对于蒋介石改造国民党的用心，蒋经国知之甚深。在蒋经国1949年的日记中有多处关于其父思考国民党改造的记载。如在1月22日，他写道：“父亲对于本党改造方案，特别研讨。”29日，又记载说：“父亲认为，本党非彻底再造，断不能从事复兴革命工作。”[14]正因为了解其父改造国民党的决心，蒋经国曾苦思国民党改造方案，为蒋介石提供具体意见。其实，早在1948年，蒋经国已经成为蒋介石的重要智囊，不断为蒋介石重组国民党提供建议，而蒋介石则有意让蒋经国出任组织部长一职，从事国民党的改组。
1948年5月1日，蒋经国写信给蒋介石说：“李之当选为‘副总统’，实为我最大之耻辱。但为求今日问题之解决，似应重理智而不重感情，并须坚定步伐而不乱。关于党之改组问题，于今晚曾与果夫、立夫二兄作详细之商谈，拟明日继续再谈，俟有结果再呈报。”[15]5月4日，蒋经国再次给蒋介石写信，阐述其不能出任组织部长之原因。他在信中声称：[16]
时至今日，整顿党之组织藉以团结忠诚之同志实为第一要务。大人征询担任组织部长一节，经再四思维，值此艰苦危乱之际，自应量力以为。盖若干年来，儿对于工作从未为之选择，且亦无任何顾虑，但今日为大人计，似又不能不作以下之考虑：一、最近“共匪”以国民党称为“蒋党”，如以儿担任组织部长一职，恐将授“共匪”在宣传上以口实。二、党内派别日见分歧，如儿出任斯职，外间必将认为大人除儿以外再无可信任之人，恐使纷争之象更为加剧。三、党内干部对大人不满之倾向似日渐滋长，此举未必为彼等所接受，若勉强行之必将引起更大之阻碍。四、儿过去在青年团之失败固因环境之恶劣有以使然，但儿之不善于党派之争斗以及人事之应付亦为失败原因之一，此乃儿不得不自反者也。基此各项原因，党的工作如再次失败则儿将不复再有抬头之机会，即大人有栽植之心，恐亦未必有可能者。
兹经深思之后，试拟改组人事如下，未识可否：一、中央党部秘书长由张厉生先生担任。二、组织部长由谷正纲先生担任。三、内政部长如无适当人选似可由唐纵同志担任。四、社会部长由郑彦棻同志担任，并透过社会部以形成新的力量。
至儿今后之工作究在中央抑在地方，当请大人权衡轻重，予以决定。儿个人之愿望，甚想从事地方行政工作，但深虑国内环境日见恶劣，在大人处此国事忧虑丛集之时实不愿远离大人膝下而远行。一切皆请大人决定，必惟命是从。
蒋介石1949年下野回到溪口后，又命蒋经国草拟党的改造方案。为此，蒋经国起草了《组织意见书》呈交其父审阅。3月19日，蒋经国在日记中说：
我的《组织意见书》亦于下午奉父亲批示，应该注意下列各点：
（一）应谦严而不狭小，应切实而不求速效。
（二）组织应以干部自动发起，不能由领袖命令行事。
（三）青年运动之起点，在组训流亡学生。
我即又草拟《重整革命之初步组织的意见书》，呈送父亲参考。父亲认为可以采用，但以各部主管人选不易物色为虑。
6月蒋氏父子迁台后，蒋介石对党的改造和组织干部的选用问题更加关注。6月9日，蒋经国在日记中说：“父亲一再追问组织如何策进，内心非常惶恐。”经过深思，蒋经国就党政干部的组训和任用向蒋介石提出许多建议。
对于新组训的干部，蒋经国认为必须脱离国民党的旧组织，只有另起炉灶，方能取得成效。他说：“凡大人令办之事无不设法妥速办理，惟有关于组训干部之工作，至今尚未积极进行，极感不安。目前从事于新的组织，如不脱离本党之组织形态恐难于形成，而吾人在此时是否根本抛弃旧组织之决心，此实为组织之先决条件，盖一般青年对于本党已完全失望矣。”
对于干部的任用，他向蒋介石建议说：“最好能选派得力人员出任地方行政官，切实推行革命政治，使一般青年人之希望有所寄托，在工作过程中即可形成组织，训练干部逐渐扩大，自可形成一种新力量。今日大局已定，将开始在长期中过苦痛之流亡生活，并从事于艰难之复兴工作。故实有加强侍从机构之必要，数日来儿曾会同济时、宏涛、圣煃诸兄对此问题详加研讨，并拟有具体之意见，即可呈请大人核阅，希望张其昀（理论研究），董显光、陶希圣（国内外宣传），林蔚（军事），唐纵（特工），王世杰（政治外交），诸先生能经常参加侍从工作。”
对于台湾省的行政主管，蒋经国认为陈诚不如俞大维。他说：“台湾之情况，从各方面深加观察，危机四伏，如不早改进，则将来可能发生变乱，以致不可收拾。辞修先生恐难负治理台省之重任，俞大维先生实为主持台省行政之适宜人选。”
他还对蒋介石建议，重新整合台湾的情报特务机构。他说：“今日人心日非，如何控制干部之思想与行动，以防背叛，以及防止社会与军队之变乱，实为目前之急务。故必须加强特工组织，使其能发挥力量，拟将军统与中统两局合组一非常行动委员会。谨将该方案附呈大人核示。”
对于他自己的任职，蒋经国也向其父表示：“关于儿之工作志愿，已略述于‘五月反省录’内，大人认为可以负责非常行动工作，则愿为之。在行政方面，出任民政厅长则不如担任市长工作。总之，一切皆以大人之命是从。”
蒋经国在党、政、军、特各方面的建议，很多后来都被蒋介石逐步采纳。
