铲除鳌拜以后，康熙面对的是一个百废待兴的国家。当时的清王朝，虽除台湾以外，基本上扫除了前明残余势力，统一了全国。但南有盘踞在云南、广东和福建的前明降将平西王吴三桂、平南王尚可喜和靖南王耿精忠三藩，东有郑成功后裔盘踞在台湾，西有企图分裂祖国的噶尔丹，北边还有沙皇俄国在虎视眈眈。内政上又有河务、漕运等弊病存在。内比外患，16岁的康熙虽踌躇满志，但也不免有些担心。经过一番深思熟虑后，康熙和大臣们商足，先解决三藩问题，而后再言其他。
身为明朝降将的三藩，曾经为清兵入关立下过汗马功劳，但被封为藩王后，一直手握重兵，对清朝的中央集权是极大的威胁。尤其是平西王吴三桂，他事明叛明，降清后又心怀异志。镇守云南后，吴三桂在藩地扩充实力，自行征税、开矿、铸钱，与西藏互市茶马，并在朝廷各要害部门安插进自己的死党，而且他推荐的称为“西选”的官员遍及天下，还将儿子吴应熊以被召为额驸(驸马)为名进入京城，负责为父亲打点朝中重臣，搜集情报。加紧准备叛乱的同时，吴三桂怕露出马脚，遂大兴土木、搜罗美女，做出一副胸无大志的样子来。
这时，平南王尚可喜因年老多病，便于公元1673年上书朝廷，要求回老家辽东养老。早有撤藩打算的康熙趁机命令撤掉尚可喜的藩地，并准备撤掉另外两藩。消息传来，吴三桂和耿精忠都惊恐不安，为试探朝廷的意图，便假意上书要求撤藩。没想到，康熙也加以同意，并派钦差前往督促办理撤藩事宜。
见此情况，吴三桂遂联合耿精忠、尚可喜的儿子尚之信，于公元1673年冬树起“兴明讨虏”的旗帜，发动叛乱。吴三桂自称“天下都招讨兵马大元帅”，其安插在各地的党羽也纷纷响应，一时战火燃遍了大半个中国。
康熙，因吴三桂是三藩之乱的祸首而制定重点打击吴三桂的策略，随后便派大军前往平叛。在清军的打击下，吴三桂终于抛弃了其“反清复明”的遮羞布，匆匆忙忙地于公元1678年春，在衡阳演出了登基称帝的丑剧，改国号为周，不久便在四面楚歌中中风死去。
公元1680年，康熙下令清军分三路攻入云南，逼迫走投无路的吴世服毒自杀。公元1681年，清军在荡平三藩余孽后，完成了平定三藩的大业。28岁的康熙感慨万千，欣然命笔，写了《滇平》一诗庆贺：
洱海昆池道路难，捷书夜半到长安。
末矜干羽三苗格，乍喜征输六诏宽。
天末远收金马隘，军中新解铁衣寒。
回思几载焦劳意，此日方同万国欢。
平定三藩后，康熙又把精力放在收复台湾上。
自公元1584年始，台湾就被荷兰殖民者趁明朝国势衰败、军备废弛之机占领。公元1622年，抗清将领郑成功收复被荷兰人霸占了38年的台湾，并以此为根据地，继续反清斗争。同年，身患重病的郑成功因儿子郑经在部属的拥立下自称为王，并率兵反对郑成功而溘然长逝。此后，郑经盘踞台湾，经常对沿海一带进行烧杀抢掠，已经背弃了郑成功抗清复明的初衷。公元1681年，郑经死去，其幼子郑克爽在冯锡范的拥立下，杀掉郑经长子，即位为王，台湾政局顿时动荡不安。
康熙接受了福建总督姚启圣的建议，趁郑氏内乱之机，决定用武力收复台湾。康熙又一次力排众议，任命郑成功旧部施琅为福建水师提督，负责攻台事宜。施琅到任后，立即着手训练水师，在屡次推后攻台时间后，于公元1683年夏全歼郑氏主力，攻占澎湖，逼迫台湾郑氏不得不献表投降。公元1683年农历8月13日，台湾回到祖国的怀抱。当统一台湾的捷报传到北京时，正值中秋佳节，康熙望眼长空皎月，喜于全国各族团聚，挥毫写下《中秋日闻海上捷音》一诗：
万里扶桑早挂弓，水犀军指岛门空。
来庭岂为修文德，柔远初非黩武功。
牙帐受降秋色外，羽林奏捷月明中。
海隅久念苍生困，耕凿从今九壤同。
台湾回归后，康熙又接受了施琅的建议，排斥放弃台湾和将台湾赐给荷兰人的主张，决定在台湾设立台湾府和台湾、凤山、诸罗三县，并向台湾派驻官兵。康熙的正确决策，维护了祖国领土的完整和统一，促进和加强了台湾与大陆的联系和台湾经济、文化的迅速发展。
