到万历初，沿海虽有倭寇的侵扰，但势力不大，危害较轻。到万历中期，日本丰臣秀吉发动了侵朝战争，并欲以朝鲜为跳板侵略中国，明朝派军队两次入朝作战，援助朝鲜人民赶走了侵略者，同时粉碎了丰臣秀吉侵略中国的图谋。之后日本采取锁国政策，中国沿海的倭寇基本绝迹。
一、隆庆万历前期倭寇的衰弱隆庆年间的倭患较嘉靖时期已大为减轻，这在当时一些大臣和部门的奏疏中可以清晰地显示出来。隆庆元年（1567）六月，户部言，福建每年额征各种银“约二十五万，自嘉靖三十六年至四十三年，以倭乱兵兴，留为兵饷，不复起解。其后抚按往往请留，今倭寇既宁，供亿渐减，请征太仓，毋以国家常赋滋一方糜费”。这项建议被明廷采纳。不久，兵部覆巡应天都御史谢登之奏：“往者，大江南北以倭寇故募兵增饷，万非得已。今地方稍宁，宜将水陆军兵量为汰革，岁省粮费八万有奇，其常、镇二府各设重兵，无所统辖，宜令清军同知改注海防，分地驻守，兼理清军事。”
隆庆二年（1568）十月，提督操江都御史吴时来上奏：“国初，江防惟有水操京军，比因倭患，又增募水兵六千余人，所费兵饷以七万余计。今倭寇已靖，宜汰简，以苏民困。”
从上述可知，东南沿海等地的倭患，在隆庆初年已基本平息。
倭患基本平息，并不意味着倭患根绝，在隆庆和万历前期，仍有小股倭寇在东南沿海一带骚扰。其中广东倭患较闽、浙、直地区严重一些。
隆庆元年（1567），倭寇300余人驾船突入南澳，筑堡建垒，企图久居。
隆庆三年（1569）三月，吴平遗党海盗曾一本勾结倭寇进犯广东，破碣石、甲子诸卫所，当地守军抵御无功，雷琼参将耿宗元，一向对部下严厉，声称要斩杀败将。败将固云翔、寥凤、曾德久、廖廷相等十分惧怕。为了逃避责任，便密谋作乱。不久，耿宗元在教场阅兵，周云翔等突然鼓噪而起，把主将耿宗元杀死，挟持通判潘槐投靠倭寇，并引导倭寇在广东沿海作乱。总督侍郎张瀚同巡抚广东都御史熊桴，督兵征讨，擒斩130余人，周云翔败退，投奔鸟桕塘的倭寇。当时，通判潘槐被挟迫至倭巢，使用离间计，让倭寇戮杀叛党400余人。其余的人心怀畏惧，纷纷散去，只有周云翔及其亲信留在倭巢。明军进剿，连战连捷，通判潘槐生还，周云翔等被俘，磔杀于市。这次战役生擒真倭首丘古所及从倭100余名，各部共擒斩1375名。
六月，总督两广福建督御史刘焘，条陈广东贼事，其大意是：广东贼有五种，其首恶是曾一本及碣石残倭，流毒最甚，亟宜殄灭。由此可知，海盗和倭寇合流，是这一时期广东倭患的特点。当时，广东最大的海盗是曾一本。
曾一本，广东潮州人，因倭寇之乱，招亡纳叛，聚党数万，出入于闽、广之间，攻城掠地，大肆猖獗，经年不能治。
廷议推兵部左侍郎刘焘总督福建、两广军务，以兵部员外郎王俸随军赞画，并催促广东巡抚熊桴，总兵俞大猷、郭成、李锡，参将王诏等，限期相机会剿。六月，俞大猷与李锡与曾一本遇于柘林澳，三战皆捷，俘斩甚众。曾一本遁入马耳澳，与俞大猷等复战。这时郭成、王诏率广东兵至，明军集结军队于莱芜澳，分三哨进攻，活捉曾一本，斩首500余级”。
隆庆三年（1569）冬十一月，倭贼200余人，从西海登岸，劫掠海宴、双门等村。谪戍奸人朱衣、卢荣等，怨恨卫所长官，遂勾结藤峒山贼丘乐闲等500余人，与倭寇200余人合伙。
隆庆四年（1570）正月，倭寇、山贼联合攻广海卫城（在今广东台山南），城中旗军到梧州执行军务，只有一些残弱。初六日，贼从西南角入城，千户甯绍杰弃城而逃，掌印指挥王祯、镇抚周秉唐战败身死。百户何兰身受重创，逾日而死。倭寇在城内居住46日，杀戮3000余人，官舍、房屋被焚烧殆尽。倭寇退去后，肇庆府同知郭文通，率狼兵、浙兵追击。狼兵、浙兵不和，兵败，郭文通仅以身免。倭寇满载东归，掳男女500余人。新会知县林会春，招集流亡，请粮赈济，收埋尸骨，为战后恢复秩序做出了重要贡献。未几，总督刘焘上书报捷，称同知郭文通等督兵与倭寇战于海晏场，俘斩20余人，倭贼遁去。
过了不久，又上报先后俘斩千余人。而巡按御史杨标却上书称地方被倭寇杀掠以万计，与刘焘的上书大相径庭。
于是，兵科给事中温纯劾刘焘欺罔，并说从前屯居在广海的倭寇携带所掠男女回海晏索赎，十几天后才乘船归巢。
倭贼来去自如，何谈当地官兵与倭贼交战有功？
隆庆五年（1571）二月中，倭寇突入广东澄迈县，袭陷海南卫所城。结果琼州府同知陈梦雷被罚俸三个月，海南道副使朝宜被罚俸二个月。
九月，李迁升为南京工部尚书，以广西巡抚殷正茂代其提督两广军务。冬十月，倭贼进犯高、雷等地，提督侍郎殷正茂率兵征讨。广东倭患，以潮、惠最为惨烈，潮、惠之民，深受其害，自卫稍严，官军也在此处设防严密。这次倭贼进犯高、雷地区，由于这一地区防备力量较弱，倭寇所至，相继失陷，远近惊骇。殷正茂受命后，即督军追击。有人认为倭奴凶狡，人多势众，应和往年一样调狼兵围剿。殷正茂说：“势已燃眉，远需何济？况兵贵先声，必须大将亲行。今宜移缓就急，重申赏罚，破之无难。”于是檄总兵官张元勋率军赴援，檄佥事李材、许孚远，参政江一麟，副使陈奎、吴一介，参议周鸣埙，分头督集所在官兵，随军作战。张元勋等奋勇争先，各斩数十百级，贼势披靡，四处奔散，或遁逃出村，或出海劫船逃生。
明军攻克倭巢，俘斩1075人，高、雷地区的倭患基本平息。
隆庆六年（1572）二月，倭寇分道进犯广东化州石城县，攻破锦囊所，杀千户黄隆，又攻陷神电卫城。当时，吴川、阳江、高州、海丰等地都遭到焚劫。而山寇黄朝太也乘机复起，甚是猖獗，官兵不能御。提督军务侍郎殷正茂上书以闻，并自劾待罪。兵部以殷正茂刚刚任职，未予追究。穆宗皇帝说：“广东旧贼未平，新倭复炽，至陷城池，皆守臣向来怠废玩偈，守备无策所致，罪不可宥，通候事宁核治。殷正茂素有才略，兹初任事，其督率将领司道等官，悉力驱剿，务期荡灭。其地方机宜，悉听破格整理，敢有梗挠者，奏闻重治。”
闰二月，广东倭寇进犯新宁、高、雷等处，官兵拒敌，连战皆捷，俘斩200余人，焚溺死者甚众。
三月，殷正茂报告，抚民许瑞出兵攻剿倭寇，生擒78人，斩首25级。
五月，广东倭寇海贼突犯广海、新宁、惠来，攻陷神电、锦囊诸城，并转掠高、雷、廉、琼界，所过之地，劫杀掳掠。官兵前后拒战，擒斩千余人。提督两广一兵部左侍郎殷正茂上书叙述当地将领功劳，兵部回覆说：“各官久在地方，酿成祸变，小胜大衄，尚难掩罪，何可言功？”
九月，浙江巡抚邬琏报：截斩经过浙江海域倭贼41级。
万历初年，倭寇更加衰弱。万历元年（1573）四月，兵部覆两广提督殷正茂疏说：广东沿海，十余年来倭患接连不断，民不聊生，其主要原因在于防守不严，以致倭患乘虚入侵，官军虽有擒斩，实无补于事。如今，殷正茂在广东订立章程，以身作则，水陆防备周全，而且赏罚严明，军纪肃整。虽汛期将过，也未见有多少警报，实属不易。
这说明，万历初期，广东沿海倭寇更趋衰弱。
万历二年（1574）七月，倭寇进犯宁、绍、台、温等处，官兵扼敌，在外洋沉获倭船，斩首78颗，诏赏巡抚浙江督御史方弘静等。
万历二年冬，倭寇进犯双鱼所，提督侍郎殷正茂率军征讨。自隆庆五年（1571）冬，倭寇进犯神电、锦囊被剿灭后，二、三年间没有大的倭患。这次倭寇犯双鱼所，给明军以措手不及。双鱼所是一座临海孤城，难以救援，守城者见倭寇骤薄城下，惶乱一团，失去信心，遂被倭寇攻破。督府震怒，将总兵等官通令戴罪，并令四处官兵会集，重悬赏格，准备攻灭倭寇。文武将吏，日夜筹划，认为倭寇海上无船，若攻城势必向内陆逃跑，儒峒是其必经之地，在此设伏，可一举获胜。官军攻城，倭寇果然弃城而出，刚至儒峒，左右伏起，遮道夹击，明军所向无敌，大获全胜，共计擒斩812人，夺回被俘男女61名，缴获器仗、马匹无数。漏网逃脱隐匿山林的少数倭寇，也被明军分道搜索出来，灭无遗类。
万历四年（1576），倭寇连艘突犯韭山、浪罔、渔山等洋，逼近定海道，参将督兵截剿，斩级73人。
五年（1577），倭寇突入，被官军击溃。日本萨子马（今日本九州南部鹿儿岛）的盗贼300余人，乘20余船，犯温州，遭遇大风，船只损坏严重，四处散奔。有一倭船载40余人，至广东之大鹏（在今广东惠阳南），海道副使孙光祖，奉督府方略，帅参将胡震，督兵追剿至九洲洋。
倭寇惧怕，弃舟登岸，进入黄杨山丛林中抵抗。官军奋勇追击，生擒23人，斩首6级，缴获其舟械，解救被掳者8人。
六年（1578），江北海门县余东场地方，生擒倭贼10人，斩获首级18颗。
当时闽、浙、广三省多倭奴出没海上，明军虽时有斩获，而浙江的南麂诸洋和广东的抱虎诸处仍有倭寇屯泊。
因此明廷于万历八年（1580）五月令两广总督刘尧诲，浙江、福建巡抚吴善言、耿定向严督将领进行防剿。是月，浙江温、处地方擒获生倭12人，斩首1l级。
九年（1581）二月，福建道御史安九域查勘反击倭寇进犯彭湖时官军功罪。官军当时作战犁沉倭船5艘，擒斩倭贼20人，夺回被掳男妇31人。
十年（1582）三月，倭寇进犯温州，官军夺其2船，生擒倭贼47名，斩首5颗。
十一月，总督尚书陈瑞击破蛋贼梁本豪。广东蛋贼梁本豪聚众挟倭，焚剽郡邑，至是被陈瑞击破，斩本豪，先后擒斩倭寇1600多人，犁沉倭船、蛋艇200余只。
十二年（1584）福建巡按御史龚一清查核南澳、铜山功，官军冲沉倭船4艘，生擒倭贼28名，斩首12级，救出被掳者60余名。
十七年（l589）二月，倭船3艘突犯浙江外洋，官兵亟击之，沉其船，斩首48人，生擒6人。
所列倭寇的入侵虽然不是倭寇入侵的全部，但它基本反映了隆庆和万历前期倭寇入侵的状况。从隆庆元年（1567）到万历十九年（1591）的25年间，倭寇入侵20次。其中隆庆的6年间有11次之多，而万历的19年只有9次，表现了逐渐下降的趋势。如果我们把这25年倭寇入侵情况和嘉靖三十一年后的10几年相比，就会明显地看出他们的不同：
第一，隆庆、万历前期倭寇入侵的次数少，规模小，危害轻。嘉靖年间倭寇的入侵不仅年年有，而且一年之中甚至月月有，其次数难以统计。而隆庆、万历初年不是年年有，有的甚至隔几年才有那么一两次，当然更不是月月有了。嘉靖年间倭寇入侵动辄几千上万，甚至几万，而这时往往是多则几百人少则几十人，其势力不知要比嘉靖年间小多少倍。嘉靖年间，倭寇攻陷几十座府县城池，而隆庆、万历初年倭寇攻陷最大城池也不过是卫城，劫掠的规模也较嘉靖年间小得多，当然危害也比嘉靖年间轻。
第二，明军有效地抗击了倭寇的入侵。嘉靖年间，倭寇猖獗之时，明军怯懦无能，往往十战九败，歼敌几十人就是一个不小的胜利，歼敌千余人的王江泾大捷成了几年以来所未有的大功。而到了隆庆、万历初年明军同倭寇的战斗中往往获得胜利，不仅歼灭入侵内地之倭，有时倭寇还没来得及登陆即被明军歼灭。隆庆六年（1572）
五月，官兵前后拒战，擒斩千余人。只因倭寇入侵的地区较多，殷正茂报功时，兵部回覆说，小胜大衄，何可言功？
擒斩千人都不能算作立功了。
第三，隆庆、万历前期倭寇也与海盗合流，但其合流的形式和程度与嘉靖年间是不一样的。嘉靖年间，海盗王直、徐海等人完全和倭寇结合在一起，他们受制于倭寇，同时又率领倭寇，他们的队伍中既有倭寇也有“中国叛逆”，二者混在一起；他们以日本为基地，从日本出发，劫掠沿海，劫掠之后，又回日本。隆庆年间的曾一本，从笔者所见的材料来看和王直等不同，他的队伍中似乎没有倭寇，他的队伍似乎也不和倭寇混合编伍，他勾引倭寇多是二者配合而不是二者结合；他是海盗，活动在广东一带，而不以日本为基地。所以我们认为王直、徐海等是勾结倭寇的汉奸头目，而曾一本虽然也有勾引倭寇的劣迹，但他主要是海盗头目。他与倭寇的关系同王直、徐海等人是不一样的。当时在南海的海盗还有林凤和林道乾，他们也和倭寇有一定的联系。《明神宗实录》卷十三，万历元年五月癸巳条有林凤等“即使勾倭内犯，亦以有备无患”等记载，而《明史·鸡笼传》载：“嘉靖末，倭寇扰闽，大将戚继光败之。倭遁居于此，其党林道乾从之。
已，道乾惧为倭所并，又惧官军追击，扬帆直抵泥，攘其边地以居，号道乾港。”但他们是否勾结倭寇劫掠沿海笔者则未见直接证据，所以更不能把他们与王直等汉奸头目相等同。有人说他们也是倭寇，恐不当。
二、隆庆万历前期倭寇衰弱的原因明隆庆、万历前期倭寇的衰弱主要是由于嘉靖年间抗倭战争胜利所决定的，同时也是由于日本和明朝两国的具体情况决定的。
我们曾经说过，倭寇是由日本的武士、浪人、奸商、海盗等所组成的。嘉靖年间抗倭战争的胜利，倭寇多被歼灭，有的竟“全岛无一归者”。这不仅使原有的倭寇势力大为削弱，就是那些残余势力也不敢轻易入侵中国，因为它得不偿失，所以就转向劫掠他方，前举转向鸡笼就是一例。这是入侵中国的倭寇衰弱的主要原因。
当然，如果在日本有新倭源源不断的补充，倭寇入侵中国的势力也不会削弱，可是隆庆和万历初年日本的社会环境发生了变化，这个变化不利于新倭的生长。
嘉靖年间倭寇猖獗的一个重要原因是日本处在各大名纷争的战国时期，而隆庆年间已是日本战国的末期，日本逐渐趋于统一，这个统一是由织田信长（1534～1582）
和丰臣秀吉（1536～1598）逐步完成的。织田信长生于尾张国那古野（今名古尾）城。父亲织田信秀是室町幕府三管领之一的斯波氏的家臣，1551年织田信秀死，18岁的信长继承父职，他先平定了同族的叛乱，又于1559年统一了尾张国。永禄三年（1560）5月，织田信长率精兵袭击今川氏的军队，开始了征服天下的第一步。打败今川氏后，织田信长施展合纵连横之术，逐渐消灭了敌对势力，于1568年9月7日进军京都，26日占领京都，拥立足利义昭为将军，再兴幕府。元龟元年（1570），织田信长与足利义昭签订协定，掌握了幕府的实权。织田信长占据京都，挟持天皇、将军，号令天下，为统一全国奠定了坚实的基础。
足利义昭失去实权后，立即与各方面的势力相联合，企图打倒织田信长。1570年（元龟元年），织田信长打败了浅井氏和朝仓氏，并于次年烧毁了与浅扑氏、朝仓氏相结合的比睿山的延历寺，消灭了该寺的势力，解除了平安时代以来拥有强大兵力的寺院武装。随着织田信长势力的壮大，足利义昭将军的利用价值越来越小。
1573年7月，织田信长废除足利义昭将军的职位，将其逐出京都，足利幕府至此灭亡。织田信长凭借着强大的军事实力，逐渐消灭了各大名，到1582年，已经把日本66州的30个州置于自己的统治之下。正在织田信长即将统一日本之际，其家臣明智光秀发动叛乱，信长被迫自杀身亡，统一事业功亏一篑。
当时正在前线作战的织田信长的部下羽柴秀吉（丰臣秀吉）听到织田信长的死讯后，以当然后继者自居，迅速与对方讲和，并回军打败了明智光秀。1583年（天正十一年），秀吉打败了织田信长的重臣柴田胜家，平定了北陆地方，巩固了作为织田信长的继承人的地位。不久，又迫使德川家康屈服称臣。1585年（天正十三年），秀吉征服了四国的长曾我部氏，平定了四国，并由朝廷任命为关白，赐姓丰臣。1587年（天正十五年）征服了领有九州大半的岛津氏，1590年（天正十八年）征服了关东的北条氏。经过8年的时间，最终完成了统一全国的大业。
在统一的过程中，日本社会日趋稳定，不利于日本海盗的成长。织田信长和丰臣秀吉在完成统一的过程中和统一后所实行的一系列政策，诸如统一货币、开发矿山、废止关卡、允许商人自由通行和贸易以及对海外贸易采取许可证制度，特别是丰臣秀吉实行的禁戢海盗活动，更对倭寇的产生不利。宿寇被歼，新倭难以生成，入侵中国的倭寇自然衰弱。
嘉靖年间倭寇的猖獗还是因为明朝内部汉奸的勾引和小民的依附。到了隆庆和万历初年勾引倭寇的汉奸头目可以说基本已经没有了。在这种情况下就是有倭寇的入侵也不会像嘉靖中期那么严重。实际上自嘉靖三十六年（1557）王直到胡宗宪处后，特别是嘉靖三十八年（1559）王直被处死后，勾引倭寇的汉奸头目已所剩无几了，而且他们与倭寇的结合也不像王直等人那么紧密。
而到隆庆和万历初年勾引倭寇的汉奸基本是没有的，曾一本即使算一个也比较勉强，林凤和林道乾则不能算作汉奸，所以这时即使有较多的倭寇入侵也不可能有嘉靖时期那么猖獗。
嘉靖年间，倭寇动辄几千、上万，“小民”的依附是其重要原因。造成“小民”依附的根本原因是当时的政治黑暗、官吏贪酷，百姓无法生活。而隆庆和万历初年这种状况也有了改变。嘉靖四十一年（1562），奸相严嵩垮台，黑暗的明朝政治有了转机。继严嵩之后的内阁首辅徐阶、高拱、张居正都是有才干的政治家，特别是隆庆元年（1567）入阁、六年任首辅的张居正，力图扭转嘉靖以来政治腐败、边防废弛和民穷财尽的局面，对政治、经济、军事各方面都进行了整顿和改革在政治上，他整顿吏制，提高行政效率。隆庆六年（1572）六月，张居正为内阁首辅，针对官吏腐败、吏治不行的状况，奏请对两京文武官吏进行一次普遍考察。经过考察，吏部员外郎穆文熙等33人被罢官，吏部主事许孚远等53人被降职外调，对于澄清吏治起了极大的震动作用。
万历元年（1573）六月，张居正提出“考成法”，他认为：“盖天下之事，不难于立法，而难于法之必行；不难于听言，而难于言之必效。若询事而不考其终，兴事而不加屡省，上无综核之明，人怀苟且之念，虽使尧舜为君，禹皋为佐，恐亦难以底绩而有成也。”因此，为政要有令必行，行而必果。对六部、都察院处理的问题，都根据道里远近、事情缓急制定出处理日期，限期完成。每月考察一次，对欺蔽作假者，从重处理。如此一来，官员办事不再敷衍拖沓，从而保证了政通令行。
在对官吏考察时，张居正十分认真。万历五年（1577），张居正考察外官时，要求吏部“虚心访核”，“惟以安静宜民者为最”。抚按要按这个标准考察属吏，吏部以这个标准考察抚按，朝廷以这个标准考察吏部，层层负责，秉公考察，从而避免了流于形式。“自是，一切不敢饰非，政体为肃。”
此外，张居正还整顿机构，汰减冗员，整顿学校，对整顿吏治、提高行政效率都起到了一定的作用。
《明史》
称：“居正为政，以尊主权、课吏职、信赏罚、一号令为主。
虽万里外，朝下而夕奉行。”
在经济上，张居正的改革主要是丈量土地和实行一条鞭法。嘉靖、隆庆年间，土地兼并、瞒产偷税现象十分严重，使明政府的财政收入大大减少，入不敷出，造成了财政危机。由于农民大量失去土地，而赋役如故，农民负担沉重，阶级矛盾激化，出现了政治危机。为了解决这一问题，张居正不顾豪强地主和勋戚贵族的反对，于万历六年（1578）下令清丈全国的土地。包括庄田、民田、职田、养廉田、荡地、牧地等全部进行清丈，并规定“所在强宗豪民，敢有挠法”者，严治不贷。对于一些地区的贵族庄田，进行了清理和限制。“厘两京、山东、陕西勋戚庄田，清溢额、脱漏、诡借诸弊。”到万历九年（1581）清丈基本结束，共得田地数7013976顷，比弘治时多300万顷。通过清丈土地，地主豪强隐占的土地被清丈出来，“在小民实被其惠，而于官豪之家殊为未便”。《明史·食货志》说：“于是豪猾不得欺隐，里甲免赔累，而小民无虚粮。”这说明，清丈土地的结果，是减轻了农民负担，增加了国家税收，在一定程度上打击了豪强。但是，在丈量土地过程中，也出现了一些问题，一些负责清丈的官吏，为了迎合张居正的心理，“以溢额为功。有司争改小弓以求田多，或掊克见田以充虚额”。从这个角度上讲，丈量所得的七百万顷田地可能有些水分，但通过清丈，清理出一些隐瞒的田地是不容否定的事实。
万历九年（1581），张居正在丈量土地的基础上，针对田赋、徭役制度存在的积弊，开始推行“一条鞭法”。
其主要内容是：“总括一州县之赋役，量地计丁，丁粮毕输于官。一岁之役，官为佥募。力差，则计其工食之费，量为增减；银差，则计其交纳之费，加以增耗。凡额办、派办、京库岁需与存留、供亿诸费，以及土贡方物，悉并为一条，皆计亩征银，折办于官。”简言之，就是明政府对于各州县的田赋、徭役，以及其它杂税合并征收银两，计亩折纳，总为一条。一条鞭法是简化赋役征收的一种制度。
一条鞭法的实行，减轻了丁多地少的贫苦农民的负担，以银代役减轻了农民人身依附程度，以银代替实物，扩大了货币流通范围，刺激了商品经济的发展。赋役合一，简化了征收手续，减少了官吏从中舞弊的机会。一条鞭法实行后，在一定程度上缓和了当时的阶级矛盾，经济得到了恢复和发展。“太仓粟充盈，可支十年。”国家财政状况大有好转。
在军事上，张居正积极整顿边防。隆庆元年（1567），调谭纶、戚继光北上防边。谭纶为蓟辽保定总督，戚继光为总理兼蓟镇总兵官，加强边防。谭纶、戚继光任职后，修敌台，建车营，部署防御，使蓟镇的边防前所未有的巩固。“边备修饬，蓟门宴然”，蓟镇获得了数十年安宁。与此同时，李成梁、王崇古、方逢时、张学颜等，也都对整饬边防做出了不同程度的贡献。
张居正强兵政策的实施，缓和了边疆的紧张局势。
对外采取羁縻政策，寻找与鞑靼和好的机会，隆庆五年（1571）三月，在主持朝政的高拱、张居正的支持下，明廷下诏封俺答为顺义王，其子弟及诸部落首领各封官职。
俺答受封后，召集所辖各部首领及部众大会，表示永不侵犯明朝。自此以后，明廷与鞑靼通贡互市，保持了西北边境的安宁，为沿海御倭创造了良好的环境。
政治较为清明，经济获得发展，阶级矛盾有所缓和，既使有倭寇入侵，“小民”也不会像嘉靖年间那样跟着跑。这是倭寇势力削弱的又一原因。
再一重要原因就是明朝海防力量的加强，使入侵的倭寇难逞其狼贪之志，往往被歼。
嘉靖年间的抗倭斗争使海防得到了前所未有的加强，形成了新的防御体制和防御部署，防御更加严密。明廷对沿海防御区域也进行了重新划分。在广东，把沿海地区分成三路：东路为惠潮，中路为广州，西路为高雷廉。
由于东路防倭最重，设有潮州总兵官，整饬惠潮兵备佥事、惠潮参将。中路和西路设有整饬高肇兵备佥事，整饬雷廉兵备佥事和高肇韶广参将，各负其责。
在福建，设三路、五寨。每路各置参将（或把总），恢复烽火门、小埕、南日山、浯屿、西门澳（亦称铜山）等五水寨，每寨以把总领之。每一水寨都有自己的防区，相互配合，防守整个福建沿海海域，北与浙江、南与广东相联络。敌少各寨自行战斗歼敌，敌众则数寨联合一起歼敌，并设总兵统领全省三路五寨。
在浙江，总兵之下设四参六总。金乡、盘石二卫为一总，设把总一员，隶属于温处参将；松门、海门二卫为一总，设把总一员，隶属于台金严参将；昌国卫及钱仓、爵溪等千户所为一总，观海、临山二卫为一总，定海卫及霩、大嵩等所为一总，各设把总一员，隶属于宁绍参将；海宁卫为一总，隶属于杭嘉湖参将。各参将和各总负责一定的地域（海域），防守也比较严密。
在南直隶，分成江南、江北两大防区，各设总兵、参将、把总等，负责防守。
各省区均设总督或巡抚、兵务副使等以督其责。
这就改变了过去那种都指挥领导下的卫所防卫体制，而形成了总督一总兵、巡抚一参将、兵备道的新体制。
这种体制，便于统一指挥，协同对敌，加强了沿海防御的整体性。与此同时，沿海防御的层次性也有了加强，形成了多层次的沿海防御体系。我们以浙江的杭嘉湖区为例。该区海宁把总负责海上防守。海宁把总统水兵3支，对其防区实行三层哨守：远守徐公、马迹，中守大小七山、滩浒，近守港口，并南与定海、临观的水军相会，北与南直隶的兵船相会，从而构成对沿海海域紧密配合的多层次防线。同时海岸和城镇的防守也比过去大为加强。
这样在整个沿海就构成了海上、海岸和城镇的多层次、有纵深的防御，加强了防御的有效性。
军队的编制和素质也有了很大的变化。军队编制不再是卫所制而是变成了更适应战斗的营哨制，军卒再也不是卫所的老弱疲癃之辈，而主要是由募兵和民壮组成的有战斗力的军队。因此嘉靖帝给他的儿子隆庆帝留下了一个有纵深、有层次的沿海防御体系和相当强的沿海防御力量。这种海防足以扼制倭寇的入侵。
隆庆至万历初年，明廷虽然没有像重视边防那样重视海防，但仍在加强海防建设。这尤以广东为突出。广东在抗倭战争前，御海战船一般采用抽调的办法。当时广东东莞县有乌尾船200多只，新会县有横江船100多只。这些船都是由富户所造，驾船之人称作后生，系船主厚养的壮夫。官府对这些船均有登记，每年轮流调其中的10只东守柘林，又10只西守龙门。如果海上有盗贼，势力小就调50只，势力大则调100只，随贼所向，将其歼灭。所以广东当时海上的防御力量是比较强的。抗倭战争爆发后，胡宗宪从广东调船100只到浙江抗倭，而这100只都是大广船。但这些船有去无回，从而使广东的战船大为减少，海上的防御力量大不如前。为了改变这种状况，隆庆二年（1568）七月，俞大猷到福建建造福船80只，其中大福船面阔3丈者15只，面阔2丈8尺者15只，冬仔船面阔2丈5尺者15只，面阔2丈者15只，面阔1丈8尺者20只（后来减少10只，面阔1丈8尺的冬仔船改成10只）。隆庆三年（1569），俞大猷就是靠这些船在海上三战三捷，消灭了曾一本。
此后一些大臣一而再的上书，要求进一步加强广东海防，主要内容是关于选择将领，招募军队，筹措战船等。
这里略举几例：
隆庆三年（1569）四月，刑科给事中魏体明条上两广用兵事宜，提出了选将领、募土著、议征剿、预海防、核功实、专责成六项措施。所谓选将领，“谓：海寇曾一本猖獗，而倭奴复巢碣石、平山等处，惠州危急，师久无功，宜选拔将才，勿拘常格”。所谓募土著，“谓：客兵害多利少，不必再募。东莞、新会、顺德、香山、惠、潮沿海之民，习水战，知地利，可召为兵。令以其七出战而三屯耕，以省粮饷，且暂免其租”。所谓议征剿，“谓：海寇日帜（炽），皆有司招抚之说误之，如贼首五端、黄世桥辈，旋伏旋起，遂成不制，今宜劾（敕）守臣一意征剿而宥其协从者”。所谓预海防，“谓：广中御寇，多资新会、顺德、东莞等处乌艚、横江等舡。在昔舡户有轮差之便，无纳税之苦。今既课其税，而复役之如故，民不能堪。宜复其轮差，而不入其税”。所谓核功实，“谓：军中虚张捷报，隐匿失事，争取首级，妄杀平民，皆宜亟禁”。所谓专责成，“谓：广中军法不振，荡平无期，宜责督抚，申明纪律。今后有怯敌偾事，都指挥以下，斩首。阵前，总副等官取死罪案奏请，而督抚等官不能策励荡平者，纪功御史论之。
御史故纵者，科道论之”。这些建议，均被明廷采纳。隆庆六年（1572）五月，刑科给事中秦舜翰条陈广东内治六事，请求恢复旧水寨。他说：“沿海备倭卫所，旧有战舡四十五只，舡卒百人，是为水寨，宜修复之便。”
朝廷采纳了他的建议。六月，提督两广军务兵部右侍郎殷正茂上书，请求增设将领。他说：“议欲东西设立游兵参将二员，及雷、廉、潮、惠等地方各添设参将、守备、把总等官，庶分布既密，剿捕无难。山海之间，盗贼自息。”兵部复文同意他的意见。万历二年（1574）八月，提督两广都御史殷正茂提出练土兵和造战船的主张。他要求设练兵参将一员，招募土人，从中选出把总、哨官、哨队长，编成队伍，练成20营。关于制造战船，他说：“沿海六寨船只，时或漂溺，方行议造，缓不及事。”请求在肇庆府治近郭，建置船厂，预行制造，以济缓急之用。朝廷一一允行。
以上我们讲的都是关于增强广东海防之事，这是因为这个期间广东倭患较其他省份为重的缘故。实际其他地区这期间的海防也没有废弛，这点我们看一下万历二十年前后浙江沿海兵力的情况就清楚了。当时浙江有陆兵46总，军兵和民兵23232人，水兵34支，军兵和民兵30574人，大小舰船1117只。这时水兵和舰船数都比倭寇入侵前多得多。过去浙江只有“战船四百三十九”，而这时有战船1117只，是过去的两倍还多，由此可见海上防御力量增强的程度了。较强的海防使得入侵倭寇有的还没登陆就被歼灭，倭寇就自然衰弱了。
