倭寇的侵略既威胁到中国的领土主权，又使中国人民遭受巨大的灾难，当然也就必然激起热爱和平的中国人民的奋起反抗和斗争。经过十几年的斗争终于消灭了入侵的倭寇，恢复了东南沿海的宁静。人们在和平的阳光下劳动，社会又慢慢得以恢复和发展。
一、整饬海防朱纨（1494～1550），字子纯，号秋厓，苏州府长洲（今江苏苏州）人。正德十六年（1521）进士，除景州（治今河北景县）知州，嘉靖初，凋任开州（治今河南濮阳）。
嘉靖六年（1527）迁南京刑部员外郎，历任四川兵备副使、山东右布政使、广东左布政使。嘉靖二十五年（1546），擢石副都御史。嘉靖二十六年（1547），浙江、福建倭患大作，巡按御史杨九泽奏言：“浙江宁、绍、台、温皆枕山濒海，连延福建福、兴、泉、漳诸郡，时有倭患。沿海虽设卫所城池，控制要害，及巡海副使、备倭都司督兵捍御，但海寇出没无常，两省官僚不相统摄，制御之法终难画一。往岁从言官请，特命重臣巡视，数年安堵。近因废格，寇复滋蔓。抑且浙之处州与福之建宁，连岁矿寇流毒，每征兵追捕，二府护（互）委，事与海寇略同。臣谓巡视重臣。亟宜复设，然须辖福建、浙江，兼制广东潮州，专驻漳州，南可防御广东，北可控制浙江，庶威令易行，事权归一。”这一建议符合当时的实际情况，被明廷所采纳。
于是七月，改巡抚南赣汀漳都御史朱纨巡抚浙江兼管福建福、兴、建宁、漳、泉等处海道。嘉靖二十七年（1548）
四月，又据朱纨所请，给他旗牌，使其具有便宜行事的大权。
朱纨“清强峭直，勇于任事”。他到任后，“欲为国家杜乱源”，针对闽、浙地区的具体情况，采取了一系列整饬海防、消除倭患的措施。
其一，革渡船，严保甲。朱纨就任后，迅速了解到闽、浙沿海地区的著姓大族，与倭寇有勾结行为，一些乡官渡船往往与倭寇相为里表，共同劫掠财富。当地百姓虽然知情，却不敢报告官府，朱纨深深感到，要消除倭患，首先要割断倭寇与沿海大姓的联系，只有断其羽翼，削其势力，才能有效消除倭寇。福建按察司佥事项高向朱纨进言：“不革渡船则海道不可清，不严保甲则海防不可复。”朱纨采纳了这一建议，革渡船，严保甲，搜捕奸民，凡私造双樯大船，都予以毁掉，他公开贴出告示，宣布“先之以不追既往，继之以赏罚利害”。严格禁止船只出海，查禁一切渡船，禁止与倭寇往来。同时，严格保甲制度，搜捕勾结倭寇之人。这一措施实行后，迅速收到成效。“旬月之间，虽月港、云霄、诏安、梅岭等处，素称难制，俱就约束。府县各官，交口称便，虽知县林松先慢其令，亦称今日躬行，大有所得。”
其二，整顿军队，加强海防军事力量。朱纨在闽、浙还设置了某些防御设施，添置了战船，并培养了一支训练有素的部队，分驻在各海防要塞。沿海各水寨、港澳、巡检司，原有舰船破损严重，数量锐减。朱纨首先令各寨澳清查、修复破损舰船、福建铜山等水寨原有舰船大部分已不存在，尚存的也不能出海，而经过整顿之后，铜山水寨能出海的船10只，玄钟澳5只，浯屿寨15只，南日山4只，小埕7只，烽火门13只，各寨存修的还共有25只。
其次，估价收买能远洋航行的违式双桅大船，允作军舰。
在“革渡船”过程中，大量装有私货物的通倭船只被查禁，但有的装的是非走私物资，因其为双桅违式船只，也被查禁，数量多，涉及的船户广，不能一一惩治，于是朱纨决定“姑免问罪，量其船只高下，估价官买，给与官银，分给急缺战哨官船寨澳、巡司，编号公用”。如漳州府先后收买玄钟澳船户大船25只，尚准备买的有六鳌（在今福建漳浦东）船户的15只，海沧（在今福建澄海东北）
的9只，月港的1只：有的则对这些违禁船只暂时征用，然后采取估价收买的办法。如拨给镇海卫（在今福建龙海东南）9艘违禁船，出海巡逻，“攻捕夷船”，事后再作价收买。由于采取这些措施，使福建沿海的舰船充足，甚至有余，“可令浙寨估买”。再次，募乡兵，募民船，加强海防。当时沿海卫所军队孱弱，对舰船不够爱护，“旬月之间，非其蓬舵之破，则必绳楫之缺”，不能出海。这使他感到，沿海“寨澳之军不可用，而必募乡兵”，“寨澳之船亦不可用，而必募民船”。即对那些违禁之船不予没收，官予低价收买编号，船只的保养、驾驶由原船主负责，派将官督领，禁绝其非法走私及与倭寇勾结，平时分成三班，一班值勤出海巡罗，二、三班在附近从事生产活动，二班值勤，一、三班从事生产活动，遇有紧急情况，全部听官军调动出战。这样既可免除官军平时保养不善，船只破损的弊病，又有熟练人员驾驶船舰，便于对敌作战。第四，购买广东大船，作为旗舰，以壮军威。广东东莞的乌尾船以铁犁木制造，板厚7寸，长10丈，阔3丈余，“其硬如铁，触之无不碎，冲之不破，远可支六七十年，近亦可耐五十年”。采用这种“木坚可以经久，广大可以壮威，冲击可以必胜”的战舰，将有力地加强沿海的防卫。但是朱纨的这些措施，因其不久被诬陷去职，竟没能完全贯彻执行。
朱纨不仅注意添置战舰，加强海上防御，对沿海岸上防御也十分重视。凡防御疏漏之处，该添置寨所的加以添置，该调整防务的加以调整，以使倭寇即使在海上不被歼灭，也难登岸劫掠地方。如福建福宁州的防卫原有沙埕（在今福建福鼎东南）、烽火门、官井洋（在今福建宁德东二都澳内）等水寨、官井洋有一处为淡水，倭寇远渡大海之后，往往在此取水，但官井洋的防守军逐渐内移，遂使敌人逐渐深入，流劫地方。为防止倭寇劫掠，经当地官员详细勘察，决定在离官井洋10里的大箬头建立水寨。这样就可防止倭寇进入官井洋，保卫其附近的安全。
随之附近寨所的兵力也加以调整，使整个福宁州的防卫有所加强。
朱纨还周密地部署兵力，严守沿海，防止敌人劫掠。
他令福建都指挥卢镗率福清兵船泊福宁州，遏守福建北部；海道副使柯乔以福清兵驻漳州，以遏倭寇南下入广之路；副使翁学渊驻福宁州；佥事余驻泉州；备倭黎秀驻金门所（在今福建金门岛上）；把总孙敖驻流江（在今福建福鼎东南），各分信地，水陆截捕，防范是严密的。
朱纨在加强军事防御的同时，总是尽量节约开支，以减轻百姓的负担，他说：“百凡供亿，皆出小民膏血，亦应常加点阅，使兵皆强壮，毋致闲旷，庶几地方有赖，不至浪费钱粮。”
其三，正确处理同日本的勘合贸易。嘉靖二十六年（1547）六月，日本贡使周良率船4只、人600来中国进行勘合贸易，不仅违背十年一贡的期限（前次入贡是嘉靖十八年），人数也大大超过。对此能否正确处理，将关系到沿海的安全，远在嘉靖二年（1523）的“争贡之役”已有明验。朱纨深谙此事，正确予以处置。第一，在进攻双屿之前，将贡使暂留宁波宾馆居住，使其不得出外劫掠，待到贡期，再送京城。第二，对超过的人数，略加赏赐，选择风顺时口令其回国，防止其骚扰沿海。第三，正确处理奸民的挑拨。当日本贡使进入宾馆后，有人投书，散布朱纨要杀贡使的流言，妄图激起日本贡使先发制人。朱纨妥善处理了这件事，严加防备，使日本贡使始终未能启衅。
二、双屿之捷及朱纨之死
我们前边已经讲过，葡萄牙（佛郎机）人被逐出广东后，转赴浙江、福建，并在双屿和浯屿建房屋，设立各种机构，把中国的土地视作他们领土，并同日本海盗、中国海盗（李光头、许栋等）相勾结，四出劫掠，既侵犯了中国的领土主权，又威胁了中国人民的生命财产安全。朱纨任巡抚后，为保卫百姓的生命财产安全和维护国家的领土主权，决心消灭盘踞在双屿港的东西方夷寇和勾引夷寇的海盗。
双屿东西两山对峙，南北俱有水道相通。水道入口处有小山作为屏障，港内空阔20余里，能避风涛，能泊舰船。夷寇和中国海盗在此修建了营房，置备了战舰，日夜派人扼守入口，是一个难以攻破的巢穴。朱纨鉴于这种情况，决定采取“合闽浙二省之兵，协力夹攻，待时而动”的作战方略。
福建都指挥卢镗长期驻守在沿海地区，对沿海情况十分熟悉。于是，朱纨于嘉靖二十七年（1548）四月将攻击双屿港的任务交给了卢镗。卢镗受命后，与海道副使魏一恭、备倭指挥刘恩至、张四维、张汉等，部署兵船，集结在双屿港外围，向港内夷寇挑战。夷寇最初坚壁不动。
四月七日，日落后，海雾迷漫，一片漆黑，夷寇和海盗乘机而出，待守的明军奋勇出击，大获全胜，俘斩溺死者数百人，生擒汉奸头目许六等。卢镗率军入港，焚毁港内战舰和营房。双屿港自此荡平，葡萄牙海盗和倭寇逃往福建浯屿。
双屿港被平后，朱纨欲于此地立营戍守，一劳永逸。
但附近以海为生的小民因此而失业，一些靠海获利的乡豪也乘机煽动沿海百姓的不满情绪，一时谣言四起。福建籍士兵也以为不便。五月，朱纨不得不依从众议，以木石将港口堵塞，使倭船不得入内。
双屿之捷后，朱纨令卢镗和海道副使柯乔继续追剿。
卢镗分兵，四月与倭寇战于九山大洋（今浙江象山东南韭山列岛附近海域），百户张烨为先锋，指挥张汉继其后，大败倭寇，俘斩倭酋稽天新四郎等55名，溺死无数。七月，汉奸许二与倭寇合拒官兵，把总王麟率兵与之鏖战，从寅时至午时战斗了七八个小时，俘斩敌80余人，敌赴水死者千数。
嘉靖二十八年（1549）正月，双屿逃往浯屿的葡萄牙人，在明军的压迫下退出浯屿。二月，又窜犯诏安。副使柯乔、都司卢镗与之战于走马溪（今福建沼安海滨），共擒斩200余人，其中既有葡萄牙人，也有勾结葡萄牙人的汉奸头目李光头等、朱纨根据当时情况，将李光头等斩首于演武场。
经过双屿之战、诏安之战，朱纨将葡萄牙人赶出了浙江、福建。葡萄牙人欲在浙、闽建立永久据点的企图破灭了，不得不再回到广东，于嘉靖三十三年借口进驻濠镜（今澳门），并逐渐把濠镜作为他们的永久据点。
朱纨出任巡抚，改变了过去闽、浙二省各行其是、各管本土、互不联系的分散状态，使闽、浙形成了完整的政治、军事区域，便于协调行动，有利于东南沿海的防务和对敌斗争。朱纨到任后，严格海禁，侵害了闽、浙沿海奸商的利益。这些奸商及其政治上的代言人，就造谣生非，极力诋毁朱纨的所作所为。双屿之捷后，“怨四起”，“摇惑人心，沮丧土气”，声称双屿之战被擒者并非贼党，而是良民，要求对他们从轻发落、日本贡使周良违期来贡，朱纨安置于嘉宾馆，就有人造谣生事，写匿名信投入馆中，声称“天子命都御史起兵诛使臣，可先发，夜杀都御史”。署府事推官张德熹的叔父张珠是通倭海盗，被朱纨执杀。张德熹便与朱纨作对，凡是被朱纨诛杀的人，张德熹皆为之收殓。闽人御史周亮与张德熹友善，便公报私仇，上书诬陷朱纨说：“纨原系浙江巡抚，所兼辖者止于福建海防，今每事遥制，诸司往来奔命，大为民扰。”给事中叶镗也上书说：“纨以一人兼辖二省，非独闽中供应不便，即如近日倭夷入贡，舣舟浙江海口，而纨方在福建督捕惠安等县流贼，彼此交急，简书狎至，纨一身奔命，已不能及矣。今闽、浙既设有海道专官，苟得其人，自不必用都御史，若不得已，不如两省各设一员。”
由于“福建多贤之乡，廷论素所倚重”，吏部认为：“浙江旧无巡抚，或遇有警，遣重臣巡视，事宁即止，今宜裁革巡抚，而复巡视旧制。”朱厚熜则说：“浙江巡抚，去岁无故添设，一时诸臣依违议覆，以致政体纷更。今依拟，朱纨仍改巡视，事宁回京。凡一切政务，巡按御史如旧规行。”于是，改任朱纨为浙江巡视，削弱了他的权力。诏安之捷后，处决勾结西番和倭寇的海盗头目李光头，御史陈九德劾朱纨“不俟奏覆，擅专刑戮，请治其罪，并坐镗及乔等”。朝廷竟听从陈九德所言，“纨罢职待勘，镗、乔等下所遣官讯之”，并决定派兵科给事中杜汝贞去察勘。朱纨闻知后，慷慨流涕说：“吾贫且病，又负气，不任对簿。纵天子不欲死我，闽、浙人必杀我。吾死，自决之，不须人也。”朱纨自撰圹志，作俟命词曰：“纠邪定乱，不负天子。功成身退，不负君子。古凶祸福，命而已矣。命如之何，丹心青史。一家非之，一国非之。人孰无死，维成吾是。”然后，抱恨吞药自杀，终年58岁。嘉靖二十九年（1550），杜汝贞勘察的结果认为，朱纨诏安之捷打的是满剌加国商人，“未尝有僭号流劫之事”，朱纨擅自诛杀，诚如御史陈九德所弹劾的那样。于是命逮朱纨，朱纨已死。柯乔、卢镗等均论死。但是正如后人指出的杜汝贞“盖不知满剌加即佛郎机也”。
朱纨确是一个勇于任事的官员，在任职的短短时间内，尽管“内负痛楚，旦夕不知死所”，依然顽强地整饬海防，既防止奸民同倭寇勾结，又维护传统的中日往来；
既加强沿海的水军建设，又注意沿海岸上的布防，防守严密，使沿海防务迅速得到加强。他倾力进剿西番和倭寇，取得了很大成绩，把葡萄牙人赶出了浙、闽，维护了国家的领土和主权，保卫了人民的生命财产安全。但正因为如此，他招致了奸豪的不满和攻击，正当“荡寇几尽”之时，被劾罢职。此后，“舶主豪右，唾手四起，倭患大作”。“自纨死，海禁复弛，佛郎机遂纵横海上无所忌。”“自是舶主土豪益白喜，为奸日甚，官司莫敢禁。”
“自纨死，罢巡视大臣不设，中外摇手不敢言海禁事。浙中卫所四十一，战船四百三十九，尺籍尽牦。纨招福清捕咨船四十余，分布海道，在台州海门卫者十有四，为黄岩外障。副使丁湛尽散遣之，撒备弛禁。未儿，海寇大作，毒东南者十余年。”到这个时候，人们才为朱纨之死而惋惜，人们才开始思念朱纨的功绩。
朱纨一生当中最大的功劳就是指挥明军收复了双屿和浯屿，维护了中国领土主权的完整。他是中国人与西方殖民主义者较量中的第一位英雄，值得人们永远怀念。他一生清廉，“十年中丞，田不亩辟，家徒壁立。曰：既尽节为官，岂能顾妻子乎”！这种高贵的品格，也值得人们敬仰。但是就是这样一位品格高尚的卫国保民斗士，没有死在御敌战场上，却死在了闽、浙权势之家和奸豪的构陷之中。这一历史悲剧的出现，是明中期政治腐败的恶果。
