20世纪50年代的反共热潮，有时也被称为“麦卡锡主义运动”，是根据在这次反共运动中最重要的一位威斯康辛州参议员约瑟夫·麦卡锡来命名的。除了奥本海默之外，也有不少人因此断送前程。
他的弟弟弗兰克亦遭受很多打击，在他以前的共产党员身份被公开后，他在明尼苏达大学教书的工作就保不住了，之后，在一直找不到物理研究或教学工作的情况下，他在科罗拉多州买了处牧场安定下来，过着平静的生活。但他的学历及知识却因此浪费了！
在战后10年内，奥本海默以前的学生大卫·波姆、罗西·洛曼尼兹以及伯纳德·彼得斯，全都在联邦调查局以及美国国务院的黑名单上。跟着奥本海默到普林斯顿工作的波姆在1949年被判藐视国会，因为他拒绝前往国会的反美活动委员会去为他的过去辩证。
被免除普林斯顿大学教职后，波姆前往巴西圣保罗大学任教，那是当时唯一提供工作给他的地方。之后，他又历经千辛万苦才得以前往英格兰教书。
美国陆军由于对罗西·洛曼尼兹的忠诚有所顾虑，使得他在战时只做个军队中的士兵。战后，他则在福斯科大学教授物理。不过，洛曼尼兹最后也被传唤到反美活动委员会中为自己的过去作证，而他也引用“第五条修正案”：“保护证人，免于为自己作证”拒绝合作。
他因此被福斯科大学开除，20世纪50年代时，他一直待在奥克拉何马州做些劳力工作，一直到20世纪60年代中期，他才又回到学术岗位，在新墨西哥州矿冶技术学院任教。
甚至到1954年恢复到单纯学术生活后，奥本海默仍然和波姆及洛曼尼兹这些人保持距离。对这些在20世纪30年代的伯克利把他当成偶像的学生，奥本海默现在则把他们视作祸源，他不想再和这些人有任何瓜葛。他们将他完全毁灭，因此，他也无情地在这个时期将这些激进的同志全部赶出他的生活。
1964年，奥本海默在晚年收到一封这些人其中之一所寄来的信，这人就是他在伯克利的同事哈康 ·舍瓦利耶。
舍瓦利耶当时正在写一本有关奥本海默以及第二次世界大战时伯克利情况的书。他要求奥本海默同意发表一份他20世纪40年代初所持有的资料。
舍瓦利耶在信中写道：
我之所以会和你联络是因为我们两人从1938年至1942年间，都曾是共产党某一单位的党员。我希望能以恰当的方式来处理这件事，于是我决定将我所记得的事实报道出来。
因为这也牵涉到你的生活，而我以为你根本不必为此而感到羞辱，如果它不能被公开，我深觉遗憾。
奥本海默回了一封刻板的信给舍瓦利耶：“我从来未曾加入共产党，更不是共产党某一单位的党员。我自己很清楚这事实，而我以为你也知道。”
舍瓦利耶因此信守诺言，未在书中提到奥本海默与共产党员的关系。
为了躲避记者的骚扰及不断的电话铃声，奥本海默全家决定前往维尔京群岛的别墅去度个长假。在战后，奥本海默渐渐地厌倦了“培洛卡立安地”这片新墨西哥州的农场，于是选择加勒比海的海洋气候。
在他们的身后，美国人民对于共产主义及苏联的恐惧仍未减少。在这种气氛下，任何一丝风吹草动，对右派政治不合的言论或是不当的谣言，都会转变成对个人忠诚及操守的攻击。
尽管奥本海默在维尔京群岛，仍逃不过这种恐惧所衍生的攻击。不知怎地，联邦调查局听到谣言说苏联正在想办法诱使奥本海默投诚，这些着急的调查局人员开始追查奥本海默的下落。
当他们确定了他的行踪后，便算准他回国的日子，对他严加追问这个谣传的真实性。他否认了这些控诉，并向联邦调查局保证，如果真有这个情况他一定立刻通知他们。
他公开斥责联邦调查局的愚行，一位调查员转述道：“虽然他认为苏联是傻瓜，但他认为苏联不至于傻到接近他，更别说向他提出这种建议。”
私底下，奥本海默一定在想这种折磨不知要等到何时才会结束？当他在度假时，千方百计要摧毁他政治生涯的斯特劳斯，又忙着打击他这位昔日好友的学术地位。斯特劳斯先前为奥本海默争取到“高等研究院”的院长职位，现在则反过来要求普林斯顿大学开除奥本海默。
斯特劳斯在夏天对同事吹嘘：“如果奥本海默自己不提辞呈，学校也会要求他走人。”又说：“高等研究院的董事会，13位董事有8位会投票要奥本海默辞职。”
但是，很显然地，董事会的大多数成员在经过几个月的深入评估之后并不附和斯特劳斯的做法。在1954年10月，奥本海默又再次当选院长，他也一直都留在研究院里，直至病逝。
重新得到肯定
爱德华·泰勒指出奥本海默有着一种殉道者的变态心理。这也许是一个刻薄评论，但奥本海默确实由于先天和后天的各种条件的巧合而构成了这种形象，使他发展成为一个传奇式的人物。
他柔和的音调和深思熟虑的谈吐，他修长而清瘦的身材顶着一头铁灰色的美发，这些体质上的特征使他颇适合于充当这样的角色。他受审判的这段时期足以构成一部传奇，而奥本海默本人似乎也乐意走上牺牲的圣坛。
奥本海默究竟在人们的心目中产生怎样的影响，可以从约翰·马逊·布朗的著作中得到启示。这位《当代人物》的作者生动地描绘了奥本海默：
为了弥补他身体上的脆弱，他的个性变得分外倔犟。他说话的语气豪迈，好像连身体也因此变得壮大起来，这是因为他对他所表达的内心愿望如此之强烈，以致使人把他身体的瘦弱忘得一干二净了。
他那纤弱的双手和瘦得像鸡爪似的手指，在他与人谈话时，不是拿着角质框架的眼镜做手势，就是用他的右肘或左臂迅速地画圈，再不然就是用手拍打他那瘦得像公火鸡般的脖子，好像在向人显示他如何瘦弱。
至于这场审判所产生的影响，布朗写道：
这场审判的阴影仿佛像一个常住的客人那样一直留在奥本海默的家中。基蒂一直对此事义愤填膺，这种愤慨的心情是可以理解的。
奥本海默竭力想忘掉这一切，他振作起精神，用圣经式的语言说了一句自我解嘲的话：“尔勿怨天尤人。”
当布朗问他，这场审判是否像把耶稣钉在十字架上的刑罚，奥本海默苦笑着说：“不至于那么冷酷吧！我还能感到我手心里的血是热的呢！”好多年以来他一直忍受着这种恶意诽谤的痛苦。
他被贬黜后，华盛顿大学撤销了让他担任高能物理会议主席的邀请。
1954年10月，奥本海默重新当选为普林斯顿高级研究院院长，联邦调查局撤销了对他的监视。同时在研究院内设立宾馆，专门招待访问奥本海默的客人。奥本海默成为一个经常出去访问、经常接待来访的著名人物。
现在他有更多的时间用于管理研究所的行政工作，同时他也发现自己与迪思·蒙哥马利意见不合。迪思·蒙哥马利是他研究院的一位数学家，他感到奥本海默更偏爱物理和哲学，而不太喜欢数学和应用科学。许多人听过他们两人的大声争吵。
蒙哥马利提出要求说：“我要招聘世界上最好的人才。”
奥本海默的回答是：“这一点我清楚，但我们必须考虑到这些人是否符合这儿的工作需要。”
奥本海默的确酷爱物理。在战后，他从加州带来一批能力很强的学生与他在一起工作，并且筹建了一个研究室。这批人中有两个当年在量子力学研究方面同时获得了诺贝尔奖的中国人，即李政道和杨振宁。奥本海默看着他们两人在研究所的院子里走路时都感到自豪。
1958年，奥本海默应法国索邦大学邀请，以交换物理学教授身份于4月带着基蒂与女儿前往巴黎、以色列、希腊和比利时。奥本海默更多地应邀到各大学讲学，参加宴会。
华盛顿大学也对1954年取消对他的邀请致歉，并再次邀请他去参加理论物理的国际会议。法国人授予他荣誉勋章。马林·迪特里希称他为当代杰出的人物。
1960年，他收到“日本人才交流委员会”的邀请。在日本机场上，他受到了一群记者的包围，有人问：“现在你对制造原子弹感到内疚吗？”他回答：“我在制造原子弹的技术上获得了成功，这一点并不后悔。”他又说，“我并不是说我不认为原子弹是件坏事，我一向认为它不是一件好事。”
随着肯尼迪总统在华盛顿掌权，奥本海默的地位有了很大改善。政府的新官员中，阿瑟·小施莱辛格、麦克乔治·邦迪以及迪安·腊斯克等曾经都是奥本海默的学生。他们一直认为，奥本海默是一个出类拔萃的人。
1962年，在白宫招待诺贝尔奖获得者的宴会上，也请了奥本海默。原子能委员会主席格伦·西博格问他，是否愿意申请一次安全听证会来恢复名誉。奥本海默说：“在我有生之年，我是不会重提此事了。”所以他的朋友们只好另想办法来为他恢复名誉了。
一种可能是由原子能委员会授予他一年一度的恩里科·费米奖。他们征求了前一届得奖人爱德华·泰勒的意见，泰勒感到这是一次结束他与奥本海默之间分歧的机会，也可以改善十年来他所处的尴尬境地。于是，经过一系列复杂的程序，4月白宫正式宣布1963年费米奖获奖人为奥本海默。
奥本海默本人对此也感到欣慰，他立即发表一项声明：“我们大家都指望得到同事们的好评与政府的嘉奖和信任，我也并不例外。”
很多记者要求他多说几句话，但他拒绝了。“今天不是该我多说话的日子，我不想伤害那些目前尚在这方面工作的人。”
1962年11月22日白宫宣布肯尼迪总统本人将在一周后出席主持授奖仪式。不幸的是，当天下午肯尼迪总统就在达拉斯遇刺身亡。
白宫宣布约翰逊总统仍将主持11月22日的授奖仪式。这一天正好是芝加哥的第一座费米的反应堆达到临界的21周年纪念日。
授奖仪式在白宫内阁会议厅举行，一开始约翰逊作了简短的讲话。他说，“肯尼迪总统的一项重要措施就是批准了这次授奖。”然后，他“代表美国人民”授予奥本海默荣誉状、奖章以及50000美元的支票。奥本海默随即站了起来，稍作沉思并看了一下奖章，然后对约翰逊总统说：“总统先生，您今天来为我颁发费米奖，表现了您的仁慈和勇气。依我看来，这对我们国家是一个好的预兆。”
很多人都认为这次授奖表示恢复了奥本海默的名誉，但实际上并没有改变多少他的处境。他仍然被认为不可信任，不能接触国家的机密。对奥本海默来说，从贬黜生活中得到解脱，反倒磨炼了他的性格。他周围的人注意到他的傲慢态度消失了，取而代之的是自我嘲笑与更加谦虚、和蔼。他的儿子彼得察觉出父亲对他更加慈爱了，因此他们的关系重新亲密起来。
由于奥本海默不再掌握权力，他力图通过另一种方式来为促进世界和平而工作。为此，他争取到阿格尼斯·迈耶夫人的赞助。
迈耶夫人是一位有钱的寡妇，丈夫曾是《华盛顿邮报》的老板。奥本海默想召集世界最有名望的知识分子，来讨论和平、文明世界的先决条件。
迈耶夫人非常高兴地把她在纽约基斯科山上的房子拿出来提供会场。这样，在1964年夏天，他们两人组织了在基斯科山上举行的第一次会议。
参加的人有天主教各界人士，包括现任政府顾问乔治·基斯塔科夫斯基，苏格兰的人类学家摩里斯·卡尔斯泰尔斯博士，瑞士的哲学家珍妮·希尔奇小姐以及诗人罗伯特·洛厄尔。
在会议的头几次会上，参加者尽可能坦率地作自我介绍。然后再转入对社会进行总评论。奥本海默是一位科学家，他希望通过这种方式来评价这个特殊组织是否适于用作分析这个世界的工具。为了鼓励别人坦率发言，奥本海默就像对他最亲近的朋友那样，把自己的心里话一股脑儿说了出来。
他说：“直到现在，特别是在我那几乎无止境的青春时期，我对自己的所作所为总是感到厌恶与内疚。不论是做了某事，或不做某事；不论是写一篇物理论文，或作一次学术报告；也不论是怎样地读书、怎样地谈话、怎样地恋爱，都会在我内心引起这种感觉。”
“最后我发现，如果不承认自己所看到的只是真理一个局部，那么我就无法与他人共处，为了摆脱偏见并成为通情达理的人，必须承认对自己所作所为的怀疑是有必要的，而且是很重要的。但仅仅有这样的认识还不够，必须找出一种办法从另外一个角度来考察自己的言行，因为别人看待这些言行与我的立场并不一样。所以，我需要了解别人对我的看法，我需要他们。”
这一次会议和其他许多类似的会议一样，没有得出什么结论。对目前的时弊进行了很中肯的分析，然而却找不出未来解决的途径。
对于以后如何继续举行这种会议，奥本海默的观点是具有启发性的。他在一次会议上说：“我们每个人首先必须立志深入研究当前最坏的现象并成为解决这方面问题的专家。”
奥本海默怀着如此坚定的信念并以其独有的风格讲出这样的话，使人听起来好像是一句至理名言。这对于那种长于空谈而缺少实践，对于那种爱好评头论足而不愿身体力行的流行风尚，无疑是一种鞭挞。没有一个人能够否认这次会议的良好愿望，奥本海默也很希望以后再举行更多的这类会议。
就在那一年，奥本海默回到洛斯阿拉莫斯参加物理学家尼尔斯·波恩逝世两周年纪念大会，并发表了讲话。会场上挤满了听众 。话音未落，全场起立欢呼，热烈鼓掌，掌声经久不息。这真是激动人心的“荣归故里”场面。
同年，当他返回伯克利时，12000多名群众又以同样的热烈欢呼对他表示欢迎。这些激动人心的时刻深深地感动了奥本海默，他知道，他的所有努力都得到了回报。
这也是他最后一次到洛斯阿拉莫斯访问，因为他的健康正在严重地衰退。1965年他患了肝炎，使他的身体越发虚弱。他不得不辞去研究所所长的职务，而接替爱因斯坦当了理论物理的高级教授。
过了不久，1966年，他被诊断出患了喉癌，他又不得不辞去教授的职务。对他喉部的肿块开始进行放射性治疗，并一直持续了几个月。
到6月时，他只能拄着拐棍勉强行动，但他仍出席了普林斯顿大学学位授受仪式，接受了名誉学位，荣誉状对他的评价是“物理学家和水手，哲学家和骑士，语言学家和厨师，喜爱美酒与名诗。”
在与某一家杂志的记者交谈时，奥本海默笑着讲述了一位将军的轶事。他说：“在一次战斗之后，当检阅部队时，这位将军在一名士兵面前停了下来，问道：‘你在战斗进行时干了些什么？’这名士兵的回答是：‘我活了下来。’”
调查对家庭的冲击
在“原子能委员会”审判后的几年，对奥本海默及其家人来说，都备受煎熬。
奥本海默和基蒂夫妇二人在洛斯阿拉莫斯时就喜欢酗酒，而后来多年被调查的紧张生活使他们更多地饮酒，不可避免地摧残了他们的身体。
甚至有一些朋友、同事也完全不再联络，包括与哈康 ·舍瓦利耶夫妇的交往以及与爱德华·泰勒的学术交流。
从联邦调查局的4份报告中可以看到奥本海默所经历的苦难。在1955年初，奥本海默夫妇再一次到维尔京群岛度假，有一名在那儿的情报人员报告说，“奥本海默喝酒喝得很凶，事实上已经到了糟蹋自己的地步。”
3个月后，5月27日，联邦调查局在纽瓦克办公室的另一名特工人员报告“据可靠消息，他确知奥本海默已回普林斯顿，医生已命令他卧床休息，一直到5月31日星期二才许起床。这就表明，奥本海默已经到了精神上崩溃的地步”。
但基蒂是受刺激最深的人。因为她感情上受到的压力与胰腺的疾病综合在一起，需要不断地服药治疗。她的生活方式还跟过去一样，经常在下午或晚上和老朋友们一起酗酒。
据她的弟妹杰基回忆：“我还能记得在她家里度过的一个典型的夜晚，让你坐在厨房里，聊天，喝酒，不吃别的东西。然后大约到22时左右，基蒂打几个鸡蛋到平底锅里，再加点辣椒，然后就着这些东西再喝酒，这就是我们所吃的一切了。”
其他到过她家吃饭的人也发现基蒂在晚宴开始时是一个和气的女主人，但时间一长，她的行为和仪态就慢慢地失去自制。奥本海默总是尽一切可能宽容她。
50年代初期的痛苦岁月也影响到他们的两个孩子。彼得一直热爱他的父亲，在听证会达到高潮时，他在他卧室里的黑板上写道：“美国政府不公正地指责某些人，我知道这些人正在受到不公平的待遇。由于这是事实，我认为，美国政府中有那么一些人，可以这样说，应该入地狱。你的忠诚的人民的一分子。”
听证会后，彼得的朋友们发现，彼得似乎对任何扰乱他父亲生活的行为都表示愤恨；他不愿意别人提到任何有关他父亲被解除政府职务的事。
他想尽一切办法多有些时间和他的父亲待在一起，但奥本海默仍然是一个经常不在家的父亲，从而很难与他的孩子们相处得很亲密。
奥本海默爱他的一双儿女，想对他们表达爱意，但他的嗜好却是很难懂的法文诗、印度哲学以及古典音乐，都是一些让孩子根本不懂也不会喜欢的东西。
不过奥本海默在星期天仍然和家人在一起玩扑克，有时他看看电视中佩里·梅森的节目以便稍事休息。
然而，到20世纪50年代中期，彼得已长成一个非常怕羞的少年。多半是由于他父亲的不幸，使彼得在学校里成绩不十分出色。
彼得被送到宾夕法尼亚州的贵格派教会的乔治学校去读书，因为奥本海默认为贵格会教徒为人正直。他对儿子彼得的期望太高，而彼得却无法追上父亲的脚步。
1958年，彼得未能通过普林斯顿大学的入学考试，这令奥本海默十分气愤，为此不让彼得跟他们一起去欧洲进行为期两个月的学术讲演旅行。
在暑假结束前，彼得曾由乔治学校回过一次家，由于觉得父亲对他的关怀不够，他发誓以后再也不回家了。不久彼得就动身去美国西部旅行，最后到达科罗拉多弗兰克叔父家的农庄，在那儿住了几个月。
从那时起，奥本海默父子之间见面的机会就少多了。母亲基蒂与彼得也多年相处不和，在母子争论中奥本海默总是不可避免地站在基蒂一边，这样就使家庭关系更加恶化。
然而，彼得和奥本海默双方对这种分离都感到痛苦，奥本海默不止一次缩短了他在维尔京群岛海滨小屋度假的日期，原因是他“非常想念彼得”。
在奥本海默家庭和工作诸事不顺的时候，有一些同事为奥本海默提供了精神上的支持，特别是汉斯·贝特、尼尔斯·波恩，以及奥本海默在加州理工学院及洛斯阿拉莫斯的同事物理学家罗伯特·巴彻尔等人，使他从心理上得到了一些慰藉。
大致来说，他对他自己的没落坦然接受，秘密审判后的灾难及结果似乎让他更成熟。当记者问他，如何将痛苦及失望置之脑后时，他只说：“我不能愤怒地过一辈子！”
长期的政治“囚徒”
奥本海默曾对朋友说，如果把用于监视他所花费的资金的一小部分给他，他就会成为百万富翁。像他这样受到如此严密而长期的监视的人的确不多。
1942~1955年，除了一两次很短的时间外，奥本海默的行动都有人跟踪，他的电话被窃听、信件被检查，他的办公室和家里都被安装了窃听器。
在长达13年之久的时间里，特工部门曾几次剑拔弩张，对收集到的材料进行了详尽的分析。然而结果是，仍然允许他继续工作。
经过了安全委员会彻底的调查后，也只能得出结论：尽管把奥本海默早期“卷入左翼活动”看做“最严重”的事件，但从中也找不出“不忠诚的迹象”。
在1940年苏德签订条约及苏芬战争后，他所写为美国共产党辩护的文章是为保卫美国共产党争取自由的立场，而非维护美国共产党与苏联的联系。
据联邦调查局报告，在1942年10月史蒂夫·纳尔逊和其他共产党员之间的谈话表明，他们对奥本海默仍抱有兴趣，但也正足以说明奥本海默对美国共产党是不积极的。
尽管如此，负责保安部的官员仍然把这一类材料看做是线索，将奥本海默置于严密的监视之下。
但是，这一时期内一直跟着奥本海默的中央情报局特工人员，并没有提出确有间谍活动的任何凭证。的确，格罗夫斯曾由奥本海默口中套出了舍瓦利耶的名字，其后格罗夫斯允许奥本海默继续从事原子弹的工作。
因此，在安全委员会对所有不利于奥本海默的证据进行了评价后，也不得不承认，“奥本海默博士是高度谨慎的，他对保守重大机密显示出异乎寻常的能力。”
但当格雷的安全委员会提到氢弹问题时，起初只是作为考验奥本海默的诚实。
“我们不能只根据他行为的动机是不是出自对美国的不忠诚，而否定了奥本海默对于发展氢弹的影响。我们的结论是：无论其动机如何，美国的安全已受到他的危害。我们相信，如果奥本海默博士热情地支持氢弹计划，美国会更早地做出应有的努力来发展氢弹。”
事实上，安全委员会采用推理的方法，把奥本海默对某项武器战略上的反对态度上升到政治高度来做结论。于是他们指责奥本海默的理由是他的意见影响太大。
为了达到目的，他们采取从政治上评价奥本海默对美国政策造成影响的手段，而不去真正判断他实际上是否是保安危险分子。
正如奥本海默的一位老同事指出的，这是一种充满危险性的做法。
塞缪尔·高德斯密特在1954年4月30 日说道：“我并不是说奥本海默的建议全部是正确的，全部值得重视，但如果提议人的坚定主张偶然与政府当局的主张相反，因此就把他说成对国家不忠诚，那么，民主制度的基本原则，即允许发表不同意见，就会很快被集权主义的强制性统一所取代。”
奥本海默被卷进的这一场有关武器战略的政治斗争，为什么不能通过正常的政治渠道来解决，这真是毫无道理。
奥本海默是一位受聘的顾问，在他的合同即将到期时，原子能委员会的委员们赶在他快要不受他们的裁决约束之前，急急忙忙地通过了这项决议。
奥本海默作为顾问委员会的顾问或主席，他的职责是在受到咨询时说出自己的意见。正如伊西多尔·拉比在听证会上一针见血地指出的：“这个人是你们请来的顾问，如果你们不喜欢听他的意见，就别问他好了，除此之外，还有什么可责难的呢？”
然而，不管人们如何深信民主制度本身拥有容纳并最终解决不同意见的无限潜力，如果想要依赖保持一个强大的保安体系来维护某个国家的宪法和政治理想及其政策，这本身必然是一种政治行动。
这种思想和政策不可避免地会成为保安官员用来判断是否构成保安危险的标准。
以克劳斯·富克斯案件为例。在他还没有参加“曼哈顿计划”之前的1941年，就受到英国保安官员的注意。驻布里斯托尔的德国领事报告说，富克斯与左翼分子有密切联系，然而英国保安官员对这份报告表示怀疑。
首先，他们认为德国领事提供的消息是有偏见的，同时他们也相信富克斯可能仅仅是向苏联泄露机密而不会向英国的主要敌人德国泄露。然而在美国则不然，美国很早就认为苏联是更大的威胁，正是由于这样一种背景，奥本海默以及其他的左翼分子才受到审查。
在这段期间内，有475万多人受到审查，其中只有560人或者是被辞退了或未被录用。在这万分之一的人数中，又有几个是真正的危险分子，这就无人知晓了。然而，不管这个计划花费了几十亿美元，至少还有11个通过了严格审查的人，被作为间谍清除出去了。
奥本海默在1943年与鲍里斯·帕什交谈时，就很清楚地意识到这一点。他说，“我对于这种该死的科学资料保密制度的看法是：与我们正在进行的工作有关的资料，是所有愿意进入这种研究的政府都可能已经发现了的。”
由此可以引申出下一个问题：这种保安制度到底是确保什么？如果很多机密都是“保不住”的，而为了保护这些保不住的机密又需要耗费巨额资金，而且又是漏洞百出，并非万无一失的，那么，它到底为了保护什么呢？通常的答案总是：为了保护“自由”世界和反对共产主义。但是，事实果真如此吗？
在第二次世界大战以前，保安系统还是不完备的。政府和军队工作的出发点是：人民是可以信任的。
但自从那时以后，由于超级大国之间军备竞赛在很大程度上促使保安系统膨胀。它们成为一种专门从事于制造国与国之间的猜疑并鼓动人与人之间尔虞我诈互不信任的机构。
这种体系所打的旗号是保护“自由”世界去反对共产主义。在195l年阿拉·巴尔特在他所写的《自由人的忠诚》这本书中这样地描写一个“权力主义者的社会”。
“任何一个美国人如果听说某一国家，他们的警察有权去侦察守法公民的私生活，他们的政府官员有权去剥夺合法组织的一切权利，他们的行政法庭有权根据匿名证词用秘密审讯手段对付仅仅由于信仰和并不构成犯罪的行为进行判罪，那么，他一定会毫不迟疑地得出这样一个结论，即这个国家一定是在专制暴君的统治之下。”
而“审讯”奥本海默的正是这样的一个国家，他的私生活受到调查。他所参加过的组织事后被“诬陷”为非法的。他受到“行政法庭”“根据匿名证词”而判了“罪”。这一切都是以“保安”的名义进行的。
但是美国仅仅是“自由”世界里符合上述权力主义社会特征的许多国家中的一个而已。这就是为什么奥本海默案例并不是一个法律上误判的孤立事件。
走完人生曲折道路
随着时光的流逝，奥本海默的健康情况也迅速恶化。在回答他朋友的询问时，他对病情作了客观的分析。
1966年10月，他写信说：“我的癌细胞正在迅速扩散，因此我需要接受进一步的放射性治疗，这一次要用电子感应加速器的电子束来照射。”
到11月，他又写道：“我现在讲话和进食都更困难了。”
1967年2月中旬，他写道：“我感到相当疼痛……我的听觉和语言能力都极差。”
几天以后，1967年2月18日晚上，奥本海默溘然长逝于新泽西州普林斯顿的家中，享年62岁。
他的葬礼在1967年2月25日举行。这天天气异常寒冷，但与奥本海默一生各个时期有交往的人都参加了葬礼。他们中有科学家、政治家、小说家、作曲家、诗人，以及来自各行各业的熟人和敬仰者，多达600多人。
林登·约翰逊总统派他的科学顾问唐纳德·霍尼西代表白宫参加追悼会。
前来凭吊的诺贝尔奖得主有：伊西多尔·拉比，他从20世纪20年代奥本海默留学欧洲起就一直是他的好友，是能与奥本海默交心的几个人中的一个。尤金·威格纳、朱利安·施温格、李政道和埃德温·麦克米兰。还有罗伯特·泽尔贝尔，从战前在伯克利时开始，多年来一直是他的左右手和知心人。
在洛斯阿拉莫斯工作时期共事的格罗夫斯将军，也乘专机赶来参加葬礼。在奥本海默听证会上站出来支持他的人，约翰·兰斯达尔，这位战时的保安官员，从克利夫兰乘飞机赶来向死者告别。
汉斯·贝特、亨利·德·沃尔夫·史密斯以及乔治·凯南等，都发表了讲话。
认识奥本海默已经30多年的汉斯·贝特说道：“在提高美国理论物理学家的地位方面，他的成就超过任何人，他是一个带头人，但他并不霸道，他从不命令人们做什么，他激发了我们心中最美好的东西，就像主人款待客人一样……”
在洛斯阿拉莫斯，在同德国人进行制造原子弹的比赛中，奥本海默领导成千上万人，把一片荒芜之地变成了一座超级实验室。把来自四面八方、性格各异的科学家凝聚在一起，打造出了一支高效的团队。
所有实验室的元老们都深知，如果没有奥本海默，他们在新墨西哥州制造的那个初级“玩意儿”就不可能在战争中及时完成并派上用场。
奥本海默在普林斯顿的邻居、物理学家史密斯第二个发言。1954年，史密斯是原子能委员会中唯一投赞成票为奥本海默恢复名誉的人。
作为秘密“安全听证会”是“一场闹剧”的现场证人，史密斯说：“如果这种冤案永远得不到平反，我们历史上的这个污点就永远不会被去掉，我们深感遗憾的是，他为他的国家所做的巨大贡献得到了这样吝啬的回报……”
乔治·凯南最后做了发言。乔治是一名老外交，出任过大使，参与制订美国第二次世界大战后对苏联的遏制政策。他是奥本海默在高等研究院的同事和朋友。当初凯南跟美国军事化冷战政策唱反调的时候，是奥本海默领导的高等研究院接纳了他。
凯南说道：“人类最近征服自然所获得的能量，已经远远超出其道德所能掌控的程度。没有人能比奥本海默更清楚地认识到，这种不断扩大的道德和能量的比例失调将会给人类带来巨大的危险。他比任何人都渴望能够为制止大规模杀伤性武器所导致的巨大灾难尽一份力。在这里，他想到的是整个人类的利益。他看到了实现这些愿望的巨大可能性。”
凯南接着说：“在20世纪50年代早期的那些黑暗的日子里，当厄运接二连三地从四面八方向他扑来的时候，当他发现自己身处争议旋涡中心的时候，我提醒他，国外有100个以上的科研中心欢迎他去工作，问他是否想过到国外定居，他含着眼泪告诉我：‘见鬼，我深爱着这个国家。’”
瑞拉德弦乐队演奏了贝多芬C小调四重奏的两个乐章，然后基蒂和弗兰克在研究所的图书馆里接待了来宾。
人们冒着恶劣的天气，共同悼念奥本海默的去世，同时追思他的一生。在人们眼里，他是原子弹之父，他是伟大的物理学家，他是风度翩翩、慷慨的老师，他也是美国反对共产党运动最大的受害者……奥本海默的骨灰用飞机运到维尔京群岛，并抛撒在那儿的大海里。
他这一生最佳的写照，可以用他在战后访问洛斯阿拉莫斯时所发表的演说来表述：
身为一位科学家必须坚决确信，世上的知识以及它所赋予的力量对全人类具有真正的价值；科学家更必须确信，你是在利用它的力量来传播知识，而你也愿意承受一切的后果。
未完成的和平事业
有人说奥本海默是个伟大的科学家，因为在他的领导下，制造出了原子弹；也有人说他是个战争罪人，因为不用原子弹，战争也会结束。
但不管怎么评说，在他一生的努力中，至少有一点值得后人所怀念和敬重。那就是他在世界限制核武器上所表现出来的勇气及远见。
1963年，是奥本海默被拒于政府门外的9年后，也是第一次联合国限制武器会议失败后的17年，美苏两国终于签订了核武器限制条约。
这个“限制试爆管制条约”中，明文规定两国不得在地球上、太空中或海洋中进行核试爆。这个条约限制所有的试爆都必须在地下进行，以避免辐射性原子尘污染地球。
美苏两国提起而呼吁其他国家跟进，为限制核武器的扩张及试爆踏出第一步。这项呼吁获得了热烈的响应，到了1990年，已有 111个国家签署了“限制试爆管制条约”。
尽管这项条约未能很实际地减少美苏两大超级强国所拥有的核武器数目，但它却代表着迈向世界限制武器道路的一大步。
从条约签订后至今，美苏两国都不断努力控制核武器的生产及扩散。整个过程起伏不定，两国不时作出让步及妥协，以互相取信于另一方。
第二个重要的条约，是美苏两国在1968年签订的“核不扩散条约”，目的在于防止非核武制造国取得核武器。
核武器国家为了表示对非核武国家拒绝核武器扩展的支持，承诺在这些国家建造核能发电厂，发展核能的和平用途。
这项核电计划提供落后国家一个便宜且可靠的电力来源，对许多贫穷的发展中国家助益良多。
不过，在1968年后，又有4个国家增加核武器配备，包括以色列、巴基斯坦、印度和南非。这个令人担忧的趋势，是波恩及奥本海默早在1942年就预料到的。
从1972年开始，美苏两国开始着手解决较困难的问题，试图限制然后降低双方的核武器存量，美苏两国大概都有15000件左右的核武器。同年，两国又签订“战略性武器管制条约”，限制两国地面及海上远程导弹的数量。
尽管这个协定未能实际降低双方核武器的数量，但却为自第二次世界大战以来美苏两国的武器竞赛画上了第一个休止符。
在协定之后，又有一些武器条约，有些也是比较成功的。但美苏两国协定的大突破是在1989年，双方第一次真正地削减了各自军备中核武器的数量。奥本海默的精神仍一直在引导这些限制武器的努力。
这些协定为奥本海默的理念作了最佳的证明：国家间的冲突，不是以战争的手段，而是依赖国际间的协商才能化解。
奥本海默一生的努力及遭遇，为的就是要创造出一个和平的世界，让人们彼此都在追求和平及相互了解。他所留下的这份未完成的事业，全留待有志者去完成了。
