军队是军阀体制的基础，是军阀们赖以存在的资本，西北回族军阀也不例外。马鸿逵对宁夏的统治，就是完全建立在军事专制基础之上的。为了巩固自己的独裁统治，他极为重视对军队的控制。
前面讲过，马鸿逵在改组省政府时，逐步改变了自父兄以来沿用不替的“甘、马、河、回”的用人标准，引进了一些“他山之石”。但对带兵的高级军官，马鸿逵任用的条件基本上还是坚持“甘、马、河、回”的标准，除马部第一二八军军长卢忠良外，马鸿逵的高级将领如马全良、马宝琳、马英才、马光宗、马如龙等，均是符合这个条件的。他家族中的人，如马福寿、马鸿炳、马敦厚、马敦静、马敦仁、马家骅等，既无军功，也无威望，只凭血统，就担任军长、师长、旅长等要职。但随着在宁夏统治的持续，军队数量的增大，马鸿逵的旧属多升为高级军官，中下级军官缺乏，马鸿逵害怕蒋系军校学员影响其军队的地方集团主义，因而拒不任用外地军校毕业生。为了加强对军队的控制，马鸿逵采取了很多办法。
为了解决中下级军官缺乏的问题，马鸿逵便以其传令兵作为培植中级军官的机构。不少团营长都是背枪守卫过他的传令兵。其次是教导团毕业的学生，马鸿逵在军队中连续举办过多期军官教导团。教导团学员分为两部分：一些是马家军中的下级军官，一些是宁夏中学毕业生中选拔的参军者。这些人经过培训后，有不少当了中下级军官。他们虽多非“甘、马、河、回”，但马鸿逵认为是自己培养起来的，比蒋介石派来的军校和陆军大学的学生可靠得多。对于被提升的下级军官，都要经过严格的考核，其中就是要看是否熟悉马鸿逵指定的四套架操———屈身上、摇动转回、倒立、车轮。当时马鸿逵的部队中普遍流传着这样几句顺口溜“：摇动转回屈身上，倒立下来当排长。”这四套架操不下苦功是不易练成的，马鸿逵正是要通过它来考验是否服从他的命令，是否忠于他本人。马鸿逵考验部下的另一个办法，是看官兵能否接受他的打骂而无怨言。1941年，马鸿逵打算提升一六八师五○二团团长马万荣为骑兵第二旅旅长，但不知马万荣是否忠实于他。一次在新城集训部队时，借故将马万荣重打“背花”一顿。当时全场即纷传“好消息”，马万荣也深知其中的奥妙，不仅毫无悲怨表现，还立即向马鸿逵写了“悔过书”。不久，马万荣即升为骑兵第二旅旅长。马鸿逵对手下亲信十分专横野蛮，谁敢稍有不服，即遭排挤。无论是他的部下还是他的儿子，只要稍稍触犯了他，常常会遭到鞭打绳抽的处罚。马鸿逵曾两三次责打其次子马敦静，漫骂之后，立呼宪兵执行。一次，又要责打儿子，当时建设厅长马如龙提议说“：大家跪下来替二爷求个情吧！”于是全体军政人员及士绅一起跪倒，马训斥一番，始作罢论。据说时任教育厅长的时子周（南京政府派来的），在全体军政头目跪倒一院子求情时，他却昂然站立，大概心里想：你打你的儿子，关我何事。结果后来被马鸿逵寻隙赶走。
为了控制军权，马鸿逵制定《军人规范》259条，要求官兵绝对服从。后来，为进一步愚弄官兵，又制定所谓《新生命》印在布条上，令官兵钉在左右衣袖上。1935年，又印制宣誓词一大幅，规定了5条“甘愿自杀”和5条“甘愿受严厉惩办”的禁令，令官佐缝在军服左衣襟里面，随时背诵考问。他还颁布什么《指示私德修养令》《改过迁善存诚去伪令》等，宣扬什么“诸葛亮鞠躬尽瘁，死而后已”，“郭汾阳（即郭子仪）肃清安史，功盖天下主不疑，位极人臣而众不嫉”，要官兵永远效忠他个人，使他这个“塞上土皇帝”能够子而孙、孙而子的永远传下去。1947年，马鸿逵还对自己这支队伍的接班人问题做了安排，他先把自己兼任的十一军军长职务传给次子马敦静，又安排了第三代孙子辈的接班问题，让长子马敦厚的儿子马家骅（17岁）当了上校团长。马鸿逵说“：我这个家业由老二接班，第三代应该由老大一代继承。老二无子，又接了我这一代的班，所以第三代让家骅接班也公平。”后送马家骅到重庆陆军大学学习，让他做好接第三代班的准备。
马鸿逵为了进一步把军队培植成他的忠实工具，于1938年以会道门形式，在部队中成立了“心范会”组织，订有章程11章24条，鼓吹“以礼义廉耻为准则，以修齐治平为目的”，企图用封建的忠孝观麻痹、愚弄、欺骗部下，为他效忠。为强化这种思想，马鸿逵自兼会长，他的参谋长及8个旅长兼任副会长。全军尉官以上官佐，均要由主官及同僚5人，互相保荐入会。还规定了“八项纪律”，着重规定会员不得加入其他党派和会道门。会员如违反“心范会”的纪律，5个介绍人均受连坐处分。抗战时期，马鸿逵主持制定了《平时简明军律》《战时简明军律》《战时连坐法》《官兵惩罚条例》《军人规范》等一系列军律规章，把保甲制度移植到军队，使官兵及士兵之间互相监督、互相制约。
马鸿逵统治宁夏17年，这支集民族、宗教、血缘诸种关系于一体的“马家军”，成了马鸿逵统治宁夏的专政工具。
