西晋灭亡后的第二年，司马睿在建康称帝，重建司马氏政权，史称东晋。因东晋政权中心靠南，北方陷入大分裂。从西晋灭亡到北魏统一这130多年的时间里，中国北方先后出现匈奴、鲜卑、羯、氐、羌5个少数民族政权和前凉、后凉、南凉、西凉、北凉、前赵、后赵、前秦、后秦、西秦、前燕、后燕、南燕、北燕、夏、成汉等16个割据政权，称为“五胡十六国”。此外还有代国、冉魏、西燕、吐谷浑等四国政权的存在。东晋政权软弱，两次北伐都未能收复北方割据政权，反而弄得民不聊生，北方百姓为逃避战乱不断南迁，中国南方经济开始发展。公元420年，刘裕废晋恭帝司马德文，自立为帝，东晋灭亡。
东晋
永嘉之乱后，北人南迁，汉族政权退守江东，史称“永嘉南渡”。公元317年，镇守建康的晋宗室司马睿得知晋愍帝投降后，在王导的帮助下于江南重建晋室，史称东晋。由于司马睿是在南方官僚士族的拥戴下登上帝位，所以门阀政治在东晋发展到鼎盛，门阀大族王、谢、庾、桓先后支配着王朝政局，皇权衰落。东晋虽然偏安于江南，但历代帝王都以收复北方国土为己任，其中以王、谢、桓、庾四大家族的北伐为主要军事活动，产生了祖逖、桓温等名将，当权的士族也多标榜北伐以增加门户威望。北伐也曾取得了一定的成绩，桓温等经收复洛阳，进入关中，进兵河北，但北伐的成果没有得到巩固。北府东晋最终被大将刘裕建立的汉取代。东晋时期，由于北方少数民族入主中原，在与汉人融合的过程中，北方产生了以汉族为主，其他少数民族混居的人口构成，二者在融合的过程中产生了相似的生活习惯，客观上促进了中国多民族结构的形成。
王马共天下
司马睿初镇江东时，南方士族对他心存疑虑。司马睿与著名士族王导交好，在王导的影响和帮助下，多数南方士族对司马睿的态度好转。在王导的周旋下，南北士族联合将司马睿推向东晋的历史。王导因为有再造宫室之功，深得司马睿的信任。司马睿登基那天，亲自将王导拉向御床，一同接受群臣的朝贺，表示愿与王氏共有天下的意向。王导后被任命为宰相，掌握了中央朝政的大权。他的哥哥王敦手握重兵，掌握了东晋的军事大权。其他重要的官职，也多归王家人所有。在整个东晋王朝，王家几乎与司马家平起平坐。当时流传着“王与马，共天下”的传闻，充分反映了东晋门阀政治的特殊性。
祖荻北伐
早在东晋建国前，祖逖就向司马睿请求北伐。司马睿仅给他一千人马。313年，祖逖率兵渡江，在江阴一带打造兵器，招募士兵，开始北伐。祖逖在北方广大人民的支持下，很快收复了黄河以南的全部失地，有效地抵御了北方少数民族的南侵，为东晋政权的建立奠定了基础。正当祖逖踌躇满志，继续北进时，东晋朝廷内部纷争激烈。司马睿命南方大族戴渊出镇合肥，防备王教，兖州、禹州、并州、雍州、冀州、梁州六州军事也尽归戴渊统治，祖逖处处受到钳制。感到志向难以实现，祖逖忧愤成疾；可他依然修筑城堡，坚持不懈，最终死于雍丘（今河南杞县），终年56岁。他死后不久，河南地区又被石勒占领，北方的成果也被断送。
王敦谋反
316年，王敦、王导兄弟二人拥立司马睿为帝，王敦因此官拜大将军，控制长江中游军政大权。王敦自恃恢复晋室有功，且手握兵权，便想专制朝政。司马睿不满王敦的专制独揽，任心腹御史中丞刘隗、尚书左仆射刁协暗中操作军事，以抑制王敦军权。王敦对此不满，于322年正月自武昌（今湖北鄂州）举兵东下，三月攻克建康石头城，之后纵容士卒劫掠，肆意杀戮朝臣，并在朝廷及地方安插党羽。四月，王敦大军还师武昌，遥控东晋朝政。十一月，司马睿忧愤而死，司马绍继位（是为晋明帝）。323年三月，王敦谋篡帝位，于四月移镇姑孰（今安徽当涂），屯兵于湖（今当涂境），自领扬州牧。次年六月，王敦病重，晋明帝下诏讨伐。七月，王敦大军遭袭大败，王敦愤然而死。
桓温三次北伐
东晋中期，为了树立更高的威望，桓温先后三次北伐，曾经收复洛阳，进入关中，进兵河北。第一次北伐（354）时，桓温攻打前秦，直抵关中，进军霸上。由于北伐动机不纯，桓温决心不大，后反被前秦反击，第一次北伐以失败告终。第二次北伐（356）桓温攻打羌族，一举攻下洛阳，但不久又被前燕收回。第三次（369）桓温攻打前燕，直抵河南枋头，由于坐失良机，供给不足，最终不得不撤兵，北伐成果又断送。
桓玄之乱
桓玄（369—404）是东晋大司马桓温的儿子，文武双全，才华出众，东晋朝廷不敢任用。后桓玄出补义兴太守，郁郁不得志，曾登高远眺愤懑叹息说：“父为九州伯，儿为五湖长！”不久弃官回到自己的封国。398年，会稽王司马道父子专权，桓玄起兵反抗，趁机壮大自己的势力。402年，桓玄打败司马氏，控制朝政大权。403年，桓玄自立为帝，该国号为楚。不久，北府大将刘裕起兵赶走了桓玄，恢复晋室。桓玄在出逃的路上被杀。从他称帝到死亡，前后不过半年。
孙恩起义
东晋孝武帝年间，朝中党派林立，官场腐败，赋役苛重。公元399年10月，孙恩领导浙东人民起义，发起了反抗东晋王朝的战争。孙恩乘朝廷强征兵役，引起浙东社会骚乱的机会，率众袭击会稽，11月，杀死了会稽内史王凝之，自称征东将军。一时之间，今江苏、浙江八郡纷纷响应，不久义军就发展到数十万人。朝廷派卫将军谢琰、辅国将军刘牢之率领北府军前往镇压，义军被打败，于十二月退回海岛。公元400年，孙恩率领义军与晋军发生了数次激战，晋军被打败。孙恩乘胜与晋军激战，8月，在与刘裕所率领的晋军的激战中，孙恩失利，损伤惨重，被迫沿海南撤，撤回海岛。公元402年3月，义军在进攻临海作战中，严重受挫，孙恩丧失信心，投水自尽，家人、部下跟随投水者一百多人。孙恩起义虽然失败，但是它在中国农民战争中首次使用水军作战，义军多次威胁东晋京师建康，动摇了东晋的统治基础。
卢循起义
东晋孙恩起义失败后，公元402年，卢循领导义军数千人继续坚持斗争。朝廷为了安抚浙东，任命卢循为永嘉太守。卢循表面受令，暗自扩展势力。5月，卢循率领义军功入东阳（今浙江金华），被刘裕打败。公元403年，卢循派徐道覆率军进攻东阳、永嘉（今浙江温州），又一次被东晋建武将军刘裕击败，由海道南撤。公元404年10月，卢循攻克番禺（今广州市）、始兴（今广东韶关西南），自称平南将军。刘裕驱逐桓玄，控制了东晋政权后，于公元409年出兵灭南燕。卢循、徐道覆乘东晋后方空虚，分两路北上攻建康（今江苏南京），沿途势如破竹，大军进驻淮口（今江苏南京西北）时已有义军10多万。刘裕急忙班师回朝。由于卢循在战争中优柔寡断，贻误战机，使得东晋援兵很快都集中在了建康。公元410年起义军损失数万，只好退守广州、始兴。第二年徐道覆、卢循分别兵败被杀，起义失败。卢循领导的农民起义持续了13年之久，沉重打击了世家大族的统治。
刘裕北伐
平定了桓玄之乱后，刘裕声名大振，逐渐掌握了东晋政权。409年，北方南燕攻打东晋，为了建立更高的威望，刘裕率军北伐南燕，并与胜利之际，刘裕惦记着皇帝之位，急回东晋朝廷，北伐事业功亏一篑。
刘渊起兵
西晋末年八王之乱时，中原动乱，匈奴贵族认为这是攻击西晋的良机。刘渊被推举为大单于，于304年率众起兵。随着势力的增长，石勒、上都四部鲜卑陆逐延、氏酋大单于微、东莱王弥等相继归附。308年十月，刘渊建国号为汉，尊蜀汉刘禅为孝怀皇帝，迁都平阳。309年，刘渊大举攻晋。310年，刘渊病死，其子刘聪即位。
前赵、后赵
318年，刘聪去世，刘璨即位。大臣靳准发动政变，杀刘璨自立。刘聪族弟刘曜闻讯，自立为帝，灭靳准一族。319年，刘曜改国号为赵，迁都长安，史称前赵。
石勒脱离前赵，建后赵，于328年攻破长安。次年，后赵大军进占长安，前赵灭亡。后赵是中国历史上最残暴的政权，352年被前燕所灭。
前秦
永嘉之乱时，氐族酋长苻洪被推为盟主，后来又献计归附前赵和后赵。350年，苻洪自封为大提督、大将军、大单于，不久被后赵大将麻秋毒死。其子符健率兵进入长安，次年建国号秦，史称前秦。355年苻健去世，儿子苻生继位。357年，苻生堂兄苻坚杀苻生自立，前秦势力逐渐强大。相继消灭前燕、灭仇池（今甘肃成县西北）氐族杨氏、攻取东晋的梁、益二州、灭前凉，至382年前秦军进驻西域，前秦统一了整个北方，与东晋形成南北对峙局面。淝水之战后，前秦国力衰弱。394年，苻坚族孙苻登与姚兴作战，兵败被杀，前秦灭亡。
淝水之战
淝水之战是前秦和东晋政权在淮南展开的大规模的战争。公元383年8月，苻坚率领号称90万大军从长安南下，同时7万水师由梓潼太守裴元略率领向健康进军。东晋王朝谢石率领8万“北府兵”迎击苻坚主力。战斗中，晋军在双方兵力悬殊很大的情况下，以少胜多，歼灭了秦军70多万，苻坚统一南北的希望彻底破灭，就连北方暂时统一的局面也随之解体。淝水之战为中国历史上著名的以少胜多的战例，确定了南北朝时期长期分裂的格局，对后世兵家的战争观念和决战思想产生着久远影响。
风声鹤唳，草木皆兵
公元383年，苻坚组织90万大军南下攻打东晋，将军队驻扎在肥水边上。东晋王朝派谢石为大将，谢玄为先锋，带领8万精兵迎战。符坚仗着自己兵多将广，一点也不把晋军放在眼里。谢玄派使者对前秦前锋说：“你们在肥水边上安营，显然是想持久作战。如果你们稍微退后，让我们渡过沸水，双方决战，这样也好速战速决。”众将领都认为，晋军不能过河，待后续大军到达后，一定可以顺利击溃晋军。符坚求胜心切，坚持速战速决。由于前秦军队是临时拼凑起来的，一接到上级命令后退的信息，以为前方打了败仗，慌忙向后溃逃。谢玄见敌军渍退，指挥部下快速渡河杀敌。秦军在后退的过程中恐惧异常，把风声、鸟叫声当成了敌人追赶的呼喊声，见到随风而动的一草一木都以为是晋军追来。淝水之战最终以前秦90万大军的失败而告终。唐代房玄龄在编写《晋书？谢玄传》时，就以“风声鹤唳，草木皆兵”来形容前秦军队的恐惧心理，后来就作为成语流传下来。
南北朝
南北朝是中国历史上一个分裂时期，从公元420年开始，到589年结束，共169年。北朝的朝代有：北魏，北魏又分裂成了东魏和西魏，然后是北齐取代了东魏，北周取代了西魏，北周又灭掉了北齐。南朝则比较简略，先后是宋、齐、梁、陈，其中刘宋（420－479）是其中疆域最大、最强、统治年代最长的一个政权。南北朝时期战乱频繁，朝代变幻频繁，中原人口为了避乱南迁，为南方带来劳动力和先进的生产技术，中国经济重心开始南移。乱世还为思想提供了肥沃土壤，文学成就很高，尤其是诗歌。这一时期的对外交流也兴旺，东到日本和朝鲜，西到中亚和大秦（即罗马），南到东南亚地区，都有中外交流的活动。
南朝的民族
南朝是继东晋之后，汉族在南方建立起来的朝廷。虽然各朝代都只不过几十年，但他们的存在使汉族文化得以保存和发展，华夏文明能够一直延续至今。所以，南朝在中国历史上有着极为重要的历史地位。除了汉族，南朝境内还有蛮族、僚族、俚族、巴族、蜀族、越族、傒族等少数民族。南朝政府均设置左郡左县统治这些民族。随着郡县数目的增加，汉族与少数民族接触融合的范围也越来越大。在漫长的历史进程中，这些民族习俗与汉族文化逐渐融合，为中国多民族国家的形成奠定了基础。
刘裕代晋
刘裕（363—422），初为东晋北府兵的将领。桓玄之乱时，刘裕杀桓玄，恢复晋室，以再造之功而掌握国家政权。为了树立自己的威望，刘裕发动北伐战争，取得了很大的成效。420年，刘裕逼迫晋恭帝退位，自立为帝，改国号为宋。东晋灭亡，中国历史进入南北朝时代。刘裕在位期间，整顿吏治，抑制豪强，赈济百姓，减轻刑罚，办学选才，江南的经济有所恢复和发展，为刘宋元嘉之治奠定了基础。
元嘉之治
宋武帝刘裕死后，长子刘义符即位。刘义符好玩乐，整日不理朝政。两年后，徐羡之等杀刘义符，刘裕三子刘义隆即位，史称宋文帝，改年号元嘉。刘义隆在位期间（424—453），继续推进和完善刘裕的治国发略，减轻徭役，实行劝学、兴农、招贤等一系列措施，社会生产有所发展，经济文化逐渐繁荣，人民生活较为安定，政治清明，国力逐渐强盛。人们就把刘义隆统治时期称为“元嘉之治”。
赵广起义
公元432年，宋益州刺史刘道济敛财伤民，民众怨声载道。7月，五城（今四川中江东南）人帛氐奴、赵广，聚众数千人，攻打广汉（今四川广汉北）。刘道济派遣参军程展会同治中李抗之率500人前往镇压，都被打败。巴西人唐频聚众响应，和赵广等联合起来攻陷涪城（今四川绵阳东）。涪陵、江阳、遂宁郡守都弃城而逃，蜀地民众和外地侨民都积极响应。9月，赵广等率军进攻成都（今属四川），刘道济派遣中兵参军裴方明率军出战，被义军打败。12月，裴方明等再次出城，多次获胜。成都城内粮草快用尽时，裴方明率领2000人出城寻找军粮，被赵广部所败，使得赵广义军心大振。刘道济死了以后，裴方明乘着赵广部下程道养祭天的机会，率领3000人出城突然袭击，程道养大败，退到广汉。公元433年3月，周籍之和裴方明合兵攻打赵广，赵广被击败逃至涪城及五城。5月，裴方明进军涪城，起义军战败，赵广等溃散。9月，程道养率2000余家人逃入广汉山谷中，起义以失败告终。
南齐
453年，刘宋王朝的刘劭为了篡夺皇位，杀害自己的父亲刘义隆。此后，刘宋王室诸子为争皇位而混乱不止，朝政日益腐败。国力衰退。479年，宋顺帝刘准把帝位禅让给掌握实权的萧道成，萧道成改国号为齐，刘宋王朝灭亡，南齐开始。齐高帝萧道成借鉴了宋灭亡的教训，以宽厚为本，减免赋税，发展教育。临终前，萧道成叮嘱儿子武帝明智治国，不要手足相残。齐武帝遵其遗嘱，社会政治、经济相对稳定发展。武帝死后，他的儿子们为争夺皇位而互相残杀，齐国又走上了宋灭亡的老路，国家政局逐渐混乱。501年，雍州刺史萧衍起兵攻入建康，次年称帝，改国号为梁。南齐结束，萧梁开始。
萧梁
梁武帝萧衍吸取宋、齐灭亡的教训，采取对皇族、士族生活上优容，政治上严防的方针。为了从思想上立国，萧衍还极力提倡儒学和佛教。南朝重新进入相对安定的历史时期。梁武帝晚年昏庸，致使朝政黑暗，国力衰退，还发生了侯景之乱。之后梁朝各宗室王拥兵自重，割据一方。557年，萧梁大将陈霸先废梁自立，建国号陈，萧梁政权结束。
梁武帝出家
