胜利和失败都是斗争路上常有的事，当他们喜极而泣时，我却知道：危险仍未消除，我们的路还很长，还有很多胜利等着我们去赢取。
——曼德拉狱中日记
预审结束后，曼德拉等94人被最高法院正式起诉，由拉姆珀福、肯尼迪和让比克3位法官负责审理。幸运的是，这3位法官在职业道德和专业素养上值得称赞，因此曼德拉等人还未到走投无路的境地。
不过，这次审理远比预审艰难得多。经过以往的几次交锋，政府从狂妄自大变得谨慎而狡猾，开始重视起这些看似不堪一击的对手。为了折腾曼德拉等人的律师，并且将支持者的影响降低到最小，政府把审理的地点从约翰内斯堡市中心换成60英里外的比勒陀利亚。这样，不仅辩方律师需要来回折腾，损耗精力，曼德拉等人也无法再于保释期间过多地参与政治事务，连曼德拉律师事务所的经营都受到很大影响。更重要的是，约翰内斯堡是非国大的势力中心，他们在这里的群众基础十分牢靠，而把审判地点改到远郊之后，这种舆论影响就会被大幅度削弱。
同时，社会环境也变得愈发严峻。由于曼德拉等人的被捕，非国大内部产生了分歧，激进派认为是时候采取进一步的行动报复政府了，他们决定脱离非国大而另立门户。为了争取群众的支持，他们刻意和非国大唱反调，并且抢在非国大之前开展了“反通行证运动”，希望通过组织这次活动扩大在人民中的影响力。结果，当群众和警察对峙时，警察开枪了！在这次惨案中，有69人丧生、400多人受伤。惨案发生后，由于受到国内外舆论的强烈谴责，政府为了控制局势，便下令全国戒严，并逮捕了超过2000人，还在保释期的曼德拉和已经被宣布无罪的卢图利也因此被逮捕。
与此同时，政府还宣布非国大为非法组织，任何参加非国大的人都将受到罚款和监禁处罚，屡教不改者甚至会被处以10年以上的监禁。不过这并没有让曼德拉等人觉得意外，当第一次被逮捕时，他们就已经做好了这方面的心理准备。不仅如此，他们也做好了相关的应急安排，在政府逮捕前，非国大执委会主席奥利弗就已经离开了南非，去国外继续建设非国大。
这次被逮捕，他们遭受的待遇更加恶劣，警察甚至还对他们动粗，原因仅仅是因为卢图利想弯腰去捡帽子。曼德拉对此义愤填膺，他说：“一个有尊严、有成就的基督徒，同时也是一位身患重病的老人，居然因为这么小的一件事就受到那些恶徒畜生般的对待！还有比这更荒唐的事吗？要知道，那些恶徒连给他提鞋都不配！”
同时，曼德拉和奥利弗的律师事务所也在政府的行动中被关闭，曼德拉失去了经济来源。从这些严厉的制裁里，曼德拉等人认识到形势对他们十分不利，在全国戒严的情况下，法官面对政府的压力很有可能做出对他们不利的判决。于是，他们经过商议决定采取种种措施来拖延审判，以熬过这段紧张的戒严期。他们推举曼德拉和杜马两人充当辩护律师来进行自辩，这样一来可以借此在法庭上陈述己方的政治观点，二来可以借机拖延庭审时间。这个策略在后来被证明是十分聪明的。5个月后，政府认为社会危机已经过去了，便宣布解除戒严状态，于是贝瑞琪等辩护律师再次回到自己的岗位上，庭审也朝着最终有利于曼德拉等人的方向发展了。
在庭审过程中，曼德拉等人一直强调自己并非共产主义者，他们也并不打算建立一个共产党领导的新政府，更不想用武力推翻现有政府。曼德拉援引《自由宪章》里的话来解释自己的政治思想，他说：“我们并不是要反对白人，我们反对的是白人至上主义，这是很多白人也认同的观点。非国大自始至终坚持的都是种族和睦共处的方针，我们禁止任何成员鼓吹种族主义。”这个观点得到了法官的认同。
1961年3月29日，宣判的日子终于来临了。虽然对自己的选择并不后悔，对自己的辩论也充满信心，但曼德拉等人还是有点担心最后的结果。值得庆幸的是，3位法官坚守了自己的职业底线，法庭宣判：根据提交给本庭的所有证据，以及我们调查的事实真相，控方无法证实非国大是一个共产主义组织，《自由宪章》也无法被证明具有建立共产主义国家的用意，因此，本庭不认可控方提出的诉讼意见。曼德拉等人被无罪释放。
这里需要再次称赞一下南非当时相对独立的司法系统。法官虽然拥有自己的政治观点，甚至这种政治观点是带有种族歧视性质的，但他们也很明确，自己作为一名法官的职责就是根据自己的专业知识，根据法律法规来对受审者进行公正的裁决。这种公正虽然会因为法律本身的不完善而有所打折，但至少，他们不会受到来自政府行政权力的影响。所以，很多专家都认为司法独立性是判断一个国家的政治系统是否先进的重要标志之一，这也是很多发展中国家需要学习和完善的地方。
这次前后长达5年的审判以曼德拉等人的胜利宣告结束，但它的影响却远不止于此。首先，政府并非一无是处，他们成功地通过捏造罪名和拖延时间来扼杀了曼德拉等人的政治活动，将非国大等民主团体的实际行动力降到了最低。另一方面，曼德拉等人的无罪释放也导致了一系列更加严厉的政策出台，政府更加独裁，社会氛围愈发冷冽而残酷，法庭和警察对待他们的态度也不得不变得强硬起来。而对曼德拉等人来说，一方面，他们和其他民主斗士和党派领导人走得更近了，共同的牢狱、庭审经历加深了他们的感情。另一方面，群众对他们的同情和支持也达到了一个高峰，这正是曼德拉等人在之前的屡次抗议活动中最为关心的问题之一，这是他们用巨大代价换来的最宝贵的政治财富。
