九月十一日，至兔尔山河地方。十二日抵永平府，知府、副将率文武官员出迎，顺治赐给他们食物，并对他们说：你们要安心，要爱护所属军民，使他们各得其所，又须严察你们的属下，发现逃人，即行捕获押解京师，窝逃者要置之重刑。同时，把严缉逃人的谕旨传谕到山海关内外。
十三日，至王家店。十四日至丰润县，知县率文武百官及士民出迎，顺治帝又把缉捕逃人的谕旨强调一遍。
十五日驻梁家店。十六日驻蓟州。十七日驻三河县。十八日抵达通州。
在这里，摄政王多尔衮早已率诸王贝勒贝子公及文武百官跪道迎候，并布置了行殿。
顺治帝通过百官夹道欢迎的队伍，登上行殿。在整齐的仪仗和庄严的礼乐伴奏下对天行三拜九叩头礼，然后升御座。
多尔衮等率诸王百官先至皇太后前行三拜九叩头礼，然后向顺治帝行三拜九叩头礼，又与济尔哈朗等护驾诸王行抱见礼。大家在明朝的土地上相见，自然是一番感慨和欢欣。
九月十九日下午，东来的车驾经过一番修整后，显得格外整齐和精神抖擞。
顺治帝在诸王贝勒及文武百官的簇拥下从正阳门进了北京城。
十月一日，清廷再举登极大典，顺治帝亲诣南郊，祭告天地，然后在群臣的三呼万岁中再次宣告即位。
1645年五月，清廷重建太和殿、中和殿。同时建成乾清宫。
1651年，清廷重修天安门竣工，顺治皇帝改承天门为天安门。
从此，天安门进入了一个新的历史时期。
从此，北京继元、明两朝之后，又一次成为我国统一的多民族国家的政治中心。
顺治严惩科场案，天安门内交白卷
满清统治者入主中原之后，为了笼络人心，网罗知识分子，从顺治三年丙戌开科取士，几乎连年考试。但是，大大小小的科场案，也就随之接踵而来。到了顺治十四年发生了丁酉科场案。此案牵连之广，影响之大，在清代200多年的历史中，也是罕见的。
首先案发的是北闱（即顺天府）科场案。考试官李振邺、张我朴等公开贪赃受贿，京官三品以上的子弟无一不取，但也有人花了银子没有考上，于是投状叫冤。
顺治皇帝于十月二十七日下旨：“李振邺、张我朴、蔡元禧、陆贻吉、项绍芬，举人田耜、邬作霖俱著立斩，家产籍没，父母兄弟妻子俱徙尚阳堡。”
十一月十一日顺治又谕礼部：“今顺天乡试，发榜之后，物议沸腾，同考官李振邺等，中试举人田耜等，贿赂关节，已经审实正法。其余中试各卷，岂皆文理平通，尽无情弊？尔部即将顺天乡试中试举人，速传来京，候朕亲行复试，不许迟延规避。”为了防止舞弊的发生，并检查考生的实际水平，这次复试的时间和题目，全部由顺治皇帝钦定。
顺治十五年正月十七日，在太和门复试，士子们在八旗亲兵的押送下进入考场，由顺治皇帝亲试。
二十五日宣布结果，革去苏洪浚等8人的举人，米汉雯等182名仍准会试。四月二十三日，顺治皇帝在太和门亲审其余各犯，把应处死的25人痛加申斥以后，“俱从宽免死，各责四十大板，流徙尚阳堡。”
顺治还特意强调：“自今以后，凡考官士子，须当恪遵功令，痛改积习，持廉秉公……如再有犯此等情罪者，必不姑宥。”
仅仅过了半年，顺治十四年十一月十四日，给事中阴应节参奏：“江南主考方犹等弊窦多端……物议沸腾。”由于顺治帝处置“北闱”乡试科场案的怒气未消，听到这个消息，更是火上加油，怒不可遏。立即下令：“方犹等经朕面谕，尚敢如此，殊属可恶，方犹、钱开宗并同考试官，俱著革职。”
顺治下令派总督郎廷佐清查此案。
丁酉科江南乡试，正主考是翰林院侍讲方犹，副主考是翰林院检讨钱开宗。放榜以后，虽然得中的多是江南名士，但是中试的举子，不少是贿赂考官而中的。这引起许多考生，特别是落第考生的不满。
落第的士子们群集在贡院门前，有人还贴了一副对子：“孔方主试副钱神（指考官方犹和钱开宗），题义先分富与贫。”并且将门上“贡院”两个大字的“贡”字中间加了一个“四”字。改成“？”字；“院”字用纸贴去“阝”旁，变成“完”字，“贡院”就变成了“卖完”。当时，江宁书坊城还刻了一部传奇，叫《万金记》，以“方”字去一点为“万”，“钱”字去旁边为“金”，指的就是两位主考官。长洲尤西堂侗又作了一部传奇名《钧天乐》，也是讲考试行贿买通关节之事。《钧天乐》这本书一直流传到京师，闹得满城风雨。
顺治十五年二月庚戌，顺治在中南海瀛台，亲试该科江南中试的正副榜举子。同上次亲试情势一样，每个举人都身带刑具，由护军营的军校持刀监视，戒备森严。这次是吴珂鸣文列第一，当了解元。他的文章写得确实不错，其中“不为朝廷不甚爱惜之官，亦不受乡党无足轻重之誉”句，一时为世人所传诵，都说他有宰相风度。据《池北偶谈》云，顺治帝对吴珂鸣大加赞赏，特赐他进士及第。
二十四日公布皇帝亲试结果，24人罚停会试；14人文理不通，革去举人；只汪溥勋等74人准许参加会试。此案的审理一直延续到十月。
十一月二十八日顺治帝在刑部奏折上谕批：方犹、钱开宗俱著即正法，妻子家产，籍没入官。叶楚槐等18名同考官处绞刑，妻子家奴，籍没入官。方章铖、吴兆骞等8名考生，俱著责40板，家产籍没入官，父母妻子流徙宁古塔（今黑龙江省宁安县）。
在这场科场狱案中，发生了吴兆骞交白卷一案。
吴兆骞为江南名士，号汉槎，江苏吴江人。平日，大家都认为他的文章“惊才绝绝”，而这次皇帝亲试，他却交了一张白卷。于是众议哗然，有人说他是惊魂未定，所以提笔忘字；也有人说他是恃才傲物，故意卖弄。
其实，是吴兆骞看到当时如同刑场的景象，感慨万端，把笔一扔，说：“焉有吴兆骞而以一举人行贿的吗？”这样一来，触怒了顺治帝，在顺治十五年八月，被发配到宁古塔充军。临行时，京中好友顾贞观、徐乾学、吴梅村等人都来给他送行。吴梅村还作了一首长诗《悲歌赠吴季子》送他上路。这一去就是20多年，吴兆骞写了许多悲愤慷慨的诗歌和感人泪下的书信，后来编成了《归来草堂尺牍》和《秋笳集》。
在顺治严惩科场舞弊案后，考场风气有所好转。但到了咸丰八年（1858）戊午科顺天府乡试，发生了一起轰动朝野的科场案。
这件科场案是由顺天府监考官员内哄引起的。谣言说贡院中出现了不祥的大头鬼，闹得人心惶惶。发榜以后，有人告发，在中试前十名中，有位旗下大爷平龄，因为喜好唱戏，曾经登台演出，所以“京师议论哗然，谓优伶亦得中高魁矣。”因而御史孟传金上疏弹劾。这样，事情就愈闹愈大了。
顺天府乡试的考场设在京师的贡院。主考官是军机大臣、内阁大学士柏，副考官为户部尚书朱凤标、左都御史程庭桂等。
咸丰皇帝于是派怡亲王载坦、郑亲王端华、吏部尚书陈孚恩等查办这件案子。凡有牵连的考官先都解职听候查办。
这些查办大员们“与柏不相能，欲藉此事兴大狱以树威”。陈孚恩先找到监考的副都御史程庭桂，拐弯抹角地提到科场的情况。程庭桂是个老实人，以为陈孚恩是无意中提到开后门递条子的事，就老实说，这也不足为怪，光他收到的条子就不下100条。于是陈孚恩借去查看，将条子全都拿走。陈孚恩查的结果，发现程庭桂的次子程秀，陈孚恩自己的儿子陈景颜也都牵连在内。陈孚恩有后台，掩饰过去，而其他人等“因此案情节甚多，非革职逮问，不能彻究。”于是，柏和朱凤标、程庭桂都被革职下狱。柏的门丁靳祥也被追捕归案，死在狱中。
实际上，这件事柏本人并不大知情，也没有纳贿的实迹，“若仅失察之罪，不过褫职而止”。问题在于柏自登枢府，就与肃顺一党不和，因而此案中夹有私仇。虽然咸丰皇帝也觉得柏老成宿望，有矜全之意。但肃顺等力言“取士大典，关系至重，亟宜执法，以惩积习。”
这样一来，咸丰皇帝虽然心犹不忍，也没有办法。
咸丰九年二月下谕：“情虽可原，法难宽宥，言念及此，不禁垂泪！”于是，柏和同考官浦安，中试举人平龄、罗鸿泽，主事李鹤龄，程庭桂的长子程炳采等共7人，被绑到菜市口，准备开刀问斩。程庭桂发往军台效力，朱凤标革职，其余受株连而褫、革、降、调的有数十人。
清代的惯例，凡是一品大员临决之日，多加赦免，改斩为戍，因而柏也自以为到时候皇上一定会刀下留人，赦免死罪的，他打点行装，准备圣谕一到，就起解登程。忽然看到刑部尚书赵光捧谕哭至，方知不免一死，叹息说：
“是必肃顺弄权，吾其体乎！”程炳采也大哭说：“我为陈孚恩所绐，代弟到案，以至于此，陈孚恩谄媚权奸，吾在冥间当观其结局也。”
清代因科举案杀军机大臣兼大学士，这还是开国以来第一次。所以当市人看到年迈花甲的柏中堂，望阙谢恩，引颈就戮的神情，也不禁为之流下了同情的泪水。
和尚道士自由出入天安门
清朝皇帝不但与西方传教士交往过密，对佛僧和道士交往也一样，甚至将他们延入皇宫禁地。其中顺治皇帝对佛僧交往尤多。
顺治皇帝结识的第一个高僧是憨璞聪（1610-1666）。憨璞聪名性聪，福建延平人，俗姓连，18岁削发，顺治十三年（1656）五月，被京师城南海会寺请来做了住持。他善于攀附权贵，很快就使原来颓敝不堪的寺院刷新了面目，以至于“禅众川趋，宗风大振”。
顺治十四年（1657），顺治皇帝驾幸南苑，因为素闻其名，特地前往海会寺，召见了他，予以嘉奖。十月四日，顺治皇帝将憨璞聪请进万善殿，让他给自己详说佛法，一讲就是十天。
顺治十五年九月，顺治皇帝再次将憨璞聪请进万善殿讲经，并向他详细询问了江南各大名刹的高僧姓名和情况，憨璞聪一一详列上奏。第二年，顺治皇帝敕封憨璞聪为“明觉禅师”，派他住持愍忠寺（今北京法源寺，唐太宗征辽东，归途经此，造寺以荐阵亡将士，故名“愍忠寺”）。
顺治交往的第二个佛僧是玉林？。玉林？（1614-1675），讳通？，号玉林，是浙江湖州（今吴兴）报恩寺的住持。他当住持时只有23岁，“出世”之早为禅门所罕见，而且在他住持之下，寺境清肃，道风严峻，为一时典范。顺治皇帝闻其名，于顺治十五年九月遣使请他入京说法。由于当时江南士人对异族统治还有着广泛的排斥情绪，加以世俗之隔，玉林？始则卧床不起，继则借口母死未葬，迟迟不赴诏。
顺治皇帝再三敦促，玉林？才于次年姗姗起程。行至天津，又称病不行。顺治皇帝很不高兴，答应问道完毕就送他回归。二月十五日，玉林？至京和顺治皇帝见面，受到了极为优渥的礼待。顺治皇帝以禅门师长相待，请他给自己起名，并说要尽量用丑些的字眼。玉林？写了十几个字呈览，顺治皇帝选择一个“痴”字，前面加上龙池派中的“行”字，遂名为“行痴”，自号“痴道人”。此后凡是请玉林？说戒的御礼，顺治全部自称“弟子某某”。
一日，顺治皇帝问：“悟道的有喜怒哀乐否？”玉林？答：“唤什么作喜怒哀乐。”又问：“山河大地从妄念而生，妄念若息，山河大地还有也无？”答曰：“如人睡梦中之事，是有是无。”顺治皇帝如聆佛语，神情大悦，随即赐予“大觉禅师”称号。
一月后，玉林？辞归，顺治皇帝钦赐黄衣、银印。玉林？走时，又遣官一直护送到江南，并让玉林？派其弟子茆溪森随船回京，继续给自己说法。后来，顺治皇帝还派人持敕书至湖州报恩寺，封玉林？为“大觉普济禅师”，赐紫衣、金印。
第三个和尚是木陈（1596-1674年），讳道，号木陈，又号山翁，晚号梦隐道人。他从明崇祯十五年（1642年）开始住持浙江宁波天童寺，后又到过慈溪灵峰寺、越州云门寺、宁海广润寺、湖州道场山以及山东青州，顺治十四年回到宁波，再住天童寺。
他有很多的弟子，仅得法而做了一方寺院住持的就有20余人，是明清之际临济宗的知名和尚。
顺治十六年九月，道应召入京，顺治皇帝让他住在万善殿。道胆大而健谈，博于“外学”，很快就以他那山南海北的高谈阔论，无所顾忌的臧否人物，以及诗文书画方面的真知卓艺，赢得了顺治皇帝的尊敬，被赐封为“弘觉禅师”。他劝顺治皇帝要“于事无心，于心无事”，“但遇大小事务，不妨随时支应，事后返观”。顺治皇帝则对道说：“愿老和尚勿以天子视朕。当如门弟子旅庵相待。”（旅庵名本月，跟随道入京的弟子。后道还山，旅庵留住京师善果寺）又说：“朕想前身的确是佛，今每常到寺，见僧家明窗净几，辄低回不能去。”两人语言的投机已经到了随例笑谑的地步。
顺治十七年五月的一天，顺治皇帝赞叹新科状元徐元文的座师尤侗极有才华，当即命侍臣取来他的文集，内有《临去秋波那一转》八股文一篇。篇末云：“参学人试于此下一转语。”顺治皇帝马上合上书本，对道说：“请老和尚示下。”道推辞说：“不是山僧境界。”顺治皇帝又问道的弟子天岸：“天岸何如？”天岸应声答道：“不风流处也风流。”
道在京住了八个月，于顺治十七年五月十五日出京。临行顺治皇帝留下了他的旅庵、山晓两个弟子，在前门善果、隆安两大刹住持开法，以便早晚和他们说话。这年冬天，顺治皇帝还御书唐代岑参的《青梦诗》一幅，赐赠道。
第四个和尚是茆溪森（1603-1667），讳行森，号茆溪，字慈翁，丛林称慈翁和尚，是玉林？的大弟子。顺治皇帝从玉林？的语录中看到茆溪森的偈语，极为赞赏。玉林？南还时，顺治皇帝特地要他让茆溪森随船来京。顺治十六年七月，茆溪森到京，至次年十月二十八日南还，其间一直在京说法。凡遇顺治皇帝召见僧人，他大都在场，而且奏对默契，宠眷始终不衰。顺治皇帝多次想封他为禅师，他都以师徒并受封号不便，力辞。
