重要撤台事项布置以后，蒋介石正式宣布下野。1949年1月21日中午，蒋介石约五院院长午宴。下午2时，在黄埔路官邸召开国民党中常会临时会议，宣布决心引退，并出示与副总统李宗仁的联名宣言。全文略谓：
中正毕生从事国民革命，服膺三民主义，自十五年由广州北伐，以至完成统一，无时不以保卫民族，实行民主为职志。
先后二十余年，只有对日之战，坚持到底；此外对内虽有时不得已而用兵，均不惜个人牺牲，一切忍让，为国从事，斑斑世所共见。
战事仍然未止，和平之目的不能达到。决定身先引退，以冀弥战消兵，解人民倒悬于万一。
21日下午4时，蒋介石在蒋经国等人的陪同下，飞抵杭州，进驻笕桥空军学校。当晚，他们在西湖边上的楼外楼接受浙江省主席陈仪宴请，蒋经国、陈诚等人相陪。蒋在日记中说：“与辞修、经儿同到西湖楼外楼聚餐，心地安闲，如释重负也。”晚宴后，返回空军学校，住天健北楼，由蒋经国随侍。入睡前，蒋介石告诉蒋经国说：“这样重的担子放下来了，心中轻松得多了。”然而，蒋经国听后却“无限感慨”！事实证明，蒋介石的下野，无论是对国民党还是蒋个人，都未必是件好事。
蒋介石的下野，对后来政局的发展产生了重要影响。一些对蒋介石忠诚的党政军干部纷纷致电表达支持蒋介石，对桂系表示不满，从而在国民党内部引起了新的纷争。陈立夫等人认为，“李宗仁居心可诛，他把蒋总统逼迫下野，以为可挽回大局，其实中共对他是骗局，根本不理会他，一味儿进军江南”。
从军事而言，蒋介石的下野打击了国民党军队的士气，加速了国民党军的败亡。国共内战期间，有许多国民党高级将领纷纷起义反正，而蒋介石下野后，使更多的国民党将领对时局绝望，进一步促成了他们起义反正。蒋介石后来曾对宋美龄说：“自兄下野后，意志不坚之将领如傅作义、程潜，以及重庆号军舰与江阴要塞，皆多叛变‘降匪’，如兄不下野，当不致于此。此等叛降，皆受兄下野之影响，而且傅作义之‘降匪’，即在兄下野之第三日也。但事已至此，此时追悔亦无补。”
1月22日，蒋介石和蒋经国一行回到奉化溪口，直到4月24日才离开，一共在溪口停留93天。这是蒋介石三次下野中，在家乡居住时间最长的一次，当然也是最后一次。蒋介石自己说：“在故乡游览山水，为平生最乐之事，尤其在战尘弥漫中引退之时，更觉难得，而其乐亦无穷。”
事实上，蒋介石在溪口并没有让自己沉浸在游山玩水、享受天伦之乐中，而是时时刻刻不忘政局。他在溪口一边反省自己的失败，一边忙着指示蒋经国准备撤台事项，并先后接见了近百位国民党的党政军要人。一时间，鄞奉道上车水马龙，冠盖如云，侍从室依然电函交驰，溪口无形中成为国民党和国民政府的临时指挥中心。
对此，美国驻华大使司徒雷登有着比较生动的描述，他说：
住在故乡的蒋总统，有秘书、警卫、长途电话及其他设备来处理事务，晋见的人络绎不绝。田园诗似的词句描写他如何徜徉山水之间，访问乡间和善父老，逗着幼孙游戏，并享受古代式的田园退隐生活。事实上，他正做着军事及一切其他方面的策略。
在溪口期间，蒋经国甚至比蒋介石还忙碌。他不但要负责蒋介石的安全，陪同蒋介石走亲访友、游览山水，还要为蒋介石执行各种重要使命，并接送各路前来拜会蒋介石的党政军要员。可以说，他是名符其实的溪口总管。
当时他经常跟着他的父亲，并为父亲安排身边所有的事情。老“总统”吃饭时经国先生也一定陪伴在旁，父子俩几乎形影不离。
自从蒋介石回到溪口，蒋经国、俞济时深恐游击队和解放军联合起来，直接插入溪口的心脏地带，这便会严重危及蒋介石的安危。为了蒋介石在溪口的安全，蒋经国着实费了不少心思，他和俞济时将原来的“总统卫队”几乎全部调来溪口。但蒋介石下野后，已经没有“总统”的名分，他在溪口设立的办公处所，只能叫“总裁办公室”，因此他的侍卫组织自然也不能再称“总统府警卫大队”，而改名为溪口总裁办公室的“特务大队”。
溪口的特务大队下辖五个分队：第一队队长是黄埔军校十六期的冯孝本，第二队队长是吕其广，第三队队长是毛赵壁，第四队队长是唐茂昊，他们都是黄埔十六期的同学；唯独第五队队长王曜升，是黄埔十七期的。在溪口的五个队长之中，冯孝本、吕其广、唐茂昊三人都是蒋介石的小老乡奉化人。
蒋经国还把已经被调到部队当副军长的楼秉国，再调回溪口担任警卫主管。然后，又从侍卫队中挑选了20人，组成一支便衣组，作为侍卫部队的“中卫”。在“中卫”的内部核心，有资深的侍从人员，随侍在蒋介石周围，成为蒋介石的“内卫”；而在最外圈，则是驻守在四周的第一、第二、第三、第四、第五队，分别戍守在溪口的雪窦寺、白岩庙、东澳、坟庄、武岭学校和丰镐房等据点，形成“外卫”。在这样的层层保护下，蒋介石就在溪口默默地扮演着地下三军统帅的角色。
期间，远在美国的宋美龄曾希望蒋经国代蒋介石出访美国，寻求美国的支持。但蒋经国出于对蒋介石在溪口的安全考虑，而未能遵从。他在给宋美龄的电报中声称：
目前某方力主对共谋和，对内改组内阁，并发动各省参议会要求李“代总统”正式改任“总统”。今后政局之发展必益复杂，而内部又不能团结，可忧万分。美援之加强，实为再起之必要条件，想大人在美之工作必能见效也。至儿来美一节，甚愿有此一行，但父亲一人居乡，为父之安全见，实不忍远行。
然而，蒋介石本人似乎并不在意安全。第三次下野后，蒋介石感觉到他在溪口的时间不会太长了。一旦撤退至台湾，不知何时能返乡。因此，他在溪口期间，除了接见党政军要人，处理一些紧要军政要务外，有计划地游览了家乡风景名胜，以及儿时生活过的地方。期间，蒋经国既要陪侍左右，让蒋介石游览开心，又要处处保护蒋介石的安全，以免发生意外，可谓煞费苦心。
2月1日，在蒋经国等人的陪同下，蒋介石游览了雪窦寺、四明山胜景、千丈岩。最后乘竹筏回到丰镐房。第二天，蒋经国和儿子孝文等人陪同蒋介石登岭顶。之后，“赴奉化县城，经孔庙，转救济院，至奉化中学”。奉化中学为凤麓书院旧址，即蒋介石当年读书的地方。只可惜，校舍已经改造扩建，当年的记忆已无处可寻。
5日上午10时，蒋经国、蒋孝文陪侍蒋介石游育王寺，同行的还有陈立夫、张道藩、谷正纲、陶希圣、石觉、李文等人。“12时，在承恩堂前午餐。下午1时起程，经小白天童街，到天童寺，已过三时，在御书亭进茶点，这是父亲壮年时候常到的地方。”“天童民众闻我父亲莅临，夹道欢呼，放爆竹，捧香炉，万人空巷，争瞻丰采。”蒋介石在日记中也说：“乡人如此热情，未知将何以为报。”
蒋介石除游览家乡的风景外，还将家乡的风景用电影胶片拍摄下来。如2月21日，蒋介石在蒋经国、孝文、孝武、孝章等人的陪同下游览千丈岩、妙高台、狮子山等地，并将千丈岩、妙高台、狮子山附近风景，拍摄成电影，以便保存。后来，蒋介石到台湾后，经常观看这些影片，以释思乡之情。以致影片经过反复操作，发生故障，无法再看。1954年7月25日，他在日记中说：“晚观卅八年回乡影片，以退光不能再观，可惜。”
除了游览山水，扫墓也成了蒋介石在溪口的一项重要活动。2月22日，蒋介石在蒋经国等人的陪伴下，到葛竹扫墓。葛竹乃是蒋介石母亲王采玉的娘家。由于对母亲的孝顺，因此爱屋及乌，蒋介石对葛竹也颇有感情。当晚在葛竹住宿，次日蒋介石率领蒋经国一家到外祖母墓前拜谒。清明节那天，蒋经国率全家陪父亲到白岩山祭扫祖母墓。蒋介石在墓前躬身下拜，喃喃祈祷，涕泪横流。拜毕，连声嘱咐儿孙多磕几个头。接着，蒋介石又命堂弟蒋周峰及族人挑了祭品到挑坑山祭扫了父亲之墓。蒋介石还命人将扫墓的场景用胶片拍摄下来。之后，蒋经国独自带领子女至母亲毛福梅墓前拜祭。蒋经国与父亲有同感，深觉他们在溪口的日子已为时不多了。
4月15日，蒋经国很早就起床去陪蒋介石祷告，并向蒋介石行礼拜。因为这一天是蒋经国的40岁生日。当日，蒋经国的许多嫡系和留苏同学也纷纷从沪、杭各地远道赶来为蒋经国过生日。蒋介石则给儿子题写了“寓理帅气”四字匾额，并附一跋，作为蒋经国的生日礼物。其文曰：
每日晚课，默诵孟子“养气”章。十五年来，未尝或间，自觉于此略有领悟，又常玩索存心养性之“性”字，自得四句曰：“无声无臭，惟虚惟微，至善至中，寓理帅气。”为之自箴；而以寓理之“寓”字，体认深切，引为自决，但未敢示人。今以经儿四十生辰，特赘此“寓理帅气”以代私祝，并期其能切己体察，卓然自强，而不负所望耳。
可见，此时的蒋介石对蒋经国不仅寄予厚望，而且还将他的修身治国之道传授于儿子。蒋经国得此匾额，至为感动。他在日记中说：“凡此所言，希望于我愈深，亦鞭策于我愈力，此后修养治事，定以此为准绳。孔子说：‘四十而不惑。’我已至不惑之年，一事无成，且常感情用事，不能‘持志养气’，细想起来，真是惭愧万分！”
4月21日，解放军挥师渡江。4月23日，解放军占领国民政府首都南京。国民党军兵败如山倒，浙东地区已有人民解放军在活动。蒋经国担心家人安全，遂将妻儿送至台湾暂住。他在日记中说：“内外形势已临绝望边缘，前途充满暗影，精神之抑郁与内心之沉痛，不可言状。正‘山雨欲来风满楼’之情景也。窃念家园虽好，未可久居。乃决计将妻儿送往台湾暂住，以免后顾之忧，得以尽瘁国事。”
24日，蒋方良以及四个子女在佣人阿王的陪同下，先行离开溪口，由宁波的机场起飞，前往台中。蒋经国由于忙于处理离开溪口的各项事务，竟未能亲自去送行。妻儿飞离溪口后，蒋经国一时甚感冷落凄凉。
至中午，蒋介石嘱咐蒋经国说：“把船只准备好，明天我们要走了。”于是，蒋经国令部下准备了一艘军舰，听候待命，随时准备撤离溪口。蒋经国当时问其父去什么地方，蒋介石未予回答。
4月25日，是蒋氏父子在溪口故里的最后一天。上午，蒋经国陪父亲辞别先祖母墓，再走上飞凤山顶，极目四望，溪山无语，“虽未流泪，但悲痛之情，难以言宣”。蒋经国在当天的日记中写道：
本想再到丰镐房探视一次，而心又有所不忍；又想向乡间父老辞行，心更有所不忍，盖看了他们，又无法携其同走，徒增依依之恋耳。终于不告而别。天气阴沉，益增伤痛。大好河山，几至无立锥之地！且溪口为祖宗庐墓所在，今一旦抛别，其沉痛之心情，更非笔墨所能形容于万一，谁为为之，孰令至之？一息尚存，誓必重回故土！
下午3时，蒋氏父子拜别祖堂，离开故里，乘车至方门附近海边，再步行至象山口岸登上太康号军舰。当时，蒋经国在心里想：“何时重返家园，殊难逆料矣。”果然，这一走就再也未能回乡了。
