1月：
5日，清廷命贻谷督办晋边垦务。山东章邱黄河决口处合龙。
7日，西太后、光绪抵京师。
8日，皇帝下诏追封珍妃为贵妃。（珍妃于1900年8月被西太后秘密处死于井中）。命翰、詹、科、道及各署司员预备召见。
10日，派张百熙为管学大臣。命王文韶仍督路矿，瞿鸿玑、张翼副之，袁世凯督办关内外铁路事宜，胡燏棻为会办。
12日，设外务部左右丞、左右参议，以瑞良等出任。
13日，申谕中外臣工，重邦交，安民、教。
同日，以结纳拳民误国，罢左副都御史何乃莹、侍讲学士彭清藜、编修王龙文、知府连文冲、曾廉职。
17日，皇室祭大社、大稷；遣睿亲王魁斌等告祭于方泽（地坛），朝日坛，夕月坛。
19日，命袁世凯参预政务处。
21日，命镇国将军载振充赴英国专使，贺英王加冕，旋晋升载振为贝子衔。
28日，孙中山自日本抵达香港，住《中国日报》社。但香港政府，违背规定，劝其离开香港。孙中山复又返回日本；在日本与中国留日学生接触，争取学生加入革命运动。光绪于乾清宫见各国公使。
31日，命瞿鸿玑为军机大臣。授孙家鼐为体仁阁大学士：
本月，赈济两宫路过地区贫民。赈广西等地灾。
2月：
1日，西太后、光绪于养心殿接见各国公使及其夫人；朝廷下诏准许满汉通婚。
7日，光绪至保和殿，筵宴蒙古王公及文武大臣。
8日，梁启超主办之《新民丛报》在日本横滨出版，仍宣传变法维新，并反对革命。
13日，朝廷派吴汝纶为京师大学堂总教习。
17日，光绪祈谷于上帝。
19日，四川提督宋庆卒，追封三等男爵。
23日，命张翼总办路矿事宜，王文韶、瞿鸿玑为督理；命吕海寰会同盛宣怀协议商约。
24日，罢东河河道总督缺；命各省大吏清理屯田，改屯饷为丁粮；撤卫官为营；屯丁、运输兵，一并罢除之。
同日，谕各省设立农工学堂。
3月：
6日，罢詹事府、通政使司，前者归并翰林院。
本月，清政府下令保护出洋回国华商。
直隶总督袁世凯、两江总督张之洞奏请递减科举。
10日，命张德彝为赴日斯巴尼亚（西班牙）专使，贺其国君加冕。
11日，朝廷谕命各省尽快设立学堂及武备学堂。
同日，命各出使大臣查取各国通行律例；责成袁世凯、刘坤一、张之洞慎选人才，保送来京听用。开馆编纂新律法。
12日，广西发生杀死法国军官事件。
28日，刘坤一乞疾免，慰留。
本月。盛宣怀奏请设立勘矿公司。朝廷允准。
4月：
8日，奕劻、王文韶与俄国驻华公使雷萨尔议订收回东三省条约成立；共四款：
（一）东三省各地，仍同俄军未占领时一样，回归中国版图，归中国政府治理。（二）俄国军队在一年半内，分三期撤走。（三）俄军撤退前，中国在东三省驻军数目、驻地，必须与俄军商定，俄军撤退后，中国在东三省兵力之增减，应随时知照俄国政府。（四）俄国交还山海关、营口、新民屯沿线铁路，清政府予以赔偿。
此条约之二、三条，有损中国主权。即使如此，俄国仍不执行。1903年4月，第二期撤兵时，沙俄不但不按约撤兵，反而增兵八百人至东安，重新占领营口。并又向清政府提出俄国交还中国之领土，中国不得以任何形式转让他国等七条，清政府予以拒绝。沙俄则借此废除《交收东三省条约》，重新侵占奉天。
11日，光绪于乾清官见意大利使臣戛厘纳。
12日，光绪于先农坛亲耕耤田。
26日，章炳麟等于日本东京上野精养轩举行中夏亡国二百四十二周年纪念会，发表宣言号召推翻满清政府。宣言曰：“愿吾滇人勿忘李定国；愿吾闽人勿忘郑成功；愿吾越人勿忘张煌言；愿吾桂人勿忘瞿式耜；愿吾楚人勿忘何腾蛟；愿辽人勿忘李成梁……庶几陆沉之痛，不远而复”；强调反满复汉之种族革命，未言民主政治。孙中山亦与华侨十余人参加此会。香港《中国日报》（陈少白主办），将此宣言刊登，以广宣传。章炳麟（1869～1936），字枚叔，号太炎，浙江余杭人，大儒俞樾之学生。1897年任上海《时务报》撰述，拥护变法维新。戊戌政变后被通缉，逃亡日本，刊印《訄书》。1900年参加上海张园会议，矢志革命，又被追捕亡命日本。1903年于上海爱国学社讲学，与邹容成为忘年交，为《革命军》写序言，入狱。1904年于狱中策动组织光复会。1906年出狱赴日本参加同盟会。1912年为南京临时政府顾问。参加护国、护法之役后，脱离革命，组织孔教会。“九一八”后，支持学生抗日运动。1936年逝世于苏州。
本年春，免宣威、昆明、齐齐哈尔、墨尔根旗屯灾赋；免陕西榆林等处欠赋，西安等厅、县秋粮十分之二。
5月：
9日，光绪于乾清宫见俄国公使雷萨尔。
13日，命沈家本、伍廷芳参订现行法律。
15日，李经羲以陈奏失言，免云南巡抚职，下部议处。
19日，命许珏充出使意大利国大臣，吴德章充出使奥地利国大臣，杨兆望充出使比利时国大臣。
21日，裁去清宫银、缎匹、颜料三库，裁撤管库大臣职位。
25日，日寇于台湾屠杀抗日俘虏二百六十五人。日寇侵占台湾后，于1898年由儿玉原太郎任台湾总督。民政官为后藤新平，后藤上任后，改变强力镇压的政策，采用怀柔、诱骗、分化政策，对付台湾抗日义军与抗日民众。在此政策下，该年7月，有宜兰林江旺率部三百人投降；8月，北部陈菊秋率千余人投降。台湾北部抗日义军瓦解。
本年（1902）年11月日寇转向台中地区，对云林、温水溪、高雄、凤山地区抗日军进行围攻，至12月，日寇杀害台湾同胞两千余人，伤者不可胜计，烧民房五千八百余间。日寇诱骗投降战俘二百六十五人，于“归顺场”屠杀净尽。继之，又诱杀“归顺之台湾民众”四千余人。对此，后藤也不讳言，他供认以“归顺方法屠杀俘虏之事实”，“把他们杀得干干净净”。
30日，日寇殖民当局对“归顺”之林少猫部驻地后壁林，进行血洗。先是林少猫部抗日义军在大势已去情势下于1899年5月中旬，依据“归顺条款”，“归顺”日寇殖民当局，并有《十条件准许书》为凭。据此条件，林可率归部迁居后壁林等地区，该地区，土地荒芜，林率部来此后，即行开荒种植，兴修水利，并设立游乐场、商店等福利设施，以为久计，但日寇并无诚意，只是一种诱骗和权宜之计，早存杀机。至本年本日，日寇即对后壁林肆行炮击，占领后壁林后，即将此地二百三十一人屠杀净尽，其中有妇女三十一人，儿童十五人。林少猫战死。与此同时，日寇又于凤山、屏东地区进行搜索屠杀，至6月4日，又将林之旧部四百人完全杀光，其中亦有嫌疑人在内。此后，台湾大规模之武装抗日活动结束，但台湾同胞的其他抗日活动仍然继续进行，并与大陆反清革命运动相呼应。
6月：
8日，清廷实授袁世凯直隶总督兼北洋大臣。
10日，光绪于颐和园乐寿堂见各国公使。
12日，广西有众反清，攻克皈朝，清廷派云南清军镇压。
22日，夏至，光绪祭地于方泽。
24日，光绪于乾清宫见美国公使康格等。
7月：
12日，命孙宝琦充出使法国大臣，胡惟德充出使俄国大臣，梁诚充出使美、日、秘大臣。
26日，光绪于乾清官见美国公使康格及博览会会长巴礼德。
27日，命张之洞为督办商务大臣。
本月，赈四川南充、简阳等县灾。
本年夏，京师大学堂总教习吴汝纶赴日本考察教育四个月，写成《东游丛录》一书。归国后其学生为之编成《东游日报译编》一书，两书对清末教育有重大影响。
8月：
4日，奎俊开缺，命岑春煊为四川总督。时四川资阳等处民变蜂起，烧毁教堂。奎俊不能控制，故以岑代之，岑上任后，川省平定。
15日，张百熙奏呈学堂章程颁发。
22日，袁世凯奏报朝廷，八国联军交还天津，袁照约接受。
29日，移云南迤西道之衙署驻腾越兼监督关务。
本月，清廷命袁世凯督办津、镇铁路，并与德国德华银行、英国汇丰银行订立详细借款合同。
因义和团拆毁自京师至津沽、张家口、保定、山海关之电线，盛宣怀奏请筹巨资购造水陆各重要电线，并予以保护。
9月：
4日，中英通商行船条约签订。
12日，袁世凯奏请裁除陋规增加公费，并令他省仿行。
17日，黄河决口利津、寿张等处。
21日，加贻谷理藩院尚书衔，命办理各蒙旗开垦事宜。
23日，光绪于仁寿殿见德国公使葛尔士等。
24日，黄河决口于山东惠民。
10月：
5日，清政府命各省选择学生，派往欧美各国学习专门学科。
7日，两江总督兼南洋大臣刘坤一卒，追封一等男，赠太傅。命张之洞代理两江总督，兼南洋大臣；盛宣怀与华俄银行订立正太铁路借款合同，该路自正定至太原，归俄国经营，而实为法国资本；以端方代理湖广总督。免天津被兵新旧额赋。
21日，光绪见法国公使贾那斯等于仁寿殿，复见各国公使于仁寿殿。
26日，命袁世凯兼充督办商务大臣，伍廷芳副之，并兼议各国商约。
31日，派汪大燮为中国赴日留学生总监督。
本年秋。上海成立中国教育会，其宗旨为教育中国国民高其人格，恢复国权，反清革命；与爱国学社互相合作，掀起反清革命风潮，为东南学界革命大本营。
清廷拨库银三十万两，续拨义赈十二万两，一并于四川备赈；又赈鲁、粤、滇、闽、黔各省水灾。
11月：
1日，中英商约成立。
2日，湖南都司刘长儒以不保护教士罪名，处斩。
16日，北洋铸造银元总局开铸银元。
同日，爱国学社于上海成立，学社总理为蔡元培。本年秋，上海南洋公学学生，因不满校方禁止学生阅读新书、西书和《新民丛报》等，全体退学以示抗议。章太炎、蔡元培、吴敬恒、黄宗仰等主持成立爱国学社，收留所有退学学生入社学习。在上海之犹太富商哈同，曾捐款资助学生们与爱国学社。当时有人对此次退学风潮有如下评论：“学生者，国家所以生存之要素。今教习悍然以奴隶待学生，为种种之束缚，总办复顽钝，压抑学生言论之自由。是（此）等奴隶教育，凡为国民，谁能堪之。我辈居此何为？夫我国学校，专制之轭，实我学生社会之公敌……大陆专制国惟我国与俄国……今日之事，为我学生脱离专制之新纪元。”此后苏州吴中公学、杭州两浙公学成立，学生均高谈革命而无顾忌。
蔡元培（1868～1940），浙江省绍兴人，进士出身。1912年，中华民国南京临时政府成立，任教育总长。1917年任北京大学校长，提倡学术自由，对各家各派新与旧均采兼容并包方针，促成一代百家争鸣之学术鼎盛局面，对中国近代教育与科学研究事业，有重大贡献。其著作有《蔡元培选集》。
本月，云南剑川、鹤庆州地震。
12月：
1日，清政府命自明年会试始，凡授修撰编修及改庶吉士用部属中书者，必须肄业于京师大学堂，待得到文凭，始许散馆及奏留。各省知县亦各入课吏馆学习。
2日，命有泰为驻藏大臣。
4日，调魏光焘为两江总督兼南洋大臣。
本月：光绪于乾清宫见法国公使吕班、美国公使康格。
本年，《游学译编》、《国民报》、《大陆月刊》、《新湖南》、《新广东》等大力宣传反清革命与民主政治学说之报刊出版。蔡元培创办爱国女学于上海。陈撷芬创办《女学报》月刊，为中国第一份女报，要求妇女之自由平等。求新机器造船厂设于上海，至1910年造船二十余艘，第一次世界大战中，制造三千吨船两艘。
广西哥老会陆亚发起义反清。提出“劫富济贫”口号，占领二十余城镇，声势浩大。次年，义军攻克土州、东兰州、怀远等城，省城桂林震动。12月，两广总督岑春煊集中粤桂滇黔四省清军镇压义军。至1904年，义军以南宁、柳州为二中心，迅速扩大至广西全省，及湘黔边区。清廷又调集湘粤滇黔鄂五省军队围攻义军。1905年，义军失败，余部退入滇黔边界，继续斗争，次年参加同盟会领导之钦廉起义。
梁启超主编之文艺月刊《新小说》创刊于日本东京，次年改于上海出版。该刊亦涉及中国时局与社会问题，宣传改良主义，后于1905年12月停刊，共出二十四期。
湖南邵阳民众在贺金声领导下，组成“大汉佑民灭洋军”，以灭洋教为宗旨，并发布《奉劝各国揭帖》，要他们将所立教堂速自拆除，以快人心，以固和局。并致信湖南巡抚俞廉三说明道理，还要求邵阳县将德国传教士康满交出来。俞巡抚将贺诱到省城予以杀害。又将灭洋军其他首领粟道生、赵学奎等逮捕下狱；灭洋军失败。
直隶广宗、巨鹿、南宫、威县地区农民，在景廷宾领导下，提出“扫清灭洋”口号，以推翻清政府和赶走外国侵略者为旗帜，但坚持未久亦被镇压而失败。
兴中会会员李纪堂、谢赞泰与洪全福（洪秀全从侄）联络广东会党，筹划次年1月发动起义，为此，于广州建立秘密机关，组织五路军队，并印发“大明顺天南粤大将军”告示。旋因事泄，运械船只与机关均被破获，会党多人被捕，梁慕义被杀，此次活动，称为“壬寅洪全福广州之役”。
本年冬，孙中山于日本东京对中国留日学生马君武、刘成禺说明革命必须与排满相结合。孙中山说：“名不正，则言不顺……民族革命要在排满，舍排满而言革命，岂能唤起国内人民之清醒乎？今有一机会，元旦学会团拜……君武与成禺能提出排满二字救中国，大放其词，自能震动清廷，风靡全国。”马、刘于此年1月29日，团拜会上，倡言排满以救中国。与此同时，东京中国留日学生王家驹、张继、蒋方震、叶澜等二十余人组建青年会，以少年意大利革命之志，倡言推翻清政府，并编译《法兰西大革命史》，编写《中华民族志》等书。
