议，遣使往迎达赖喇嘛。顺治四年（1647），达赖、班禅各遣使献金佛、念珠，表颂功德。次年，顺治遣使携书问候达赖，并再次邀请。达赖复书，定于辰年（顺治九年）朝觐。对此，清廷尤其重视，届时特命和硕承泽亲王硕塞等往代噶迎接，修筑黄寺为其休息之处。
顺治九年（1652）十二月十五日，达赖喇嘛率领班禅及顾实汗的代表到京，谒顺治皇帝于南苑，进马匹、方物。顺治皇帝给予隆重接待，在太和殿设宴为达赖洗尘。翌年二月，达赖返回，顺治帝设宴送行，赐金银、缎匹、珠玉、鞍马等，并命和硕承泽亲王硕塞同固山贝子顾尔玛洪、吴达海率八旗兵护送到代噶。十一年四月，又遣礼部尚书觉罗郎球、理藩院侍郎席达礼等，送满、汉、藏三种文字酌金册、金印，封代噶封达赖为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，从此，达赖喇嘛这个封号及其在西藏的政治地位由朝廷正式确定下来，并使其具有全国佛教统领的意义。
达赖喇嘛由中央政府册封之制由此开始。顾实汗虽未亲自来京，顺治皇帝以其稳定青藏形势之功，并忠于朝廷，特派内大臣囊努克、修世岱等人同达赖喇嘛到拉萨，赠送满、汉、蒙古三种文字的金印、金册，封他为“遵行文义敏慧顾实
汗”，鼓励他进一步忠于朝廷，以永享荣华富贵。
大清皇帝之所以这样尊重和优待达赖喇嘛，是源于治国的需要。达赖不仅是西藏政治、宗教领袖，而且他所施行的佛教格鲁派（黄教）得到蒙古各部的普遍信赖。尊重他，不仅能团结西藏，且可借以抚绥蒙古，对扩大和维护清朝在全国的统治是一项积极的政策。康熙皇帝从其个人好恶来讲，无论对道教、佛教都不感兴趣，但仍恪守先朝尊崇达赖、抚绥蒙古的已定国策，不时遣使前往西藏看望达赖、班禅，加以慰问赏赐贵重礼品。他还规定由打箭炉（今四川康定）税收项下，每年拨给达赖白银五千两，作为僧众养赡，另外每年给班禅茶叶五十大包，作为札寺僧众熬茶之用。达赖、班禅也经常遣使进贡，对清廷十分忠心。
康熙皇帝尊重黄教和达赖喇嘛，但不盲目迁就达赖个人的意志和行为，而主张以宗喀巴法则为准绳，团结与统一藏蒙各派政治势力。事实上，达赖的行为并没有完全符合道法，且有人竟借达赖喇嘛之名以行其私，侵压百姓，侵欺邻部，危害朝廷。对此，康熙皇帝以最具权威的护法主姿态维护宗喀巴道法，“化导悖乱，使中外道法归一”。吴三桂叛乱时，康熙皇帝诏令青海蒙古兵由松潘入川。
五世达赖竟坦护吴三桂，刁难朝廷，上书阻拦：“西南地热，风土不宜”，蒙古兵“难以进边”。甚至主张“莫若裂土罢兵”。康熙皇帝断然拒绝，说：吴三桂系明时微弁，父死流贼，摇尾乞降。世祖章皇帝优擢封王，将公主许配其子，朕又宠加亲王，所受恩典不但越绝朝臣，且自古所少有。吴三桂孤负此殊恩，构衅残民，世人共愤。“朕乃天下人民之主，岂容裂土罢兵？”
康熙二十一年（1682），五世达赖罗桑嘉措去世。第巴桑结嘉措秘不发丧，企图借机把西藏统治大权掌控在自己手里，抵制和排斥和硕特达赖汗（顾实汗之孙。1654 年顾实汗死，其子丹增多吉继承汗位，称达延汗；1668 年达延汗死，其子丹增达赖继承，受达赖汗的控制。他选择与五世达赖相貌酷似的帕崩喀寺的喇嘛江阳扎巴替代，穿起达赖服装，坐在布达拉宫的宝座上伪装五世达赖，但不与外人接触，声称达赖要长期静坐，修炼密法，一切由第巴代行、代达。桑结嘉措的行动，反映了西藏部分僧俗贵族的企图。桑结嘉措二十六岁时，即康熙十八年（1679），通过五世达赖推举，在三大寺僧众的欢呼声中登上第巴宝座。五世达赖参照西藏未来最高统治者的目标栽培桑结嘉措，而这位第巴由于自幼受着五世达赖热烈期望的传染，自然而然地接受了这种使命。桑结嘉措欺骗朝廷，一再
假传五世达赖之言，任意妄行，为反对和硕特汗，暗中勾结噶尔丹，支持其侵犯喀尔喀蒙古，使其与朝廷对立。如此看来，康熙皇帝不得不与第巴桑结嘉措的欺君法法规进行一场必要的斗争。
康熙皇帝在二十八年（1689）正月遣使，将收降外蒙古土谢图汗及哲卜尊丹巴之事通知达赖喇嘛，并重申：欲使厄鲁特、喀尔喀放下恩怨，仍前协和，各守地方，停战罢兵。并表示愿与达赖喇嘛共同遣使往谕噶尔丹，以便永久和睦相处。
然而出乎康熙皇帝预料，第巴竟遣善巴陵堪卜进入贡请安之机，假传达赖之言密奏说：达赖喇嘛令奏圣上，擒土谢图汗、哲卜尊丹巴胡土克图交噶尔丹，则有利于生灵。康熙皇帝深知噶尔丹正是以索要土谢图汗等为理由，继续向内蒙古大举进犯的，“达赖”所奏故然是有意偏袒噶尔丹。因而遣使赍敕往谕“达赖”，指责这种主张不符合欲厄鲁特、喀尔喀相和好之意，并怀疑：尔喇嘛行事利济众生，想善巴陵堪卜所奏，未必是喇嘛之言。
第巴以达赖名义遣往准噶尔谕和的喇嘛济隆，行事更为离普，不仅不督促噶尔丹与喀尔喀罢兵和好，反而唆使其侵犯内蒙古，对抗清朝。噶尔丹与尚书阿喇尼交兵于乌尔会河，济隆则同意噶尔丹的不法行径。噶尔丹一路烧杀抢掠，侵入到克什克腾旗南部的乌兰布通峰，济隆为之祭旗、诵经、择战日；两军于乌兰布通会战，济隆张坐在山顶观战；噶尔丹战败被围于山顶，济隆又亲自出马，以讲和罢战为名，引诱清军，使噶尔丹乘机逃跑。
康熙皇帝坚信济隆上述种种情况，并非达赖之意，便于三十年（1691）九月致书达赖：前得知喀尔喀、厄鲁特交恶相攻，屡遣使于喇嘛，以促其和好。喇嘛从来奉命不听从，敬顺而行，亦多次遣喇嘛说和，如果奉差喇嘛诸人，能仰体我俩好生之意，尽心行事，如果喀尔喀、厄鲁特和好，战争早该停止了。但你的近侍与济隆胡土克图等都有私意，不体会我与你的心意。济隆胡土克图身在噶尔丹营中，并不和好，又不劝阻，而是处处支持和怂恿。这些事并不是济隆一人所为，也有你近侍之人通同贪利，而隐瞒你，徇庇噶尔丹。
这里所说达赖的“近侍”实指第巴桑结嘉措。第巴害怕真相败露，急忙以达赖名义为济隆开脱，祈求“饶恕”。康熙皇帝不允所请，坚持处罚，认为惩恶劝善是国家一定之大法，故回信指出：如或不然，则善人何以为劝，恶人何以为惩？
第巴桑结嘉措为了巩固自己在西藏的统治地位，在康熙三十二年（1693）冬，
以达赖名义遣使进贡，并为自己请封。康熙皇帝怀疑偏袒噶尔丹的事是第巴所为，但念及达赖喇嘛自受封以来，恭顺职贡有年，今以其身已老，乞封第巴，不便拒绝，遂于第二年四月封第巴为土伯特王，赐予金印，印文是“掌瓦赤喇怛喇达赖喇嘛教弘宣佛法王布忒达阿白迪之印”，即封第巴掌管黄教法王名号。这之后，第巴继续坦护噶尔丹，遣使奏请勿罢免噶尔丹汗号，并公然要求清廷撤走青海等处戍兵。对此康熙皇帝严词批评，一针见血地指出：他为了噶尔丹，而不为国家着想。明确宣布：我之守戍，为保我的土。今噶尔丹仍索喀尔喀不已，则朝廷不仅不当罢戍，且当备师。如噶尔丹来，立即剿灭。这时，康熙皇帝意识到达赖可能早已逝世，就遣使前往召班禅胡土克图进京，以便达赖不在时，由其主持达赖喇嘛教。但因第巴阻挠，班禅未能赴京。康熙皇帝于三十五年（1696）五月，亲率大将军费扬古等，大败噶尔丹在昭莫多。从缴获物品中发现了第巴与噶尔丹来往文书，并从降人口中得知达赖喇嘛已去世多年，第巴暗以达赖名义怂恿噶尔丹占据外蒙古等事，于是决定遣使进藏，以探听虚实。三十五年八月十一日，遣理藩院主事保住等，前往敕书给达赖喇嘛、班禅胡土克图、第巴桑结嘉措、达赖汗等，为灭噶尔丹告捷。在给第巴书中说：朕崇道法而爱众生，眷恋实心护道法者，罪谴阴诱人以坏道法者。收到历数第巴罪行：你阳则奉宗喀巴之数，阴则与噶尔丹朋比，欺骗达赖喇嘛、班禅胡土克图，而损害宗喀巴之教。你诈称久故之达赖喇嘛尚存，遣济隆胡土克图到噶尔丹处，在乌兰布通之役为噶尔丹诵经且挑选战日，噶尔丹败，又以讲和为由贻误我军，使噶尔丹得以远遁；朕为众生，遣人召班禅胡土克图进京，你又恐吓班禅胡土克图，说噶尔丹将劫持而杀之，以阻止其前行；青海博硕克图济农，暗与噶尔丹结姻，往来通使，你不告发，还给予支持；噶尔丹听信你的唆诱，故不听从朕之旨。
噶尔丹听说皇帝亲统大军已到克鲁伦，逃跑时对众人说：我来克鲁伦，不是我想要深入，而是奉达赖喇嘛之旨，他说“东行吉”，我于是深入，不然达赖喇嘛杀我，而我杀你们。康熙皇帝把事情摆明了说：达赖喇嘛若存在，决无此等事，明明是达赖喇嘛亡后，你假冒达赖喇嘛诳噶尔丹。你的行为，是为道法，还是为己行诈？康熙皇帝接着给第巴指出改过自新之路：你果然改过，仍想遵宗喀巴之道，当奏明达赖喇嘛已故始末；尊奉班禅胡土克图，使之主喇嘛教，应朕之召，叫之来京：将济隆胡土克图交给我处理；将青海博硕克图济农所娶噶尔丹之女解
救来。这样则朕仍待你同从前一样优厚。不然，此四事缺其一，朕必定你诡诈、欺达赖喇嘛和班禅胡土克图、助噶尔丹之罪，发云南、四川、陕西等处大兵，如同破噶尔丹之例，或朕亲征，或遣诸王大臣辑拿你。并要求他速办，定于明年正月来奏，否则将后悔莫及。
翌年二月初六康熙皇帝自京出军，行兵宁夏。此行主要目的是最后剿灭噶尔丹，但也试图乘便对青海和西藏起到一定的恐吓作用。出发的第三日，即二月初八，收到保住从西藏回到庄浪（今甘肃永登）发来的奏疏，得知第巴接到谕旨，诚惶诚恐，态度十分恭顺，皇帝谕令的四事，一一答应。因康熙信中曾点明青海台吉向背，关键取决于达赖和第巴，故第巴明确表示：青海八台吉，俱达赖喇嘛弟子，仍愿为皇上效力，并无二心，臣可保其不背叛皇上。
康熙对第巴的恭顺态度颇为满意，因其忠于皇上，标志道法已经归一，故决定饶恕其罪，以促成青海和西藏问题的和平解决。三月下旬，康熙到达宁夏，再遣保住等往谕第巴：嗣后你宜更加恭顺，勿违背朕旨。朕完全宽恕你从前的罪过，恩惠如初，如此则你那里的人民蒙利，你的荣华富贵可永久。同时，嘱咐保住：
此次进藏，待第巴态度宜加和婉。并令保住转告第巴说：皇上统领大兵，已临宁夏，因前事四款你肯照办，皇上大悦，故不进兵。这样看来，康熙皇帝在处理第巴问题上，采取了古代帝王惯用的恩威并施策略。
康熙宽宥第巴的正确政策，促进了青海问题的顺利解决，最初青海各台吉听说康熙皇帝亲自出师宁夏，很受震动，先后弃营而去。后得知第巴效忠朝廷，康熙皇帝宽宥其罪，遂消除疑虑，纷纷要求朝见康熙皇帝，请求归降。康熙于三十六年（1797）十一月二十七日在保和殿接见来朝的顾实汗第十子青海扎（达）什巴图尔台吉等人，盛情款待，进一步肯定顾实汗和扎什巴图尔对清廷的忠诚。三十六年十二月，康熙皇帝阅兵玉泉山，特邀扎什巴图尔前去观看，使其亲睹天朝兵威。第二年正月，赐封扎什巴图尔台吉为亲王，分别封其他台吉为贝勒、贝子，并予以殊荣，令随驾巡游五台山，赏赐马驼，派兵护送其返回青海。以扎什巴图尔亲王为首的青海众台吉从此逐渐摆脱了对达赖喇嘛的依附地位，并为朝廷安定西藏做出了重要贡献。
康熙年间，发生隐埋各派政治势力之间复杂的政治权力及政治主张的矛盾与斗争有：
首先，长期以来，西藏地方势力与和硕特蒙古汗王势力之间，存在着争夺西藏统治权的斗争；其次，顾实汗死后，青海众台吉与在西藏的和硕特汗，为争权夺位产生矛盾；最后，青海众台吉之间的政治倾向性，有时会出现分歧。
这些矛盾、分歧和斗争，在一段时间内，反映在拥戴哪个达赖喇嘛的问题上，都攻击对方拥户的是假达赖喇嘛，而自己拥戴的是真达赖喇嘛，因而产生混乱与争夺。
第巴桑结嘉措在康熙三十六年（1697）公布五世达赖逝世消息，同时宣布转生灵童己找到，即康熙二十二年（1683）降生、年已十六岁的仓央嘉措。三十六年十月二十五日，正式迎仓央嘉措，到布达拉宫坐床，是为六世达赖喇嘛。康熙皇帝授给印信、封文，予以承认。然而第巴桑结嘉措的政敌和硕特汗却表示反对，视之为假达赖喇嘛。
和硕特汗与噶丹颇章政权之间的矛盾持继很久。桑结嘉措任第巴伊始，就对蒙古汗干涉西藏政务心怀不满。受封土伯特王以后，更急于独掌西藏大权，摆脱和硕特汗。
康熙四十年（1701），达赖汗去世，长子旺札勒即位。四十二年，达赖汗次子拉藏汗毒死其兄，夺得汗位。拉藏汗与第巴桑结嘉措的关系日益恶化。双方最终发生军事冲突。康熙四十四年（1705）七月，桑结嘉措兵败被杀。拉藏汗另立隆素为第巴，向康熙皇帝陈奏假达赖喇嘛情由和事件经过，说仓央嘉措不是真达赖灵童，沉迷酒色，不守清规，请予“废立”。虽然拉藏汗与第巴桑结嘉措势不两立，但他们都臣从朝廷，都力争得到朝廷的支持和加封。康熙皇帝想利用忠于清王朝的地方势力稳定边疆，巩固国防，不愿与其中任何一派决裂，所以经常在他们对立的两派调解，谋取平衡。如册封第巴桑结嘉措为土伯特王，并承认他所确立的六世达赖喇嘛。然而，当拉藏汗杀桑结嘉措、左右着西藏局势、要求“废立”六世达赖喇嘛时，康熙皇帝又继续承认并予以支持，遣使册封拉藏汗为翊法恭顺汗，赐金印，令逮捕假达赖喇嘛赴京。
一个假达赖喇嘛为什么还要派人拘擒？康熙皇帝认为：众蒙古都倾心归于达赖喇嘛。这个达赖喇嘛虽假，却有达赖喇嘛之名，众蒙古信服，倘被策妄阿拉布坦迎去，则西域、蒙古将都倾向策妄阿拉布坦，故特遣席柱等前去拘假达赖喇嘛赴京。事实证明了康熙皇帝估计的正确性。果然，席柱等刚到拉萨，策妄阿拉布
坦也派人来迎六世达赖喇嘛。但因众喇嘛纷纷反对，甚至以“离散”相威胁，未立即执送，待众人情绪稍缓和后，拉藏汗方起解假达赖喇嘛仓央嘉措赶往京城。
拉藏汗将假达赖喇嘛解京时，曾奉谕旨，令寻找真达赖喇嘛。于是他遵旨选立波克塔山的胡必尔汗伊喜嘉措为六世达赖喇嘛，迎到布达拉宫坐床，前后共十一年之久。但西藏人民始终未承认，被认之为假达赖喇嘛。青海众台吉也不相信，而另奉里塘的噶桑嘉措为六世达赖喇嘛的胡必尔汗，彼此争论不已。
康熙皇帝极力进行调和，并派内阁学士拉都浑率青海众台吉的使者，赶赴西藏调查。四十八年（1709）正月二十七日拉都浑返京，康熙皇帝命议政王大臣等商议，最后经康熙皇帝批准，做出两项决定：其一，拉藏汗所立达赖喇嘛，既问之班禅胡土克图，确知真实，应予以承认。但因其年幼，暂不给封号；其二，鉴于青海台吉等与拉藏汗不团结，西藏事务，不便令拉藏亲自理，特遣侍郎赫寿前往西藏，协同拉藏处理事务。清廷设置驻藏大臣自此开始。第二年三月，康熙皇帝应拉藏、班禅、赫寿及诸寺喇嘛之请，封伊喜嘉措为达赖喇嘛，给予金册、金印。
鉴于西藏形势比较混乱康熙皇帝于五十二年（1713）正月，以五世班蝉胡土克图罗桑益喜为人安静，熟谙经典，勤修贡职，始终不倦，决定参与封达赖喇嘛之例，给以印册，封为班禅额尔德尼。班禅之号始自四世班禅罗桑曲结。以其精通“五明”，故尊称“班禅”，意为智德深广。额尔德尼，本系蒙古语珍贵的意思。
自此便有了“班禅额尔德尼”的封号。此后，班禅遣使进贡，与朝廷建立直接的关系。康熙皇帝以册封达赖之例册封班禅，目的在于提高班禅地位，使之与达赖共主喇嘛教，协助拉藏汗处理西藏地方事务，安抚西藏人心，稳定局势。
然而，青海台吉与拉藏汗的矛盾并未就此解决。康熙五十三年，青海右翼贝勒戴青和硕齐察罕丹津等上奏：里塘地方新出胡必尔汗，实系达赖喇嘛转世，企求册封。其从前班禅胡土克图及拉藏汗题请安置禅榻的胡必尔汗是假。
康熙皇帝认为，青海众台吉和拉藏汗都是顾实汗子孙，应使之和睦相处，如果将此胡必尔汗留住青海，恐其兄弟内起争端，故特遣侍卫阿齐图等前往，谕令将里塘的胡必尔汗送至西宁口内寺庙居住，安放于清军武力控制之下。同时，遣主事众佛保往班禅处，问此胡必尔汗是真是假。五十四年四月，众佛保取回班禅印文，确定里塘胡必尔汗是假。康熙皇帝部署侍卫阿齐图，传集青海两翼诸贝勒、
台吉等会盟，当众宣示皇上仁爱之意和班禅送来的印文，令将胡必尔汗送往西宁口内红山寺居住。
但青海众台吉间有分歧。贝勒色卜腾扎尔等，认为应遵旨将胡必尔汗送往西宁口内，而贝勒察罕丹津等，则借口胡必尔汗年幼未出痘，今不宜出行，拒绝交出。而且据传察罕丹津欲兵戎相见，联合罗卜臧丹津等盟誓，攻取遵守朝廷旨意的贝勒色卜腾扎尔等五家，然后将胡必尔汗以武力送往西藏，强行登上达赖喇嘛。
康熙皇帝意识到事态的严重性，不能犹豫，当即决定增兵西宁，如果察罕丹津果肆猖狂，即行征讨；另谕四川松潘预备兵马，如闻察罕丹津有送胡必尔汗西行之信，即从后追杀。察罕丹津等得知朝廷有备，未敢轻举妄动，于五十五年（1716）三月主动将胡必尔汗送至康熙皇帝指定的西宁口内宗喀巴寺（即塔尔寺）居住。康熙皇帝继续采取调和态度，为促进青海众台吉的团结，稳定青海局势，于同年阴历三月重新任命两翼首领，令罗卜臧丹津、察罕丹津、达颜管理右翼事务，额尔德尼厄尔克托克托奈、阿喇布坦鄂木布管理左翼事务。派公策旺诺尔布、侍卫布达理同郎中长受、主事巴特麻等到青海会盟，令其永远和睦相处。选拔驻扎西宁的西安满洲兵五百名，叫侍卫阿齐图、护军参领钦第由，率往青海西北形胜要地噶斯口防守，以防策妄阿拉布坦派人侵占青海，抢夺新出的胡必尔汗。
康熙皇帝为稳定边疆局势，防止策妄阿拉布坦乘机而入，对青藏各派之间的斗争基本采取调解态度，尽一切可能消除矛盾，起码不使事态扩大，原则上承认既成事实，和支持一切忠于朝廷的派别，体现了封建君主所共有的是非标准；对于达赖喇嘛，能维护则尽量不替换。但是西藏形势更为复杂，各派都力图拥护自己的达赖喇嘛，为己所用，增强自己的政治权势和经济利益，以战胜对手。不久，发生了策妄阿拉布坦派兵侵犯西藏事件。康熙皇帝在青海努力的为平息这次变故做了准备。
第巴桑结嘉措败亡后，其部下将希望寄托于新疆准噶尔部的策妄阿拉布坦，有的往该部投靠，有的给策妄阿拉布坦写信，搬兵复仇。
康熙三十六年，清政府消灭噶尔丹之后，因策妄阿拉布坦对朝廷敬慎有加，曾奉命助剿，便把噶尔丹部众赐给策妄阿拉布坦，确认他为准噶尔部的首领，令其在阿尔泰山以西游牧。但事过不久，策妄阿拉布坦便步噶尔丹的后尘，收集原来部队，陆续吞并周边各部，并乘机侵犯哈密、青海和西藏等地。第巴桑结嘉措
部下的求助，刺激了策妄阿拉布坦对权力和领地的贪欲。他利用拉藏汗与西藏地方势力和青海诸台吉矛盾而深感孤立、希望得到外援的心理，向拉藏汗提议儿女联姻，增进友谊。
康熙五十三年（1714），策妄阿拉布坦将拉藏汗长子噶尔丹丹衷派到伊犁（今新疆伊宁），与其女博托洛克结亲。拉藏汗因而放松了对他的戒备。对此，康熙皇帝却十分担心，五十三年六月，谕领侍卫内大臣等拉藏一子前往策妄阿拉布坦处娶亲，一子现在青海地方驻扎，跟前无人（有一幼子），岂不孤危？倘或事出不测，此离地方甚远，相隔万里，救之不及，只有贻悔！康熙皇帝担心之事最终发生了。康熙五十五年（1716）十一月，策妄阿拉布坦派其表弟策零敦多布等，假称护送噶尔丹丹衷夫妇归藏省亲，率兵六千名，从伊犁取道叶尔羌（今新疆莎车）绕戈壁，逾和阗南大雪山，涉险冒瘴，昼夜前往，向西藏进发。该军于第二年七月初四日突至藏北纳克产（今西藏奇林错东南、力口林错东北）地区，抢掠波木宝一部人众，经腾格里海（今西藏纳木错）直达达木（今西藏当雄）。拉藏汗集中精力对付青海，藏北无人。而且他对儿女亲家毫无戒备。六月初一，听后儿子在归途中，便准备到达木迎接。他正着手安排这一喜事的时候，拉藏汗的次子突然赶来，极其悲痛地向父亲哭诉了策妄阿拉布坦“设下的陷阱”。拉藏汗听说后仓促调集军队，在达木一带阻击进犯之敌，坚守三个月，双方都有损伤。由于藏军多系临时招募，且受准噶尔人挑拨，蒙藏将领不和，两族士兵矛盾更深，叛变的事时有发生，战斗力大为削弱，无法继续抵抗，不得以于十月初八日退守拉萨，派人向清政府求援。拉萨城危在旦夕，城内人心惶惶。策零敦多布于十月二十八日夜围攻拉萨，在内奸接应之下占领了全城，并进入布达拉宫，杀害了拉藏汗，将其幼子及其所属寨桑等送往伊犁，拘达赖喇嘛于扎克布里庙。拉藏汗次子苏尔扎率三十人突围而出，不久也被擒获，其妻取道奔青海，向朝廷报告了详情。顾实汗子孙控制西藏的局面，从此宣告结束。
策零敦多布组成以达克咱（亦称达孜巴、达子娃）为第巴的亲准噶尔政权，并发兵进攻前藏等地，想长期窃据西藏，进而窥视青海、四川和云南。但是，他们遭到了广大藏民的抵制和反对。他们从拉藏汗手中抢去的伊喜嘉措，西藏人民认为是假达赖喇嘛，在藏蒙人民中没有任何号召力。他们烧杀抢掠和侵犯寺院利益的行径，更使广大僧俗人民深恶痛绝。青海台吉站在朝廷一边，团结一致，既
未因为政敌拉藏汗被消灭而欢欣鼓舞，也没因为策妄阿拉布坦发兵进攻拉藏汗而与之合作。青海台吉的态度和康熙皇帝对他们进行的工作密不可分。
五十七年（1718）年初，康熙皇帝收到拉藏汗的奏疏，报告准噶尔侵扰西藏状况，请求朝廷发兵援助。奏疏中说：策妄阿拉布坦发兵六千，与我土伯特兵交战两月，臣现在率兵守护招地（拉萨），但土伯特兵少，感到忧虑，黄教有被灭的危机。为此恳求皇上速发救兵，并青海之兵，速来援助。拉藏求救奏疏至京时，他已不在人世，对此，康熙皇帝还不得知。根据拉藏汗的奏疏，康熙皇帝立即于二月十一日召集议政大臣等商议，决定派兵前往救援。随后，又得知策妄阿拉布坦派兵进藏目的，在于“消灭拉藏，即在藏驻扎”，并有拉藏阵亡的消息，于是康熙皇帝决定立即派兵进藏，二月十三日发布谕旨：令色楞统率军兵，征剿西藏。
色楞所统满洲、绿旗、土司兵及从西宁调的兵，共两千四百名，数少力弱，为当时清朝官员所公认为什么派这么一支军队冒险远征？这是由于康熙皇帝对敌情不熟知，估计战局偏于乐观所致。
康熙皇帝的轻敌思想和经验主义直接影响了他的侍卫色楞。色楞于五月十三日率兵进至青藏交界处之穆鲁乌苏（今青海通天河），收到将军额伦特来信称：
奉旨差渣布，往察罕丹津处，令其遣人将准噶尔之兵骗来。待有回信，然后进兵。
这种诱敌出动、以逸待劳的方针如能实现，对清军极为有利。但色楞并不谨慎地衡量利弊，而是盲目自信，急于求成。他上疏说：准噶尔残害西藏，那里人民希望我师如望云霓，岂能刻缓？况且准噶尔兵众，散处无纪。他们的伎俩，不过是暮夜袭营，偷盗马匹而已。臣所统兵丁两千有余，器械尖锐，马肥饷足。如果复驻留，以待额伦特兵到，恐需迟时日，口粮短缺，进退两难，臣故不能延待。于是，根据以往相机进剿之旨，边奏边率兵越穆鲁乌苏，从拜图一路深入藏地。色楞既已先行，朝廷便命额伦特等立即进兵策应，额伦特未等接到朝廷命令，便主动于六月十八日自穆鲁乌苏一路追寻色楞，至七岔河，得知色楞自拜图地方前往，势难追及，于是，从七岔河向库库塞一路进兵，试图从近路找到色楞，一同前进，七月二十日，色楞兵到喀喇乌苏（蒙语黑水，今西藏那曲）安营，等待额伦特。
大约八月初，两军会合，准备渡河占领狼腊岭，然后进攻达木地方。
准噶尔兵自色楞等入藏之日，即屡屡战败退却，诱其深入，而以精兵埋伏喀喇乌苏严阵以待。同时，胁迫当地兵丁数万，据河以拒清兵，并分兵潜入清兵之
后，抢取饷道。清军遇敌伏兵，突围不成，相持数月，弹尽粮绝，约于九月中全军覆没，额伦特、色楞阵亡。清军的这次失败是惨重的。主要是康熙皇帝战略指导思想造成的失误。难得的是他能够正确认识这次失败的教训，因而有下次进藏的胜利。
清军首次进军西藏全军覆灭，在交战双方心理上都产生了重大影响。准噶尔气焰更加嚣张，继续东侵喀木地区，欲与清朝争夺巴塘、里塘，并侵犯青海、云南等地。青海王公及满汉大臣畏敌情绪增长，以“藏地险远”为由，不主张出兵。
康熙皇帝则败而不馁协，虽已步入晚年，仍放眼后世及大局，而锐意进取，考虑到西藏屏蔽青海、滇、蜀，若被准夷盗据，将永无安宁，故毅然决定继续用兵。
但他汲取了前次轻敌冒进的教训，在战前作了周密的准备工作。
增派满洲兵，任命大将军。康熙五十七年（1718）十月初，即第一次入藏作战，失败不久，康熙皇帝决定增派京营满兵三千八百余名，先后分两批往甘肃庄浪、甘州（今张掖）等地驻扎，以备调遣。接着任命皇十四子固山贝子允褪为抚远大将军，统领第三批部队在同年十二月十二日启程，开赴西宁前线。此后，又增派荆州驻防满兵一千名到成都，派大将军帐下护军统领噶尔弼驰驿进川，管领满兵；调江宁、浙江满兵，由都统武格等率领，开赴云南中甸一带驻扎策划。
进一步团结青海蒙古王公。同年九月，察罕丹津等来朝请安。理藩院参照常例赏赐鞍马银币。在康熙皇帝看来，察罕丹津在人心惶恐之际，委身效顺甚为可嘉，特降旨从原多罗贝勒晋封为多罗郡王。此举对增强青海蒙古的向心力、稳定青海政治局势尤为重要。
重用四川文武官员。四川巡抚年羹尧，熟悉边情，办事爽快，与满族将领关系和谐。同年十月，在军机紧要的情况下，康熙皇帝提升他为四川总督，兼管巡抚事，使其由处理民事，进而肩负督兵重任，为开辟由四川进藏的新路线做好准备。年羹尧主动建议满兵驻防成都，及时设立进藏驿站，确保军饷供应，为安藏之役出力甚多。武将中崭露头角受到器重者为永宁协副将岳钟琪。他在招抚里塘、巴塘及进军西藏时均为前驱，并善于团结土司头目，同心协力，常取得事半功倍之效。
招抚里塘、巴塘等地，扫清进军道路。康熙五十八年（1719）二月到六月，康熙令都统法喇率满汉官兵岳钟琪等先后招抚里塘、巴塘，该地地方头目亲递喇
嘛民人户口清册。巴塘以外属于喀木地区的察木多（今西藏昌都）、乍雅（今西藏察雅）、嚓哇，也相继闻风归顺。康熙皇帝考虑到藏蒙人民非茶难以度日，特接受法喇建议，凡归顺地方，按户口清册，酌定数目，令其买运用茶。察木多等三处为“会兵取藏”必经要地，康熙皇帝对其归顺更为重视，特派郎中鄂赖、游击黄喜林等持银牌、茶、缎，轻骑前往，除晓谕犒奖赏外，复令详察三处形势回报。
借助胡必尔汗，晓谕出师目的。五十八年四月，令里塘出的胡必尔汗拟告之，派人分三路向喀木、里塘、巴塘等处的首领宣谕：“现在准噶尔人背逆无道，混乱佛教，贻害杜伯特（西藏）生灵。上天圣主，目不忍睹，扫除准噶尔人，收复藏地，以兴黄教，使杜伯特众生太平如恒，特派皇子封为大将军，不分领域，率领大军，至西宁驻扎。不日大军由各路进讨。”告示要求：“大军所到之处，凡杜伯特人众，皆一致顺从，妥为辅助，仍旧安居，断不致有所骚扰。”最后强调：
“此举确为杜伯特众生”，因恐你们尚不知此中情节而害怕，以致妄行躲避天兵，“故特遣使速为晓谕尔众”。藏民深信胡必尔汗，故告示起到了招抚和安定民心的效果。
制定作战方案。康熙五十八年九月，派往西藏的胡毕图等回奏：策零敦多布等及土伯特众喇嘛民人，都承认在西宁现有新胡必尔汗是达赖喇嘛的转世。康熙皇帝受到启发，开始酝酿一个护送达赖、两路进兵的作战策略：将新胡必尔汗封为达赖喇嘛，给与册印，于明年青草发芽时送往西藏，令登达赖喇嘛之座。并对派兵人数、粮饷供应一一筹劳。令大将军等前线确议，并传集青海王公，晓谕会盟。然后，再将都统延信、楚宗、公策旺诺尔布、侍读学士常授和军前大臣召至京师。与议政大臣、九卿等一起反复详议。
任命进藏将军、参赞，册封第六世达赖喇嘛，在准备工作全面就绪后，向西藏进军正式开始。五十九年（1720）正月三十日，康熙皇帝命抚远大将军允褪统领军从西宁移驻穆鲁乌苏，管理进藏军务粮饷，居中调理；授亲叔伯侄延信（豪格之孙）为平逆将军，出青海向喀喇乌苏进兵，为中路之师：授噶尔弼为定西将军，汇合云南都统武格所率部队，从巴塘进军，为南路之师；又派将军富宁安、傅尔丹，分别从巴里坤、阿尔泰出师，为北路配合出击之师。五十九年二月十六日，册封新胡必尔汗为“弘法觉众第六世达赖喇嘛”（乾隆以后，称七世达赖，
第巴桑结嘉措所立的仓央嘉措仍称六世达赖），派满汉官兵及青海兵，送往西藏。
康熙皇帝的这种护送达赖喇嘛和进军西藏，将驱逐准噶尔人巧妙地结合在一起，是一个相当高明的决策。藏蒙人民崇拜达赖并承认这个里塘出生的胡必尔汗。
护送，理所当然被西藏、蒙古人民视为喜庆之事，从而拥护这一军事行动，听从该军将领的命令。准噶尔人如若抵抗清军，则难逃毁灭黄教、涂害生灵之罪，必然进一步激起藏蒙人民的愤恨；如不抵抗，则束手就擒。
同年三月，抚远大将军致书班禅额尔德尼，转达了康熙皇帝宗旨，详述护送达赖进兵安藏原因，命班禅留坐高床，以师礼教训达赖经典，以使黄教广传，众生安乐。
与此同时，噶尔弼得知准噶尔人所需粮食仍运自拉萨，便决计攻打拉萨，断敌粮源。令第巴达克咱聚集皮船，全军于八月二十二日渡过噶尔招穆伦河。随后兵分三路，于二十三日五更进兵，攻取拉萨。进驻后，招集所有大小第巴、喇嘛、民人，宣称皇帝广施法教拯救西藏民众的旨意；封闭所有达赖喇嘛的仓库；派兵把守拉萨附近要地，断绝准噶尔交通往来，阻其粮运；以唐古特文字、第巴达克咱印章，致书策零敦多布处所有唐古特兵，令其自行解散；通过三大寺僧人揭发，逮捕一百余名准噶尔喇嘛，将其中五名首恶者处斩，其余尽行关压。噶尔弼与汉族将领密切合作，团结藏族人民，抓住一切有利时机夺取并扩大地盘，有力地支援了中路大军。
康熙五十九年四月，平逆将军延信率领陕甘满汉官兵，护送达赖喇嘛从西宁出口进兵西藏。虽然路途较近，但所经之地，深山穷谷，瘴气浓重，十分艰险。
策零敦多布率主力迎击。战斗频繁，重大者就有三次：八月十五日，驻扎卜克河地方，深夜打败来犯的策零敦多布等，夺其马匹器械；二十日，驻扎齐嫩郭尔地方，三更时，击败来犯之敌兵两千余人；二十二日，驻扎绰马喇地方，五更，又有千余敌兵劫营。清军有备，四面枪炮齐发，杀死敌人甚多，余贼望风而逃。这时，噶尔弼已率大军进入拉萨，断敌饷道，散敌援兵。策零敦多布等力竭势穷，仅率数百人，狼狈逃回伊犁。延信等大军留驻于达木，于九月初八日启程，率轻骑简从，护送达赖喇嘛向拉萨进军。沿途受到僧俗人民的热烈欢迎。他们感激圣主再造洪恩。无不踊跃欢欣，男女老幼，前来迎接，见到官兵，群拥相抱，鼓奏各种乐器，欢庆重新得到安乐的生活。
九月十五日，天气晴朗，满汉大臣、蒙古各部首领、西藏黄教上层喇嘛、贵族，齐集布达拉宫，为达赖喇嘛噶桑嘉措举行隆重的坐床典礼。将拉藏所立达赖伊喜嘉措解送北京，以防后患。
两路大军会师拉萨时，新疆军队也屡战大胜，歼杀敌兵，擒获人畜，招抚数千准噶尔人众。
康熙皇帝得知各路都益加奋励，殊属可嘉，命在事将军以下，兵丁以上，从优奖叙。其中，以噶尔弼等遵从皇帝指授，首先进入拉萨，大沛恩泽，四川、云南满汉官兵以前所借俸银，概免扣取，并每人赏银十两，以示抚恤官兵劳苦之心意。
康熙皇帝在进兵安藏获胜后，进一步巩固了对西藏的管理。派满洲蒙古及绿营兵，共四千名驻藏，由公策旺诺尔布署理定西将军印务，统辖驻“藏兵马，额驸阿宝、都统武格均参赞军务。这是清朝政府在西藏驻兵的开始。由空布地方的第巴阿尔布巴首先效顺，同大兵取藏，阿里的第巴康济鼐截击准噶尔回路，都封为贝子；隆布奈亲身归属，授辅国公。六十年春，康熙皇帝以阿尔布巴、康济鼐、隆布奈及达赖喇嘛的强佐（一译商卓特巴，意为司库或总管）扎尔鼐等四人为噶卜伦（或译噶伦，意为政务官员），联合掌政，以康济鼐为首席噶卜伦，组成西藏地方政权。新政府官员由中央政府任命，解除了和硕特部汗王的影响，并改变了第巴独揽大权的局面，调动了西藏各地区贵族的积极性。招抚里塘、巴塘以后，暂由四川统辖。又在打箭炉到拉萨沿途设立驿站，更加密切了西藏边疆与内地的联系。康熙末年对西藏的施政策略，为雍正、乾隆时期进一步管辖西藏奠定了基础。安藏是康熙皇帝一生中重要业绩之一，他踏着前人的足迹，向前迈出了新的关键性的一大步。这时康熙皇帝已是暮年，他为这项事业，花费了近二十年的心血。
