1898年，也就是旧历戊戌年，清光绪皇帝在康有为等维新派志士的一致鼓动下（效法日本）开始实行维新变法。
四月份的时候，新政的基本大纲《定国是诏》已经颁行，谭嗣同为维新派同仁徐致靖的举荐被朝廷征召入京。可是这时候正赶上他生了一场大病，不能奉诏起行。然而，谭嗣同为国分忧的一颗心是极热的，等到七月份的时候他就已经急不可耐地“扶病入觐，奏对称旨”，带病入京朝见光绪皇帝，并向皇帝陈说自己的见解。光绪帝也非常欣赏谭嗣同的识见和才干，破格提升他为“四品卿衔军机章京”，让他与杨锐、林旭、刘光第等一同参与变法，当时他们四个人被人称为“军机四卿”（军机处乃是清朝的最高行政机构），因为他们这一批参与变法的人，相当于唐宋时期的参知政事，是具有宰相一样的职权的（北宋王安石主持变法时就是参知政事）。
先前皇帝想要重用康有为，但又害怕实权派慈禧太后的阻挠，所以“不敢行其志”，几个月中只能间接通过总理衙门和康有为沟通相关变法事宜（康有为当时品级太低，未入内阁，按制不能随意召见）。后来有了谭嗣同等四个维新派进了军机处，这样就使得光绪皇帝与康有为之间的沟通和交流变得方便了一些，而光绪皇帝此时振奋精神也正想带领国家锐意进取、有一番改革的大作为。无奈光绪皇帝自始至终都不过只是一个有名无实的皇帝，而军政实权都稳操在慈禧太后手中，当维新派的改革举措越来越触及以慈禧太后为代表的强大的顽固派的既得权益时，他们便开始准备向维新派的热血志士们举起屠刀。光绪皇帝像还只是在谭嗣同作为“四卿”之一不到十天的时候，这群反动势力就已经急不可耐地开始他们的疯狂反扑了。
需要强调的是，谭嗣同似乎又是一个天生的理想主义者，他虽然满怀志气和才气，可是对于当时的复杂的社会政治局面未有一种清醒和全面的洞察，这可能也是他后来轻信袁世凯的思想渊源。当他刚一入京师时，梁启超等人向他言及光绪帝有名无权、慈禧太后阻挠变法之事时，谭嗣同竟不敢相信。等到七月二十七日时，光绪帝想要开懋勤殿设顾问官，让谭嗣同来代行拟旨。在拟旨之前，光绪帝先让一内侍（太监）拿着“历朝圣训”传给谭嗣同阅看，并传光绪帝旨意让谭嗣同注意康熙、乾隆、咸丰三朝有开懋勤殿故事，并令他“查出引入上谕中”，这样就显得名正言顺了，因为到二十八日的时候皇帝要亲自到颐和园请慈禧太后批准实行。到了这个时候，谭嗣同才不得不悲哀地向同仁们承认光绪皇帝的确可怜，发出哀叹：“今而知皇上之真无权矣。”而在这件（开懋勤殿）事情不久，他也才晓得了慈禧太后原来的确是和光绪帝唱对台戏的：二十八日的时候，在京的官员都知道了开懋勤殿设顾问官一事，都认为当日就会照准实行，可是“谕旨”最终迟迟不下，“于是益知西后与帝之不相容矣”。
可想而知，谭嗣同对于当时的复杂的政治斗争形势无知到这等地步，实在不免有些让人愕然。
