新疆学院经原教务长林基路等共产党员的努力，一所旧式学校被改造成为具有新血液、新精神、新面貌的新型学府，但是办学条件仍十分落后。杜重远任新疆学院院长后，写给邹韬奋的信中说：“新疆学院，除一座旧营房外，别无长物，不要说物理化学、生物卫生种种设备，连教课的书籍也不完全，真是一座沙漠荒地……”但他想的是，“纯朴天真的青年，他们文化虽然落后，他们的求知欲望非常强烈。抢购书籍，掉鞋掉帽。”
杜重远激情满盈、精力过人，决心办好新疆学院。他刚走马上任，便因要务需赴重庆。虽然路途辛苦，来去匆匆，仍于风尘仆仆中为学院购置图书，也为同学们个人代购书籍。他把生活书店、新知书店、新华日报馆、读书生活出版社等有关政治、经济、哲学、史学、文学、自然科学各门类的书买回了三卡车，号为“文化列车”。这次的购书量很大，既充实了学校图书馆，也充实了每个同学。
杜重远认为，新疆目前最需要懂得少数民族语文，懂得维吾尔语文、哈萨克语文、蒙古语文、柯尔克孜语文，直接能为少数民族服务的人才，于是他创立了语文系，专门培养这方面人才。
杜重远决心要将新疆学院扩建为新疆大学，以发展教育事业，泽被边疆。他向教育厅申报新建校舍，还不辞劳苦各处奔走。盛世才对出钱建校舍并不十分感兴趣，虽然表面答应，却迟迟不予拨款。当时，毛泽民任财政厅代厅长，十分支持办学，设法拨给款项。新校址破土动工，杜先生取出蓝图挂在工地席棚上，兴致勃勃地对学生讲解未来新疆大学的远景规划，说要设立政法、理工、农学三个学院，开办12个系，招收各族学生500名。他手拿教鞭指着蓝图，哪里是教室、化验室、图书馆，哪里是俱乐部、运动场，还有农业试验场。
杜重远除申报新建校舍外，还发动师生自己动手，修建了秋千、浪桥，修建了篮球场、排球场，还修建了冰场。篮球破了，补好再用；实在买不上篮球时，就自己动手创制了“木截球”。“木截球”简便易造，是用5截30公分长的木头截子和5根60公分长的木棒子组成。“木截球”对锻炼臂力有特别的好处，很受同学们的欢迎。由于爱打木截球的同学多，还举行过木截球比赛。
院办公室屋檐下挂着个“意见箱”，风吹日晒，布满灰尘。这件不显眼的小事，杜院长却看成大事。他规定“意见箱”由学生自制会负责，每三日开锁一次，将意见分类交各部门认真处理。这对改进院方工作有极大好处，人们钦佩院长“一分精神，一分事业”。
杜重远院长住在离院不远的羊毛湖巷。他每天清晨提前到院，与学生一起参加早操，从不间断，偶尔不来也要向学生说明。他说“有纪同遵，有则共守”，才能形成好院风。同学们在大食堂吃饭，八人一桌，饭食比较粗劣。他也在大食堂搭伙吃饭，大家吃啥他吃啥。
课外或休息时，杜院长常出现在学生中间，哪里人多他就在哪里。星期日，十多名学生坐在树荫下交谈。院长来了，就地而坐，与学生攀谈起来，有说有笑。他问起学生家庭情况时，一位语文系的学生说：“家父在城里开设陶器店。”
“咱们是同行，我也做过陶器生意。”院长说当年在东北经营陶器，为提倡国货，抵制日本在东北倾销瓷器，甚至不惜赔本也要与日商争高低。他说，“要做一个有骨气的中国人！”
“你是东北工商界知名人物，一定很有钱，为什么不继续做生意呢？”有位同学问。
“日寇入侵，国破家亡，堂堂男儿，岂能容忍！我要做生意，早就发大财了！”
杜重远莅院视事后，即规定同学们每天都要写日记，他亲自逐日逐本批阅，借以锻炼大家的写作能力和处事持之以恒的毅力。当时全院有六个班，一个民族学生班，五个汉生班。汉生班共约200余人，每天都有200来本日记。他通过看日记了解同学们的思想和问题，对日记上反映的问题用各种方式予以具体解决。杜院长用红色铅笔批阅日记，对于复杂的问题，不厌其烦仔细批阅，有时批阅的文字长达好几页。一个叫吴任武的同学，把杜院长长达五页的日记批阅，视为珍宝，长期保存。
杜院长在学院主讲“抗日民族统一战线”课，每周星期一上午集中全院学生讲一次，向学生进行爱国主义教育，当时叫“精神讲话”。他讲课如同发表演说，侃侃而谈，声音洪亮，条理清楚，语言简洁。他讲课的内容，切合实际，针对时弊，实实在在是一种精神的滋养和行为的导向。
杜重远洞悉国民党内部的情况。他说：“国民党内部对抗战的态度分为主战派、主和派和动摇派。”他用当时社会上流行的一句话：“见冯（玉祥）主战，见汪（精卫）主和，见蒋（介石）和战皆主！”来揭示国民党内部对抗战的态度。对“和战皆主”动摇不定的蒋介石，他认为应该用逼的办法，逼蒋抗日。“西安事变”就是逼蒋抗日的具体表现。当讲到“西安事变”时，有同学递上一个纸条。
“杜院长，你在‘西安事变’中起过何种作用？”
“1936年4月，当我在上海虹桥疗养院软禁时，张学良将军曾利用去南京开会的机会，去虹桥疗养院看我。我和张学良将军曾在一片树林里密谈过。杨虎城将军也借治牙病住进虹桥疗养院，我和杨虎城将军也密谈过。1936年9月8日我获释出狱，10月间就奔赴西安，又与张学良、杨虎城将军晤谈，并在东北军和西北军中进行了广泛的联络工作。”
杜重远以自己的声誉和社会地位访友招贤，为新疆学院聘请教师。除前述文学家茅盾、政治经济学家张仲实外，还请来留美农学博士、西北农学院教授涂冶等，筹建新大农学院，以及政治学家史枚、经济学家沈志远、理工学家史杰，学者周世贤、江浩、革命历史小说《新生代》的作者齐同等。还有不少知名学者等待新校址建成后，即来新疆工作。当时，新疆学院真是人心所向，人才荟萃。许多内地青年向往新疆，写信要求来新疆读书。一个早晨，杜重远拿着一叠信件，当众宣读了一封重庆五青年联名来信。他们都是高中毕业生，要求来新疆学院上学，如果入学考试不及格，请求留院当一名杂工，为国效劳。
新疆学院充满学术研究空气。为使师生们的研究成果能有地方发表，杜重远和茅盾、张仲实等创办了院刊《新芒》。《新芒》、《反帝战线》、《新疆青年》、《新疆妇女》是当时新疆主要的期刊。
1939年暑假，新疆学院组成了暑期工作团，由院长杜重远任团长，张仲实和延安来的教务长郭慎先任副团长，赴伊犁沿途各县宣传，动员群众抗日救亡。本来茅盾也一起去伊犁考察，临行时盛世才把茅盾留下，要他和王宝乾一起陪英国驻中国的总领事去游玩，因此茅盾陪总领事游玩了庙儿沟和位于博格达山峰的天池。
“新疆学院暑期工作团”每到一地，杜院长都要组织同学们做社会调查，了解当地群众生活情况、生产情况、思想情况；每到一处，杜院长都以自己的亲身经历，向各族人民发表豪情激昂的演说，宣传前线军民英勇杀敌和后方人民支援前线的可歌可泣的事迹。他沿途各地发表演说，从不重复，各有特色，生动具体，深受欢迎。每到一地，学生就走上街头宣传抗日，教唱抗战歌曲，张贴宣传画，用石灰水书写大标语，激发群众的爱国热情。特别是他们公演了集体创作并由茅盾润色的《新新疆万岁》大型话剧，深受群众欢迎。他们在乌苏县的演出引起强烈反响，第二天清晨，县长和许多群众赶到工作团驻地拦住汽车，要求再演一场。
工作团的活动表上，没有安排独山子油矿，但油矿工人派代表赶到乌苏县要求工作团去矿区。杜重远热情接待了工人代表，并慨然应允。当年，独山子油矿一片荒凉，无草无水，工人住在简陋的房子里。杜重远在矿区，作了热情洋溢的演说，高度赞扬工人为抗战多产石油所作的贡献。为了演出，工人们加班加点在露天搭起舞台。晚上正在演出，突然刮起大风，幕布招摇如幡，舞台也颤抖摇晃起来。杜重远和工人们一起，抬来木料，顶着舞台。许多同学拉着幕布，扶着道具，坚持演出。落幕之后，工人拉来几桶热水，让同学们洗脸洗脚，解解疲乏。杜重远匆匆赶来，制止同学们用水，说：“这里水源困难，我们不能增加工人困难！”
杜重远在与工人交谈时，知道独山子矿区从奎屯河运水，往返十公里多，大半天才能拉运一次。工人要节省出一半生活用水，供应今晚和明早工作团用水。杜重远当夜下达通知，明天拂晓出发，不要惊动工人。他们刚坐上汽车，矿区负责人和许多工人跑来，挽留他们吃早饭。杜重远一再感谢工人的盛情，决然离去。工人兄弟深为感动，一位维吾尔族工人跷着大拇指连声夸赞：“好！好！”
在呼图壁，街头失学儿童很多。杜重远了解到是由于一些父母对儿童学文化不重视，对儿童失学的害处认识不够。他召集戏剧组的乔国仁等五位同学编演《送子上学》一剧，亲自叙述了剧情。《送子上学》主题和情节来自生活，演出很受欢迎。
杜重远的生命乐章清晰而响亮，因此在新疆学院和社会上声望日隆，但同时也埋下了杀身之祸的种子。
1940年入冬，凛冽的寒气紧紧地包围着校园。教务处宣布杜院长手条：“我因身体欠佳，不便来院，暂时不出早操，望同学谅解。”这件区区小事，院长那么认真。同学们称赞院长做事真是“一丝不苟”。
不久的一个下午，学院的集合钟声响起。全院教职员和学生列队站在俱乐部前。师生们以惊奇的目光盯着院长，见他手拄拐杖，步履蹒跚，面容憔悴，眼窝深陷，背也驼了。一位气宇轩昂、体格魁梧，走路迈步英气勃勃的人，怎么一下变了呢？院长慢步登上讲台，微笑的眼睛环视全体。杜重远嗓音有点沙哑，只说已辞去院长职务，最后勉励学生努力学习。他留下三句赠言：不忘抗日救国；不忘苦难人民；不忘民族尊严。
师生们依依不舍，跟随相送。许多人眼圈都红了。
寒风卷起，漫天尘土。杜先生望着灰蒙蒙的天，望着这举世浑浊的一片，缓缓离开了这个他付出真诚与汗水的地方。
杜先生辞职后，筹建中的新疆大学成为泡影；已经建成的部分建筑，被盛世才作为军用，其余被迫停工。
