1867年，院长纳普去世。翌年3月，修道院选举新院长。有12位神父参加投票，孟德尔得11票而当选。4月1日，摩拉维亚和西里西亚的报纸报道了孟德尔当选为院长的新闻。孟德尔从此告别了长达16年的教学生涯，来到了对他来说十分陌生的岗位。
从神父到修道院院长，这是孟德尔一生中的大事。当时的奥地利以及整个欧洲，修道院的院长是很有权势的职位，在地方宗教、文化乃至政治生活中都起主导作用。政府新官员到职时总要到修道院进行礼节性拜访，并随时以各种方式为院长效劳。孟德尔任院长后做的第一件事，就是整修教堂，购买神器，添置教服。此举受到神父们的一致好评。
孟德尔就职初的一段时间内还能进行他的植物杂交实验和气象研究。然而到了70年代，除了正常的宗教职责外，孟德尔因职务关系不得不参与各种社会活动，他感到顾此失彼，疲于奔命，“以致正在进行的山柳菊杂交实验只能偶尔抽身前去观看，不能像豌豆实验那样细心地观察了”。1873年，这个实验不得不草草结束。
作为院长，孟德尔是修道院的财产监护人。他上任时曾向神父们立下誓言：
“我将竭尽全力保住修道院的财产。”
孟德尔在晚年为恪守这一誓言曾与政府发生过很大的摩擦。
1874年春，帝国议会通过一项法案，要求天主教修道院缴纳教会基金税，1875年，帝国政府颁布了实施令。按规定，布尔诺修道院要在1880年前，每年上缴约等于修道院全部财产的十分之一的金额。照此下去，不用几年，修道院就会财尽粮竭，非关门不可。
孟德尔确认这次公布的法令是不符合宪法的，毅然奋起反抗。他联合其他地方修道院提出了申诉书，要求撤销该项法令或减少税额。政府驳回了孟德尔的上诉，并委派摩拉维亚总督和他谈判。孟德尔寸步不让。当时的奥地利实行君主立宪制，议会和君主拥有至高无上的权力，不允许有任何反对议会通过的并经皇帝“恩准”的法令的行为。因此，政府警告孟德尔，若不执行法令，将查封修道院的财产。同时又派人暗示孟德尔，若照章缴税，政府将考虑授予他“勒奥波尔德神父”的称号，甚至可以当选为上议院议员，孟德尔对此收买不屑一顾。政府终于发布了“查封动产”的命令。这时，孟德尔就把金库的钥匙带在自己的身上，宣布说：
“如果谁想要金库里的债券和现金，谁就得先从我的口袋里把钥匙夺走。”
政府不得已改变了措施，没收了作为修道院主要收入来源的两个庄园和债券的利息。对此，孟德尔再次提出抗议书，指出：
“这是非法的没收，是破坏宪法的。”
政府对这个抗议回复道：
“抗议是全然不当的，不值得受理。不得不指出，抗议书中的言论确实是可悲的荒谬的。对合法产生的法律的效力进行议论，并且明目张胆地声称政府为实施法律所采取的处置是违反宪法，你的所作所为与忠实的国民的第一项义务——绝对服从现实法律所规定的义务，委实有很大的矛盾。尤其你是修道院的代表，竟发出这样的言论，已经达到了绝不可以宽恕的地步。”
孟德尔并未被吓倒，他进一步提出抗议，政府再次驳回。冲突愈演愈烈。
在这样翻来覆去的不知何时了结的纷争当中，当初和孟德尔合作的一些教会当事者，看到胜诉无望，慑于压力，逐渐改变了初衷，陆陆续续离开了孟德尔而屈服于政府。政府对这种屈服的报偿是减少征收他们的税额。孟德尔完全孤立了，但他仍坚持己见，毫不屈服。1878年年末，孟德尔又一次提交抗议书。抗议书中申诉说，这项法律的适用范围不该施展到像布尔诺修道院这样由捐献资助而创立的寺院，事情发展到了这样的地步，修道院将停止对各种公益团体等的资助，也将把国家正在加诸于本修道院的不公正向公众揭露。政府对此抗议采取不予理睬的态度，于是孟德尔再次提交抗议书。
政府的官员们竟认为孟德尔是患有偏执狂的修道院院长，对他的抗议书以不耐烦的态度处置。修道院内外，也有人偷偷地传播着政府的说法，于是，人们渐渐地躲开了孟德尔。
这场长达10年之久的周折消耗了孟德尔大量精力，使他痛心的是，他失去了不少朋友。他这么一个随和的人，变得苦闷、孤独。同时，这也大大地损害了他的健康。
孟德尔的抗议书，有案可查的达13次之多。他最后的一次抗议书是在1883年5月4日，孟德尔毕竟疲倦了，那最后的抗议书很短，很潦草，可是其毅然决然的立场，一点也没改变。
直到孟德尔去世两年后，这场冲突才达成和解：修道院承认政府法令，政府减免税额。政府维护了权威，而修道院保住了财产，这应归功于孟德尔长期的斗争。
孟德尔的这种坚韧顽强的反抗精神，一方面与前辈克拉谢尔革命思想的影响有关，另一方面与他的家庭环境和本人经历有关。
克拉谢尔是一位哲学教授，一位革新思想家。孟德尔初进布尔诺修道院时，就是作为克拉谢尔的助手从事植物杂交实验的。他在植物学方面的启蒙知识来自克拉谢尔。当克拉谢尔被官方驱逐出修道院，前往美国时，作为修道院院长的孟德尔给他提供了相当大的帮助。可以说，克拉谢尔的反抗精神也对孟德尔产生了一定影响。
在孟德尔的故乡，农民对政府的压迫曾进行过多次反抗，他们不是采取隐蔽的方式进行抵抗，而是当面要求裁判，以至上告到最高法院，甚至向维也纳皇帝提出过诉讼。孟德尔对故乡充满深情。
1873年，孟德尔曾回故乡参加外甥的婚礼。这是他任院长后第二次回家，也是最后的一次。虽回乡次数不多，但孟德尔十分关注乡情。70年代，他发起创建了海因多夫消防队，并为此捐出一大笔钱，而乡亲们送他一份装潢精美的证书，尊他为消防队名誉队员。
奥地利是世界著名音乐大师施特劳斯的出生地，也是音乐巨匠贝多芬的第二故乡。19世纪的奥地利音乐已蜚声海外，但孟德尔对音乐并不感兴趣，他极少去剧院看戏，也不涉足音乐厅去聆听醉人的交响乐，只是专心致志地攻读科学著作。尽管如此，当布尔诺音乐协会经费匮乏时，他还是慷慨地解囊相助。1872年，布尔诺音乐协会授予他荣誉会员的证书，感谢他的帮助。
孟德尔性格内向，但他坦率，也非常好客。他任修道院院长时，每年的圣托玛斯节或圣诞节时，他总是热情地接待各方的朋友来访，不论尊卑贫富，对于贫苦的人，他也给予同样的热情和招待。
他就是这样的一个人，心地善良，慷慨大方，但绝不屈服于暴政。他平易近人、道德高尚，既在学术上有极深的造诣，在品德修养方面也是一流的，堪称德才兼备的科学家。
