消化系统的主要功能是消化食物。消化是在机械和化学因素的作用下将食物分解的过程，通过这一过程使食物分解为可被机体利用的物质。整个消化过程都是在胃肠道中进行的，胃肠道呈管状结构，包括口、食管、胃、小肠、大肠和肛门。尽管胃肠道的主要功能是消化和吸收营养物质（大量营养元素——糖类、蛋白质、脂肪、水、微量营养元素、维生素、矿物质），同时也在排泄废物，在维持机体免疫防御反应中也起着重要的作用。胃肠道还有许多辅助消化的附属器官，包括唾液腺、肝脏、胆囊及胰腺。为了满足消化的需要，消化器官还演化出一些其他的消化细胞，如胃襞的主细胞、胰腺的外分泌细胞、小肠的刷状缘细胞。胃肠道能够协调附属消化器官和特化细胞的功能，使之相互配合共同将分子结构复杂的糖类、蛋白质和脂肪转化为更易被机体利用的单糖、氨基酸，以及游离脂肪酸。消化后的营养物质自肠腔向血液或淋巴液移动的过程叫做吸收。
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