佛舍利神奇奥妙、疑案又发生在紫禁城慈宁宫里，令胜人神往、又成为胜人难以破解之谜。
佛舍利的科学含义是什么呢？据文献记载：舍利为梵语ＳＺＹＩＹＺ的音译，又译“设列罗”，意为“身骨”，指死者火葬后残余骨烬。通常指释迦牟尼火葬后，遗留下来的一种固体物。如佛舍利子、佛牙舍利、佛指舍利。佛教经典中舍利有两类：一为法身舍利，即释迦牟尼所说的佛教经典。二为生身舍利，既释迦牟尼火葬后，遗留下来的固体物。这一类舍利又可分为三种，按照（法苑珠林）的说法：一是骨舍利，白色；二是发舍利：黑色；三是肉舍利，红色。但皆因圆明皎洁，坚固不碎，迥非世间珠宝可比。此外，菩萨、罗汉等也有舍利。惟其坚固程度不同。
敬仰和安奉舍利，是从释迦牟尼的舍利开始的。释迦牟尼火葬后，摩揭陀国王阿阖世王等七个国王，分别派遣使者到火葬地拘尸那城，向当地的末罗要求分给佛舍利。最初末罗人不肯分给，经卢那调解，才将佛舍利平分给八王。各国分到舍利后，回国建塔安奉并定期举行纪念会。徒卢那将原来装舍利的空瓶带回去，建立了一个瓶塔。最后迟到的孔雀王分不到舍利，只好将释迦牟尼火葬后留下的炭和骨灰带回去，也建塔安奉。因而释迦牟尼的舍利被分为十处：①摩揭陀王，阿阖世王；②毗会离国，戾车毗族；③迦毗罗国释迦族；④阿勒伽波，跋离族；⑤罗摩邑，拘利耶族；⑥毗塔底波邑，波罗门；⑦波婆邑，未罗族；⑧拘尸那罗市，末罗族；⑨荜芭莉邑，孔雀族；⑩香姓波罗门，徒卢那。以上分舍利造塔安奉大事，原出巴利语之《涅经》，汉译佛经中也有记载。所谓：“八王起八塔，金瓶及灰炭；如是阎浮提，始起于十塔。”
到公元前3世纪，阿育王弘扬佛教，并发掘“八王”修建的佛骨舍利塔，取出舍利，重建新塔安奉。从而增加了对佛骨舍利的崇敬。阿育王将所得舍利，分别盛入８４０００个宝函，进一步扩大了佛舍利的安奉范围。阿育王弘扬佛教，造８４０００个塔供养舍利，在中国的有１７所。今据《法苑珠林》列名如下：①西晋会稽郧县塔。②东晋金陵长干塔。③石赵青州东城塔。④姚秦河东蒲板塔。⑤周岐州岐山南塔。（即法门寺塔）⑥周瓜州城东人塔。⑦周沙州城人大乘寺塔。⑧周洛州故都西塔。⑨周凉洲姑臧故塔。⑩周甘州长删丹县故塔。周晋州霍山南塔。齐代州城内大乘寺塔。隋益州福感寺塔。隋怀州妙乐寺塔。隋并州净明寺产塔。隋并州榆社县塔。隋魏州临黄县塔。
１９８１年１１月２７日上午，北京房山县文化科及云居寺文物保管所人员在雷音洞内清理地面，见佛座后边地下五公分处有一方石，不觉有些诧异掀开方石，下有一穴，穴中有一石函。此时现场还有中国社会科学院世界宗教研究所专家。人们想到了史书上关于石经山藏有佛舍利的记载，于是小心往外拔取。经过紧张劳碌，上午１２时１５分，五重封函全部取出。佛舍利藏于内函中，共两颗，黍粒般大小，米黄色，为肉舍利。现场拍照后，封函及佛舍利被北京市文物局送往北京保藏，随后，佛教文物专家逐一打开封函，进行了反复研究。时过５年零５个月，１９８７年４月２８日，北京市政府举行中外记者新闻发布会宣布了这一重大发现。次日，各大报刊纷纷报道新闻发布会的情况及佛舍利发现的经过。
外函汉白玉大石函。长宽各４９厘米。通高５０８厘米，此函为明增制。函盖刻有１７２字铭文。
次函为青石函。长宽各３０厘米，通高２４厘米。内原有四五升灵骨，１９８１年发函时未见，看来是让明人取出了。
三函为汉白玉石函。长宽各１３２厘米，通高１３厘米。属明人增制。
四函为镀金银函。长立各３８５厘米，高５厘米。顶部有莲花，四坡中部饰莲花，两侧为忍冬草花纹。函体四面有线刻青龙、白虎、朱雀、玄武四灵图案。周边饰莲花及忍冬草，錾工极精。内藏木质彩绘香珠１颗，珍珠１１颗。此函为隋佛舍利二函。被明人镀金文饰了。函内的木珍、珍珠等物，均为明人安放。
佛舍利内函为一白玉函，长宽各１２厘米，高１７厘米，为明人增制。内有两颗米黄色黍粒般大小的肉舍利及两颗珍珠。
显而易见，１９８１年发现的佛舍利“两颗”与原隋佛舍利外函青石函字铭文记载“内安置佛舍利三粒”不相符合，少一粒佛舍利而多出颗珍珠，于是就成了桩令人费解的疑案。
