主性器官是判断男、女性别，实施男女生殖功能的主要器官。从解剖生理学角度来看，男女两性的性别区分及完成种属繁衍的最主要器官就是两性的性腺。在男性为睾丸，女性为卵巢。它们都具有双重功能，一是分泌性激素以维持基本性别特征及促使性成熟；二是产生生殖细胞（精子与卵子），为繁殖后代做准备。
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