西格蒙德·弗洛伊德1856年5月6日出生于摩拉维亚州的弗赖贝格（现在捷克境内）。他的父亲是一个具有“自由思想”的犹太籍羊毛商人。弗洛伊德非常重视自己的这种犹太人的出身。他在自己的整个一生中反复提到自己同古犹太教系统的文化和宗教系统是很接近的，但是他同时也强调自己是个无神论者。弗洛伊德在思想上的这种二重性，是当时奥匈帝国犹太籍小资产阶级生活中客观矛盾的一种反映。1860年，弗洛伊德4岁那年，举家迁到了维也纳。他的家境不好，但他希望接受教育的愿望得到了鼓励。他幼时聪慧，天赋聪颖，从早年起似乎就注定要从事一项学术或知识事业。1865年，弗洛伊德进入了维也纳的一所中学，接受了严格的古典文化教育，他学习勤奋，在班里成绩始终名列前茅。17岁时，以优异的成绩从中学毕业，并且已经精通了好几种语言，其中包括拉丁语、希腊语、英语和希伯来语。在青少年时代，弗洛伊德在达尔文的进化论和歌德的自然哲学的影响下，对自然科学发生了浓厚的兴趣，对生活于其中的世界之谜，产生了了解它的强烈愿望。他以为要获得这种了解，最有希望的途经是考入医学院学习。
于是，1873年，弗洛伊德以突出的成绩考入了维也纳大学医学院。但他在入学以后，对动物学和化学的研究成绩不佳。而对有关人的脑以及神经系统的著作特别感到兴趣。1876年，弗洛伊德就投到布吕克的门下，从事神经细胞组织的研究工作，研究低等动物神经结构与功能。
布吕克教授是当时的著名生理学家。他在维也纳主持一个生理研究所。他在显维镜下对神经细胞组织进行了大量的观察和研究，并把自己的研究成果写成了许多关于神经元学说的论文。在维也纳科学院的学术年会上，布吕克宣读过这些论文，并把他们发表在《公报》上。布吕克是赫尔姆霍茨学派的代表人。他在自己的主要著作：《生理学讲义集》（1874）中提出了动力生理学理论。布吕克和路德维希、杜布瓦一莱蒙及赫尔姆霍茨志同道合，结成联盟，反对活力论，认为生命机体是个动力系统，服从于化学和物理学的规律。有机体内除了一般物理的和化学的力起作用外，再没有其他的力。
弗洛伊德十分钦佩布吕克，从而接受了这种动力生理学的理论。同时，弗洛伊德在布吕克的影响下，认真地学习了赫尔姻霍茨的理论，并成为这一学派的热情而坚定的追随者。后来，他把赫尔姆霍茨学派的能理学说应用于心理学的领域中，作为自己心理动力学的理论基础。
在布吕克门下，弗洛伊德原想献身于科学理论研究，专攻生理学，但是布吕克认为他受经济条件的限制，不宜于从事纯理论的专业，因此，他从神经系统的组织学转攻神经病理学，后来由于新的需要，开始治疗神经症。可见布吕克对弗洛伊德的师生之谊是深厚的，对弗洛伊德日后研究工作的影响和作用也是深刻的。
在维也纳大学长达8年的时间里，弗洛伊德在学医和从事生理学的研究工作的同时，还广泛涉猎了文学、艺术、戏剧、语言和哲学。弗洛伊德特别喜爱莎士比亚的文学作品，并从其中吸收了不少的文学和哲学的营养成份。后来弗洛伊德在自己的著作中经常引用莎翁的语言。对古代尤其是希腊人的典籍也曾下过一番苦功。弗洛伊德的语言知识极为广博，能通晓欧洲的所有的主要语言。
尤其值得一提的是，弗洛伊德尊称布吕克为恩师，多次表示对布吕克的尊敬，对其理论观点顶礼膜拜。虽然布吕克的唯物观点对弗洛伊德产生了根深蒂固的影响，但布伦塔诺的意动心理学也不能不使弗洛伊德产生心动。因弗洛伊德早就对哲学怀有浓厚的兴趣，维也纳大学又要求主攻医科的学生必修哲学三年。弗洛伊德于1874-1875年，每周要听一次布伦塔诺的哲学课。布伦塔诺的经验心理学是与冯特的实验心理学对立的。布伦塔诺不主张实验而主张经验的观察，认为精神理象是看、听、思维等的活动，而不是感知觉的内容。弗洛伊德还翻译过柏拉图的著作。康德、叔本华、尼采等哲学家的意志学说，也对弗洛伊德产生了很大的影响。在当时讲德语的国家中，唯意志主义哲学正盛极一时，这一派哲学对本能、情感、意志、欲望的研究极大地启发了弗洛伊德的灵感，成为弗洛伊德后来研究无意识问题的心灵火花和哲学基础。
1881年，弗洛伊德于维也纳大学医学系毕业，获得医学博士学位。
