毛泽东指出，中日战争的性质以及由中日双方矛盾特点所决定的战争发展进程，决定了这场战争的最后胜利是中国的，战争的发展进程是持久的。中国不会灭亡，但也不可能速胜。那种以为中国会灭亡或以为抗日战争会马上胜利的观点是根本错误的。所谓“亡国论”本质上是一种“唯武器论”，是一种只看到武器而看不到人力的主观片面的观点。它的根源在于既不了解战争中人的因素的重要，也不了解敌我双方力量的必然变化。毛泽东指出，战争不仅有物的因素，同时还有人的因素；武器固然是战争的重要因素，但不是决定的因素。“决定的因素是人不是物。力量的对比不但是军力和经济力的对比，而且是人力和人心的对比。军力和经济力是要人去掌握的。”《毛泽东选集》合订本，437页，北京，人民出版社，1991。同时，军力和经济力也不是一成不变的，敌人在某方面的优势和我方在这方面的劣势，在一定条件下是可以相互转化的。而“亡国论”也是错误的，它的根源在于根本不懂得战争乃是一种力量的竞赛，不去研究敌我双方力量的对比。“速胜论”者的根本错误在于脱离客观条件，在战争双方的力量对比没有一定的变化以前，就过早地要举行战略决战。毛泽东指出，不管是“亡国论”还是“速胜论”，它们的共同错误都是主观地认识战争，在战争问题上缺乏客观的辩证的态度。不同的只是前者抓住一点，不及其余，后者不顾事实，空谈快意。
为了科学地指导抗日战争，在《论持久战》中，毛泽东还进一步展开了《中国革命战争的战略问题》中的一些思想观点，更详细地阐述了战争的客观规律性、认识指导战争的主观能动性以及两者的相互关系等等问题，更进一步批判了战争规律及其认识问题上的唯心论和机械唯物论。
毛泽东重申，战争的规律是客观的、可以认识的。虽然战争较之于其他社会现象具有更多的偶然性，但它必定是一种客观的物质运动。“我们承认战争现象是较之任何的社会现象更难捉摸，更少确实性，即更带所谓‘盖然性’。但战争不是神物，仍是世间的一种必然运动，因此，孙子的规律‘知彼知己，百战不殆’，仍是科学的真理。错误由于对彼己的无知，战争的特性也使人们在许多的场合无法完全知己知彼，因此产生了战争情况和战争行动的不确实性，产生了错误和失败。然而不管怎样的战争情况和战争形势，知其大略，知其要点，是可能的。”《毛泽东选集》合订本，458页，北京，人民出版社，1991。在此，毛泽东批判了把战争神秘化的错误，在战争规律的认识问题上，坚持了马克思主义的可知论的原则，指出了否认战争的客观规律性及其可认识性，必然导致唯心主义，导致战争的失败。
毛泽东进而指出，战争问题上的不可知论、唯心论是错误的，机械论也同样是错误的。机械论同唯心论一样，也是主观地看问题。不同的只是机械论否定人、思想以及行动的能动作用，否定人可以根据客观事实、客观条件而能动地指导战争，影响战争的进程，争取战争的胜利。为了批判这种机械论，毛泽东对人的自觉能动性作了详细的阐发和说明，指出：“我们反对主观地看问题，说的是一个人的思想，不根据和不符合于客观事实，是空想，是假道理，如果照了做去，就要失败，故须反对它。但是一切事情是要人做的，持久战和最后胜利没有人做就不会出现。做就必须先有人根据客观事实，引出思想、道理、意见，提出计划、方针、政策、战略、战术，方能做得好。思想等等是主观的东西，做或行动是主观见之于客观的东西，都是人类特殊的能动性。这种能动性，我们名之曰‘自觉的能动性’，是人之所以区别于物的特点。一切根据和符合于客观事实的思想是正确的思想，一切根据于正确思想的做或行动是正确的行动。我们必须发扬这样的思想和行动，必须发扬这种自觉的能动性。”毛泽东的这一段话，对能动性的革命的反映论，即“自觉的能动性”从三个方面做了详细的规定：第一，人的自觉的能动性包含有两个方面的内容，这就是能动的认识活动和能动的实践活动，这两种能动性的活动，都是为人所特有的；第二，人的两种能动性的活动，具有内在的关联性，正确的行动来源于正确的思想，正确的思想又来源于对客观事实的科学观察，人的行动能动性的发挥必须以对客观条件的认识的能动性作为前提；第三，人的能动性发挥得如何，关系到革命事业的成败，即“一切事情是要人做的，持久战和最后胜利没有人做就不会出现”，“抗日战争是要赶走帝国主义，变旧中国为新中国，必须动员全中国人民，统统发扬其抗日的自觉的能动性，才能达到目的。”《毛泽东选集》合订本，445页，北京，人民出版社，1991。
毛泽东指出，人类的这种自觉的能动性的特点，在人类的战争中表现得最为强烈。战争的胜负，固然决定于双方军事、政治、经济、地理、战争性质以及国际援助诸种条件，然而只有这些，还只是有了胜负的可能，要最终决定出胜负，还须加上指导战争和实行战争的主观努力，加上自觉能动性的发挥。那么，客观条件和自觉能动性的具体关系究竟如何呢？在毛泽东看来，客观条件是战争发展的可能性，它决定着战争变化的方向和趋势；而主观努力或自觉的能动性，才使这种可能变为现实，决定战争的最后的结局。换言之，能动性的发挥不能超越客观条件的许可，而客观条件所蕴含的可能性只有通过发挥自觉的能动性才能变为现实性。“指导战争的人们不能超越客观条件许可的限度期求战争的胜利，然而可以而且必须在客观条件的限度之内，能动地争取战争的胜利。战争指挥员活动的舞台，必须建筑在客观条件的许可之上，然而他们凭借这个舞台，却可以导演出很多有声有色、威武雄壮的戏剧来。”《毛泽东选集》合订本，446页，北京，人民出版社，1991。
毛泽东关于战争的客观规律性和指导战争的能动性及其相互关系的分析，从军事哲学的角度揭示了尊重客观规律和充分发挥人的能动性关系的原理，具有一般的认识论的意义。
在《论持久战》中，毛泽东还把历史唯物主义应用于战争的分析，同样从军事哲学的角度阐发了暴力革命、人民群众的历史作用等历史唯物主义的一些基本原理。
毛泽东指出，战争本身是一种带有政治性质的行动，是政治的继续，是政治的特殊手段的继续。“政治发展到一定的阶段，再也不能照旧前进，于是爆发了战争，用以扫除政治道路上的障碍。”《毛泽东选集》合订本，447页，北京，人民出版社，1991。如中国的半独立地位，是日本帝国主义政治发展的障碍，日本发动侵略战争就是为了扫除这一障碍。同样，帝国主义的战争和压迫，是中国革命发展的障碍，中国革命要前进，就不能不举行抗日战争，打败帝国主义的侵略。在这里，毛泽东把战争视为解决政治问题的带有普遍性的一种手段、一种形式，认为政治问题的最终解决，不可避免地要采取战争的形式。在毛泽东看来，战争的政治性质和对于政治的意义，不仅表现在民族间的斗争中，而且表现在阶级间的斗争中，打败帝国主义的侵略需要进行战争，推翻国内反动阶级的统治同样需要进行战争。因此，他在另一个地方又说：“革命的中心任务和最高形式是武装夺取政权，是战争解决问题。这个马克思列宁主义的革命原则是普遍地对的，不论在中国在外国，一概都是对的。”《毛泽东选集》合订本，506页，北京，人民出版社，1991。具体就中国而言，它作为一个半殖民地半封建的国家，在外部没有取得民族独立，在内部没有建立起民主制度，人们没有可以利用的议会，甚至没有合法斗争的权利，因此，只能通过组织军队、进行战争去争取中国无产阶级和中国共产党的地位。“帝国主义时代的阶级斗争的经验告诉我们，工人阶级和劳动群众，只有用枪杆子的力量才能战胜武装的资产阶级和地主；在这个意义上，我们可以说，整个世界只有用枪杆子才可以改造。我们是战争消灭论者，我们是不要战争的；但是只能经过战争去消灭战争，不要枪杆子必须拿起枪杆子。”《毛泽东选集》合订本，512页，北京，人民出版社，1991。
在毛泽东看来，中国革命的问题必须通过战争去解决，日本帝国主义的战争压迫必须用抗日战争来扫除，而战争的伟力之最深厚的根源，又存在于民众之中，“兵民是胜利之本”。他指出，一切革命战争，必然是人民群众的战争，只有动员和依靠群众，才能进行战争。以抗日战争为例，如果能够通过有效的政治动员，把人民群众组织起来，就会布下烧死日本帝国主义这头野牛的火阵，造成陷敌于灭顶之灾的汪洋大海。因此，毛泽东又指出，抗战的中心关键，在使已经发动的抗战发展为全面的全民族的抗战。只有这种全面的全民族的抗战，才能使战争得到最后的胜利”。《毛泽东选集》合订本，481页，北京，人民出版社，1991。“动员了全国的老百姓，就造成了陷敌于灭顶之灾的汪洋大海，造成了弥补武器等等缺陷的补救条件，造成了克服一切困难的前提。要胜利，就要坚持抗战，坚持统一战线，坚持持久战。然而这一切，离不开动员老百姓。”《毛泽东选集》合订本，448页，北京，人民出版社，1991。
除上而外，毛泽东在《论持久战》中，还对游击战争问题、抗日战争的战略问题、战争和社会生活的整体与各个方面的关系问题等等进行了辩证的分析，从各个方面全面展开了马克思主义的方法论原则。
总之，《论持久战》以辩证唯物论和历史唯物论作为分析武器，对关系到中国命运和前途的抗日战争，进行了全面而客观的分析考察，揭示了这场战争的性质，科学地预测了战争的必然进程和最终结局，从而为抗日军民夺取战争的胜利提供了科学的指导。同时，它所提出的一系列军事哲学理论，从军事科学的角度详尽展开了马克思主义哲学的一些重要原理，不仅使为中国共产党人特有的军事科学理论达到完整，而且丰富了马克思主义的军事科学和哲学。
毛泽东哲学思想的曲折发展
在全面建设社会主义的最初几年，我国社会主义建设事业取得了很大成就，但也出现了一些严重失误。这些失误，表现在经济建设的指导思想方面，是忽视经济发展的客观规律和中国经济的基本情况，夸大人的主观意志和主观努力的作用；表现在经济建设的具体实践方面，是生产关系方面的变革脱离了生产力的发展水平，在总路线提出后又轻率地发动了“大跃进”和人民公社化运动。这些失误，最终导致了以高指标、瞎指挥、浮夸风和“共产风”为主要标志的“左”倾错误严重泛滥，造成了我国经济发展的严重损失。
经济工作指导方针的失误，迫使人们从思想理论方面去认真总结教训，重新树立马克思主义哲学的基本观点，继续以辩证唯物主义与历史唯物主义的基本原理与方法去解决工作中的问题而在这一过程中，毛泽东哲学思想又有了许多新的发展。
（一）认识论方面的新发展
民主革命时期，毛泽东为纠正党内的主观主义，曾把体现辩证唯物主义根本精神的调查研究作为党的一项最基本的工作方法。在社会主义建设时期，毛泽东同样坚持通过调查研究来探索中国社会主义革命和建设的正确道路。特别是在50年代末经济工作出现失误以后，毛泽东更明确地提出要继续坚持实事求是。在全党大兴调查研究之风，解决好全党，特别是党的领导干部的思想路线问题。自1960年末至1962年初，毛泽东针对夸大主观意志作用、违背客观经济规律所导致的经济工作的失误，多次在中央的一些重要会议上强调展开调查研究的极端重要性。与此同时，党中央也在一些重要文件和指示中，要求全党同志特别是高级领导干部深入基层进行调查。这些讲话和指示，概括起来主要有三个方面的内容：1.必须把调查研究当作各级领导干部工作的首要任务；2.各级领导干部，特别是高级领导干部，都要亲自下去做调查；3.调查研究必须下苦功夫，脚踏实地，深入基层。在党中央和毛泽东看来，调查研究是民主同时也是社会主义时期党的工作的基本方法，是我们认识社会主义社会发展规律，寻找社会主义建设正确道路的必经之路。毛泽东指出：“社会主义建设，从我们全党来说，知识都非常不够。我们应当在今后一段时间内，积累经验，努力学习，在实践中间逐步地加深对它的认识，弄清它的规律。一定要下一番苦功，要切切实实地去调查它，研究它……调查研究，我们从前做得比较好，可是进城以后，不认真做了。1961年我们又重新提倡，现在情况已经有所改变。但是，在领导干部中间，特别是在高级领导干部中间，有一些地方、部门和企业，至今还没有形成风气……这个现象不发，必须改变过来。”《毛泽东选集》合订本，829～830页，北京，人民出版社，1991。在此，毛泽东把能否坚持实行调查研究，提到能否正确认识社会主义建设规律的高度来加以强调，要求全党必须对此极端重视。
毛泽东和中共中央的领导同志不但发出指示号召，而且以身作则，亲自到基层进行调查研究工作，发现和解决工作中存在的各种问题。在此带动下，各中央局和各省市委的主要负责同志纷纷深入工农业生产第一线，接触实际，了解情况，一股调查研究之风在全党蔚然兴起。
