南方叛乱的战火势头凶猛，越烧越烈，吴三桂打起叛乱大旗，各地汉人将领多为明朝旧臣，降清之后与朝廷、与上司有着各种各样的矛盾，纷纷响应。贵州提都李本森首先响应，巡抚曹吉森、总兵王永清降伏。接着四川巡抚罗森、提都郑蛟麟、总兵吴之茂、谭宏也都向吴三桂举起双手……接着耿精忠据福州作乱，尚之信挟父叛清，孙延龄乱起广西，四川朝廷命官从逆，陕、甘王辅臣附敌，在很短的时间内，叛乱的烽火烧到11个省，大有燎原之势，企图一举推翻清朝政权。
康熙皇帝全力以赴，调兵遣将不断调整、部署战略。为了加强前线，现在调任都统尼雅翰为镇南将军，率原驻沧州、顺义等十余地的满洲八旗兵齐聚运河边上的德州，又派兵急速奔赴武昌、安庆、江宁，对四川、荆州、襄阳和江西各地，再继续增派兵力。
三月十六日，耿继茂这位“和硕额驸”于福州发动兵变，囚禁了福建总督范承谟，剪掉辫子，改易汉装，自称“总统天下兵马上将军”，遣兵四出，攻城掠地。
四月初九，康熙皇帝派往吴三桂处进行撤藩的钦差大臣折尔肯、傅达礼，被吴三桂放回，随同他们还有西藏达赖喇嘛。
康熙皇帝见到折尔肯、傅达礼能够活着归来，心情十分高兴，为他们设宴压惊。
两位钦差所以能被放回，并不是吴三桂多么宽宏、仁爱，而是让他们俩带信，同时动员达赖喇嘛出面调停，吴三桂欲与皇帝平等的身份同朝廷对话，开出一个停止北进的方案：“裂土罢兵”的要求，迫使康熙承认既成事实。
康熙他根本不会答应吴三桂裂土称帝，不会允许分裂国家，在这个原则问题上，他是一步也不退让。他对这个背恩反叛之徒勃然大怒，把信摔在地上说：“枸衅残民，天人共愤，朕乃天下臣民之主，岂容裂土罢兵”。对吴三桂的叛乱，康熙皇帝态度十分坚决，或征剿或招降，必消灭为止，决不退让。
康熙十三年三月九日，兵部尚书王熙上书康熙皇帝，请求将吴三桂的“逆子”处以极刑，以断其幻想。
王熙的奏章，理所当然的得到议政王会议的支持，商讨结果，都同意处死吴应熊。
康熙从心里不想也不愿处死吴应熊，他认为他是一个称职的大臣，从人伦而言，吴应熊是外戚的直系亲属，是他的亲姑父，在吴应熊被拘禁之后，他的姑母几次哭得死去活来，康熙也是知道的，恻隐之心，人皆有之。康熙思想上开始十分矛盾，经过反复斗争，“乱臣贼子，孽由自取，刑章俱在，众论佥同”，他决定以江山社稷为重，从国家利益出发，对吴三桂“怙恶不悛，其子孙即宜弃市，义难宽缓”。
康熙大义灭亲，确实起到了“以寒老贼之胆，以绝群奸之望，以激励三军之心”，消除了京师的隐患，稳定了军心、民心。
吴三桂起兵之后，一路顺风，出师皆捷，从云南、贵州、四川而湖南，所向无敌，进入湖南后又连陷沅州、常德、辰州、长沙、衡州、岳州等战略重镇，前锋营正进入湖北境地，长江南岸的松滋，一江之隔，同清军大本营荆州相望。
在这种对吴三桂军事有利的形势下，如果渡江北上，清军是没有多少力量可与抵抗的，但吴三桂驻兵三个多月，不再前进，这是为什么？让人莫名其妙，对于后世也是一个谜，光是一句迷信，恐怕还解释不通。
吴三桂的谋士刘玄初分析了战争形势，让他乘胜渡江，同清军展开决战，届时吴军可以长驱直入北进。
吴三桂对于这位高参的意见，又一次不予采纳。那么，吴三桂在想什么呢？吴三桂长期以来所想的是割据云贵，因为这里他经营三十多年，殊略不及的是年轻的皇帝亲政后，竟敢下令撤藩，打破了他独霸一方的美梦。他想通过战争来实现他的政治目的。在他谋反时，他的侄儿、女婿们，就提出“分羹之计”，认为“戎衣一举，天下震动”，以他的兵力可同朝廷“画地讲和”，二来“可以索世子世孙于北方”。
出于这种谋略，吴三桂才起兵反清的。现在，他已经控制了云贵湖南全境，所到之处，势如破竹，四方响应，军队在战争中逐步扩大，他有足够的力量同清朝分庭抗礼。
这样，他停止了北进，想通过和谈，得到他想得到的一切，让朝廷放回他的儿孙，“裂土罢兵”。还有，他认为刘玄初的继续北进，即可长驱直入北京的想法，是书呆子的想法，纸上谈兵，不知道满洲骑兵的厉害，因此他据江而守驻兵虎渡口。等待折尔肯，傅达礼带信，小皇帝能够采纳，达赖喇嘛的调停能够成功，他的儿孙们好早日回到他的身边。
这天，正临风把酒，突然护卫官进报，说朝廷把吴应熊、吴世霖父子处以绞刑。这样的消息，如同晴天霹雳，吴三桂一惊一抖，酒盅落地而碎。
半天，吴三桂才从这突如其来的盖顶之灾中醒过来，他气得咬牙切齿，要对皇帝食肉侵皮，摔碎了酒壶、茶碗、推翻了几案，嚎叫着：“我真没想到一个小孩子当皇帝，敢这样做，要与我决斗到底！”
几十年以后，康熙皇帝在他晚年的时候，回忆祖国统一，平定三藩、不无自得地说：“三藩叛逆吴三桂，轻朕谓乳臭未退，及闻驿报神速，机谋远略乃仰天叹服曰：‘休矣’，未可与争也。”
吴三桂与康熙皇帝，正如康熙皇帝与吴三桂的叛乱，他们之间已别无选择：只有战场上一见高低了！
现在，春天又迈步来到了京城……
康熙皇帝并没感到春天的到来，他关心的是江南、西南那片热土，关心着的是出征的将士，同郑经的和谈，北方边疆的麻烦，关心的是治河和黎民百姓的生计……
几个月来，他不止一次地送走一个又一个出征的将军，京畿的部队大部分都先后调出了，可是从前方传来的消息并不令他振奋，被动的局面不但没能扭转，反而一步一步恶化。
这些胡服骑射、马上得天下的子孙们怎么了？他亲政后，不忘记祖训，一再强调满洲立国之本，可取得政权后，八旗养尊处优，这种异化是无法阻挡的。
他们渐习汉俗，热爱汉人的女色，贪恋汉人的美酒佳肴……骏马良弓，精骑善射，跃马扬刀，驰骋疆场的雄风哪里去了呢？一些身为将军的人，庸劣腐朽，害怕战争，畏首畏尾，甚至临阵闻风而逃……为了扭转这种危难的局面，他一反满洲贵族对汉人的狂忌，大力起用汉兵汉将，提高绿营官兵地位。
可是从平叛开始，康熙皇帝从部署、指挥这场战争中看到了八旗兵的弱点和绿营军的特点。八旗兵装备好，战斗力强，但人数少，只有二十万兵，一半在京，一半散在各地驻防。战争开始，几经征调，“余者皆系老弱”，再者，叛军盘踞的地方云贵、湖广等省，多为山地、沼泽地，八旗的骑兵行动不便，很难发挥其快速冲杀的作用，绿营兵人数多，全国有六十多万，而且以步兵为主，他们熟悉地理、民情，适合游击和山地作战。
同时、绿营兵也是吴三桂急夺的对象。吴三桂叛乱之后，派出许多“说客”，进行策反游说。康熙对绿营兵给予充分信任，组织满洲兵与绿营兵，以基本平等的地位，联合作战，据处险要，共同负责，对有战功人员，进行抚慰、嘉奖，这种政策上的调整，事实证明对于平叛三藩动乱，是极其有利的，起了重大作用。
吴三桂叛乱开始，他就致书福建的靖南王耿精忠，他认为三藩之间，同是一条绳上拴着的蚂蚱，荣辱得失，都是一致的，一荣俱荣。可是耿藩并没很快响应，行动起来，这倒不是不想跟着同朝廷叛乱，而是在静观一下局势发展。早在福建总督范承谟秉旨进行迁藩的同时，耿精忠就暗中已经行动起来，同他的亲密部将开密会，讨论计谋，同时差黄镛到台湾，给郑经一信，策动共同起事反清。信中说：（王）孤忠海外奉正述，奋威中原举大义如应天人，速整征帆，同正今日疆土，仰冀会师，共成万古勋业。
郑经看了这样的信，心中十分欢喜，很快部署兵力，亲帅舟师到潮湖等待。
正在这时情势发生了大的变化，朝廷下令停止撤平南、靖南二王，“固东地方，不必搬家”。这样，只好转告郑经，先不要行动，等待机会。
范承谟遵照诏令所示，中止撤藩，并将收归总督府的藩府左右两翼七千官兵的文籍交回。
耿精忠对着朝廷的命官冷笑两声，表示轻蔑，同时对范承谟这个朝廷的大红人，也啧啧不满，他认为他是来监督他的。
“鸣剑之心，已非一日”。耿精忠要谋反，是冰冻三尺，非一日之寒。耿精忠经常挑起事端，制造紧张空气，经常以洗炮、操练为名，进行军事演习，而作为军事行动，事前并不按照规矩通知督抚，晓谕居民。人们经常在夜间被炮声、杀声惊醒，弄得人心惶惶。
范承谟关注耿藩的动作，不断向朝廷进行报告，预感到这个心怀鬼胎的人，有一天也会像吴三桂那样，举起叛乱的旗，抽出他的刀剑，杀向朝廷，为了缓和矛盾，安定民心，他发布公告，要人们安居乐业，勿信谣言。
不过范承谟越来越感到耿精忠行动异常，一旦发生动乱，督抚只有三千标兵，是没法对付王府额兵万余，经过再三考虑，他以巡视海口为名，正欲带人出巡的时候，耿精忠对他先下手了。
一天，耿精忠派人到督府报告，诈称海寇来犯，邀请总督前往王府会商“护内防外”的策略。
当范承谟步入枪刀林立，杀气腾腾的藩府时，他知道走进了狼窝虎口，绝无生还的可能。他进得门来，痛斥耿精忠的背叛朝廷行为，结果被两边蜂拥而上的兵丁，擒拿捆绑起来。
范承谟被关进了监牢，耿精忠派巡抚刘秉政来劝降。还没等这个叛徒开口，范承谟运足了气力，冲着他的裆口冷不防飞起一脚，将他踢倒，刘秉政痛得在地上滚作一团，范承谟哈哈大笑地说：“贼就裆口不远，我先褫其魄！”
耿精忠的叛乱从此开始……
耿精忠反叛朝廷，他给自己找到的理由是：“其祖仲明入山海关时与三桂有成约……”
耿精忠反叛之后，积极配合吴三桂，他出主意要吴三桂进攻江西，他届时出兵协助。与此同时，耿精忠兵分三路，北路出击浙江，西路出击江西，一路在福建省内，攻占福宁诸州县，进兵来阳。北路很快占领浙江的天台、仙居、太平、黄岩，接着又攻下象山、嵊县、诸暨、严州、缙云、松阳、遂安，龙游，开始直指义乌、东出、汤溪、金华、衢州……清军南北运兵粮道被切断了。
西路进攻江西，耿军连下广信、玉山、永丰，挥师进击建昌，占新城，破石城，直向赣州、守郡，不久占领龙泉、万安、九江、湖州、彭泽、饶州、南康、吉安……兵锋所指，所向皆捷，“守兵或降或遁”，这就使得耿军更加肆无忌惮，气焰万丈。
耿精忠是耿藩的第三代王。他是耿仲明的长孙，耿继茂的长子。在顺治朝的时候，根据朝廷的规定，藩王的子孙，要留京入侍，后来又把肃亲王豪格的女儿嫁给了他，成为和硕额驸，成为清室的外戚。耿继茂在康熙十年去世了，耿精忠顺理成章地承爵靖南王爵。
康熙十二年，请撤藩是老谋深算的平南王尚可喜在功成名就之时，打算回辽东老家，颐养天年，上疏朝廷。耿精忠袭藩不到两年，刚刚过上“王”瘾，他怎么愿意撤藩，为形势所逼，他也被迫上疏请撤藩，可是内心对皇帝也十分不满。吴三桂挑起叛乱的旗帜，他从心眼里拥护，支持，蠢蠢欲动。
耿精忠的叛乱，杭州将军图喇很快上报朝廷，康熙皇帝获知以后非常震惊。在此之前，由于吴三桂叛乱，他已下令停止对尚、耿撤离，表示朝廷对他们仍是信任的，岂知这位藩王、王室的亲眷不买这个账。
康熙皇帝始终把斗争矛头直接对准吴三桂，采取征剿与招抚并用的策略，分化瓦解敌人，最大限度孤立吴三桂，集中力量消灭他。可是对于耿精忠的反叛，却不能置之不理，进行姑息，他当即下令削去耿精忠的王爵，并发出通告，指出，“自伊祖以及伊身，受恩三世四十余年”，不思图报，反而“包藏祸心，潜谋划不轨，乘吴逆之变，辄行反叛，煸乱地方，罪恶昭彰，国法难容，今削其王爵，遣发大兵进剿”。
康熙皇帝果断作出决定，同时任命康亲王杰书为大将军率师南下，征讨耿精忠。
具体战略部署是：由“定南将军”希尔根，由江西“平南将军”赖塔，由浙江苏“平寇将军”根特巴鲁，由广东，三路同时进军，直向藩王的老巢福建。
康熙皇帝对待三藩，又一策略是，采取各个击破，同时把吴三桂与耿精忠区别对待，一个是用武力坚决扑灭，一个是征剿并用，在派兵的同时，也派使者周襄绪、陈喜猷去做其工作。而且对于他们“在京诸弟，照旧宽容，所属官兵并未加罪”。
这时的耿精忠搞叛乱，是王八吃秤砣，铁了心的。他对于皇帝的招抚，派去的使者，全部扣留起来。他为了壮大自己的势力，约台湾的郑经进攻大陆，他许诺把福建南部沿海的郡邑，割给郑经。同时派人到福建与广东交界的潮州，对总兵刘进忠策反，让尚可喜首尾具受威胁，迫使他早日参加叛乱。
康熙皇帝在吴三桂叛乱后，曾对孙延龄寄予厚望，任命为“抚蛮将军”，“保固粤西，唯你们是赖”。
事过六天之后，这个颇得朝廷恩典的人叛变了。
康熙皇帝得知孙延龄叛变，既感到惊讶，但又觉得不奇怪。这个孙延龄原是孔有德的手下的一个未弁，孔有德降清后，他跟随南征北战，升为将官，并把自己的独生女儿，孔四小姐嫁给了他。孔有德死后，孙延龄的父亲亦死于阵前，朝廷给予恤典，遂令孙延龄袭二等爵，又加一等云骑尉。康熙五年五月，任命他为镇守广西将军，统辖孔有德旧部，驻桂林。
吴三桂、孙延龄、耿精忠一个接着一个先后反叛，藩王只剩下一个平南王尚可喜了。
现在，尚可喜的境况是夹在两个叛乱的藩王之中，成了馅饼，情势岌岌可危。
一天，平南府上来了一位说客，他是吴三桂派去对尚可喜劝降的，先是吹嘘了一下吴三桂的战绩，说：“王，起兵后，节节胜利，不日既可继续北上，直至北京。”
尚可喜如今已是七十有余的人了，他需要的是保持晚节，这与子、与孙，无疑都是一种福祉。他哼了吴三桂的来使一声，斥责说：“背恩于朝廷，涂炭于黎民，这是一种胜利吗？”
“是朝廷有负于我们啊！”
“这样吧，我老眼昏花，识不得文书了”，尚可喜说着叫道：“来人！”
侍从赶快近前。
“把吴三桂的文书，连同这个说客，给我押送朝廷！”尚可喜说。
在京城，皇帝看到了尚可喜解送来的人，以及吴三桂策反的书信，大为高兴，在三藩中，朝廷和皇上对他们厚恩有加，可吴三桂、耿精忠并不感恩，举旗叛乱，只有尚可喜一属，在保持晚节，这对康熙来说，确是一件足差可慰贴的一件事。
康熙皇帝览奏之后，挥笔优诏褒答，曰：“王累朝勋旧，惟笃忠贞，朕心久已洞悉。近复屡摅猷略，保国岩疆，厥功甚茂。览奏，披历悃忱，深为可嘉，着益殚心料理，想机剿御，以副朕倚任之意”。
尚可喜在朝廷危难之时，表示效忠于清室，令康熙皇帝十分激动，对他也就格外倚任，为了提高他的职权，令督抚提镇听其节制，文武官员听其选补，并晋封尚可喜为平南亲王。
在南国的这种严峻形势下，尚可喜对朝廷的表态，在外部使他陷入困境，在他自家的内部，进入更加危急之中。尚可喜的大儿子尚之信，是个“生而神勇，嗜酒不拘细行”的人，仗着他父亲的势力，在广东横行霸道，贪赃受贿、草菅人命，滥杀无辜，喝起酒来不要命，成为广东一大害。
尚可喜为有这样的儿子而气恼，厌恶，他不想把自己的藩王移给这样的人，让他去干更大坏事，损害他的名声。他的晚年为此常处在忧郁之中，一次他召来他的谋士金光，谈起了他对儿子尚之信的看法，不无忧烦地说：“金先生你对他，有什么样看法，不妨直言。”
