桐城大捷后，李秀成与陈玉成兵力大增。那时朝中无人主政，外无勇将，朝中大臣就义举李秀成和陈玉成带兵作战。天王加封李秀成为合天侯，兼任副掌率之职，提兵符之令。加封陈玉成为正掌率兼成天豫。李秀成堂弟李世贤在军中作战勇敢刚强，建功显赫，也受到重用。蒙得固在天朝内日久，是天王爱臣，后封为正掌帅大臣，朝中内外政事都归他处理。
当时，李秀成看到国内纷乱，天王蒙尘，于是尽其一片忠心，奏请天王，要择才而用，制订安民之策，申严法令，肃政朝官，明正刑罚……轻赋税，招回翼王，不用安王、福王等忠诚肺腹之言。但他却因此而触怒洪秀全，特别是不用安王、福王之言正触动他的伤痕，被洪秀全革职。李秀成仍忠心不改，又奏一本，将天下形势一并陈奏天王。奏本由朝臣逐一阅览。众臣觉得李秀成讲得很有道理，就齐上殿奏请天王恢复李秀成之职。
李秀成被恢复官职后，更是对天王忠心耿耿。这样，朝中政事都归李秀成一人处理。天王用人专心，法令严明，天京人心稳定。再者，尽管天京城外有和春之师、张国樑之兵包围，但因清军进攻不力，打算长久围困。而且，天京城内粮草充足，城内军民并不惊惧。因为受到天王重用，李秀成出兵不敢有违，俱听从其指挥。
清军围困天京时，为了保卫天京的安全起见，李秀成调回林绍璋的军队回到天京。再看天京之外守将已几乎没有可以调回的了。但又不能在天京坐以待毙；李秀成纵观全局，力排众议，说服天王，出天京南门，日夜兼程赶到芜湖与当地守将李世贤一同，分别镇守芜湖段长江南北。天京城内的事务都交给了蒙得恩、林绍璋、李春发等人。当时，李秀成还想召回张乐行的人马出天京。但由于其镇守天京的重要性，而不能再将其调出来用。
由于李秀成出了天京城，留下天王与李秀成母亲一同被困天京，城内百姓日夜不安。为解决天京燃眉之急，李秀成只好率领不足5000的精兵，准备攻打江浦、浦口，与天京隔江相应，使天京军民能安稳下来。在全椒，李秀成率兵每日操练，伺机从全椒出发，进攻两浦。
1858年初，清军江南大营加紧围攻天京。江北大营统帅德兴阿也率兵一万多于2月上旬抵达江浦，扎营几十里。6月，李秀成率部五千余人向在江浦的江北大营发起攻击。刚一开战，李秀成兵胜，再战失利，失去官兵千余人，被迫撤到汤泉一带安营扎寨。李秀成只带领数人骑马绕道到全椒，一路跋山涉水，时常遭到清军的攻击，苦不堪言，甚至辛酸流泪。李秀成兵败之时，陈玉成在湖北也为清军所败，于是他们不期而遇，相约一起与清军作战。
8月间，洪秀全授予陈玉成为前军主将，李秀成为后军主将，统率数万大军分路进发。陈玉成率部从安徽潜山前往舒城，攻克庐州（今合肥），并联合捻军直下滁州。李秀成率部就近从全椒等地出发，在滁州一带与陈玉成会师。清军对李、陈两军的联合南下有所察觉。蒙古都统胜保获得太平军的密书，将军情通知到德兴阿，叫他趁早提防。但由于江北清军较为分散，一时难以迅速集中起来，江南大营统帅和春见状，赶紧派兵支援。8月17日，李秀成，陈玉成从滁州向乌衣进军，打败了德兴阿和胜保的军队。李、陈乘胜追击，追杀了三四千清兵。第二天，追清兵到小店时，遇上了张国华的援军。两军相遇，展开激战。李秀成一度击溃了张国华的清军，一直把张国华的败军追击到浦口。同时，陈玉成也正好在浦口与德帅之军相遇。陈玉成率兵正面进攻德帅军，李秀成领兵从背后直捣德帅之军。德帅军腹背受敌，防不胜防。8月26日，李、陈两面夹击，同时向江北大营所在地浦口发起总攻，清军大败，被迫从侧翼败退，李、陈乘机追杀清败军，共斩杀清兵一万多人，再次打破了江北大营，取得了辉煌的胜利，从而打通了与天京的联系，暂时解除了天京的危机。
乘着胜利，陈玉成进攻六合，李秀成进攻天长。一路势如破竹，连连告捷，李秀成顺利地攻下了天长。扬州城内守军望风而逃，李秀成又不动一兵一卒就拿下了扬州。
