哥白尼的感觉是敏锐的，当他选择和安娜在一起的时候，就已经考虑到了两人惊世骇俗的恋情所需要承担的后果。
果不其然，哥白尼和安娜的幸福日子还没有过上多久，教会就出手干涉了。
1533年瓦尔米亚主教改选，格但斯克啤酒酿造工的儿子丹蒂谢克被选做主教。
丹蒂谢克知道，哥白尼当初是不支持他当选的，于是一旦大权在握，便开始报复他和以前妨碍他当主教的人。
哥白尼深知新主教的为人，因此从一开始他就非常小心地与他周旋。他很有礼貌地回答丹蒂谢克的每次来信，不让自己流露一丝轻视主教的迹象。
哥白尼知道主教经常与他通信，是想从他那儿了解一些最新的消息，因此他总是将自己听到的那种消息转达给主教听。
这样一来，双方之间的关系也就渐渐地缓和了下来，丹蒂谢克曾经多次请哥白尼治病，也曾经几次邀请哥白尼陪同自己一起视察神甫会的财产。
可是就在这个时候，他和哥白尼又发生了一次剧烈的冲突。
哥白尼有一个好朋友叫斯库尔泰蒂。他们曾是亲密的合作者，一起绘制了波罗的海沿岸、利弗兰地区的地图。
丹蒂谢克怀疑斯库尔泰蒂在选举前曾向教皇说过他的坏话，因此便设法收集各种材料诬陷他。
丹蒂谢克心胸十分狭小，他还无理地要求瓦尔米亚所有神甫同斯库尔泰蒂断绝来往，并特意叫人提醒哥白尼，让哥白尼知道他同斯库尔泰蒂的友谊可能对他自己有害。
哥白尼的忍耐是有限度的，他对丹蒂谢克的逢迎是有原则的。丹蒂谢克的无理要求使哥白尼很愤怒，他当时毅然宣布，自己不想这样做，因为他“尊重斯库尔泰蒂胜过许多其他人”。
就这样，哥白尼得罪了丹蒂谢克。但他万万没有想到会因此失掉了安娜。
也就是因为这个原因，丹蒂谢克总是阴冷冷地盯着哥白尼的一举一动，而有一次终于让他找到了报复哥白尼的机会。
丹蒂谢克主教把哥白尼叫到了教堂，对他说道：“哥白尼，你的舅舅是我们瓦尔米亚地区德高望重的主教，你是他一手培养起来的神甫，又住在他的城堡里。你就应该明白我们的教规，不做有损于教会声誉的事情才好。”
丹蒂谢克主教不仅用绵里藏针的语言戳痛了哥白尼，而且还四处散布舆论，说哥白尼被一个可恶的女人给迷住了，和这个女人不干不净，有辱清规。
为了打击报复哥白尼，丹蒂谢克主教还给哥白尼的好朋友铁德曼·吉斯主教写了一封信。信中说：
听说杰出的、学识异常渊博的哥白尼先生直到现在一直享有很高声誉，闻名遐迩。他的多才多艺令人钦佩，普遍受到赞扬。
我们一直都很敬重他，像是爱亲生兄弟一样爱他。但哥白尼先生却在几乎是无能为力的老年时期，同自己的姘妇幽会。
这个女人心如毒蝎，她勾引了我们正直的哥白尼先生，企图陷害他，让我们的兄弟晚节不保。
我十分担忧哥白尼先生会一时不慎落入这个女人编制的骗局中。此外，教会讲究清誉，不会允许这样的丑陋事情发生。
阁下如果能用最友善的语言私下提醒他一下，使他停止这种丑事，那可真是阁下的一大善行。
如果阁下能使他做到这一点，就算替我做了一桩无与伦比的好事，这样我们俩就重新夺回了一个珍贵的兄弟。
另外，阁下在同他谈这些事儿的时候千万注意分寸，以便使他更加重视。同时也不要使他知道这是我对他的劝告，只让他知道这是你对他私生活的关心。切记。
铁德曼理解哥白尼的想法，他是一名天文学家，是搞科学的，是懂得人性，理解人的情感的。
对于丹蒂谢克主教的小人行径，他反倒是十分看不惯。不过站在好朋友的角度，铁德曼有义务将这件事情告诉哥白尼。
当然，哥白尼德高望重，铁德曼也真的害怕哥白尼会为这个女人而影响了自己的名望。
所以，铁德曼写了一封信给哥白尼，劝告说：“丹蒂谢克真是爱管闲事！可是，哥白尼，你怎么办呢？你的事业，难道就让这些小人给毁了吗？我看，你还是让安娜离开你吧！你说是不是？”
丹蒂谢克主教不但给铁德曼写信，他还亲自找了弗龙堡教堂中与哥白尼关系非常好的费利克斯·赖希神甫，劝说他对哥白尼做说服工作。
赖希听了主教的话，摇了摇头，深深地叹口气说：“主教大人，我明白您的好心。您是要拯救哥白尼的灵魂，这点我非常赞成您所持的立场。可是话说回来，如果你这样直截了当地跟哥白尼说明的话，我想这样会使他羞愧得无地自容的。”
赖希这样淡淡地说着，言语中透露着他对哥白尼深切的同情。
四方射来的子弹，撕裂着哥白尼的心，他的心在滴血。如果说不是《天体运行论》还没有完全定稿，他一定会不顾一切去和教会斗争，以争取幸福，同时他也不忍教会伤害自己心爱的安娜。
秋风萧瑟、月冷星稀的一天，哥白尼感到落叶在飘飞，灵魂游离于躯壳，他言不由衷地说：“安娜，我保护不了你，不能让教会把我俩一起吞掉。我想，你还是先离开弗龙堡，出去避避风头吧。”
哥白尼心里当然十分清楚，他们这么一分手，就像是两颗遥远的星，只能天各一方，苦度残生，甚至可能连彼此发出的光芒也不会看见了。
可是，面对着咄咄逼人的阴冷主教，他们又有什么办法呢！
“是的，亲爱的，我明白你的处境。为了你能过得舒心些，不让他们来纠缠你，我可以离开。”
说到这里，安娜已泪流满面。她是重感情的女人，心中只载着哥白尼一个人的名字。现在的分手，就是生离死别，怎不让她柔肠寸断，哭干泪水。
可是，在安娜柔弱的外表下，她还具有一颗钢铁般坚强的心。
安娜的话让哥白尼心如刀割。他们在一起生活了六年时间，和安娜的感情已经十分深厚，他又怎么能够离得开安娜啊！
“要不，我还俗算了。如果不做这个神甫，他们就拿我没辙了。”哥白尼一狠心说出了这话。
安娜扑到哥白尼的怀里，抱住他的脖颈央求着说：“不要！亲爱的，别做傻事！我们不做天上的星，遥遥相望；而要做天上的云，空中的风，有合有散，看上去散，无形中合，好么？我要定期看你，我不能失去你。”
“好！我答应。安娜，你应该知道，我又何尝不想见到你呢！”
很少流泪的哥白尼，也不由得眼圈红了。他知道安娜已经成了他生命的一部分，安娜离去，他的生命必然会缩短。
于是，哥白尼和安娜相约，为了应付主教的监视，他们表面上分开了，安娜也搬出了哥白尼的家。
圣诞节到了，街道上张灯结彩，到处都充满了节日的喜悦气氛，孩子们欢快地玩弄着各种玩具，恋人们幸福地紧紧拥抱在一起。
而哥白尼的塔楼中却是冷冷清清，没有一点节日的气氛。他觉得自己很无能，很没用。他可以在天文学中任意遨游，但是到头来却连自己的女人都保护不了。
“亲爱的，我们虽然短暂地离开了，但是你一定要振作。《天体运行论》是你的根本，是你一生的心血所在，你可一定要好好修改，将它出版啊。”
安娜临走之时的话语永驻心中，往昔的情景又一次浮现眼前，哥白尼的眼角湿润了。他依偎在窗口，透过窗户，望向天空，他仿佛看到了安娜正在那里痴痴地笑着……
面对着教会的蛮横干涉，安娜天天以泪洗面，她觉得他们的命运就像大海上遇到狂风的小船，将不知搁浅在何方。
安娜愤恨、悲伤、痛苦，可是又无处申诉，心里像是有一团火，要把整个黑暗狰狞的世界烧尽。
可是，她一个弱女子，怎抵得过堂堂的教会主教大人呢？为了她的爱情，为了她所爱的人的事业，她乘上马车，掩面哭泣着离开了哥白尼。
安娜并没有立即离开弗龙堡，而是住在弗龙堡一个朋友的家里，她希望能够与哥白尼近些，可以常常看见他。
可是尽管两人住得不远，哥白尼却很少去探望安娜，因为丹蒂谢克派仆人监视着他们的一举一动。
有一次，在一个市场上，两人意外地相遇了。安娜喜出望外地迎上去，注视着哥白尼。
多日不见，哥白尼似乎苍老了很多，花白的头发乱蓬蓬的。“您最近身体好吗？晚上还去看星星吗？”安娜说不下去了，泪花遮住了她的视线。
这次见面很快传到了丹蒂谢克的耳朵里，他又让铁德曼去劝告哥白尼，并逼安娜离开了弗龙堡。
哥白尼形影孤单地在自己的房间里工作着，累了，他便在他看的书旁画几片常春藤的叶子。在这些叶子里倾注着他对安娜深深的怀念。
哥白尼的生命中有两大支柱，一个是安娜，另一个就是天文学。现在安娜已经被迫离去，哥白尼就只有把他全部的精力都用在《天体运行论》上了。
教会可以剥夺哥白尼的恋爱自由，但是不能禁锢哥白尼的思想，他要用自己的科学打破教会的专制统治，还世界一片太平。
