在回京之后，总结逃亡路上的各种经验教训后，慈禧太后立马开始了一系列工作。对于1900年庚子事变，慈禧太后自然免不了遭受一些批评。人们认为，中国遭受如此重创与慈禧太后的盲目自大有必然联系。慈禧太后当时最为缺乏的就是审时度势、与时俱进的思想。在慈禧太后一行人启程回京前的一个月，她发布了一道诏书，诏书主要内容为：清政府即将从满族旗人中选一些男孩公费留洋学习。他们要“利用此次机会向西方学习，丰富其经验，将来回国为清政府培养人才，以更好地为清政府服务。”此前，清政府从未支持过满族人留洋学习。四年前光绪帝发布过类似诏书，但最终被慈禧太后取消而未能付诸实践。
接着，慈禧太后又颁布了一道改革诏书（之前光绪帝也曾经颁布过，但最后受慈禧太后阻挠，未能实施），在科举考试中，废除八股，取而代之的是适应时代需求的科目。
这道诏书是在慈禧太后回京后的八月份公布的。不久之后，慈禧太后颁布另一项改革措施，即：完全引进西方的教育体制，包括学堂管理、考试方法等，这将彻底颠覆了自汉朝以来中国人一直沿用的科举制度。
自从1906年以来，北京每年都会为学成归国的学子举行考试，并授予名衔。第一批出国留洋的只有14人，第二批则有42人。第二批留洋学生中被送往日本的有23人、美国16人、英格兰2人、德国1人，其中有8人获博士学位。在被授予学位之前，这些留学生被允许用自己国家的语言进行答辩，答辩中问到的问题大致有以下几种：
（1）哲学的定义以及哲学与科学、伦理的区别。解释下列哲学思想体系：二元论、有神论、唯心主义、唯物主义、泛神论、不可知论。根据西方原理，对下列中国哲学家进行分类：庄子、陈蔡、钜子、苏子以及王阳明。
（2）请详细说出米尔的四种研究方法，并举例一些与其有直接联系的科学发现与发明。
给予这些留学生的论文题目是：“中国是否应推行义务教育？”
在一位格格的带领之下，几位满族女士在自己的宫殿中开设了女子学堂。慈禧太后决定从皇室专用金中抽取十万两用于女子学堂的建设，并规定女子学堂开设的科目为养蚕和刺绣。
比教育改革更令人惊异的是慈禧太后的政治改革。慈禧太后决定修一本宪法，为此还成立了一个以载泽和端方为首的特别使团。这个特别使团的任务是出使西方考察宪政，并探索出适合中国的最佳宪政模式。1906年6月，考察团回国，向慈禧太后呈交了一份奏折。奏折中列出了一百二十条改革措施，并指出日本的宪政体制是最适合中国国情的。9月，慈禧太后发布了一道诏书，宣布提前开始宪政。
此时，全国上下满心期待着此次新政而慈禧太后也全力推动政治改革的进行，此次新政将会对中国产生深远的影响。有人建议慈禧太后放慢改革的脚步，结合实际，再逐项推进。慈禧太后接受了这些建议。
在载泽和端方带领的考察团回国的同一年，慈禧太后又组成了一个特别委员会专门对政治体制的改革成果进行考量，总结朝廷各部应该在哪方面进行改进才能更好地为天朝服务。但是这些官员却发现，他们的调查受到很多满族高官的阻碍。在特别委员会的调查报告整理完毕后，军机处的六位大臣中有四位对此进行打压，他们分别是：满族重臣铁良、礼部尚书、户部尚书和兵部尚书。慈禧太后对此早有耳闻，因此，在11月初的时候，慈禧太后召集军机处众大臣到她跟前，并询问他们对推行新政的看法。只有庆亲王和其中一位军机大臣两人表示同意推行新政，而其他四人则保持沉默。对于当时的情形，《北华捷报》？做出了如下描述：
“慈禧太后向众臣表示，她与光绪帝推行新政的心意已决，容不得有半点反对。因此，在面对这些仍然拒不服从的军机处大臣时，慈禧太后眼露凶光。之后，有人提议，这些蓄意阻挠者，将来历史中定会记下他们的恶名，这有损天子尊严，理应逐出军机处。慈禧太后答道：‘就这样吧！从今日起，你们（指反对新政的四位军机大臣）被免去军机大臣职务，将来不得再阻碍新政推行，而我相信，新政一定能够在大清取得成效。’”
第二天慈禧太后发布了两道诏书，其中一道是免去四位保守派军机大臣职务，另一道是宣布采纳特别调查委员会关于各部改革的建议。
？1906年11月6日《国内时事》版。
关于慈禧太后是否会推行军事改革还尚不明确。清军将领中如今慈禧太后最信赖的皇室之外的人是袁世凯？，他是当今中国最成功的军事将领，在他所管辖领域内取得了别人难以超越的成就。
对于军事改革，虽然大家都怀着饱满的热情，但是对于改革的真正意义和深远影响，甚至袁世凯也不甚了解。更糟糕的是，改革资金匮乏。英国贝思福爵士在1898-1899到访中国期间曾指出，财税改革应走在军事改革之前，但在贪污腐败相当严重的清朝进行财税改革，对于慈禧太后而言，是一个极大的挑战。尤其是慈禧自己也贪污腐败。因此，军事改革想要在此时的中国取得成效相当困难。
慈禧太后采取的关于推进军队“现代化”的措施看起来十分荒谬。例如：1906年初，慈禧太后宣布，在满族旗人的比武大赛当中，将气枪改为弓箭，因为担心打扰宫中的清静，更担心比武过程中发生不测。为此，在皇宫圣地内禁止使用火器（比武大赛在皇帝面前举行）。
另一项改革措施即：全面禁止吸食鸦片，受到了大多数西方观察者以及所有在华西方传教士的热烈欢迎。1906年9月，慈禧太后宣布“在十年之内，彻底清除这些致命的污秽。”1908年3月，又发布了一份极其重要的补充诏书。在前面的诏书中说道，要在十年内彻底清除鸦片，并禁止各地种植罂粟，各地长官要严加监管。但此道诏书中没有将随之而来的巨额税收损失考虑其中。为表改革决心，慈禧在1908年发布的诏？慈禧太后对袁世凯的信任程度从1906年初袁世凯所担任的各种职务便可看出。他不仅是直隶总督兼北洋大臣，还是政务处参预政务大臣、练兵处会办大臣、京张铁路总办、电政大臣，以及一些内阁长官等。他说，在这段日子里，他相当焦虑不安，担心丢掉官职，因为职务太多，任务太重，他实在是分身乏力，没有时间和精力同时应付那么多工作（《北华捷报》，1906年1月24日）。1907年，在慈禧太后73岁大寿之时，袁世凯被赐予三眼孔雀翎。而早在1902年时，他就已经被赐予黄马褂。除了李鸿章，整个大清朝再也没人享受过这样的殊荣。
书中指出：“禁止吸食鸦片所带来的税收损失，我们将想方设法在其他方面补上，并派出户部尚书专门管理此事”。诏书还补充说：“不管形势多困难，多严峻，我们定会在诏书规定的时间内完成全面禁止吸食鸦片的任务。”
一个月之后，慈禧太后召来特别委员会，委派其提出一些关于能够有效禁止吸食鸦片的措施。他们呈交提议后，慈禧太后发现鸦片对于大清而言犹如一颗定时炸弹，时刻都有可能引爆，因此，全面禁止鸦片已刻不容缓。她告诉特别委员会要加大对吸食鸦片行为的惩罚力度，并仔细考量禁烟举措是否还存在遗漏之处。慈禧太后首先禁止宫中所有太监吸食鸦片，违者打一百大板，并逐出宫去，永远不得回宫，如果是朝中官员有吸食鸦片的行为，那么则官位不保。
自慈禧太后推行新政以来，从关于女性的传统习俗（早在1902年2月，慈禧太后就下达了“禁缠足令”）、男性的嗜好（如吸食鸦片），到各个衙门的设置（在北京和各省中，慈禧太后在一片反对声中裁撤了一些多余的衙门），无一不受新政的影响。在1907年时，她还酝酿进行货币改革，但直到她去世，这项改革方案也没有成型。
新政在很多方面与1898年光绪帝推行的戊戌变法一脉相承，但有一些方面，新政却远胜于戊戌变法。例如：慈禧太后首先打破了满汉不能通婚的传统习俗，这项措施促进了满汉的大融合、大团结。此外慈禧太后还解散了驻守在各大城市的满族军队，1908年她指派满族旗人去学习商务，让他们学会在没有朝廷俸禄的情况下也能够生存。令人惊奇的是，慈禧太后企图剥夺满族人在朝中特权的措施与1898年光绪帝推行的有异曲同工之妙，但实施的情况却不甚理想。
慈禧太后在推行新政时，相对光绪帝而言，在某些方面更为明智。与光绪帝不同，慈禧太后并未要求在短短几个月中完成变革。光绪帝如此急躁的改革引发了一片批评，人们认为他的改革并不是循序渐进的改革，而是一种强迫式、命令式的改革。他过多地依赖于改良派，而改良派却低估了顽固派的影响力。同时，对西方思想的借鉴和模仿又漏洞百出。
慈禧太后新政在推行之初是小心谨慎，她广泛听取各方意见，除了保守派的政治家们，还有各界民众和外国人。尽管如此，慈禧太后还是遇到了强烈的抵抗和无数的困难，但她坚强地面对。1906年6月，她发布了一道法令，其中说道：“由于要向西方国家偿还巨款，再加上此次新政急需大量银两，大清财政无疑负担沉重，但是不管怎样新政依然要继续，巨大的财政缺口只能通过向人们征税来填补。”当慈禧太后下定决心要开始维新时，她定然不会轻易放弃。
