清初建国后，官制沿袭明制，但设议政大臣取代内阁之实权，一切由议政大臣会议具奏，此大臣尽为满人充当。康熙（1662年至1723年）始设南书房于乾清门右阶之下，负责拟定谕旨，则内阁如同虚置。至于雍正时（1723年至1735年）开始设立军机处于隆宗门内，选大学士及尚书、侍郎（均为帝王心腹之臣）为军机大臣，使之参议机密重事，则内阁正式名存而实废。凡不入军机处者，均为闲员。但大学士之品级则分三等（太保、太傅、太师）。满人大学士、尚书之官，均兼议政虚衔，不入军机处，亦等于闲员。至1791年（乾隆五十六年）则将此议政虚衔亦除。
乾隆时期（1736年至1795年），拟旨仍由军机大臣亲自执笔，以后至于嘉庆时期（1796年至1821年），军机大臣张廷玉荐举汪由敦代劳。汪由敦则亦嫌劳顿又推给司员代拟谕旨，相沿日久，拟旨成为军机章京之专职。军机章京亦迅速增加至满汉各十六人，分为二班值勤，每班领班称“达拉密”。额外章京无定员，此制至清末未变。此外清朝之中央，又添设理藩院、内务府，并将宗人府、内务府、詹事府（理东宫之教学）、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺、太医院划归帝室宫内私自管辖。另外还有銮仪卫等机构。
清代中央官制的直辖系统，自雍正而后与明制有较大差异。
皇帝之下，直辖大臣为军机大臣，非三公之臣；内阁已成为虚名和荣誉机构，只负责宣布诏旨。其系统已为：
皇帝：
内阁（颁旨、执行）
军机处（议政、拟旨）
都察院（监察）
内阁下为六部以及理藩院、翰林院、通政司、国子监、钦天监等。
清初内阁：以六殿阁之名设六殿大学士。乾隆十三年（1748年），裁中和殿大学士，增设体仁阁大学士。此六殿阁大学士为：体仁阁大学士、保和殿大学士、文华阁大学士、武英殿大学士、文渊阁大学士、东阁大学士。各大学士设满汉各二员，清初期满人大学士为一品，汉人大学士为二品，未久，顺治十五年（1661年）满汉大学士均为正二品，雍正八年又均升为正一品，均为特任官，并兼六部尚书衔（以后又不再兼此衔）。雍正还设协办大学士满汉各一员，以六部尚书兼充，佐理大学士之阁务。大学士之下，又设学士，满人六员，汉人四员，兼礼部侍郎衔，其下又有侍读学士，满四员蒙二员汉二员，总计八人；以上为内阁主要官吏。以下又有侍读、典籍、中书等等，负责缮写、翻译、签署文件、记载谕旨、撰文等事。
六部：各部设尚书，满汉各一员。左、右侍郎满汉各一员。此外各部又设有郎中、员外郎。
都察院：专司纠劾百官，直隶皇帝和军机处，各省大员无权干预，是天子之耳目，为其监督百官。该院设有左都御史，满汉各一员，左副都御史，满汉各二员，右都御史、右副都御史同前。其下有掌印给事中、掌印监察御史、江南道监察御史、山东道监察御史等各若干员。
翰林院：设掌院学士二员，侍读学士六员，侍讲学士六员，侍读、侍讲各六员。此外还有经筵讲官、日讲起居注官等。
国子监：祭酒二员。
钦天监：监正二员。
通政使司：接受内外奏章，转送内阁，设通政使二员，副使二员。
地方官：元朝始设各行省，明代因之，清代承之，以省为地方最高行政机构，设十八省。省下为道，道下为府，府下为县、厅、州（三者为一个层级），道下有直隶之厅和州。十八省之外，又有特别行政区。它包括以下各部分：顺天府、盛京、吉林、黑龙江；藩部（新疆、蒙古、西藏、青海）。晚清，又将新疆、青海、吉林、黑龙江划为省。此外还有土司（少数民族官制）。
清代各省，有的有总督，有巡抚，有的省则只有巡抚，而无总督，有的省则只有总督而无巡抚。总督辖一省或二省。甚至三省之多。总督，正二品，综理军、政诸事，为地方最高长官，主管辖区一切内政、外交、军事、经济、考核、监督等。巡抚为从二品，其职责与总督略同，此外则具体管理关税、盐政、漕政，与总督之职略为平等，有时独掌一省，则同于总督。
总督、巡抚之下为布政使司、按察使司、提学使司、特别道员（专负特别职责），为省之机构与官员。特别道员为从三品或正四品，在府之上，多有专门职务，而非一般牧民地方官，计有督粮道、盐法道、驿传道、海关道、屯田道、茶马道、兵备道等。
一般道员，为省下第二级行政区长官。下辖数府，其责为弹压地方、监督属官，为（总）督、（巡）抚布政。府官为知府。州官为知州，县官为知县。厅与州、县同。
清代中央派遣官：主要为将军、参赞大臣、领队大臣、协理大臣、办事大臣、协办大臣、都统、副都统，多派遣到边疆重地。镇守一方。将军品级为正一品到二品，将军之下为都尉，正三品到从四品。
清代中央特设官：甲、漕运总督：一员，正二品，加尚书衔为从一品，其下设：（一）巡漕御史，于淮安、济宁、天津、通州各设一员，负责稽察（以科道简充此职）。（二）督粮道，江南二员。山东、河南、江西、浙江、湖南、湖北各一员，负责督察粮运之事。（三）管粮和押运同知通判。此外还下设管粮同知、管粮通判、押运同通判等职，分管各地。并有武职人员（副将、游击等）负责押运守备。
乙、河道总督：正二品，加尚书衔从一品，共有二员：江南一员，山东与河南一员，直隶以总督兼管。此制于雍正七年确立。此官员，专司治理疏浚河道等事。两总督，其初均兼兵部尚书、左都御史衔，乾隆四十八年（1783年），改兼兵部侍郎，右副都御史衔。其下设：（一）江南河库道、江苏淮扬道、直隶永定道，专司河务。（二）直隶清河道、霸昌道、通永道、天津道、大名道、江南之淮徐海道、河南之开归陈许道、河北道等，均以巡道兼管河务。（三）其余理河或兼理之官尚有：同知、通判、州判、县丞、主簿、巡检、吏目、典史、兼管河务知县等等。（四）河标武职：副将、参将、游击、都司、守备、千总、把总等职，率军守护。
丙、藩部与土司：（一）内蒙：设东四盟、西二盟；共六盟、二十四部、四十九旗（合部为盟，合旗为部）。（二）外蒙设四部：喀尔喀、杜尔伯特、土尔扈特、和硕特。此内外蒙基本自治。（三）青海：魏、晋时期，为诸戎所居住之地。隋、唐以来，有土谷浑番兴起。明朝初年遣官招抚，授番酋以卫所指挥、佥事之职，并与之互市，许其朝贡。清初，厄鲁特部顾实汗据青海，对清通好。其后裔将青海分为左右两地区，部落散处各地。康熙时，青海各台吉内附，多封以王、贝勒、贝子、公、台吉等爵，计有和硕特、绰罗斯、辉特、土尔扈特、喀尔喀诸部，各部不设盟长，而以西宁办事大臣统摄之。（四）西藏：自康熙时起，永为中国藩属，共有四部：康、卫、藏、阿里。达赖领有前藏，即康、卫之地区，班禅领有后藏，即藏、阿里地区。达赖、班禅为自治宗教领袖，行政官亦为其属下，但行政官则由清驻藏大臣与达赖、班禅合议其任免，达赖，班禅不得单独决定任免事项。（五）土官：云、贵、川、桂之少数民族、设土州县以其酋长子孙世袭此官。以后因文化进步，而有的土州县，改为不世袭之普通官厅，谓之改土为流（流官即通行之官）。（六）土司：为少数民族之酋长，亦世袭，为武官（土官为文官），其职比土官略高，常附有指挥使或宣慰使之职衔，为三品至五品之官秩，受所在之府与州、县、厅之管辖。其辅佐之官则有同知、佥使、佥事等职。
