作为汉宣帝刘询的长子，太子这个位置刘奭自然是当仁不让。公元前49年，宣帝逝世，27岁的刘奭即位。
刘奭从小就深受儒家思想之害，长大以后，更是将柔仁好儒的性格体现得淋漓尽致，见宣帝治国重用刑法，十分不忍，于是劝谏汉宣帝说：“陛下持刑太深，宜用儒生。”宣帝听后怒形于色，认为汉朝历来杂用霸王二道。刘奭偏好纯儒，恐怕是一个性格懦弱、不善用人的低能继承人。他担忧刘奭不能继承重任，便有意更换太子，但又不愿背弃自己已故的患难之妻、刘奭的生母许皇后，所以一面叹息“乱我家者必太子也”，一面还是把帝位传给了刘奭。没想到他这一念，日，就把大好的西汉江山交给了这样一个败家子。
果然，即位的刘奭放弃了“杂用王霸之道”的传统，重视经学，独尊儒术，尊师崇儒。汉武帝提出的“罢黜百家，独尊儒术”方针，终于在汉元帝身上得到贯彻实施。自然，他的师傅和儒生就成为朝中重臣的多数派。
宣帝临终之前，曾托付三名大臣辅佐朝政，一位是外戚史高，两位是刘奭的师傅肖望之和周堪。肖、周二人本为刘奭的师傅，又受先帝遗诏辅政，所以刘奭即位之初，接连数次宴见肖、周，研究国事，讨论朝政。充分体现出对师傅的尊重和信任。
刘还大力任用儒生。博学多才的大儒刘向和忠正耿直的金敞，刘奭均委以重任，并特赐随便出入禁中、参与机密之权。刘奭即位不久，听说琅邪(今山东诸城)人王吉和贡禹是关东明经解行的儒学大师，就特派使者召来京师做官，王吉病死在赴京途中，贡禹入京拜为谏大夫，随后又升为御史大夫，位列三公。为了发展儒学，重用儒生，刘曾一度指令京师太学的博士弟子取消定员限制，凡能通一经的民间儒生均免除兵役、徭役。后因用度不足，博士弟子定员千人，即使这样也比宣帝末年的名额增长了5倍。刘奭在位期间重用的大臣，多为汉代知名的经学大师。
话又说回来，汉元帝起用了这么多儒生，倒也有不少性格耿正，敢于直谏的人。虽然汉元帝有时也心生不满，但毕竟自己重儒，因而对于直言极谏的儒者多不怪罪。儒生薛广德敢于直言，有时甚至搞得刘奭很难堪。一次，刘奭出宫中便门到宗庙祭祀祖先，忽然产生了乘船观水的浓厚兴趣，打算放弃桥渡路线，改坐楼船前往宗庙。薛广德拦在刘奭前，脱掉帽子，恭敬地跪在地上叩头，要求刘奭从桥上通过。刘奭让他戴上帽子起来，薛广德说：“陛下不听为臣规谏，臣将自刎，用鲜血污染车轮，那时陛下就不能进庙去祭祀先祖了。”刘奭听后，很不高兴。光禄大夫张猛对刘奭说：“陛下，臣听说有圣明的君主才有敢言的直臣。乘船危险，走桥安全，圣明君主不靠近危险，御史大夫的话是应该听从的。”刘奭瞪了薛广德一眼，说：“晓人以理不应该这样吗？”于是从桥上通过。这个故事也充分说明，汉元帝在深受儒家思想桎梏的环境中，要想有点脱离传统的创造性作为，已经是不可能的了。
